Seznam markerů Y-STR - List of Y-STR markers

Následující seznam Y-STR markery se běžně používají v forenzní[1] a genealogické testování DNA.

DYS454 je nejméně různorodá značka s více kopiemi DYS464 je nejrozmanitější Y-STR popisovač.

Poloha na chromozomu Y očíslovaných markerů Y-STR může být zhruba dána cytogenetická lokalizace. Například DYS449 je umístěn na Yp11.2 - což znamená Y-chromozom, drobné rameno, pásmo 1, dílčí pásmo 1, dílčí dílčí pásmo 2 - DYS449.[2]

Forenzní Laboratoře obvykle používají soupravy PowerPlex Y (Promega Corporation) a Yfiler (Applied Biosystems), které zkoumají 12 nebo 17 Y-STR. Genealogický test DNA laboratoře zkoumají až 442 Y-STR.

Míra mutace

Míry mutací jsou ty za generaci, jak se odhaduje v Chandler (2006).[3] Citované odhadované chyby jsou obvykle +/- 15-20%. Alternativní odhady (pro forenzní použití, proto nejsou pokryty všechny markery) ze sledovaných rodokmenů jsou také k dispozici na internetu Referenční databáze chromozomů haplotypu.

Ukazuje se, že některé trinukleotidové markery mohou mít při některých délkách opakování mnohem vyšší rychlost mutace než u jiných. Například variace trinukleotidu DYS388 je ve většině haploskupin obecně velmi pomalá, když nabývá hodnot 11-13. Ale zdá se, že existuje mnohem větší variace a rychlejší mutace Haploskupina J, kde má obvykle hodnoty 14–18. Podobně se uvádí, že trinukleotid DYS392 je „rychlý“ v haploskupinách N a Q, kde nabývá hodnot 14-16, které jsou v jiných skupinách vzácné.[4]

Značky Y-STR

STRpoznámkySekvence DNA opakovat motivalelyrychlost mutaceOdkazy
DYS19 = 14viz DYS394————
DYS385DYS385 je značka pro více kopií a zahrnuje DYS385a a DYS385b. Pořadí DYS385a a DYS385b může být obráceno, jejich sekvence se označuje jako Kittlerovo pořadí.GAAA13-180.00226Informační list NIST
DYS388ATT170.00022 [5]
DYS389DYS389 je značka pro více kopií a zahrnuje DYS389i a DYS389ii. DYS389ii označuje celkovou délku DYS389. Pokud tedy v DYS389i existuje jednostupňová mutace, objeví se také v DYS389ii.(TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA)i: 13

ii: 30

0.00186, 0.00242Informační list NIST
DYS390(TCTA) (TCTG)230.00311Informační list NIST
DYS391TCTA110.00265Informační list NIST
DYS392TAT110.00052 [5]Informační list NIST
DYS393DYS393 je také známý jako DYS395.AGAT120.00076Informační list NIST
DYS394DYS394 je také známý jako DYS19.TAGA140.00151Informační list NIST
DYS413Nalezeno v palindromické oblasti Y DNA21-22
DYS425DYS425, je-li měřitelný, je velmi stabilní. Ve skutečnosti však jde o jednu kopii značky více dílů, DYF371 (níže), a jako takového recLOH díky mutacím je často neměřitelné, když jej ostatní kopie přepíší. Například je spojen s definujícím SNP pro I-M38 (I2a2a1a1; dříve I1b2a1), protože SNP M284 může u této značky vykreslit nulovou hodnotu. Většina členů E-M96 a sub-clades také vykreslují nulové hodnoty. Přesto to byl jeden z malého počtu značek původně nabízených společností Oxfordští předkové, a DNA rodokmenu později se rozhodl ji nabídnout také genealogům.TGT12[5]
DYS426GTT110.00009 [5]Informační list NIST
DYS434TAAT (CTAT)9Informační list NIST
DYS435TGGA

11

DYS436GTT12[5]
DYS437TCTA140.00099Informační list NIST
DYS438TTTTC100.00055Informační list NIST
DYS439DYS439 je také známý jako Y-GATA-A4. DYS439 je spojen s definujícím SNP pro haploskupinu R1b1c9a, protože SNP může u této značky vykreslit nulovou hodnotu.AGAT120.00477Informační list NIST
DYS441CCTT15Nový multiplexní systém PCR
DYS442TATC110.00324Nový multiplexní systém PCR
DYS443TTCC

