NCBI Epigenomika - NCBI Epigenomics
![]() | |
---|---|
Obsah | |
Popis | epigenomický datové sady. |
Kontakt | |
Výzkumné centrum | Národní centrum pro biotechnologické informace |
Autoři | Ian M. Fingerman |
Primární citace | Fingerman a spol. (2011)[1] |
Datum vydání | 2010 |
Přístup | |
webová stránka | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics |
The Epigenomická databáze na Národní centrum pro biotechnologické informace byla databáze pro celý genom epigenetika datové sady.[1] To bylo vyřazeno dne 1. června 2016.
Databáze Epigenomics
Databáze Epigenomics of the Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) na Národní institut zdraví (NIH) byla zahájena v červnu 2010 jako prostředek ke shromažďování map epigenetických modifikací a jejich výskytu v celém lidském genomu.[2] Tato databáze poskytuje veřejně dostupný zdroj pro mapy v kmenové buňky a primární ex vivo tkáně, které podrobně zobrazují genomové krajiny epigenetických faktorů, které se vyskytují v lidském vývoji a nemocech.[1]
Obsah databáze Epigenomics
Primární zdroje pro obsah databáze Epigenomics jsou odvozeny ze dvou archivních databází v NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO) a Sequence Read Archive (SRA).[1] Gene Expression Omnibus je datový systém pro vysoce výkonná genomická data, který se generuje z mikropolí a sekvenčních technologií nové generace.[3] Data použitá v databázi Epigenomics jsou kombinací podmnožin GEO a SRA, které jsou specifické pro epigenetické faktory. Tato data jsou podrobena další kontrole a jsou uspořádána snáze dosažitelným způsobem před přidáním do databáze Epigenomics.[1]
Použití databáze
Všechny experimenty a odpovídající vzorky v databázi Epigenomics se zobrazují ve výchozím prohlížeči. K říjnu 2013 je v databázi aktuálně k dispozici 4112 experimentů a 1257 vzorků.[4] V databázi je zastoupeno pět studovaných druhů a je k dispozici mnoho datových stop, včetně exprese mikro a malých RNA, modifikace histonu a enzymů modifikujících histon, faktorů dostupnosti chromatinu a faktorů spojených s chromatinem a transkripčních faktorů.[1] Jedním z takových příkladů z databáze je studie určitých epigenetických faktorů v Drosophila melanogaster ve 20–24hodinové embryonální fázi vývoje.[5]
Prohlížeč databáze Epigenomics obsahuje dva základní záznamy vyhledávání, „Experimenty“ a „Ukázky“.
Experimentální vyhledávání
Záznam vyhledávání experimentu odkazuje na jeden nebo více experimentů se souborem vědeckých cílů.[1] Zde je uživatel schopen načíst úplné informace o zdroji dat. Tyto informace zahrnují instituci zadavatele, odkazy na podání původních údajů v GEO a SRA, odkazy na citace literatury v PubMed a / nebo fulltextové články v Pubmed.[1] Záznamy experimentu obsahují jedinečné přístupové číslo, které obsahuje předponu „ESS“.[1]
Ukázkové vyhledávání
Záznam hledání vzorku odpovídá biologickému materiálu zkoumanému v daném experimentu v databázi a poskytuje podrobnosti o zdrojových atributech s hodnotami z kontrolovaných slovníků.[1] K dispozici je více než 20 polí biologických atributů a mezi tato pole patří kmen, kultivar, ekotyp, jedinec, pohlaví, věk, vývojová fáze, buněčná linie, typ buňky, typ tkáně a zdravotní stav.[1]
Existuje mnoho dostupných zdrojů online, které vám pomohou při navigaci a používání databáze Epigenomics. Část „Epigenetická nápověda“ příručky nápovědy NCBI obsahuje informace o prohledávatelné databázi a poskytuje uživateli nástroje k používání, správě, stahování a nahrávání a navigaci v databázi.[6]Existují také návody k navigaci v databázi zaměřené na konkrétní výzkumné pracovníky a studijní obory, jako je výzkum kmenových buněk.[7]
