Seznam metod omice jednotlivých buněk - List of single cell omics methods

Seznam více než 100 různých sekvenování jedné buňky (omics) metody byly publikovány.[1] Velká většina metod je spárována s technologiemi sekvenování krátkého čtení, ačkoli některé z nich jsou kompatibilní s sekvencemi dlouhého čtení.

Seznam

MetodaOdkazRežim sekvencováníPředčasný odhadPozdní odhad
Tangova metoda[2]Krátká čtení20082009
CyTOF[3]Krátká čtení20112012
STRT-seq / C1[4]Krátká čtení20112012
SMART-seq[5]Krátká čtení20122013
CEL-seq[6]Krátká čtení20122013
Quartz-Seq[7]Krátká čtení20122013
PMA / SMA[8]Krátká čtení20122013
scBS-seq[9]Krátká čtení20132014
AbPair[10]Krátká čtení20142014
MARS-seq[11]Krátká čtení20142015
DR-seq[12]Krátká čtení20142015
G & T-sekv[13]Krátká čtení20142015
SCTG[14]Krátká čtení20142015
SIDR-seq[15]Krátká čtení20142015
sci-ATAC-seq[16]Krátká čtení20142015
Ahoj SCL[17]Krátká čtení20152015
SUPeR-seq[18]Krátká čtení20152015
Drop-Chip[19]Krátká čtení20152015
CytoSeq[20]Krátká čtení20152016
inDrop[21]Krátká čtení20152016
sc-GEM[22]Krátká čtení20152016
scTrio-seq[23]Krátká čtení20152016
scM a T-sekv[24]Krátká čtení20152016
PLAYR[25]Krátká čtení20152016
Genshaft-et-al-2016[26]Krátká čtení20152016
Darmanis-et-al-2016[27]Krátká čtení20152016
CRISP-seq[28]Krátká čtení20152016
scGESTALT[29]Krátká čtení20152016
CEL-Seq2 / C1[30]Krátká čtení20152016
STRT-seq-2i[31]Krátká čtení20162017
RNAseq @10xgenomika[32]Krátká čtení20162017
RNAseq / genová exprese @nanostringtech[33]Krátká čtení20162017
sc Cílená genová exprese @fluidigm[34]Krátká čtení20162017
scTCR Wafergen[35]Krátká čtení20162017
CROP-seq[36]Krátká čtení20162017
SiC sekvence[37]Krátká čtení20162017
mcSCRB-seq[38]Krátká čtení20162017
Patch-seq[39]Krátká čtení20162017
Geo-seq[40]Krátká čtení20162017
scNOMe-seq[41]Krátká čtení20162017
scCOOL-seq[42]Krátká čtení20162017
CUT & Run[43]Krátká čtení20162017
MATQ-seq[44]Krátká čtení20162017
Quartz-Seq2[45]Krátká čtení20172018
Seq-Well[46]Krátká čtení20172018
DroNC-sekv[47]Krátká čtení20172018
sci-RNA-seq[48]Krátká čtení20172018
scATAC @ 10xgenomics[49]Krátká čtení20172018
scVDJ @ 10xgenomics[50]Krátká čtení20172018
scNMT trojitý omics[51]Krátká čtení20172018
SPLIT-seq Split Biosciences[52]Krátká čtení20172018
CITE-sekv[53]Krátká čtení20172018
scMNase-seq[54]Krátká čtení20172018
Chaligne-et-al-2018[55]Krátká čtení20172018
LINNAEUS[56]Krátká čtení20172018
TracerSeq[57]Krátká čtení20172018
CellTag[58]Krátká čtení20172018
ScarTrace[59]Krátká čtení20172018
scRNA-Seq Dolomite Bio[60]Krátká čtení20172018
Trac-looping[61]Krátká čtení20172018
Perturb-ATAC[62]Krátká čtení20182019
scMetylace[63]Krátká čtení20182019
scHiC[64]Krátká čtení20182019
Multiplex Droplet scRNAseq[65]Krátká čtení20182019
sci-CAR[66]Krátká čtení20182019
C1 CAGE jedna buňka[67]Krátká čtení20182019
sc spárovaná mikroRNA-mRNA[68]Krátká čtení20182019
scCAT-seq[69]Krátká čtení20182019
REAP-seq @ fluidigm[70]Krátká čtení20182019
scCC[71]Krátká čtení20182019
yscRNA-SEKV[72]Krátká čtení20182019
CÍLOVÝ SEKV[73]Krátká čtení20182019
MULTI-seq[74]Krátká čtení20182019
snRNA-seq[75]Krátká čtení20182019
sci-RNA-seq3[76]Krátká čtení20182019
BRIF-seq[77]Krátká čtení20182019
Drop-seq Dolomite Bio[60]Krátká čtení20182019
Slide-seq[78]Krátká čtení20182019
CUT & Tag[79]Krátká čtení20182019
CellTagging[80]Krátká čtení20182019
DART-Seq[81]Krátká čtení20182019
scDamID & T[82]Krátká čtení20182019
ACT-seq[83]Krátká čtení20182019
Sci-Hi-C[84]Krátká čtení20182019
Slide-seq[85]Krátká čtení20182019
Simplified-Drop-seq[86]Krátká čtení20182019
scChIC-seq[87]Krátká čtení20182019
Dip-C[88]Krátká čtení20182019
COBATCH[89]Krátká čtení20182019
Convert-seq[90]Krátká čtení20182019
Kapkační scATAC-seq[91]Krátká čtení20182019
ECCITE-seq[92]Krátká čtení20182019
dsciATAC-seq[91]Krátká čtení20182019
CLEVER-seq[93]Krátká čtení20182019
scISOr-Seq[94]Krátká čtení20182019
MARS-seq2.0[95]Krátká čtení20182019
nano-NOMe[96]Dlouhé čtení20182019
MeSMLR-seq[97]Dlouhé čtení20182019
SMAC-seq[98]Dlouhé čtení20182019
MoonTag / SunTag[99]Krátká čtení20182019
SCoPE2[100]Krátká čtení20182019
sci-osud[101]Krátká čtení20182019
µDamID[102]Krátká čtení20182019
Methyl-HiC[103]Krátká čtení20182019
RAGE-seq[104]Dlouhé čtení20182019
Spárované sekvence[105]Krátká čtení20182019
Tn5Prime[106]Krátká čtení20182019
NanoPARE[107]Krátká čtení20182019
BART-Seq[108]Krátká čtení20182019
scDam & T-seq[109]Krátká čtení20182019
itChIP-seq[110]Krátká čtení20182019
SNARE-seq[111]Krátká čtení20182019
ASTAR-seq[112]Krátká čtení20182019
sci-Plex[113]Krátká čtení20182019
MIX-sekv[114]Krátká čtení20182019
microSPLiT[115]Krátká čtení20182019
PAIso-seq[116]Krátká čtení20182019
FIN-sekv[117]Krátká čtení20182019
LIBRA-seq[118]Krátká čtení20182019
scifi-RNA-seq[119]Krátká čtení20182019

Reference

  1. ^ „Single-Cell-Omics.v2.3.13 @albertvilella“. Google dokumenty. Citováno 2020-01-01.
