HNRNPA2B1 - HNRNPA2B1

HNRNPA2B1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1X4B
Identifikátory
Aliasy	HNRNPA2B1, HNRNPA2, HNRNPB1, HNRPA2, HNRPA2B1, HNRPB1, IBMPFD2, RNPA2, SNRPB1, heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 / B1
Externí ID	OMIM: 600124 MGI: 104819 HomoloGene: 22992 Genové karty: HNRNPA2B1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 7 (lidský)
Konec	26,201,529 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 6 (myš)
Konec	51,469,894 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba RNA na N6-methyladenosin; • pre-mRNA intronová vazba; • miRNA vazba; • jednořetězcová telomerická vazba DNA; • mRNA 3'-UTR vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • Vazba RNA; • Vazba telomerické DNA na vlákno bohaté na G; • identická vazba na protein; • mRNA vazba;
Buněčná složka	• cytoplazma; • katalytický krok 2 spliceosom; • membrána; • extracelulární oblast; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • chromozom, telomerická oblast; • Cajal tělo; • jaderná matice; • extracelulární exosom; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • transport mRNA; • miRNA transport; • Transport RNA; • Zpracování mRNA; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • negativní regulace sestřihu mRNA prostřednictvím spliceosomu; • primární zpracování miRNA; • Sestřih RNA; • Odvíjení G-kvadruplexní DNA; • pozitivní regulace údržby telomer pomocí prodloužení telomer; • pozitivní regulace aktivity reverzní transkriptázy telomerázy RNA; • export mRNA z jádra; • RNA metabolický proces; • interleukin-12 zprostředkovaná signální dráha; • doprava;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	3181
	53379
	ENSG00000122566
	ENSMUSG00000004980
	P22626
	O88569
	NM_002137; NM_031243
	NM_016806; NM_182650
	NP_002128; NP_112533
	NP_058086; NP_872591; NP_001361674
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Heterogenní nukleární ribonukleoproteiny A2 / B1 je protein že u lidí je kódován HNRNPA2B1 gen.^[5]

Struktura

HNRNPA2B1 Gen obsahuje 12 exonů, včetně 36-nukleotidového mini-exonu specifického pro protein B1. Celá délka organizace intron / exon HNRNPA2B1 je totožný s kódem HNRNPA1 gen, který indikuje společný původ duplikací genu.^[6]

Funkce

Tento gen patří do podskupiny A / B všudypřítomně exprimovaných heterogenních jaderných ribonukleoproteinů (hnRNP). HnRNP jsou proteiny vázající RNA a komplexují se s heterogenní jadernou RNA (hnRNA). Tyto proteiny jsou spojeny s pre-mRNA v jádru a zdá se, že ovlivňují zpracování pre-mRNA a další aspekty metabolismu a transportu mRNA. Zatímco všechny hnRNP jsou přítomny v jádru, zdá se, že některé přecházejí mezi jádrem a cytoplazmou. Proteiny hnRNP mají odlišné vlastnosti vázání nukleových kyselin. Protein kódovaný tímto genem má dvě repetice kvazi-RRM domén, které se vážou na RNA. Tento gen byl popsán pro generování dvou alternativně sestřižených variant transkriptu, které kódují různé izoformy.^[7]HnRNPA2B1 je autoantigen při autoimunitních onemocněních, jako je revmatoidní artritida, systémový lupus erythematodes a smíšené onemocnění pojivové tkáně. Když se označuje jako autoantigen, hnRNPA2B1 je také známý jako RA33.

