RNA22 - RNA22

Rna22 je algoritmus založený na vzorci pro objevování mikroRNA cílové stránky a odpovídající heteroduplexy.[1]

Algoritmus je koncepčně odlišný od ostatních metod předpovídání mikroRNA: heteroduplexy mRNA v tom ano ne používat pro trénink experimentálně ověřené heteroduplexy, místo toho se spoléhat pouze na sekvence známých zralých miRNA, které se nacházejí ve veřejných databázích. Klíčovou myšlenkou rna22 je, že reverzní doplněk všech charakteristických charakteristik sekvence, které lze identifikovat ve zralých sekvencích mikroRNA (pomocí technik zjišťování vzorů), by měl umožnit identifikaci kandidátských cílových míst mikroRNA v sledované sekvenci: rna22 využívá Algoritmus Teiresias objevit takové hlavní rysy. Jakmile je lokalizováno kandidátské cílové místo pro mikroRNA, může být cílená mikroRNA identifikována pomocí kteréhokoli z několika algoritmů schopných vypočítat heteroduplexy RNA: RNA. Nová verze (v2.0) algoritmu je nyní k dispozici: v2.0-beta přidává odhady pravděpodobnosti ke každé predikci, dává uživatelům možnost zvolit si nastavení citlivosti / specifičnosti za běhu, je podstatně rychlejší než původní a je k nim přístup prostřednictvím http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive/.

Rna22 se nespoléhá ani neukládá žádná omezení ochrany mezi organismy, aby odfiltrovala nepravděpodobné kandidáty; to mu dává schopnost objevit vazebná místa pro mikroRNA, která nemusí být zachována ve fylogeneticky proximálních organismech. Jak již bylo uvedeno výše, rna22 může identifikovat domnělá vazebná místa pro mikroRNA, aniž by potřebovala znát identitu cílící mikroRNA. Pozoruhodná vlastnost rna22 je, že ano ne vyžadují přítomnost přesného reverzního komplementu semene mikroRNA v domnělém cíli umožňujícím boule a kolísání G: U v oblasti semene heteroduplexu. Nakonec se ukázalo, že algoritmus dosahuje vysokého poměru signálu k šumu.[2]

Použití rna22 vedlo k objevu „nekanonických“ cílů mikroRNA v kódujících oblastech myši Nanog, 4. října a Sox2.[3] Většina z těchto cílů není konzervována v lidských ortologech těchto tří transkripčních faktorů, přestože se nacházejí v kódující oblasti odpovídajících mRNA. Navíc většina z těchto cílů obsahuje kolísání G: U, jednu nebo více boulí nebo obojí v oblasti zárodku heteroduplexu. Kromě kódujících oblastí pomohl rna22 objevit nekanonické cíle ve 3'UTR.[4]

Nedávná studie[5] zkoumal problém nekanonických cílů miRNA pomocí simulací molekulární dynamiky krystalové struktury ternárního komplexu Argonaute-miRNA: mRNA. Studie zjistila, že několik druhů modifikací, včetně kombinací více kolísání G: U a nesouladů v oblasti semen, je přípustných a vede pouze k malým strukturálním výkyvům, které nemají vliv na stabilitu ternárního komplexu. Studie také ukázala, že zjištění simulace molekulární dynamiky jsou podporována HITS-CLIP (CLIP-seq) data. Tyto výsledky tomu nasvědčují v dobré víře cíle miRNA překonávají kanonický model osiva a díky tomu jsou nástroje pro predikci cílů, jako je rna22, ideální volbou pro zkoumání nově rozšířeného spektra cílů miRNA.

názevPopistypOdkazReference
RNA22 verze 2.0První odkaz na webovou stránku (interaktivní a dynamický) umožňuje uživateli najít on-the-fly předpokládané vazebné weby miRNA pro libovolnou sledovanou sekvenci (tj. protein kódující mRNA nebo dlouhá nekódující RNA) a pro jakoukoli miRNA (veřejně známé nebo nové). Druhý odkaz[6] (předpočítaný a statický) poskytuje přístup k předpovědím RNA22 v2 pro všechny transkripty kódující proteiny u lidí, myší, škrkavek a ovocných mušek. Umožňuje uživateli vizualizovat předpovědi na mapě cDNA a také najít přepisy, na které cílí více miRNA.předpovědi cíle microRNAinteraktivní předpovědi

předpočítané předpovědi
Bude upřesněno
RNA22Odkaz[6] (předpočítaný a statický) poskytuje přístup k předpovědím RNA22 pro všechny transkripty kódující proteiny u lidí, myší, škrkavek a ovocných mušek. Umožňuje vám vizualizovat předpovědi na mapě cDNA a také najít přepisy, na které cílí více miRNA.předpovědi cíle microRNApředpočítané předpovědi
[1]

Reference

  1. ^ A b Miranda KC, Huynh T, Tay Y, Ang YS, Tam WL, Thomson AM, Lim B, Rigoutsos I (2006). "Metoda založená na vzoru pro identifikaci vazebných míst MicroRNA a jejich odpovídajících heteroduplexů". Buňka. 126 (6): 1203–17. doi:10.1016 / j.cell.2006.07.031. PMID  16990141.
  2. ^ Ritchie W, Flamant S, Rasko JE (2009). "Predikce cílů a funkcí mikroRNA: pasti pro neopatrné". Přírodní metody. 6 (6): 397–8. doi:10.1038 / nmeth0609-397. PMID  19478799.
  3. ^ Tay Y, Zhang J, Thomson AM, Lim B, Rigoutsos I (2008). "MicroRNA pro Nanog, 4. října a Sox2 kódující oblasti modulují diferenciaci embryonálních kmenových buněk ". Příroda. 455 (7126): 1124–8. doi:10.1038 / nature07299. PMID  18806776.
  4. ^ Lal A, Navarro F, Maher CA, Maliszewski LE, Yan N, O'Day E, Chowdhury D, Dykxhoorn DM, Tsai P, Hofmann O, Becker KG, Gorospe M, Hide W, Lieberman J (2009). „miR-24 inhibuje buněčnou proliferaci zacílením na E2F2, MYC a další geny buněčného cyklu prostřednictvím vazby na„ bezsemenné “3'UTR mikroRNA rozpoznávací prvky“. Mol Cell. 35 (5): 610–25. doi:10.1016 / j.molcel.2009.08.020. PMC  2757794. PMID  19748357.
  5. ^ Xia Z, Clark P, Huynh T, Loher P, Zhao Y, Chen HW, Rigoutsos I, Zhou R (2012). „Simulace molekulární dynamiky komplexů Ago umlčování odhalily velký repertoár přípustných„ semenných “cílů“. Vědecké zprávy. 2: 569. doi:10.1038 / srep00569. PMC  3415692. PMID  22888400.
  6. ^ A b Loher P, Rigoutsos I (2012). „Interaktivní průzkum předpovědí cíle RNA22 mikroRNA“. Bioinformatika. 28 (24): 3322–3323. doi:10.1093 / bioinformatika / bts615. PMID  23074262.