  2. ^ Tang F, Barbacioru C, Wang Y, Nordman E, Lee C, Xu N a kol. (Květen 2009). msgstr "Analýza celého transkriptomu mRNA-Seq jedné buňky". Přírodní metody. 6 (5): 377–82. doi:10.1038 / nmeth.1315. PMID  19349980. S2CID  16570747.
  3. ^ "Fluidigm | Pokroky jednotlivých buněk". www.fluidigm.com.
  4. ^ Hashimshony T, Wagner F, Sher N, Yanai I (září 2012). „CEL-Seq: jednobuněčná RNA-Seq multiplexovanou lineární amplifikací“. Zprávy buněk. 2 (3): 666–73. doi:10.1016 / j.celrep.2012.08.003. PMID  22939981.
  5. ^ Islam S, Zeisel A, Joost S, La Manno G, Zajac P, Kasper M a kol. (Únor 2014). "Kvantitativní jednobuněčný RNA-seq s jedinečnými molekulárními identifikátory". Přírodní metody. 11 (2): 163–6. doi:10.1038 / nmeth.2772. PMID  24363023. S2CID  6765530.
  6. ^ Jaitin DA, Kenigsberg E, Keren-Shaul H, Elefant N, Paul F, Zaretsky I a kol. (Únor 2014). "Masivně paralelní jednobuněčný RNA-seq pro beztabulkový rozklad tkání na buněčné typy". Věda. 343 (6172): 776–9. Bibcode:2014Sci ... 343..776J. doi:10.1126 / science.1247651. PMC  4412462. PMID  24531970.
  7. ^ Sasagawa Y, Nikaido I, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T, Ueda HR (duben 2013). „Quartz-Seq: vysoce reprodukovatelná a citlivá metoda jednobuněčného sekvenování RNA, odhaluje genetickou genetickou heterogenitu“. Genome Biology. 14 (4): R31. doi:10.1186 / gb-2013-14-4-r31. PMC  4054835. PMID  23594475.
  8. ^ Pan X, Durrett RE, Zhu H, Tanaka Y, Li Y, Zi X a kol. (Leden 2013). „Dvě metody pro sekvenování RNA v plné délce pro malé množství buněk a jednotlivých buněk“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 110 (2): 594–9. Bibcode:2013PNAS..110..594P. doi:10.1073 / pnas.1217322109. PMC  3545756. PMID  23267071.
  9. ^ Smallwood SA, Lee HJ, Angermueller C, Krueger F, Saadeh H, Peat J a kol. (Srpen 2014). „Jednobuněčné sekvenování bisulfitu v celém genomu pro hodnocení epigenetické heterogenity“. Přírodní metody. 11 (8): 817–820. doi:10,1038 / nmeth.3035. PMC  4117646. PMID  25042786.
  10. ^ Briggs AW, Goldfless SJ, Timberlake S, Belmont BJ, Clouser CR, Koppstein D a kol. (5. května 2017). „Imunitní repertoáry infiltrující nádory zachycené jednobuněčným čárovým kódem v emulzi“. bioRxiv: 134841. doi:10.1101/134841.
  11. ^ Picelli S, Björklund ÅK, Faridani OR, Sagasser S, Winberg G, Sandberg R (listopad 2013). "Smart-seq2 pro citlivé profilování transkriptomů v plné délce v jednotlivých buňkách". Přírodní metody. 10 (11): 1096–8. doi:10.1038 / nmeth.2639. PMID  24056875. S2CID  6356570.
  12. ^ Dey SS, Kester L, Spanjaard B, Bienko M, van Oudenaarden A (březen 2015). "Integrované sekvenování genomu a transkriptomu stejné buňky". Přírodní biotechnologie. 33 (3): 285–289. doi:10,1038 / nbt.3129. PMC  4374170. PMID  25599178.
  13. ^ Macaulay IC, Haerty W, Kumar P, Li YI, Hu TX, Teng MJ a kol. (Červen 2015). „G & T-seq: paralelní sekvenování jednobuněčných genomů a transkriptomů“. Přírodní metody. 12 (6): 519–22. doi:10.1038 / nmeth.3370. PMID  25915121. S2CID  969246.
  14. ^ Li W, Calder RB, Mar JC, Vijg J (únor 2015). „Jednobuněčná transkriptogenomika odhaluje transkripční vyloučení alel mutovaných ENU“. Mutační výzkum. 772: 55–62. doi:10.1016 / j.mrfmmm.2015.01.002. PMC  4342853. PMID  25733965.
  15. ^ Han KY, Kim KT, Joung JG, Son DS, Kim YJ, Jo A a kol. (Leden 2018). „SIDR: simultánní izolace a paralelní sekvenování genomové DNA a celkové RNA z jednotlivých buněk“. Výzkum genomu. 28 (1): 75–87. doi:10,1101 / gr. 223263.117. PMC  5749184. PMID  29208629.