Proteiny HNRNPA2 a HNRNPB1 se účastní balení nascentní mRNA, alternativního sestřihu a přenosu, translace a stabilizace cytoplazmatické RNA. Zdá se, že HNRNPA2 a HNRNPB1 fungují také při údržbě telomer, buněčné proliferaci a diferenciaci a transportu glukózy.^[8]^[9]

Funkci genu HNRNPA2B1 lze efektivně vyšetřit knockdownem siRNA na základě nezávislé validace.^[10]

Interakce

HNRPA2B1 bylo prokázáno komunikovat s kasein kináza 2, alfa 1.^[11]

Role v nemocech

Mutace p.D290V / 302V v hnRNPA2B1 se podílí na demenci, myopatii, PDB a ALS.^[12] Mutace v hnRNPA2B1 a hnRNPA1 způsobují Amyotrofní laterální skleróza a multisystémová proteinopatie.^[13] Bylo zjištěno, že hnRNPA2 / Bl aktivuje cyklooxygenázu-2 a podporuje růst nádoru u lidských plicních nádorů.^[14]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000122566 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000004980 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Biamonti G, Ruggiu M, Saccone S, Della Valle G, Riva S (srpen 1994). „Dva homologní geny, vzniklé duplikací, kódují lidské proteiny hnRNP A2 a A1“. Nucleic Acids Res. 22 (11): 1996–2002. doi:10.1093 / nar / 22.11.1996. PMC 308112. PMID 8029005.
^ „Chyba 403“.
^ „Entrez Gene: HNRPA2B1 heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 / B1“.
^ „HNRNPA2B1 heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 / B1 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“.
^ „Chyba 403“.
^ Munkácsy, Gyöngyi; Sztupinszki, Zsófia; Herman, Péter; Bán, Bence; Pénzváltó, Zsófia; Szarvas, Nóra; Győrffy, Balázs (1. ledna 2016). „Ověření účinnosti umlčování RNAi pomocí dat genového pole ukazuje 18,5% poruchovost ve 429 nezávislých experimentech“. Molekulární terapie - nukleové kyseliny. 5 (9): e366. doi:10.1038 / mtna.2016.66. ISSN 2162-2531. PMC 5056990. PMID 27673562.
^ Pancetti F, Bosser R, Krehan A, Pyerin W, Itarte E, Bachs O (červen 1999). „Heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 interaguje s proteinovou kinázou CK2“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 260 (1): 17–22. doi:10.1006 / bbrc.1999.0849. PMID 10381337.
^ Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z, MacLea KS, Freibaum B, Li S, Molliex A, Kanagaraj AP, Carter R, Boylan KB, Wojtas AM, Rademakers R, Pinkus JL, Greenberg SA , Trojanowski JQ, Traynor BJ, Smith BN, Topp S, Gkazi AS, Miller J, Shaw CE, Kottlors M, Kirschner J, Pestronk A, Li YR, Ford AF, Gitler AD, Benatar M, King OD, Kimonis VE, Ross ED, Weihl CC, Kratší J, Taylor JP (2013). „Mutace v prionových doménách v hnRNPA2B1 a hnRNPA1 způsobují multisystémovou proteinopatii a ALS“. Příroda. 495 (7442): 467–73. doi:10.1038 / příroda1122. PMC 3756911. PMID 23455423.
^ Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z a kol. Mutace v prionových doménách v hnRNPA2B1 a hnRNPA1 způsobující proteinopatii a ALS. Nature 2013; 495: 467–73. Dostupný z: https://www.researchgate.net/publication/235770144_Mutations_in_prion-like_domains_in_hnRNPA2B1_and_hnRNPA1_cause_multisystem_proteinopathy_and_ALS [zpřístupněno 28. března 2017].
^ Xuan Yang, Wang Jingshu, Ban Liying, Lu Jian-Jun, Yi Canhui, Li Zhenglin, Yu Wendan, Li Mei, Xu Tingting, Yang Wenjing, Tang Zhipeng, Tang Ranran, Xiao Xiangsheng, Meng Songshu, Chen Yiming, Liu Quentin, Huang Wenlin, Guo Wei, Cui Xiaonan, Deng Wuguo, (2016), hnRNPA2 / B1 aktivuje cyklooxygenázu-2 a podporuje růst nádorů u lidských karcinomů plic, Molecular Oncology, 10, doi: 10,1016 / j.molonc.2015.11.010. Dostupný z: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1016/j.molonc.2015.11.010/abstract;jsessionid=F7FAA0EE2ECB0751450320F2792BFD9E.f03t01

