Mezinárodní zařízení pro koordinaci neuroinformatiky - International Neuroinformatics Coordinating Facility

Mezinárodní zařízení pro koordinaci neuroinformatiky
Logotyp zařízení pro mezinárodní koordinaci neuroinformatiky, styl pouze se zkratkami.
ZkratkaINCF
MottoUmožnění otevřené a FAIR neurovědy.[1]
Formace2005; před 15 lety (2005)[2]
Hlavní sídloSekretariát INCF
Umístění
Souřadnice59 ° 20'54,46 ″ severní šířky 18 ° 1'25,78 ″ východní délky / 59,3484611 ° N 18,0238278 ° E / 59.3484611; 18.0238278
Předseda správní rady
Maryann Martone[3]
webová stránkapříloha.org

The Mezinárodní zařízení pro koordinaci neuroinformatiky (INCF ) je mezinárodní nezisková organizace s posláním[4] rozvíjet, hodnotit a schvalovat standardy a osvědčené postupy, které přijímají principy Open, FAIR,[5] a Citable neuroscience. INCF také poskytuje školení o tom, jak standardy a osvědčené postupy usnadňují reprodukovatelnost a umožňují publikování celého výzkumu, včetně dat a kódu. INCF byla založena v roce 2005 na základě doporučení pracovní skupiny Globálního vědeckého fóra EU OECD.[6] INCF je hostitelem Karolinska Institutet v Stockholm, Švédsko.[7] Od října 2019 má INCF aktivní uzly v 18 zemích.[8] Výkonnou ředitelkou je Linda Lanyon,[9] a předsedou správní rady je Maryann Martone

Cíle sítě INCF[10] propagovat aplikaci výpočetních přístupů k porozumění mozku a rozvíjet infrastrukturu potřebnou k používání výpočetních metod k integraci a analýze různých údajů v různých měřítcích, technikách a druzích k porozumění mozku a pozitivnímu dopadu na zdraví a pohodu společnosti. .

Pozadí

Viz také: Neuroinformatika

Klíčový prvek pro úspěšné pochopení nervový systém je integrace neurovědy s informační vědy. Pole, které studuje nervový systém, neurovědy, reagovalo na fantastickou výzvu porozumět tomu, jak funguje náš mozek pomocí nejsofistikovanějších technologií, ze studií na genom těm na zobrazování mozku chování u lidí a jiných druhů za různých funkčních stavů a ​​na všech intervenujících analytických úrovních. Toto úsilí vyústilo ve velké množství dat, které se na vyšší úrovni složitosti stále zvyšuje. Získaná data jsou různorodá a pocházejí z různých úrovní studia a způsobů analýzy. Abychom mohli čelit této výzvě integrace a zajistit efektivní a maximální využití těchto dat, je nyní nutné vyvinout a vytvořit tyto sdílené zdroje:

  1. neurovědecké údaje a znalostní databáze;
  2. analytické a modelovací nástroje; a
  3. výpočetní modely.

Tato výzva je řešena spojením neurovědy s informační vědou - oblastí neuroinformatiky.

Dějiny

Genesis

Doporučení ke koordinaci mezinárodního úsilí v nové oblasti neuroinformatiky bylo poprvé uvedeno ve zprávě o bioinformatika vypracováno pod záštitou tehdejšího fóra OECD Megascience v roce 1998.[11] Po rozsáhlých diskusích v pracovní skupině pro neuroinformatiku na globálním vědeckém fóru, které předsedal Dr. Stephen H. Koslow, byl v roce 2002 představen návrh na vytvoření mezinárodní rady pro koordinaci neuroinformatiky a systém grantového financování výzkumu neuroinformatiky.[12] Tento projekt schválili ministři vědy OECD na svém zasedání v lednu 2004. Šestnáct zemí (Austrálie, Kanada, Čína, Česká republika, Dánsko, Finsko, Francie, Německo, Indie, Itálie, Japonsko, Nizozemsko, Norsko, Švédsko, Švýcarsko) , Spojené království, Spojené státy a Victoria, Austrálie) a také Evropská komise poté vypracovaly pracovní dokumenty, které tvoří právní základ pro INCF a Program v mezinárodní neuroinformatice (PIN).[13]

Zřízení

Podmínky stanovené pro vytvoření INCF[14] se uskutečnilo v červenci 2005, sedm zemí (Česká republika, Finsko, Německo, Norsko, Švédsko, Švýcarsko a Spojené státy) podepsalo dokument porozumění a přislíbilo svůj finanční příspěvek. Byla zahájena nabídka hostit sekretariát INCF. Byly obdrženy dva návrhy a podle pokynů správní rady 3. listopadu OECD[15] svolala skupinu odborníků, která návrhy přezkoumala a vyhodnotila. Panel přidělil švédskému návrhu vyšší hodnocení a toto doporučení schválila správní rada INCF na svém zasedání v ústředí OECD 28. listopadu. Po rozsáhlých mezinárodních jednáních byl INCF oficiálně slavnostně otevřen v únoru 2007, přičemž ústředí bylo v Karolinska Institute ve Stockholmu.