  16. ^ Cusanovich DA, Daza R, Adey A, Pliner HA, Christiansen L, Gunderson KL a kol. (Květen 2015). "Multiplexní jednobuněčné profilování dostupnosti chromatinu kombinatorickým buněčným indexováním". Věda. 348 (6237): 910–4. Bibcode:2015Sci ... 348..910C. doi:10.1126 / science.aab1601. PMC  4836442. PMID  25953818.
  17. ^ Rotem A, Ram O, Shoresh N, Sperling RA, Schnall-Levin M, Zhang H a kol. (1. ledna 2015). „High-Throughput Single-Cell Labelling (Hi-SCL) for RNA-Seq using Drop-Based Microfluidics“. PLOS ONE. 10 (5): e0116328. Bibcode:2015PLoSO..1016328R. doi:10.1371 / journal.pone.0116328. PMC  4441486. PMID  26000628.
  18. ^ Fan X, Zhang X, Wu X, Guo H, Hu Y, Tang F, Huang Y (červenec 2015). "Jednobuněčná RNA-seq transkriptomová analýza lineárních a kruhových RNA v myších preimplantačních embryích". Genome Biology. 16 (1): 148. doi:10.1186 / s13059-015-0706-1. PMC  4511241. PMID  26201400.
  19. ^ "Drop-Chip". pubs.broadinstitute.org.
  20. ^ Fan HC, Fu GK, Fodor SP (únor 2015). "Expresní profilování. Kombinatorické značení jednotlivých buněk pro genovou expresní cytometrii". Věda. 347 (6222): 1258367. doi:10.1126 / science.1258367. PMID  25657253. S2CID  5493175.
  21. ^ Klein AM, Mazutis L, Akartuna I, Tallapragada N, Veres A, Li V a kol. (Květen 2015). „Čárové kódy kapiček pro transkriptomika jedné buňky aplikované na embryonální kmenové buňky“. Buňka. 161 (5): 1187–1201. doi:10.1016 / j.cell.2015.04.044. PMC  4441768. PMID  26000487.
  22. ^ Cheow LF, Courtois ET, Tan Y, Viswanathan R, Xing Q, Tan RZ a kol. (Říjen 2016). „Jednobuněčné multimodální profilování odhaluje buněčnou epigenetickou heterogenitu“. Přírodní metody. 13 (10): 833–6. doi:10.1038 / nmeth.3961. PMID  27525975. S2CID  3531201.
  23. ^ Hou Y, Guo H, Cao C, Li X, Hu B, Zhu P a kol. (Březen 2016). „Jednobuněčné tříkomikové sekvenování odhaluje genetickou, epigenetickou a transkriptomickou heterogenitu v hepatocelulárních karcinomech“. Cell Research. 26 (3): 304–19. doi:10.1038 / cr.2016.23. PMC  4783472. PMID  26902283.
  24. ^ Angermueller C, Clark SJ, Lee HJ, Macaulay IC, Teng MJ, Hu TX a kol. (Březen 2016). „Paralelní jednobuněčné sekvenování spojuje transkripční a epigenetickou heterogenitu“. Přírodní metody. 13 (3): 229–232. doi:10.1038 / nmeth.3728. PMC  4770512. PMID  26752769.
  25. ^ Frei AP, Bava FA, Zunder ER, Hsieh EW, Chen SY, Nolan GP, ​​Gherardini PF (březen 2016). „Vysoce multiplexovaná simultánní detekce RNA a proteinů v jednotlivých buňkách“. Přírodní metody. 13 (3): 269–75. doi:10.1038 / nmeth.3742. PMC  4767631. PMID  26808670.
  26. ^ Genshaft AS, Li S, Gallant CJ, Darmanis S, Prakadan SM, Ziegler CG, et al. (Září 2016). „Multiplexované, cílené profilování jednobuněčných proteomů a transkriptomů v jedné reakci“. Genome Biology. 17 (1): 188. doi:10.1186 / s13059-016-1045-6. PMC  5027636. PMID  27640647.
  27. ^ Darmanis S, Sloan SA, Croote D, Mignardi M, Chernikova S, Samghababi P a kol. (Říjen 2017). „Jednobuněčná RNA-Seq analýza infiltrujících neoplastických buněk na migrující frontě lidského glioblastomu“. Zprávy buněk. 21 (5): 1399–1410. doi:10.1016 / j.celrep.2017.10.030. PMC  5810554. PMID  29091775.
  28. ^ Jaitin DA, Weiner A, Yofe I, Lara-Astiaso D, Keren-Shaul H, David E a kol. (Prosinec 2016). „Disekční imunitní obvody propojením obrazovek sdružených s CRISPR s jednobuněčným RNA-Seq“. Buňka. 167 (7): 1883–1896.e15. doi:10.1016 / j.cell.2016.11.039. PMID  27984734.
  29. ^ Raj B, Wagner DE, McKenna A, Pandey S, Klein AM, Shendure J a kol. (Červen 2018). „Simultánní jednobuněčný profil linií a typů buněk v mozku obratlovců“. Přírodní biotechnologie. 36 (5): 442–450. doi:10.1038 / nbt.4103. PMC  5938111. PMID  29608178.
  30. ^ Hashimshony T, Senderovich N, Avital G, Klochendler A, de Leeuw Y, Anavy L a kol. (Duben 2016). „CEL-Seq2: citlivý vysoce multiplexovaný jednobuněčný RNA-Seq“. Genome Biology. 17 (1): 77. doi:10.1186 / s13059-016-0938-8. PMC  4848782. PMID  27121950.
  31. ^ Hochgerner H, Lönnerberg P, Hodge R, Mikes J, Heskol A, Hubschle H a kol. (Listopad 2017). "STRT-seq-2i: duální index 5 'jedné buňky a jádra RNA-seq na adresovatelném poli mikrojamek". Vědecké zprávy. 7 (1): 16327. Bibcode:2017NatSR ... 716327H. doi:10.1038 / s41598-017-16546-4. PMC  5703850. PMID  29180631.
  32. ^ „Single Cell RNA-Seq“. 10x genomický.
  33. ^ „Technologie nCounter®“. Technologie NanoString.
  34. ^ "Fluidigm | Spotřební materiál | Jednobuněčná genová exprese". www.fluidigm.com.
  35. ^ Inc, WaferGen Bio-systems. „WaferGen prezentuje výsledky sekvenování jednobuněčných receptorů T-buněk pomocí jednobuněčného systému ICELL8 ™ na setkání jednobuněčných genomiků 2016“. www.prnewswire.com.
  36. ^ Datlinger P, Rendeiro AF, Schmidl C, Krausgruber T, Traxler P, Klughammer J a kol. (Březen 2017). „Společný screening CRISPR s odečtem transkriptomu z jedné buňky“. Přírodní metody. 14 (3): 297–301. doi:10.1038 / nmeth.4177. PMC  5334791. PMID  28099430.
  37. ^ Lan F, Demaree B, Ahmed N, Abate AR (červenec 2017). „Sekvenování genomu jedné buňky při ultravysokém výkonu s čárovým kódováním pomocí mikrofluidních kapiček“. Přírodní biotechnologie. 35 (7): 640–646. doi:10.1038 / nbt.3880. PMC  5531050. PMID  28553940.
  38. ^ Bagnoli JW, Ziegenhain C, Janjic A, Wange LE, Vieth B, Parekh S a kol. (18. října 2017). "mcSCRB-seq: citlivé a výkonné sekvenování jednobuněčné RNA". bioRxiv: 188367. doi:10.1101/188367.
  39. ^ Cadwell CR, Sandberg R, Jiang X, Tolias AS (červenec 2017). „Q&A: using Patch-seq to profile single cells“. Biologie BMC. 15 (1): 58. doi:10.1186 / s12915-017-0396-0. PMC  5499043. PMID  28679385.
  40. ^ Chen J, Suo S, Tam PP, Han JJ, Peng G, Jing N (březen 2017). "Prostorová transkriptomická analýza vzorků kryosekovaných tkání pomocí Geo-seq". Přírodní protokoly. 12 (3): 566–580. doi:10.1038 / nprot.2017.003. PMID  28207000.
  41. ^ Pott S (červen 2017). Ren B (ed.). „Simultánní měření dostupnosti chromatinu, methylace DNA a fázování nukleosomů v jednotlivých buňkách“. eLife. 6: e23203. doi:10,7554 / eLife.23203. PMC  5487215. PMID  28653622.
  42. ^ Guo F, Li L, Li J, Wu X, Hu B, Zhu P a kol. (Srpen 2017). „Single-cell multi-omics sekvenování myších časných embryí a embryonálních kmenových buněk“. Cell Research. 27 (8): 967–988. doi:10.1038 / cr.2017.82. PMC  5539349. PMID  28621329.
  43. ^ Skene PJ, Henikoff S (leden 2017). Reinberg D (ed.). „Efektivní cílená nukleázová strategie pro mapování vazebných míst DNA ve vysokém rozlišení“. eLife. 6: e21856. doi:10,7554 / eLife.21856. PMC  5310842. PMID  28079019.
  44. ^ Sheng K, Cao W, Niu Y, Deng Q, Zong C (březen 2017). "Efektivní detekce variace v jednobuněčných transkriptomech pomocí MATQ-seq". Přírodní metody. 14 (3): 267–270. doi:10,1038 / nmeth.4145. PMID  28092691. S2CID  582788.
  45. ^ Sasagawa Y, Danno H, Takada H, Ebisawa M, Tanaka K, Hayashi T a kol. (Březen 2018). „Quartz-Seq2: vysoce výkonná jednobuněčná metoda sekvenování RNA, která efektivně využívá omezené čtení sekvencí“. Genome Biology. 19 (1): 29. doi:10.1186 / s13059-018-1407-3. PMC  5845169. PMID  29523163.
  46. ^ Gierahn TM, Wadsworth MH, Hughes TK, Bryson BD, Butler A, Satija R a kol. (Duben 2017). „Seq-Well: přenosné a levné sekvenování RNA jednotlivých buněk při vysoké propustnosti“. Přírodní metody. 14 (4): 395–398. doi:10.1038 / nmeth.4179. hdl:1721.1/113430. PMC  5376227. PMID  28192419.
  47. ^ Habib N, Avraham-Davidi I, Basu A, Burks T, Shekhar K, Hofree M a kol. (Říjen 2017). "Masivně paralelní jednojádrový RNA-seq s DroNc-seq". Přírodní metody. 14 (10): 955–958. doi:10.1038 / nmeth.4407. PMC  5623139. PMID  28846088.
  48. ^ Cao J, Packer JS, Ramani V, Cusanovich DA, Huynh C, Daza R a kol. (Srpen 2017). „Komplexní transkripční profilování mnohobuněčného organismu v jedné buňce“. Věda. 357 (6352): 661–667. Bibcode:2017Sci ... 357..661C. doi:10.1126 / science.aam8940. PMC  5894354. PMID  28818938.
  49. ^ https://www.10xgenomics.com/solutions/single-cell-atac/
  50. ^ https://www.10xgenomics.com/solutions/vdj/
  51. ^ Argelaguet R, Mohammed H, Clark SJ, Stapel LC, Krueger C, Kapourani C a kol. (13. ledna 2019). „Single-cell multi-omics profilování odhaluje hierarchickou epigenetickou krajinu během specifikace vrstvy savčích zárodků“. bioRxiv: 519207. doi:10.1101/519207.
  52. ^ Rosenberg AB, Roco CM, Muscat RA, Kuchina A, Sample P, Yao Z a kol. (Duben 2018). „Jednobuněčné profilování vyvíjejícího se mozku a míchy myší pomocí čárového kódu s děleným fondem“. Věda. 360 (6385): 176–182. Bibcode:2018Sci ... 360..176R. doi:10.1126 / science.aam8999. PMID  29545511.
  53. ^ Stoeckius M, Hafemeister C, Stephenson W, Houck-Loomis B, Chattopadhyay PK, Swerdlow H a kol. (Září 2017). „Simultánní měření epitopu a transkriptomu v jednotlivých buňkách“. Přírodní metody. 14 (9): 865–868. doi:10.1038 / nmeth.4380. PMC  5669064. PMID  28759029.
