Budapešť Reference Connectome - Budapest Reference Connectome

Budapešť Reference Connectome
Budapešť Reference Connectome.png
VývojářiBalázs Szalkai, Csaba Kerepesi, Bálint Varga, Vince Grolmusz
Stabilní uvolnění
3.0
NapsánoPerl, JavaScript, WebGL
K dispozici vAngličtina
TypConnectomics
webová stránkapitgroup.org/ connectome/

The Budapešť Reference Connectome server počítá často se objevující anatomické mozkové spoje 418 zdravých subjektů.[1][2] Byl připraven z difúzní MRI datové sady Projekt Human Connectome do referenčního konektomu (nebo mozku graf ), které lze stáhnout ve formátech CSV a GraphML a vizualizovat na webu ve 3D.

Funkce

Budapest Reference Connectome má 1015 uzlů, což odpovídá anatomicky identifikovaným oblastem šedé hmoty. Uživatel může nastavit řadu parametrů a výsledný konsensuální connectome je snadno vizualizován na webové stránce.[2] Uživatelé mohou zvětšovat, otáčet a dotazovat se na anatomický štítek uzlů na grafické komponentě.

Pozadí

Budapest Reference Connectome je konsensuální graf mozkových grafů 96 subjektů ve verzi 2 a 418 subjektů ve verzi 3. Vráceny jsou pouze ty hrany, které jsou přítomny v daném procentu subjektů. Každá z vybraných hran má určitou váhu v každém z grafů obsahujících tuto hranu, takže tyto vícenásobné váhy jsou sloučeny do jedné váhy, přičemž se vezme buď jejich průměr (tj. Průměr), nebo medián. Uživatelské rozhraní umožňuje přizpůsobení těchto parametrů: uživatel může vybrat minimální frekvenci vrácených hran. K dispozici je možnost prohlížení a porovnávání ženských nebo mužských referenčních konektomů. Spojnice žen obsahují podstatně více hran než u mužů a větší část hran v spojkách žen probíhá mezi dvěma hemisférami.[3][4][5]

Objevy

Budapest Reference Connectome vedl vědce k objevu konsensuální Connectome Dynamics člověka mozkové grafy. Okraje se objevily ve všech mozkových grafech a tvoří propojený podgraf kolem mozkový kmen. Tím, že povolujeme postupně méně časté hrany, tento základní podgraf neustále roste, jako a keř. Dynamika růstu může odrážet jednotlivce vývoj mozku a poskytnout příležitost nasměrovat některé okraje lidského konsensuálního mozkového grafu.[6]

Reference

  1. ^ Szalkai, Balázs; et al. (2015). "Budapest Reference Connectome Server v2.0". Neurovědy Dopisy. 595: 60–2. arXiv:1412.3151. doi:10.1016 / j.neulet.2015.03.071. PMID  25862487.
  2. ^ A b Szalkai, Balázs; Kerepesi, Csaba; Varga, Balint; Grolmusz, Vince (2017). „Parametrizovatelné konsensuální konektomy z projektu Human Connectome: Budapest Reference Connectome Server v3.0“. Kognitivní neurodynamika. 11 (1): 113–116. arXiv:1602.04776. doi:10.1007 / s11571-016-9407-z. PMC  5264751. PMID  28174617.
  3. ^ Ingalhalikar, M .; Smith, A .; Parker, D .; Satterthwaite, T. D .; Elliott, M. A .; Ruparel, K .; Hakonarson, H .; Gur, R.E .; Gur, R. C .; Verma, R. (2013). „Rozdíly mezi pohlavími ve strukturním konektomu lidského mozku“. Sborník Národní akademie věd. 111 (2): 823–828. Bibcode:2014PNAS..111..823I. doi:10.1073 / pnas.1316909110. ISSN  0027-8424. PMC  3896179. PMID  24297904.
  4. ^ Szalkai, Balázs; Varga, Bálint; Grolmusz, Vince (2015). „Grafická teoretická analýza odhaluje: mozek žen je lépe propojen než mužský“. PLOS ONE. 10 (7): e0130045. arXiv:1501.00727. Bibcode:2015PLoSO..1030045S. doi:10.1371 / journal.pone.0130045. ISSN  1932-6203. PMC  4488527. PMID  26132764.
  5. ^ Szalkai, Balázs; Varga, Bálint; Grolmusz, Vince (2017). "Brain Size Bias kompenzované graficko-teoretické parametry jsou také lepší u ženských strukturálních spojek". Zobrazování a chování mozku. doi:10.1007 / s11682-017-9720-0. PMID  28447246.
  6. ^ Kerepesi, Csaba; et al. (2016). „Jak nasměrovat hrany Connectomes: Dynamika konsensuálního Connectomes a rozvoj spojení v lidském mozku“. PLOS ONE. 11 (6): e0158680. arXiv:1509.05703. Bibcode:2016PLoSO..1158680K. doi:10.1371 / journal.pone.0158680. PMC  4928947. PMID  27362431.