0

DYS444TAGA11Nový multiplexní systém PCR
DYS445TTTA11Nový multiplexní systém PCR
DYS446TCTCT14Sorenson Marker Podrobnosti
DYS447TAAŽA260.00264Informační list NIST
DYS448AGAGAT200.00135Informační list NIST
DYS449TTTC250.00838Sorenson Marker Podrobnosti
DYS450TTTTA8
DYS452YATAC29
DYS453AAAT0
DYS454
DYS454 je nejméně se měnící marker Y-STR běžně používaný při genealogickém testování DNA. Z položek pro DYS454 na Ybase, 96% má 11 opakování, 3% má 10 opakování a 2% má 12 opakování (zdroj ).AAAT110.00016
DYS455AAAT110.00016Sorenson Marker Podrobnosti
DYS456AGAT140.00735Sorenson Marker Podrobnosti
DYS458GAAA180.00814Sorenson Marker Podrobnosti
DYS459Toto je značka pro více kopií a zahrnuje DYS459a a DYS459b.TAAA8-90.00132
DYS460DYS460 byl původně známý jako Y-GATA-A7.1.ATAG100.00402Informační list NIST
DYS461DYS461 byl původně známý jako Y-GATA-A7.2.(TAGA) CAGA11Informační list NIST
DYS462TATG11
DYS463AARGG22
DYS464
DYS464 je palindromický marker s více kopiemi. Muži mají obvykle čtyři kopie známé v takových případech jako DYS464a, DYS464b, DYS464c a DYS464d. Může existovat méně než čtyři kopie nebo více, které by v takových případech byly známé jako DYS464e, DYS464f atd. DYS464 je nejrozmanitější rozsah hodnot jakéhokoli markeru Y-STR (zdroj ). Tuto značku lze pro zvýšení rozlišení také někdy zadat pomocí samostatných typů g a typů c. Rozptyl typu je založen na SNP, který lze nalézt u většiny mužů haploskupin R1b. Je součástí palindromické oblasti Y DNACCTT12-14-16-170.00566Forenzní hodnota multikopy Y-STR markeru DYS464

Testování DYS464X
Nesrovnalosti DYS464

DYS481CTT26[5]
DYS485TTA15[5]
DYS487ATT13[5]
DYS490TTA12[5]
DYS494TAT9[5]
DYS495AAT15[5]
DYS497TAT15[5]
DYS50414
DYS505TCCT13
DYS508TATC0
DYS518AAAG0Komunikace NIST Sady
DYS520ATAS21
DYS522GATA13
DYS525TAGA10
DYS531AAAT11
DYS532CTTT10
DYS533ATCT11
DYS534CTTT15
DYS540TTAT11
DYS549AGAT13
DYS556AATA12
DYS557TTTC18
DYS565TAAA11
DYS570TTTC12-230.00790
DYS572AAAT12
DYS573TTTA0
DYS575AAAT8-12
DYS576AAAG170.01022
DYS578AAAT8
DYS589TTATT11
DYS590TTTTG8
DYS594TAAAA10
DYS607AAGG140.00411
DYS612
DYS614
DYS626AAAG
DYS627AAAG0Komunikace NIST Sady
DYS632KOCOUR8
DYS635Také známý jako Y-GATA-C4TSTA sloučenina210.0046Informační list NIST
DYS63611
DYS638TTTA11
DYS641TAAA10
DYS643CTTTT9
DYS71036
DYS71425
DYS716CCATT27
DYS71720
DYS724Palindromic; také známý jako CDY33-350.03531
DYS725Palindromický
DYS726Značka YSTR v pericentromerické oblasti.12
DYF371DYF371 je marker s více kopiemi, palindromickou oblastí. Zahrnuje značku DYS425 a může být informativní v případě nulových hodnot u této značky.12
DYF385S1Duplikovaný YSTR marker v těsné blízkosti DYS4598-9
DYF387S1 a / bRAAG0Komunikace NIST Sady
DYF397DYF397 je značka palindromické oblasti.
DYF399
Asymetrický lokus STR se třemi alelami, který lze použít k pozorování delecí a rekombinačních přeskupení v palindromické oblasti chromozomu Y.17-29 (mnoho neúplných alel)nomenklatura
DYF401DYF401 je značka palindromické oblasti.
DYF406S111
DYF408DYF408 je značka palindromické oblasti.
DYF411DYF411 je značka palindromické oblasti.
DXYS156
YCAIIYCAII je značka s více kopiemi, která zahrnuje YCAIIa a YCAIIb22-220.00123
Y-GATA-H4TAGA100.00208Informační list NIST
Y-GATA-C4viz DYS635
Y-GATA-A10TAGA14Informační list NIST
Y-GGAAT-1B0711

Názvy alel Y-STR

Společnosti nebo laboratoře pro testování DNA v určitých případech používají k označení stejné alely Y-STR různé nomenklatury. V těchto případech tedy musí být použita konverze k přesnému porovnání výsledků Y-STR získaných od různých společností. Nejběžnější nomenklatura je založena na pokynech poskytnutých NIST pro značky Y-STR historicky vykazované různými společnostmi odlišně. Standard NIST je návrhem ISOGG (International Society of Genetic Genealogy) pro společnosti zabývající se genetickou genealogií.[6][7]

Poznámky a odkazy

  1. ^ „Rozhovor s Johnem Butlerem a členy týmu projektu NIST Human Identity Project“. JoGG. Citováno 11. srpna 2012.
  2. ^ DYS449 v databázi GDB lidského genomu
  3. ^ Chandler (2006) (ale viz také toto diskuse o konferenci )
  4. ^ „Archiv GENEALOGY-DNA-L - rychlost mutace DYS 388?“. Archivovány od originál dne 03.10.2007. Citováno 2007-02-27.
  5. ^ A b C d E F G h i j k l Trinukleotid - viz # Mutační sazby
  6. ^ „Standardy značek“. Sorensonova nadace pro molekulární genealogii. Archivovány od originál dne 21. července 2012. Citováno 11. srpna 2012.
  7. ^ Matthiesen, Diana Gale (19. července 2011). „Převod výsledků testu Y-DNA STR mezi SMGF, AncestryDNA a FamilyTreeDNA“. Citováno 11. srpna 2012.

Viz také

externí odkazy