  54. ^ Lai B, Gao W, Cui K, Xie W, Tang Q, Jin W a kol. (Říjen 2018). "Principy organizace nukleosomů odhalené sekvenováním jednobuněčné mikrokokokové nukleázy". Příroda. 562 (7726): 281–285. Bibcode:2018Natur.562..281L. doi:10.1038 / s41586-018-0567-3. PMID  30258225. S2CID  52841785.
  55. ^ Nam AS, Kim K, Chaligne R, Izzo F, Ang C, Abu-Zeinah G a kol. (16. října 2018). „Vysokokapacitní kapilární jednobuněčné genotypování transkriptomů (GoT) odhaluje závislost buněčné identity na dopadu somatických mutací“. bioRxiv: 444687. doi:10.1101/444687.
  56. ^ Spanjaard B, Hu B, Mitic N, Olivares-Chauvet P, Janjuha S, Ninov N, Junker JP (červen 2018). „Simultánní sledování linie a identifikace buněčného typu pomocí genetických jizev vyvolaných CRISPR-Cas9“. Přírodní biotechnologie. 36 (5): 469–473. doi:10,1038 / nbt.4124. PMC  5942543. PMID  29644996.
  57. ^ Wagner DE, Weinreb C, Collins ZM, Briggs JA, Megason SG, Klein AM (červen 2018). „Jednobuněčné mapování krajiny a linie genové exprese v embryu zebrafish“. Věda. 360 (6392): 981–987. Bibcode:2018Sci ... 360..981W. doi:10.1126 / science.aar4362. PMC  6083445. PMID  29700229.
  58. ^ Guo C, Kong W, Kamimoto K, Rivera-Gonzalez GC, Yang X, Kirita Y, Morris SA (květen 2019). „CellTag Indexing: genetické čárové kódy založené na multiplexování vzorků pro jednobuněčnou genomiku“. Genome Biology. 20 (1): 90. doi:10.1186 / s13059-019-1699-r. PMC  6509836. PMID  31072405.
  59. ^ Alemany A, Florescu M, Baron CS, Peterson-Maduro J, van Oudenaarden A (duben 2018). "Trasování klonů celého organismu pomocí sekvenování jednotlivých buněk". Příroda. 556 (7699): 108–112. Bibcode:2018Natur.556..108A. doi:10.1038 / příroda25969. PMID  29590089. S2CID  4633026.
  60. ^ A b „Nadia Instrument“. Dolomit Bio.
  61. ^ Lai B, Tang Q, Jin W, Hu G, Wangsa D, Cui K a kol. (Září 2018). „Trac-looping měří strukturu genomu a dostupnost chromatinu“. Přírodní metody. 15 (9): 741–747. doi:10.1038 / s41592-018-0107-r. PMC  7212307. PMID  30150754.
  62. ^ Rubin AJ, Parker KR, Satpathy AT, Qi Y, Wu B, Ong AJ a kol. (Leden 2019). „Spojený jednobuněčný screening CRISPR a epigenomické profilování odhaluje regulační sítě kauzálního genu“. Buňka. 176 (1–2): 361–376.e17. doi:10.1016 / j.cell.2018.11.022. PMC  6329648. PMID  30580963.
  63. ^ Karemaker ID, Vermeulen M (září 2018). "Profilování jednobuněčné methylace DNA: technologie a biologické aplikace". Trendy v biotechnologii. 36 (9): 952–965. doi:10.1016 / j.tibtech.2018.04.002. PMID  29724495.
  64. ^ de Wit E (květen 2017). "Zachycení heterogenity: jednobuněčné struktury 3D genomu". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 24 (5): 437–438. doi:10.1038 / nsmb.3404. PMID  28471429. S2CID  5132000.
  65. ^ Kang HM, Subramaniam M, Targ S, Nguyen M, Maliskova L, McCarthy E a kol. (Leden 2018). „Multiplexované kapkové jednobuněčné RNA sekvenování pomocí přirozené genetické variace“. Přírodní biotechnologie. 36 (1): 89–94. doi:10,1038 / nbt.4042. PMC  5784859. PMID  29227470.
  66. ^ Cao J, Cusanovich DA, Ramani V, Aghamirzaie D, Pliner HA, Hill AJ a kol. (Září 2018). "Společné profilování dostupnosti chromatinu a genové exprese v tisících jednotlivých buněk". Věda. 361 (6409): 1380–1385. Bibcode:2018Sci ... 361.1380C. doi:10.1126 / science.aau0730. PMC  6571013. PMID  30166440.
  67. ^ Kouno T, Moody J, Kwon AT, Shibayama Y, Kato S, Huang Y a kol. (Leden 2019). „C1 CAGE detekuje počáteční místa transkripce a aktivitu zesilovače při rozlišení jedné buňky“. Příroda komunikace. 10 (1): 360. Bibcode:2019NatCo..10..360K. doi:10.1038 / s41467-018-08126-5. PMC  6341120. PMID  30664627.
  68. ^ Wang N, Zheng J, Chen Z, Liu Y, Dura B, Kwak M a kol. (Leden 2019). „Jednobuněčné společné sekvenování mikroRNA-mRNA odhaluje negenetickou heterogenitu a mechanismy regulace mikroRNA“. Příroda komunikace. 10 (1): 95. Bibcode:2019NatCo..10 ... 95W. doi:10.1038 / s41467-018-07981-6. PMC  6327095. PMID  30626865.
  69. ^ Liu L, Liu C, Quintero A, Wu L, Yuan Y, Wang M a kol. (Leden 2019). „Dekonvoluce jednobuněčných multi-omických vrstev odhaluje regulační heterogenitu“. Příroda komunikace. 10 (1): 470. Bibcode:2019NatCo..10..470L. doi:10.1038 / s41467-018-08205-7. PMC  6349937. PMID  30692544.