Další čtení

Dawson SJ, White LA (1992). „Léčba endokarditidy Haemophilus aphrophilus ciprofloxacinem“. J. Infect. 24 (3): 317–20. doi:10.1016 / S0163-4453 (05) 80037-4. PMID 1602151.
Bauw G, Rasmussen HH, van den Bulcke M, van Damme J, Puype M, Gesser B, Celis JE, Vandekerckhove J (1990). „Dvourozměrná gelová elektroforéza, elektroblotování proteinů a mikrosekvenování: přímé spojení mezi proteiny a geny“. Elektroforéza. 11 (7): 528–36. doi:10,1002 / elps.1150110703. PMID 1699755. S2CID 24768114.
Wilk HE, Schaefer KP, Agris PF, Boak AM, Kovacs SA (1991). „Asociace U1 SnRNP s HnRNP zahrnuje počáteční nespecifickou interakci nezávislou na sestřihu místa proteinu U1 SnRNP s HnRNA.“ Mol. Buňka. Biochem. 106 (1): 55–66. doi:10.1007 / BF00231189. PMID 1833625. S2CID 22696966.
Burd CG, Swanson MS, Görlach M, Dreyfuss G (1989). „Primární struktury heterogenních nukleárních ribonukleoproteinů proteinů A2, B1 a C2: rozmanitost proteinů vázajících RNA je generována malými peptidovými inzerty“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 86 (24): 9788–92. doi:10.1073 / pnas.86.24.9788. PMC 298587. PMID 2557628.
Kumar A, Williams KR, Szer W (1986). "Purifikace a doménová struktura jádrových hnRNP proteinů Al a A2 a jejich vztah k jednořetězcovým proteinům vázajícím DNA". J. Biol. Chem. 261 (24): 11266–73. PMID 3733753.
Faura M, Renau-Piqueras J, Bachs O, Bosser R (1995). "Diferenciální distribuce heterogenních jaderných ribonukleoproteinů v tkáních potkanů". Biochem. Biophys. Res. Commun. 217 (2): 554–60. doi:10.1006 / bbrc.1995.2811. PMID 7503735.
Kozu T, Henrich B, Schäfer KP (1995). "Struktura a exprese genu (HNRPA2B1) kódujícího lidský hnRNP protein A2 / B1". Genomika. 25 (2): 365–71. doi:10.1016 / 0888-7543 (95) 80035-K. PMID 7789969.
Van Laer L, Van Camp G, Green ED, Huizing EH, Willems PJ (1997). „Fyzické mapování genu HOXA1 a genu hnRPA2B1 v YAC kontig z lidského chromozomu 7p14-p15“. Hučení. Genet. 99 (6): 831–3. doi:10,1007 / s004390050457. PMID 9187682. S2CID 42177403.
Neubauer G, král A, Rappsilber J, Calvio C, Watson M, Ajuh P, Sleeman J, Lamond A, Mann M (1998). "Hmotnostní spektrometrie a vyhledávání v EST databázi umožňuje charakterizaci komplexu multiproteinových spliceosomů". Nat. Genet. 20 (1): 46–50. doi:10.1038/1700. PMID 9731529. S2CID 585778.
Montuenga LM, Zhou J, Avis I, Vos M, Martinez A, Cuttitta F, Treston AM, Sunday M, Mulshine JL (1998). „Exprese heterogenních jaderných ribonukleoproteinů A2 / B1 se mění s kritickými stadii vývoje plic savců“. Dopoledne. J. Respir. Cell Mol. Biol. 19 (4): 554–62. doi:10.1165 / ajrcmb.19.4.3185. hdl:10171/20162. PMID 9761751.
Pancetti F, Bosser R, Krehan A, Pyerin W, Itarte E, Bachs O (1999). „Heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 interaguje s proteinovou kinázou CK2“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 260 (1): 17–22. doi:10.1006 / bbrc.1999.0849. PMID 10381337.
Hamilton BJ, Nichols RC, Tsukamoto H, