Mezinárodní konsorcium lidských epigenomů - International Human Epigenome Consortium - Wikipedia

Nesmí být zaměňována s Projekt lidského epigenomu.

The Mezinárodní konsorcium lidských epigenomů (IHEC) je vědecká organizace založená v roce 2010, která pomáhá koordinovat globální úsilí v oblasti Epigenomika.[1][2][3][4] Prvotním cílem bylo vygenerovat alespoň 1 000 referencí (výchozí hodnota) lidské epigenomy od různých typů normálních a nemocných lidí typy buněk.[5][6][7]

Struktura a financování

Činnosti IHEC jsou financovány jejími plnými členy (národními a regionálními agenturami pro financování vědy) a jsou personálně z velké části zaměstnávány vědci a dalšími odborníky ze zúčastněných agentur pro financování a projektů mapování epigenomů.[8]

Stávající členské země IHEC

Kromě toho země a agentury podporující cíle IHEC jsou organizace, které do projektu dosud plně nepřispěly, ale jejichž členové poskytují čas a odborné znalosti:[22]

Dohled nad IHEC zajišťuje výkonný výbor, jehož členy nominují řádné členské organizace.[23] Tento výbor úzce spolupracuje s Mezinárodním vědeckým řídícím výborem, jehož členy jsou vědečtí vedoucí zúčastněných projektů a další vedoucí v oblasti epigenetiky, jakož i Centrum pro koordinaci údajů. Další odborné znalosti přispívají pracovní skupiny složené ze členů zúčastněných výzkumných projektů.

IHEC spolupracuje a koordinuje své úsilí s dalšími rozsáhlými mezinárodními projekty genomiky, jako je např Mezinárodní konsorcium pro rakovinový genom (ICGC),[24] ZAKÓDOVAT.,[25][26] a Globální aliance pro genomiku a zdraví.[27] Členové výboru a pracovní skupiny i další jednotlivci zapojení do IHEC se každoročně scházejí na akci pořádané členskými zeměmi střídavě.[28] Většina schůzí se koná ve spojení s vědeckým sympoziem, z nichž některá jsou otevřena vědcům, kteří nejsou členy IHEC, a někdy i veřejnosti.

Cíle

Konečným cílem IHEC je určit, jak Epigenom formoval lidské populace po generace a v reakci na životní prostředí.[25][29] První fáze operací IHEC zahrnuje koordinaci produkce nejméně 1 000 referenčních epigenomů ze zdravých a nemocných lidských buněk a omezený počet modelové organismy relevantní pro konkrétní lidské nemoci. Počáteční důraz je kladen na buněčné stavy včetně kmenové, nesmrtelné, proliferace, diferenciace, senescence a stres. Referenční epigenom pro každý vzorek obsahuje mapy s vysokým rozlišením Methylace DNA a klíčová regulace histon modifikace s odpovídajícími informacemi o typu a úrovni exprese všech transkribovaných genů (protein kódování i nekódování / malé RNA).[30]Vytvořená data jsou volně poskytována výzkumné komunitě prostřednictvím datového portálu IHEC,[31][32] Evropský archiv genomu a fenomu (EGA),[33] a dalších místech.[34][25][35]

Kromě toho se zúčastněné výzkumné projekty zabývají vývojem nové epigenomiky a souvisejících bioinformatika metody.

V listopadu 2016 členové IHEC z Kanady, konsorcia BLUEPRINT Evropské unie, německého programu Epigenome „DEEP“, Japonska, Singapuru a Spojených států, zveřejnili skupinu 41 koordinovaných prací v Cell Press a další časopisy.[36][37][38][39] Příspěvky zahrnovaly popis molekulární biologie a výpočetních metod i nový výzkum v oblasti normální a biologie nemocí.[40][41][42][43]

Viz také

Reference

[44]

