Jingmenvirus - Jingmenvirus
Jingmenvirus | |
---|---|
Klasifikace virů ![]() | |
(bez hodnocení): | Virus |
Oblast: | Riboviria |
Království: | Orthornavirae |
Kmen: | Kitrinoviricota |
Třída: | Flasuviricetes |
Objednat: | Amarillovirales |
Rodina: | Flaviviridae (?) |
(bez hodnocení): | Jingmenvirus |
Členské viry | |
Jingmenvirus je skupina jednořetězcové RNA viry pozitivního smyslu se segmentovými genomy. Jsou primárně spojeny s členovci a jsou jedinými známými segmentovanými RNA viry, které infikují zvířecí hostitele.[1][2] První člen skupiny, Virus klíšťat Jingmen (JMTV), byla popsána v roce 2014.[3] Další člen, Virus Guaico Culex (GCXV), má velmi neobvyklou vícesložkovou architekturu, ve které jsou segmenty genomu odděleně uzavřeny v různých virových kapsidách.[4]
Příklady
Virus klíšťat Jingmen
První člen skupiny byl popsán v roce 2014 a pojmenován Virus klíšťat Jingmen (JMTV), protože byl izolován od a klíště odebrány vzorky Jingmen, Čína.[3] Je to obaleno sférický virus o něco větší než jeho nejbližší viroví příbuzní. Genom JMTV má čtyři segmenty, z nichž dva obsahují geny s sekvenční homologie na nestrukturální proteiny nalezené v flaviviry, počítaje v to methyltransferáza a RNA-dependentní RNA polymeráza. Předpokládané strukturní proteiny v genomu JMTV nemají žádné známé homology.[3]
Virus Guaico Culex
Virus Guaico Culex (GCXV) byl hlášen v roce 2016 po izolaci z Culex komáři nalezeno poblíž Guaico, Trinidad.[4] Různé izoláty viru mají buď čtyři nebo pět genomových segmentů, i když pátý není nezbytný pro virovou proliferaci. GCXV je vícesložkový (také známý jako vícedílný) virus, ve kterém je každý segment genomu uzavřen ve své malé obálce virová kapsida. Nejméně tři genomové segmenty obsahující geny pro nestrukturální proteiny a kapsidové složky musí vstoupit do buňky, aby ji mohly úspěšně infikovat a reprodukovat virus.[4] Před objevením GMXV byla vícesložková architektura dříve hlášena pouze u virů, které infikují rostliny a houby a nikdy nebyl pozorován u obaleného viru.[1][4]
Jiné viry
Genetický materiál, který pravděpodobně patří k jiným jingmenvirům, lze identifikovat prostřednictvím bioinformatika. V některých případech nebyly takové sekvence rozpoznány jako virové nebo segmentovaná povaha genomu nebyla rozpoznána před popsáním JMTV. Například uváděný genom psího parazita Toxocara canis bylo zjištěno, že obsahuje sekvence s homologií k JMTV, pravděpodobně představující virovou infekci u parazita, který byl sekvenován.[3][5] The Virus klíšťat Mogiana, poprvé hlášeno v roce 2011, je podobný příklad; jeho segmentovaný genom nebyl při první publikaci rozpoznán, ale v roce 2017 byl znovu analyzován a identifikován jako jingmenvirus.[6]
Sekvence s homologií k JMTV byly také izolovány z a červená colobus opice, což naznačuje možnost segmentovaného, případně vícesložkového viru schopného infikovat primáti.[4] A metagenomika Studie členovců flavivirů identifikovala pět dalších příkladů pravděpodobných sekvencí jingmenviru.[7]
Vývoj
Jingmenviry jsou příbuzné flaviviry, které mají nesegmentované genomy přenášené v jedné kapsidě. Homologie byla důsledně pozorována mezi geny kódujícími nestrukturní proteiny jingmenvirů a flavivirů, včetně RNA-dependentní RNA polymeráza. Genomová architektura homologních genů se však významně liší; kanonický genom flaviviru se skládá z jediného otevřený čtecí rámec (ORF), jehož proteinový produkt zpracovává proteázy zatímco nestrukturální proteiny jingmenviru jsou kódovány na dvou genomových segmentech, z nichž každý obsahuje jeden ORF. I když existuje jen málo známých sekvencí jingmenviru, zdá se, že genové složení segmentů genomu je dobře konzervované.[3][4][7] Naproti tomu domnělý jingmenvirus strukturní proteiny to pravděpodobně tvoří jeho kapsidy nemají homologii se známými proteiny.[3][4]
Je zarážející, že nejbližší příbuzní segmentovaných jingmenvirů nejsou segmentováni.[1][2] Evoluční mechanismy, které jsou základem segmentace genomu, a zejména vícesložková architektura, nejsou dostatečně pochopeny. Ačkoli se zdá, že se segmentované genomy v EU několikrát vyvinuly virom, evoluční mechanismus, který je základem této struktury, je nejasný.[8][9] Rovněž není jasné, zda vícesložková architektura je zřetelnou evoluční strategií nebo je artefaktem mechanismu segmentace, případně prostřednictvím tvorby vadné interferující částice.[1][8]
Reference
- ^ A b C d Holmes, Edward C. (září 2016). „Rozšiřující se virosféra“. Mobilní hostitel a mikrob. 20 (3): 279–280. doi:10.1016 / j.chom.2016.08.007. PMID 27631697.
