Přechodový model šroubovice – cívka - Helix–coil transition model - Wikipedia

Přechodové modely šroubovice – cívka jsou formalizované techniky v statistická mechanika vyvinut k popisu konformace lineární polymery v řešení. Modely jsou obvykle, ale nikoli výlučně, použity polypeptidy jako míra relativního podílu molekuly v alfa šroubovice konformace versus otáčet se nebo náhodná cívka. Hlavní atrakce při vyšetřování alfa šroubovice formace je, že se člověk setkává s mnoha rysy skládání bílkovin ale v jejich nejjednodušší verzi.^[1] Většina modelů šroubovice-cívka obsahuje parametry pravděpodobnosti šroubovice nukleace z oblasti cívky a šíření spirály podél sekvence, jakmile je jednou nukleovaná; protože polypeptidy jsou směrové a mají odlišné N-terminál a C-terminál konce se parametry šíření mohou lišit v každém směru.

Tyto dva státy jsou

stav šroubovice: charakterizovaný společným rotujícím vzorem drženým pohromadě Vodíkové vazby, (viz alfa-šroubovice ).
stav cívky: konglomerát náhodně seřazené sekvence atomů (viz náhodná cívka ).

Mezi běžné přechodové modely patří Model Zimm – Bragg a Model Lifson – Roig a jejich rozšíření a variace.

Energie hostitelské poly-alaninové šroubovice ve vodném roztoku:

{ displaystyle Delta G _ { text {skládací}} = (m-2) Delta H _ { alpha} -mT Delta S}

kde m je počet zbytků ve šroubovici.^[2]

Reference

^ Doig AJ (2008). „Alfa-Helix jako nejjednodušší proteinový model: teorie Helix – Coil, stabilita a design“. V Muñoz V (ed.). Skládání, nesprávné skládání a agregace proteinů: Klasická témata a nové přístupy. Royal Society of Chemistry.
^ Chakrabartty A, Baldwin RL (1995). "Stabilita alfa šroubovic". Adv Protein Chem. Pokroky v chemii proteinů. 46: 141–176. doi:10.1016 / S0065-3233 (08) 60334-4. ISBN 9780120342464. PMID 7771317.

Tento fyzika související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[Doig2008-1] Doig AJ (2008). „Alfa-Helix jako nejjednodušší proteinový model: teorie Helix – Coil, stabilita a design“. V Muñoz V (ed.). Skládání, nesprávné skládání a agregace proteinů: Klasická témata a nové přístupy. Royal Society of Chemistry.

[Chakrabartty1995-2] Chakrabartty A, Baldwin RL (1995). "Stabilita alfa šroubovic". Adv Protein Chem. Pokroky v chemii proteinů. 46: 141–176. doi:10.1016 / S0065-3233 (08) 60334-4. ISBN 9780120342464. PMID 7771317.

[1]

[2]