Líbání kmenové smyčky - Kissing stem-loop

Příklad RNA kmenové smyčky. Pokud má nyní druhá kmenová smyčka RNA komplementární sekvenci bází, mohou tyto dvě smyčky pár bází vést k líbací smyčce.
Tento animovaný GIF zobrazuje dvě smyčky RNA (oranžová a zelená), které se navzájem vážou ve struktuře zvané polibková smyčka. Dvě smyčky RNA interagují prostřednictvím interakcí stohování a prostřednictvím vodíkové vazby (interagující báze zobrazené v reprezentaci vyplňování prostoru).[1]

A líbání kmenové smyčkyInterakce líbání kmenové smyčky se tvoří v RNA, když dvě báze mezi dvěma vlásenky pár. Tyto intra- a intermolekulární interakce líbání jsou důležité při formování terciární nebo kvartérní struktury mnoha RNA.[2]

Interakce líbání RNA, také nazývané smyčka-smyčka pseudoknots, nastat, když nepárové nukleotidy v jedné vlásenkové smyčce, pár bází s nepárovými nukleotidy v jiné vlásenkové smyčce.[3] Když jsou vlásenkové smyčky umístěny na samostatných molekulách RNA, jejich intermolekulární interakce se nazývá polibkový komplex. Tyto interakce se obecně tvoří mezi kmenovými smyčkami. Byly však pozorovány stabilní komplexy obsahující pouze dva intermolekulárníWatson – Crick základní páry.[4][5]

Biologický význam

Molekuly kyseliny ribonukleové (RNA) plní svoji funkci v živých buňkách přijetím specifických a vysoce komplexních trojrozměrných struktur. Předpokládá se, že rekombinaci lze zahájit polibkovými smyčkami. Rekombinace je rozhodující pro úspěšný vývoj, zejména při adaptaci a přežití virů.[6][7]

Význam interakce líbání kmenových smyček u retrovirů

Retroviry jsou viry, které mají velmi podobnou strukturu, což jim umožňuje tiše replikovat uvnitř hostitele a udržovat je naživu, dokud není replikace dokončena a hostitel již není potřeba. Genomická RNA retrovirů je nekovalentně spojena se strukturou dimerové vazby (DLS), nekódující oblastí v 5 'UTR. Aby došlo k interakci líbací smyčky, existuje trojitá interakce, která zahrnuje 5'-lemující purin a 2 centralizované báze v komplementárním řetězci. Tato interakce se přepisuje v hlavní drážce dimeru líbací smyčky.[8]

Virus lidské imunodeficience (HIV ) je retrovirus, který lze přenášet prostřednictvím interakcí tělesných tekutin. Existují dva typy virů HIV, virus lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1 ) a virus lidské imunodeficience typu 2 (HIV-2 ). Ze dvou typů kmene viru lidské imunodeficience je HIV-1 nejběžnějším kmenem. RNA viru HIV-1 používá interakci líbající se kmenové smyčky jako prostředek rozpoznání, což je hlavní krok interakce iniciačního místa dimerizace (DIS) za vzniku duplexu. Pro studium interakce líbající se smyčky se smyčkou bylo vidět, že komplex replikačního iniciačního místa (DIS) byl nezbytný pro replikaci viru HIV typu 1 v eukaryotické buňce a jakákoli změna struktury kmenové smyčky snížila interakci dimerizace . Experimentálně bylo vidět, že in vivo mutace iniciačního místa dimerizace (DIS) brání dimerizaci komplexu DIS.[9]

Viz také

Reference

  1. ^ Upraveno ze stránky Proteopedia.
  2. ^ Forsdyke DR (září 1995). „Líbající se“ model „líbání“ s kmenovou smyčkou pro zahájení rekombinace a původ intronů “. Molekulární biologie a evoluce. 12 (5): 949–58. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040273. PMID  7476142.
  3. ^ Nowakowski J, Tinoco Jr I (1997). "Semin". Virologie. 8: 153–165. doi:10.1006 / smvy.1997.0118.
  4. ^ Kim CH, Tinoco I (srpen 2000). „Retrovirový RNA líbající komplex obsahující pouze dva páry bází G.C“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (17): 9396–401. doi:10.1073 / pnas.170283697. PMC  16875. PMID  10931958.
  5. ^ Andersen AA, Collins RA (červenec 2001). „Přeskupení intramolekulární sekundární struktury interakcí líbání ribozymu Neurospora VS“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (14): 7730–5. doi:10.1073 / pnas.141039198. PMC  35410. PMID  11427714.
  6. ^ Chen, Yu a Varani, Gabriele (červen 2010) RNA Structure. In: eLS. John Wiley & Sons Ltd, Chichester.
  7. ^ "Struktura RNA". Encyclopedia of Life Sciences. doi:10.1002 / 9780470015902.a0001339.pub2.
  8. ^ Paillart JC, Westhof E, Ehresmann C, Ehresmann B, Marquet R (červenec 1997). „Nekanonické interakce v komplexu líbací smyčky: místo zahájení dimerizace genomové RNA HIV-1“. Journal of Molecular Biology. 270 (1): 36–49. doi:10.1006 / jmbi.1997.1096. PMID  9231899.
  9. ^ Paillart JC, Skripkin E, Ehresmann B, Ehresmann C, Marquet R (květen 1996). Komplex „líbání“ smyčky-smyčky je podstatnou součástí dimerové vazby genomové HIV-1 RNA.. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 93 (11): 5572–7. doi:10.1073 / pnas.93.11.5572. JSTOR  39474. PMC  39288. PMID  8643617.

Další čtení

externí odkazy