Informační rámec pro neurovědy - Neuroscience Information Framework - Wikipedia

Informační rámec pro neurovědy

Obsah
Popis	Webové neurovědecké zdroje: data, materiály a nástroje
Typy dat zajat	Neurovědy
Kontakt
Autoři	Martone, M.E.
Datum vydání	2008
Přístup
Datový formát	html, xml, json, csv
webová stránka	http://www.neuinfo.org/
webová služba URL	http://neuinfo.org/developers
Sparql koncový bod	http://neurolex.org/ koncový bod dotazu sparql
Smíšený
Licence	Creative Commons Attribution 3.0
Správa verzí	6.2
Uvolnění dat frekvence	týdně
Kurátorská politika	spojitý člověk a stroj

The Informační rámec pro neurovědy je úložiště globálních neurovědy webové zdroje, včetně experimentální, klinické a translační neurovědy databáze, znalostní báze, atlasy a genetický /genomický zdroje a poskytuje mnoho autoritativních odkazů napříč neurovědním portálem Wikipedie.

Popis

Neurovědecký informační rámec (NIF) je iniciativou Plán NIH pro výzkum neurovědy, která byla založena v roce 2004 Národní institut zdraví.^[1]

Vývoj NIF byl zahájen v roce 2008, kdy University of California, San Diego School of Medicine získala smlouvu NIH na vytvoření a udržování „dynamického soupisu webových neurovědních dat, zdrojů a nástrojů, ke kterým mají vědci a studenti přístup prostřednictvím jakéhokoli počítače připojeného k internetu“.^[2][3] V čele projektu je Maryann Martone, spoluředitelka Národního centra pro mikroskopický a zobrazovací výzkum (NCMIR), které je součástí multidisciplinárního Centra pro výzkum biologických systémů (CRBS) se sídlem v UC San Diego. Spolu se spoluřešiteli Jeffrey S. Grethe a Amarnath Gupta vede Martone národní spolupráci zahrnující výzkumníky na univerzita Yale, Kalifornský technologický institut, Univerzita George Masona, Harvard, a Washingtonská univerzita.

Cíle

Na rozdíl od obecného vyhledávače „NIF poskytuje mnohem hlubší přístup k cílenému souboru zdrojů, které jsou relevantní pro neurovědu, vyhledávací strategie přizpůsobené neurovědě a přístup k obsahu, který je tradičně„ skrytý “před webové vyhledávače. NIF je dynamický soupis neurovědeckých databází, anotovaných a integrovaných do jednotného systému biomedicínské terminologie (tj. NeuroLex ). NIF podporuje koncepčně založené dotazy na více stupnicích biologické struktury a více úrovních biologické funkce, což usnadňuje hledání a porozumění výsledkům. NIF také poskytne registr, jehož prostřednictvím mohou poskytovatelé zdrojů zveřejňovat dostupnost zdrojů souvisejících s neurovědeckým výzkumem. NIF není zamýšlen jako samotný sklad nebo úložiště, ale jako prostředek pro zveřejnění a lokalizaci zdrojů jinde dostupných prostřednictvím web.

NIFSTD nebo NIF Standard Ontology obsahuje mnoho termínů, synonym a zkratek užitečných pro neurovědy, stejně jako dynamické kategorie, jako jsou definované třídy buněk založené na různých vlastnostech, jako je neuron neurotransmiterem nebo obvodovou rolí nebo zneužívání drog podle National Institutes on Drug Abuse Jakýkoli výraz (s přidruženými synonymy) nebo dynamická kategorie (všechny výrazy s jejich synonymy) lze použít k současnému dotazu na všechna data, která NIF aktuálně indexuje, najdete několik příkladů níže:

• dostupné údaje o hipokampu včetně synonym
• údaje o Parkinsonově chorobě včetně archaických synonym jako paralysis agitans
• neocortical neuron a dynamic category includes all neurons that have cell soma in any part of the neocortex

Obsah

Obsah NIF lze považovat za katalog (registr NIF) a hloubkové vyhledávání v databázi (federace dat NIF)

• Katalog NIF obsahuje největší seznam zdrojů souvisejících s neurovědou financovaných NIH, včetně vědeckých databází, softwarových nástrojů, experimentálních činidel a nástrojů, znalostních bází a portálů a dalších subjektů identifikovaných neurovědeckou výzkumnou komunitou.