  70. ^ Corporation, Fluidigm (31. ledna 2019). „Fluidigm představuje REAP-Seq pro jednobuněčnou analýzu Multi-Omic na C1“. GlobeNewswire News Room.
  71. ^ Moudgil A, Wilkinson MN, Chen X, He J, Cammack AJ, Vasek MJ a kol. (1. února 2019). „Transpozony s vlastním hlášením umožňují současné odečítání genové exprese a vazby transkripčního faktoru v jednotlivých buňkách“. bioRxiv: 538553. doi:10.1101/538553. PMID  32710817.
  72. ^ Nadal-Ribelles M, Islam S, Wei W, Latorre P, Nguyen M, de Nadal E a kol. (Duben 2019). „Citlivá vysoce výkonná jednobuněčná sekvence RNA odhaluje korelační transkripční korelace v populacích kvasinek“. Přírodní mikrobiologie. 4 (4): 683–692. doi:10.1038 / s41564-018-0346-9. PMC  6433287. PMID  30718850.
  73. ^ Rodriguez-Meira A, Buck G, Clark SA, Povinelli BJ, Alcolea V, Louka E a kol. (Březen 2019). „Odhalení intratumorální heterogenity pomocí vysoce citlivé jednobuněčné mutační analýzy a paralelního sekvenování RNA“. Molekulární buňka. 73 (6): 1292–1305.e8. doi:10.1016 / j.molcel.2019.01.009. PMC  6436961. PMID  30765193.
  74. ^ McGinnis CS, Patterson DM, Winkler J, Conrad DN, Hein MY, Srivastava V, et al. (Červenec 2019). „MULTI-seq: multiplexování vzorků pro sekvenování jednobuněčné RNA pomocí indexů označených lipidy“. Přírodní metody. 16 (7): 619–626. doi:10.1038 / s41592-019-0433-8. PMC  6837808. PMID  31209384.
  75. ^ Gaublomme JT, Li B, McCabe C, Knecht A, Yang Y, Drokhlyansky E a kol. (Červenec 2019). „Nukleární multiplexování s čárovými kódy protilátek pro jednojadernou genomiku“. Příroda komunikace. 10 (1): 2907. Bibcode:2019NatCo..10.2907G. doi:10.1038 / s41467-019-10756-2. PMC  6606589. PMID  31266958.
  76. ^ "Atlas myší myši". oncoscape.v3.sttrcancer.org.
  77. ^ Li X, Chen L, Zhang Q, Sun Y, Li Q, Yan J (březen 2019). „BRIF-Seq: Náhodně integrované sekvenování fragmentů převedených na hydrogensiřičitany na úrovni jednotlivých buněk“. Molekulární rostlina. 12 (3): 438–446. doi:10.1016 / j.molp.2019.01.004. PMID  30639749.
  78. ^ Rodriques SG, Stickels RR, Goeva A, Martin CA, Murray E, Vanderburg CR a kol. (Březen 2019). „Slide-seq: Škálovatelná technologie pro měření exprese v celém genomu při vysokém prostorovém rozlišení“. Věda. 363 (6434): 1463–1467. Bibcode:2019Sci ... 363.1463R. doi:10.1126 / science.aaw1219. PMC  6927209. PMID  30923225.
  79. ^ Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG a kol. (Duben 2019). „CUT & Tag pro efektivní epigenomické profilování malých vzorků a jednotlivých buněk“. Příroda komunikace. 10 (1): 1930. Bibcode:2019NatCo..10.1930K. doi:10.1038 / s41467-019-09982-5. PMC  6488672. PMID  31036827.
  80. ^ Biddy, Brent A. (7. března 2019). "Jednobuněčné mapování linie a identity pomocí CellTagging". Protocols.io. doi:10.17504 / protocols.io.yxifxke.
  81. ^ Saikia M, Burnham P, Keshavjee SH, Wang MF, Heyang M, Moral-Lopez P a kol. (Leden 2019). „Simultánní multiplexované sekvenování amplikonů a profilování transkriptomů v jednotlivých buňkách“. Přírodní metody. 16 (1): 59–62. doi:10.1038 / s41592-018-0259-9. PMC  6378878. PMID  30559431.
  82. ^ Rooijers K, Markodimitraki CM, Rang FJ, de Vries SS, Chialastri A, de Luca KL a kol. (Červenec 2019). „Simultánní kvantifikace kontaktů a transkriptomů protein-DNA v jednotlivých buňkách“. Přírodní biotechnologie. 37 (7): 766–772. doi:10.1038 / s41587-019-0150-r. PMC  6609448. PMID  31209373.
  83. ^ Carter B, Ku WL, Kang JY, Hu G, Perrie J, Tang Q, Zhao K (srpen 2019). "Mapování modifikací histonů v nízkém počtu buněk a jednotlivých buňkách pomocí značení chromatinu naváděného protilátkou (ACT-seq)". Příroda komunikace. 10 (1): 3747. Bibcode:2019NatCo..10.3747C. doi:10.1038 / s41467-019-11559-1. PMC  6702168. PMID  31431618.
  84. ^ Ramani V, Deng X, Qiu R, Lee C, Disteche CM, Noble WS a kol. (Září 2019). „Sci-Hi-C: jednobuněčná metoda Hi-C pro mapování organizace 3D genomu ve velkém počtu jednotlivých buněk“. Metody. 170: 61–68. doi:10.1016 / j.ymeth.2019.09.012. PMC  6949367. PMID  31536770.
  85. ^ Rodriques SG, Stickels RR, Goeva A, Martin CA, Murray E, Vanderburg CR a kol. (Březen 2019). „Slide-seq: Škálovatelná technologie pro měření exprese v celém genomu při vysokém prostorovém rozlišení“. Věda. 363 (6434): 1463–1467. Bibcode:2019Sci ... 363.1463R. doi:10.1126 / science.aaw1219. PMC  6927209. PMID  30923225.
  86. ^ Biočanin M, Bues J, Dainese R, Amstad E, Deplancke B (duben 2019). „Zjednodušený pracovní postup Drop-seq s minimalizací ztráty perliček pomocí zachycení perel a zpracování mikrofluidního čipu“. Laboratoř na čipu. 19 (9): 1610–1620. doi:10.1039 / C9LC00014C. PMID  30920557.