  1. ^ „Time for the epigenome: Article: Nature“.
  2. ^ Projekt nastaven na mapování značek na genomu: Příroda 463: 596-597 (2010) doi: 10,1038 / 463596b
  3. ^ Bae, JB (2013). „Perspektivy mezinárodního konsorcia lidského epigenomu“. Genomics Inform. 11 (1): 7–14. doi:10.5808 / GI.2013.11.1.7. PMC  3630389. PMID  23613677.
  4. ^ „BioNews - zahájen projekt Human Epigenome“.
  5. ^ „Francie: Konsorcium lidského epigenomu podniká první kroky“ Archivováno 08.07.2015 na Wayback Machine. 5. března 2010.
  6. ^ "Frontiers | Vícevrstvé-omické analýzy lidských rakovin: průzkum biomarkerů a drogových cílů na základě aktivit Mezinárodního konsorcia pro lidský epigenom | Epigenomika a epigenetika". Hranice.
  7. ^ GmbH, Eurice. „About IHEC · IHEC“. ihec-epigenomes.org. Citováno 2017-06-23.
  8. ^ GmbH, Eurice. „Země IHEC · IHEC“. ihec-epigenomes.org. Citováno 2017-06-23.
  9. ^ „Kanadský přehled konsorcia pro výzkum epigenetiky, životního prostředí a zdraví“.
  10. ^ „EU investuje 30 milionů EUR na zmapování nového území do výzkumu v oblasti zdraví“.
  11. ^ „Odkrytá cesta z kmenových buněk do krvinek: Studie BLUEPRINT katalogizuje události, které regulují tvorbu krvinek“.
  12. ^ "Katalog toho, jak jsou bílé krvinky vytvářeny kmenovými buňkami krve".
  13. ^ „Evropa mapuje lidský epigenom“.
  14. ^ GmbH, Eurice. „IHEC vítá dva nové evropské členské projekty | IHEC“. ihec-epigenomes.org. Citováno 2017-06-23.
  15. ^ „Deutsche Beteiligung am International Human Epigenome Consortium (IHEC)“ Archivováno 08.07.2015 na Wayback Machine.
  16. ^ „DEEP (Deutsches Epigenom Programm) Project“.
  17. ^ GmbH, Eurice. „Singapur · IHEC“. ihec-epigenomes.org. Citováno 2017-06-23.
  18. ^ GmbH, Eurice. „IHEC vítá hongkonský projekt epigenomiky jako nového člena konsorcia | IHEC“. ihec-epigenomes.org. Citováno 2017-06-23.
  19. ^ „Hongkongský projekt epigenomiky“. epihk.org. Citováno 2017-06-23.
  20. ^ „The International Human Epigenome Consortium (IHEC) | Spolupráce / spolupráce s externími institucemi | Japonská agentura pro lékařský výzkum a vývoj“. www.amed.go.jp. Citováno 2017-06-23.
  21. ^ „Project Epigenomics Project - Home“. www.roadmapepigenomics.org. Citováno 2017-07-18.
  22. ^ Eurice GmbH. „Členové IHEC · IHEC“ Archivováno 08.10.2013 na Wayback Machine.
  23. ^ GmbH, Eurice. „Pracovní skupiny IHEC · IHEC“. ihec-epigenomes.org. Citováno 2017-06-23.
  24. ^ "Genome Medicine | Autorizace | Synergie a konkurence mezi sekvenováním genomu rakoviny a projekty mapování epigenomu".
  25. ^ A b C Eurice GmbH. „Cíle“.
  26. ^ „Ponoříme se hlouběji do zvířecího genomu“.
  27. ^ „Domů | Globální aliance pro genomiku a zdraví“. genomicsandhealth.org. Citováno 2017-07-18.
  28. ^ Eurice GmbH. „Novinky + Události · IHEC“.
  29. ^ Stunnenberg, Hendrik G .; Abrignani, Sergio; Adams, David; Almeida, Melanie de; Altucci, Lucia; Amin, Viren; Amit, Ido; Antonarakis, Stylianos E .; Aparicio, Samuel (2016-11-17). „The International Human Epigenome Consortium: a Blueprint for Scientific Collaboration and Discovery“. Buňka. 167 (5): 1145–1149. doi:10.1016 / j.cell.2016.11.007. ISSN  0092-8674. PMID  27863232.
  30. ^ Protokoly a standardy “
  31. ^ „Datový portál | IHEC“. epigenomesportal.ca. Citováno 2017-06-23.
  32. ^ Bujold, David; Morais, David Anderson de Lima; Gauthier, Carol; Côté, Catherine; Caron, Maxime; Kwan, Tony; Chen, Kuang Chung; Laperle, Jonathan; Markovits, Alexei Nordell (23. 11. 2016). „Mezinárodní datový portál konsorcia lidských epigenomů“. Buněčné systémy. 3 (5): 496–499.e2. doi:10.1016 / j.cels.2016.10.019. ISSN  2405-4712. PMID  27863956.
  33. ^ „IHEC coordinated paper release“. Blog EGA. Citováno 2017-06-23.
  34. ^ Eurice GmbH. „About IHEC“.
  35. ^ „Datový portál IHEC“.
  36. ^ „Konsorcium: IHEC: Cell Press“. Citováno 2017-06-23. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  37. ^ Redakční tým buněk (2016-11-17). „Cornucopia of Advances in Human Epigenomics“. Buňka. 167 (5): 1139. doi:10.1016 / j.cell.2016.11.001. ISSN  0092-8674. PMID  27863229.
  38. ^ „Epigenetika na webu: Nejlepší příběhy o epigenetice z roku 2016 - Epigenetika“. Epigenetika. Citováno 2017-06-23.
  39. ^ „Publikováno více než 40 nových článků o epigenetice | The Scientist Magazine®“. Vědec. Citováno 2017-06-23.
  40. ^ „Singapurští vědci jsou součástí průlomu ve výzkumu autismu“. Citováno 2017-06-23.
  41. ^ „Epigenomické poznatky o rakovině hlášené členy mezinárodních konsorcií“. GenomeWeb. Citováno 2017-06-23.
  42. ^ „Výzkumné týmy konsorcia Epigenome řeší epigenetiku imunitní odpovědi“. GenomeWeb. Citováno 2017-06-23.
  43. ^ „Jak genetické variace krvinek ovlivňují běžné nemoci“. Citováno 2017-06-23.
  44. ^ „Integrativní funkční genomika identifikuje zesilovač smyčky s genem SOX9 narušený lokusem rizika rakoviny prostaty 17q24.3“.