- ^ A b Attar, Naomi (6. září 2016). "Zvířecí viry na kousky". Příroda Recenze Mikrobiologie. 14 (10): 606–7. doi:10.1038 / nrmicro.2016.133. PMID 27595788.
- ^ A b C d E F Qin, X.-C .; Shi, M .; Tian, J.-H .; Lin, X.-D .; Gao, D.-Y .; On, J.-R .; Wang, J.-B .; Li, C.-X .; Kang, Y.-J .; Yu, B .; Zhou, D.-J .; Xu, J .; Plyusnin, A .; Holmes, E. C .; Zhang, Y.-Z. (21. dubna 2014). „Segmentovaný RNA virus přenášený klíšťaty obsahuje genomové segmenty odvozené od nesegmentovaných virových předků“. Sborník Národní akademie věd. 111 (18): 6744–6749. Bibcode:2014PNAS..111.6744Q. doi:10.1073 / pnas.1324194111. PMC 4020047. PMID 24753611.
- ^ A b C d E F G Ladner, Jason T .; Wiley, Michael R .; Beitzel, Brett; Auguste, Albert J .; Dupuis, Alan P .; Lindquist, Michael E .; Sibley, Samuel D .; Kota, Krishna P .; Fetterer, David; Eastwood, Gillian; Kimmel, David; Prieto, Karla; Guzman, Hilda; Aliota, Matthew T .; Reyes, Daniel; Brueggemann, Ernst E .; St. John, Lena; Hyeroba, David; Lauck, Michael; Friedrich, Thomas C .; O’Connor, David H .; Gestole, Marie C .; Cazares, Lisa H .; Popov, Vsevolod L .; Castro-Llanos, Fanny; Kochel, Tadeusz J .; Kenny, Tara; White, Bailey; Ward, Michael D .; Loaiza, Jose R .; Goldberg, Tony L .; Weaver, Scott C .; Kramer, Laura D .; Tesh, Robert B .; Palacios, Gustavo (září 2016). „Vícesložkový zvířecí virus izolovaný z komárů“. Mobilní hostitel a mikrob. 20 (3): 357–367. doi:10.1016 / j.chom.2016.07.011. PMC 5025392. PMID 27569558.
- ^ Tetteh, KK; Loukas, A; Tripp, C; Maizels, RM (září 1999). „Identifikace hojně exprimovaných nových a konzervovaných genů z infekčního larválního stadia Toxocara canis strategií exprimovaného sekvenčního tagu“. Infekce a imunita. 67 (9): 4771–9. PMC 96808. PMID 10456930.
- ^ Villa, Erika C .; Marujama, Sandra R .; de Miranda-Santos, Isabel K. F .; Palacios, Gustavo; Ladner, Jason T. (4. května 2017). „Kompletní sekvence kódujícího genomu pro virus Mogiana Tick, jingmenvirus izolovaný od klíšťat v Brazílii“. Oznámení o genomu. 5 (18): e00232–17. doi:10.1128 / genomA.00232-17. PMC 5477184. PMID 28473376.
- ^ A b Shi, Mang; Lin, Xian-Dan; Vasilakis, Nikos; Tian, Jun-Hua; Li, Ci-Xiu; Chen, Liang-Jun; Eastwood, Gillian; Diao, Xiu-Nian; Chen, Ming-Hui; Chen, Xiao; Qin, Xin-Cheng; Widen, Steven G .; Wood, Thomas G .; Tesh, Robert B .; Xu, Jianguo; Holmes, Edward C .; Zhang, Yong-Zhen; Ou, J.-H. J. (15. ledna 2016). „Odlišné viry objevené u členovců a obratlovců revidují evoluční historii Flaviviridae a souvisejících virů“. Journal of Virology. 90 (2): 659–669. doi:10.1128 / JVI.02036-15. PMC 4702705. PMID 26491167.
- ^ A b Lucía-Sanz, Adriana; Manrubia, Susanna (9. listopadu 2017). „Vícedílné viry: adaptivní trik nebo evoluční léčba?“. Biologie a aplikace systémů Npj. 3 (1): 34. doi:10.1038 / s41540-017-0035-r. PMC 5680193. PMID 29263796.
- ^ Sicard, Anne; Michalakis, Yannis; Gutiérrez, Serafín; Blanc, Stéphane; Hobman, Tom C. (3. listopadu 2016). „Zvláštní život vícečetných virů“. PLOS patogeny. 12 (11): e1005819. doi:10.1371 / journal.ppat.1005819. PMC 5094692. PMID 27812219.