Seznam aktuálních zdrojů může být najdete na www.neuinfo.org/registry

• Federace NIF Data Federation prohledává hluboký databázový obsah více než 150 databází, včetně: různých databází NCBI (PubMed, Gensat, Entrez Gene, Homologene, GEO) a mnoha velkých i malých databází, které mají něco společného s neurovědou, včetně Gemma (data microarray z nervový systém), CCDB a CIL (hlavně obrazy neuronů a astrocytů), GeneNetwork, AgingGenesDB, XNAT, 1000 funkčních konektomů. Úplný seznam (od dubna 2013) najdete v tabulce níže. Aktualizovaný seznam naleznete na webu Stránka datové federace.
• Mnoho databází, které mají velmi podobné typy dat, bylo navíc integrováno do „virtuálních databází“, které kombinují mnoho databází do jedné tabulky. Například AntibodyRegistry kombinuje data od více než 200 prodejců, NIF Integrated BrainGeneExpression kombinuje data genové exprese od Gensat, Alan Brain a Mouse Genome Informatics, pohled Connectivity kombinuje šest databází, které obsahují prohlášení o připojení nervového systému, pohled Integrated Animal kombinuje údaje o katalogech experimentálních zvířat dostupné vědcům z transgenních nebo inbredních červů, zebrafish, myší a potkanů. Přidáváme další z nich, protože jsou registrována data, takže se podívejte zpět na tuto stránku a podívejte se na aktuální obsah.
• Chcete-li získat vyčerpávající a aktuální seznam databází a datových sad registrovaných v NIF, zkontrolujte toto stránka www.neurolex.org. Níže uvedená tabulka byla aktualizována 9. dubna 2013.

Data prostřednictvím webových služeb

Myšlenka NIF spočívá v tom, že zatímco vědecké databáze mají nepřeberné množství rozhraní, některá poměrně složitá, měl by existovat jednotný způsob, jak se na ně dívat a prohledávat je. Tato jednotná myšlenka hledání byla rozšířena na služby, aby vývojáři mohli využít práci provedenou v NIF k vylepšení svých vlastních aplikací získáním přístupu ke všem datům dostupným prostřednictvím rozhraní NIF.

Když jsou data zveřejněna prostřednictvím NIF, stanou se okamžitě dostupnými také prostřednictvím webových služeb. Tyto Klidný webové služby lze považovat za programovací funkce, které lze zabudovat do jiných aplikací. V současné době lze data vyhledávat a načítat jako zdroj XML a několik dalších webů nyní stahuje data NIF prostřednictvím služeb, včetně DOMEO a Eagle i. Vývojáři se mohou naučit, jak přistupovat k datům, prohlížením souboru WADL dostupného na http://neuinfo.org/developers

Níže jsou uvedeny některé veřejné služby RESTful, ke kterým mají přístup studenti nebo je lze použít v aplikacích budov:

• Anotujte jakýkoli text pomocí této adresy URL:

  * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true

Adresa URL obsahuje text, který chcete anotovat, vstup, který je „Malý mozek je úžasná věc“. Chcete-li to změnit, můžete zkusit použít jakýkoli jiný text. Výstup ze služby vrátí větu se značkou SPAN, která označuje, že rozpoznala výraz cerebellum a je to typ anatomické struktury. Termíny, které nejsou rozpoznány, jsou vráceny bez značek rozpětí. Všimněte si, že parametr longestOnly = true je volitelný, to znamená, že bude rozpoznána pouze nejdelší sada termínů a v tomto příkladu to nebude dělat žádný rozdíl, ale pokud jde o hipokampální neuron, vrátí pouze jednu odpověď.

Vývojáři mohou pomocí značek span přivést zpět informace o rozpoznaném výrazu, protože identifikátor je jedinečný a souvisí s definicemi, synonymy, jinými oblastmi mozku a v některých případech s obrázky: Verze čitelná pro člověka viz

  * http://neurolex.org/wiki/Birnlex_1489

Pro strojově čitelnou verzi viz

  * http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true

• Načíst návrhy automatického dokončování neurovědy, např.

  * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu

Výše uvedený příklad ukazuje dokončení výrazu „hippocampu“, ale můžete zkusit zadat na adresu URL jakoukoli jinou sadu písmen. Návrat služby je sada výrazů, které odpovídají tomuto řetězci, včetně: Hippocampus a mnoha hipokampálních buněk.

• Načíst položky registru, které odpovídají hledanému výrazu:

  * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame

Registr NIF je zdroj dat a tato služba vrátí všechny položky v registru, které odpovídají konkrétnímu hledanému výrazu. V tomto případě je termín miame, jako ve standardu miame. Chcete-li použít tuto funkci načítání dat, můžete na konci této adresy URL zadat výrazy dotazu navíc nebo namísto výrazu miame. To bude fungovat stejně jako zadávání výrazů do vyhledávacího pole zde:

  * https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry

Nezapomeňte zkontrolovat podmínky jakéhokoli zdroje dat, podmínky jsou k dispozici jako zdvořilost v NIF, ale můžete také zkontrolovat jednotlivé zdroje, které chcete zahrnout do svých aplikací, všechny výše popsané data jsou vlastněna NIF a jsou kryta licencí Creative Commons Attribution, takže je lze volně distribuovat a sdílet.

Poznámky a odkazy

Viz také

• NeuroLex
• NeuroNames

externí odkazy

• Web Neuroscience Information Framework (NIF)
• NIF NeuroLex - Lexikon neurovědy
• Neurovědecký informační rámec Novinky a oznámení
• Neurovědecký informační rámec na Facebooku
• Neurovědecký informační rámec Mendeley Group