INCF podporuje spolupráci v neuroinformatice a reprodukovatelnost při výzkumu mozku pomocí

  • zajišťování koordinace globální neurovědecké infrastruktury prostřednictvím vývoje a schvalování standardů a osvědčených postupů na podporu otevřené a FAIR (Findable Accessible Interoperable Reusable) neurovědy
  • školení výzkumných pracovníků, administrátorů a studentů o tom, jak neuroinformatika podporuje přísnost a reprodukovatelnost, otevřenou vědu a FAIR vědu a publikování celých výstupů jejich výzkumu: narativ, data a kód
  • podpora neurovědy jako disciplíny k posunu směrem k SÍLĚ (FAIR, Open, Research-object based, and Citable Ecosystem)
  • podpora pokroku a dalšího rozvoje neuroinformatiky jako vědecké disciplíny

Klíčové výstupy programu

zahrnout

  • Waxholm Space (WHS), referenční prostor souřadnic mozku hlodavců
  • Škálovatelný atlas mozku,[16] webový zobrazovací modul pro atlasy mozku, zobrazovací data a topologie
  • NineML,[17] obecný jazyk popisu modelu
  • Multi-simulační koordinátor (MUSIC),[18] což umožňuje komunikaci velkých simulátorů neuronů a dalších aplikací za běhu
  • Datový model Neuroimaging Informatics (NI-DM),[19] rámec pro generování, ukládání a dotazování metadat včetně informací o původu
  • Znalostní prostor,[20] komunitní encyklopedie, která spojuje koncepty výzkumu mozku s daty, modely a literaturou z celého světa
  • TrainingSpace,[21] online úložiště propojující tréninkové zdroje neuroinformatiky vyvinuté jak INCF, našimi partnery, tak stávajícími komunitními prostředky.

Viz také

Reference

  1. ^ "O nás". INCF. Citováno 9. října 2019.
  2. ^ "Dějiny". KI.se. Citováno 9. října 2019.
  3. ^ A b "Kontakt". INCF. Citováno 9. října 2019.
  4. ^ „Poslání | INCF“. www.incf.org. Citováno 2019-10-09.
  5. ^ Hagstrom, Stephanie (03.09.2014). „Zásady FAIR Data“. SÍLA 11. Citováno 2017-12-04.
  6. ^ "O". Konsorcium Neuroscience Peer Review. Citováno 19. září 2017.
  7. ^ "Místo | INCF". www.incf.org. Citováno 2019-10-09.
  8. ^ „Uzly řízení a přidružení | INCF“. www.incf.org. Citováno 2019-10-09.
  9. ^ „Klíč osobní | INCF“. www.incf.org. Citováno 2019-10-08.
  10. ^ „Co děláme | INCF“. www.incf.org. Citováno 2017-12-04.
  11. ^ Pracovní skupina Megascience Forum pro biologickou informatiku (leden 1999). Konečná zpráva (Zpráva). Organizace pro hospodářskou spolupráci a rozvoj. s. 3–4, 49–50, 70–72. Citováno 19. září 2017 - prostřednictvím INCF ownCloud.
  12. ^ Pracovní skupina pro neuroinformatická fóra Global Science Forum (červen 2002). Zpráva o neuroinformatice (Zpráva). Organizace pro hospodářskou spolupráci a rozvoj. str. 5, 11–15, 46. Citováno 19. září 2017 - prostřednictvím ICNF ownCloud.
  13. ^ „Luanch projektu | INCF“. www.OECD.org. Citováno 2019-10-09.
  14. ^ "Incf | INCF". www.incf.org. Citováno 2017-12-04.
  15. ^ „OECD.org - OECD“. www.oecd.org. Citováno 2017-12-04.
  16. ^ „Škálovatelný atlas mozku - neuroanatomie na dosah ruky“. scalablebrainatlas.incf.org. Citováno 2017-12-04.
  17. ^ „NineML“. NineML. Citováno 2017-12-04.
  18. ^ MUSIC, koordinátor MUltiSimulation, International Neuroinformatics Coordinating Facility (INCF), 2017-11-14, vyvoláno 2017-12-04
  19. ^ „- Neuroimagingový datový model“. Citováno 2017-12-04.
  20. ^ „KnowledgeSpace - Domů“. knowledge-space.org. Citováno 2017-12-04.
  21. ^ „TrainingSpace - Home“. training.incf.org. Citováno 2018-04-24.

externí odkazy