LSM3 - LSM3

LSM3
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3JCR
Identifikátory
Aliasy	LSM3, SMX4, USS2, YLR438C, LSM3 homolog, malá jaderná RNA spojená s U6 a degradace mRNA
Externí ID	OMIM: 607283 MGI: 1914928 HomoloGene: 6548 Genové karty: LSM3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 3 (lidský)
Konec	14,201,122 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• U6 snRNP; • cytosol; • Komplex Lsm1-7-Pat1; • katalytický krok 2 spliceosom; • P-tělo; • Komplex U4 / U6 x U5 tri-snRNP; • spliceosomální komplex; • prekatalytický spliceosom; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • Prekatalytický spliceosom typu U2; • Komplex Lsm2-8;
Biologický proces	• Zpracování mRNA; • sestava těla zpracování cytoplazmatické mRNA; • exonukleolytický nukleární transkribovaný katabolický proces mRNA zapojený do rozpadu závislého na deadenylaci; • Sestřih RNA; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • nukleárně transkribovaný katabolický proces mRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	27258
	67678
	ENSG00000170860
	ENSMUSG00000034192
	P62310
	P62311
	NM_014463
	NM_026309
	NP_055278
	NP_080585
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Sm-like protein LSm3 spojený s U6 snRNA je protein že u lidí je kódován LSM3 gen.^[4]^[5]

Funkce

Sm-podobné proteiny byly identifikovány v různých organismech na základě sekvenční homologie s rodinou proteinů Sm (viz SNRPD2; MIM 601061). Sm-podobné proteiny obsahují Sm sekvenční motiv, který se skládá ze 2 oblastí oddělených linkerem různé délky, který se skládá jako smyčka. Předpokládá se, že proteiny podobné Sm tvoří stabilní heteromer přítomný v částicích tri-snRNP, které jsou důležité pro sestřih pre-mRNA. [Dodáno společností OMIM]^[5]

Interakce

LSM3 bylo prokázáno komunikovat s LSM2^[6]^[7]^[8]^[9] a LSM10.^[6]^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000170860 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Séraphin B (červen 1999). „Sm a Sm podobné proteiny se shromažďují ve dvou souvisejících komplexech hlubokého evolučního původu“. Časopis EMBO. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093 / emboj / 18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.
^ ^A ^b "Entrez Gene: LSM3 LSM3 homolog, U6 spojená s malou jadernou RNA (S. cerevisiae)".
^ ^A ^b Lehner B, Sanderson CM (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Výzkum genomu. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
^ Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
^ ^A ^b Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E „Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.

Další čtení

Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Lührmann R (říjen 1999). „Heteromer lidského proteinu podobného Sm ve tvaru koblihy se váže na 3'-konec U6 snRNA, čímž usnadňuje tvorbu duplexu U4 / U6 in vitro“. Časopis EMBO. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093 / emboj / 18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.
Friesen WJ, Dreyfuss G (srpen 2000). „Specifické sekvence proteinů Sm a Sm-like (Lsm) zprostředkovávají jejich interakci s genovým produktem onemocnění spinální svalové atrofie (SMN)“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (34): 26370–5. doi:10,1074 / jbc.M003299200. PMID 10851237.
Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC, Vaughn JH, Chan EK (březen 2002). "Autoprotilátka proti hLSm4 a heptamernímu LSm komplexu v anti-Sm séru". Artritida a revmatismus. 46 (3): 726–34. doi:10.1002 / čl. 12220. PMID 11920408.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (duben 2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T (prosinec 2002). „Lidské proteiny LSm1-7 se kolokalizují s enzymy degradujícími mRNA Dcp1 / 2 a Xrnl v odlišných cytoplazmatických ložiscích.“. RNA. 8 (12): 1489–501. doi:10.1017 / S1355838202021726 (neaktivní 11. 10. 2020). PMC 1370355. PMID 12515382.CS1 maint: DOI neaktivní od října 2020 (odkaz)
Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
Lehner B, Sanderson CM (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Výzkum genomu. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E „Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.

Tento protein související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000170860 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10369684-4] Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Séraphin B (červen 1999). „Sm a Sm podobné proteiny se shromažďují ve dvou souvisejících komplexech hlubokého evolučního původu“. Časopis EMBO. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093 / emboj / 18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.

[entrez-5] A ^b "Entrez Gene: LSM3 LSM3 homolog, U6 spojená s malou jadernou RNA (S. cerevisiae)".

[pmid15231747-6] A ^b Lehner B, Sanderson CM (červenec 2004). „Rámec interakce proteinů pro degradaci lidské mRNA“. Výzkum genomu. 14 (7): 1315–23. doi:10,1101 / gr. 2122004. PMC 442147. PMID 15231747.

[pmid14667819-7] Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.

[pmid16189514-8] A ^b Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.

[pmid16169070-9] Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E „Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]