Plán epigenomiky plánu
V roce 2007 Národní institut zdraví (NIH) zahájila Plán epigenomiky plánu. Cílem projektu je vývoj veřejně dostupných map referenčních epigenomů z různých typů buněk.[1] Účelem těchto epigenetických map je poskytnout zdroje pro studium epigenetických událostí, které podtrhují lidský vývoj, rozmanitost a nemoci.[8] Podobné úsilí viz ZAKÓDOVAT (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project, jehož iniciativy doplňují projekt Roadmap Epigenomics Project.[9]
Epigenom
The epigenom sestává ze záznamu chemických změn v DNA a Histone bílkoviny organismu. Tyto chemické změny ovlivňují genovou expresi v mnoha typech tkání a vývojových stádiích.[10] Tyto epigenetický změny zahrnují způsoby změny genové exprese, které nezahrnují změny v základní primární sekvenci DNA; tyto zahrnují Methylace DNA, Umlčení genů, a chromatin struktura,[11] stejně jako zapojení Nekódující RNA.[12]
Viz také
Reference
- ^ A b C d E F G h i j k l Fingerman, Ian M; McDaniel Lee; Zhang Xuan; Ratzat Walter; Hassan Tarek; Jiang Zhifang; Cohen Robert F; Schuler Gregory D (leden 2011). „NCBI Epigenomics: a new public source for exploring epigenomic data sets“. Nucleic Acids Res. 39 (Problém s databází): D908–12. doi:10.1093 / nar / gkq1146. PMC 3013719. PMID 21075792.
- ^ "Přehled". Národní institut zdraví. Úřad strategické koordinace - Společný fond. Citováno 22. září 2013.
- ^ Sayers, EW; et al. (Leden 2010). „Databázové zdroje Národního centra pro biotechnologické informace“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D5–16. doi:10.1093 / nar / gkp967. PMC 2808881. PMID 19910364.
- ^ "Epigenomická databáze". Citováno 20. října 2013.
- ^ Negre, N; Morrison CA; Shah PK; Bild NA; White KP (12. května 2009). „Mapy stavu chromatinu v celém genomu ve stupňovitých embryích Drosophila, ChIP-seq“. MODENCODE. GSE16013. Citováno 17. listopadu 2013.
- ^ Bethesda (MD) (2010). Nápověda pro epigenomiku. Americká národní lékařská knihovna: Národní centrum pro biotechnologické informace (USA).
- ^ Karnik, R; Meissner A. (3. července 2013). „Browsing (Epi) genomes: a guide to data resources and epigenome browsers for kmen cell cell“. Buňková kmenová buňka. 13 (1): 14–21. doi:10.1016 / j.stem.2013.06.006. PMC 3750740. PMID 23827707.
- ^ Bernstein, Bradley E; John A Stamatoyannopoulos; Joseph F Costello; Bing Ren; Aleksandar Milosavljevic; Alexander Meissner; Manolis Kellis; Marco A Marra; Arthur L Beaudet; Joseph R Ecker; Peggy J. Farnham; Martin Hirst; Eric S Lander; Tarjei S Mikkelsen; James A Thomson (13. října 2010). „Konsorcium pro mapování epigenomických map NIH Roadmap“. Přírodní biotechnologie. 28 (10): 1045–1048. doi:10.1038 / nbt1010-1045. PMC 3607281. PMID 20944595.
- ^ Encode Project, Consortium (22. října 2004). „Projekt ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements)“ (PDF). Věda. 306 (5696): 636–40. Bibcode:2004Sci ... 306..636E. doi:10.1126 / science.1105136. PMID 15499007.
- ^ Bernstein, Bradley E; Alexander Meissner; Eric S.Lander (19. prosince 2011). „Savčí epigenom“. Buňka. 4. 128 (4): 669–681. doi:10.1016 / j.cell.2007.01.033. PMID 17320505.
- ^ Russo, Vincenzo EA, Robert A. Martienssen a Arthur D. Riggs. (1996). Epigenetické mechanismy regulace genů. Cold Spring Harbor Laboratory Press. str. Abstraktní. ISBN 978-0-87969-490-6.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Costa, Fabricio F. (29. února 2008). "Nekódující RNA, epigenetika a složitost". Gen. 410 (1): 9–17. doi:10.1016 / j.gene.2007.12.008. PMID 18226475.