  87. ^ Ku WL, Nakamura K, Gao W, Cui K, Hu G, Tang Q a kol. (Duben 2019). "Sekvenování jednobuněčného imunocleavage chromatinu (scChIC-seq) pro profilování modifikace histonu". Přírodní metody. 16 (4): 323–325. doi:10.1038 / s41592-019-0361-7. PMC  7187538. PMID  30923384.
  88. ^ Tan L, Xing D, Daley N, Xie XS (duben 2019). "Trojrozměrné genomové struktury jednotlivých senzorických neuronů v myších vizuálních a čichových systémech". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 26 (4): 297–307. doi:10.1038 / s41594-019-0205-2. PMID  30936528. S2CID  89616808.
  89. ^ Wang Q, Xiong H, Ai S, Yu X, Liu Y, Zhang J, He A (říjen 2019). "CoBATCH pro vysoce výkonné jednobuněčné epigenomické profilování". Molekulární buňka. 76 (1): 206–216.e7. doi:10.1016 / j.molcel.2019.07.015. PMID  31471188.
  90. ^ Luginbühl J, Kouno T, Nakano R, Chater TE, Sivaraman DM, Kishima M a kol. (5. dubna 2019). „Dekódování neuronální diverzity jednobuněčným Convert-seq. bioRxiv: 600239. doi:10.1101/600239.
  91. ^ A b Lareau CA, Duarte FM, Chew JG, Kartha VK, Burkett ZD, Kohlway AS a kol. (Srpen 2019). "Dropletově založené kombinatorické indexování pro rozsáhlou dostupnost jednobuněčného chromatinu". Přírodní biotechnologie. 37 (8): 916–924. doi:10.1038 / s41587-019-0147-6. PMID  31235917. S2CID  195329871.
  92. ^ Mimitou EP, Cheng A, Montalbano A, Hao S, Stoeckius M, Legut M a kol. (Květen 2019). „Multiplexovaná detekce proteinů, transkriptomů, klonotypů a poruch CRISPR v jednotlivých buňkách“. Přírodní metody. 16 (5): 409–412. doi:10.1038 / s41592-019-0392-0. PMC  6557128. PMID  31011186.
  93. ^ Zhu C, Gao Y, Peng J, Tang F, Yi C (1. ledna 2019). "Single-Cell 5fC Sequencing". Metody jedné buňky. Metody v molekulární biologii. 1979. Clifton, N.J. str. 251–267. doi:10.1007/978-1-4939-9240-9_16. ISBN  978-1-4939-9239-3. PMID  31028643.
  94. ^ Russell AB, Elshina E, Kowalsky JR, Te Velthuis AJ, Bloom JD (červenec 2019). „Jednobuněčné virové sekvence chřipkových infekcí, které vyvolávají vrozenou imunitu“. Journal of Virology. 93 (14). doi:10.1128 / JVI.00500-19. PMC  6600203. PMID  31068418.
  95. ^ Keren-Shaul H, Kenigsberg E, Jaitin DA, David E, Paul F, Tanay A, Amit I (červen 2019). „MARS-seq2.0: experimentální a analytické potrubí pro indexované třídění kombinované s jednobuněčným sekvenováním RNA“. Přírodní protokoly. 14 (6): 1841–1862. doi:10.1038 / s41596-019-0164-4. PMID  31101904. S2CID  156055842.
  96. ^ Lee I, Razaghi R, Gilpatrick T, Molnar M, Sadowski N, Simpson JT, et al. (2. února 2019). "Simultánní profilování dostupnosti chromatinu a methylace na lidských buněčných liniích s nanopórovým sekvenováním". bioRxiv: 504993. doi:10.1101/504993.
  97. ^ Wang Y, Wang A, Liu Z, Thurman AL, Powers LS, Zou M a kol. (Srpen 2019). „Jednomolekulární sekvenování s dlouhým čtením odhaluje chromatinový základ genové exprese“. Výzkum genomu. 29 (8): 1329–1342. doi:10,1101 / gr.251116.119. PMC  6673713. PMID  31201211.
  98. ^ Shipony Z, Marinov GK, Swaffer MP, Sinott-Armstrong NA, Skotheim JM, Kundaje A a kol. (22. prosince 2018). "Long-range single-molecule mapping of chromatin accessibility in eukaryotes". bioRxiv. 17 (3): 319–327. doi:10.1101/504662. PMID  32042188.
  99. ^ Boersma S, Khuperkar D, Verhagen BM, Sonneveld S, Grimm JB, Lavis LD, Tanenbaum ME (červenec 2019). „Vícebarevné zobrazování jedné molekuly odkrývá rozsáhlou heterogenitu v dekódování mRNA“. Buňka. 178 (2): 458–472.e19. doi:10.1016 / j.cell.2019.05.001. PMC  6630898. PMID  31178119.
  100. ^ Specht H, Emmott E, Koller T, Slavov N ​​(9. června 2019). „Vysoce výkonná jednobuněčná proteomika kvantifikuje vznik heterogenity makrofágů“. bioRxiv: 665307. doi:10.1101/665307.
  101. ^ Cao J, Zhou W, Steemers F, Trapnell C, Shendure J (11. června 2019). „Charakterizace časové dynamiky genové exprese v jednotlivých buňkách s vědeckým osudem“. bioRxiv: 666081. doi:10.1101/666081.
  102. ^ Altemose N, Maslan A, Lai A, White JA, Streets AM (18. července 2019). „μDamID: mikrofluidní přístup pro zobrazování a sekvenování interakcí protein-DNA v jednotlivých buňkách“. bioRxiv: 706903. doi:10.1101/706903.
  103. ^ Li G, Liu Y, Zhang Y, Kubo N, Yu M, Fang R a kol. (Říjen 2019). "Společné profilování DNA methylace a chromatinové architektury v jednotlivých buňkách". Přírodní metody. 16 (10): 991–993. doi:10.1038 / s41592-019-0502-z. PMC  6765429. PMID  31384045.
  104. ^ Singh M, Al-Eryani G, Carswell S, Ferguson JM, Blackburn J, Barton K a kol. (Červenec 2019). „Vysoce výkonné cílené dlouho čitelné sekvenování jedné buňky odhaluje klonální a transkripční krajinu lymfocytů“. Příroda komunikace. 10 (1): 3120. Bibcode:2019NatCo..10.3120S. doi:10.1038 / s41467-019-11049-4. PMC  6635368. PMID  31311926.
  105. ^ Zhu C, Yu M, Huang H, Juric I, Abnousi A, Hu R a kol. (Listopad 2019). „Metoda ultra vysoké propustnosti pro jednobuněčnou kloubní analýzu otevřeného chromatinu a transkriptomu“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 26 (11): 1063–1070. doi:10.1038 / s41594-019-0323-x. PMC  7231560. PMID  31695190.
  106. ^ Cole C, Byrne A, Beaudin AE, Forsberg EC, Vollmers C (červen 2018). „Tn5Prime, metoda 5 'zachycení založená na Tn5 pro jednobuněčnou RNA-sekvenci“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (10): e62. doi:10.1093 / nar / gky182. PMC  6007450. PMID  29548006.
  107. ^ Schon MA, Kellner MJ, Plotnikova A, Hofmann F, Nodine MD (prosinec 2018). „NanoPARE: paralelní analýza RNA 5 'končí od RNA s nízkým vstupem“. Výzkum genomu. 28 (12): 1931–1942. doi:10,1101 / gr.239202.118. PMC  6280765. PMID  30355603.
  108. ^ Uzbas F, Opperer F, Sönmezer C, Shaposhnikov D, Sass S, Krendl C a kol. (Srpen 2019). „BART-Seq: nákladově efektivní masivně paralelizované cílené sekvenování pro genomiku, transkriptomiku a analýzu jednotlivých buněk“. Genome Biology. 20 (1): 155. doi:10.1186 / s13059-019-1748-6. PMC  6683345. PMID  31387612.
  109. ^ Rooijers K, Markodimitraki CM, Rang FJ, de Vries SS, Chialastri A, de Luca KL a kol. (Červenec 2019). „Simultánní kvantifikace kontaktů a transkriptomů protein-DNA v jednotlivých buňkách“. Přírodní biotechnologie. 37 (7): 766–772. doi:10.1038 / s41587-019-0150-r. PMC  6609448. PMID  31209373.
  110. ^ Ai S, Xiong H, Li CC, Luo Y, Shi Q, Liu Y a kol. (Září 2019). "Profilování stavů chromatinu pomocí jednobuněčného itChIP-seq". Přírodní buněčná biologie. 21 (9): 1164–1172. doi:10.1038 / s41556-019-0383-5. PMID  31481796. S2CID  201815293.
  111. ^ Chen S, Lake BB, Zhang K (prosinec 2019). "Vysoce výkonné sekvenování transkriptomu a dostupnosti chromatinu ve stejné buňce". Přírodní biotechnologie. 37 (12): 1452–1457. doi:10.1038 / s41587-019-0290-0. PMC  6893138. PMID  31611697.
  112. ^ Xing QR, Farran CE, Yi Y, Warrier T, Gautam P, Collins JJ a kol. (4. listopadu 2019). „Paralelní bimodální jednobuněčné sekvenování transkriptomu a dostupnosti chromatinu“. bioRxiv: 829960. doi:10.1101/829960. PMID  32699019.
  113. ^ Srivatsan SR, McFaline-Figueroa JL, Ramani V, Saunders L, Cao J, Packer J a kol. (Prosinec 2019). „Masivně multiplexní chemická transkriptomika při rozlišení jedné buňky“. Věda. 367 (6473): 45–51. doi:10.1126 / science.aax6234. PMC  7289078. PMID  31806696.
  114. ^ McFarland JM, Paolella BR, Warren A, Geiger-Schuller K, Shibue T, Rothberg M a kol. (8. prosince 2019). „Multiplexované jednobuněčné profilování poporuchových transkripčních odpovědí k definování zranitelnosti rakoviny a terapeutického mechanismu účinku. bioRxiv: 868752. doi:10.1101/868752.
  115. ^ Kuchina A, Brettner LM, Paleologu L, Roco CM, Rosenberg AB, Carignano A, et al. (11. prosince 2019). „Mikrobiální jednobuněčné RNA sekvenování pomocí čárových kódů split-pool“. bioRxiv: 869248. doi:10.1101/869248.
  116. ^ Liu Y, Nie H, Liu H, Lu F (listopad 2019). „Poly (A) včetně sekvenování izoforem RNA (PAIso-seq) odhaluje široce rozšířené neadenosinové zbytky uvnitř RNA poly (A) ocasů“. Příroda komunikace. 10 (1): 5292. Bibcode:2019NatCo..10.5292L. doi:10.1038 / s41467-019-13228-9. PMC  6876564. PMID  31757970.
  117. ^ Amamoto R, Zuccaro E, Curry NC, Khurana S, Chen HH, Cepko CL, Arlotta P (listopad 2019). „FIN-Seq: transkripční profilování specifických typů buněk ze zmrazené archivované tkáně lidského centrálního nervového systému“. Výzkum nukleových kyselin. 48 (1): e4. doi:10.1093 / nar / gkz968. PMC  7145626. PMID  31728515.
  118. ^ Setliff I, Shiakolas AR, Pilewski KA, Murji AA, Mapengo RE, Janowska K a kol. (Prosinec 2019). „High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity“. Buňka. 179 (7): 1636–1646.e15. doi:10.1016 / j.cell.2019.11.003. PMC  7158953. PMID  31787378.
  119. ^ Datlinger P, Rendeiro AF, Boenke T, Krausgruber T, Barreca D, Bock C (18. prosince 2019). „Ultra-high throughput single-cell RNA sequencing by combineatorial fluidic indexing“. bioRxiv: 2019.12.17.879304. doi:10.1101/2019.12.17.879304.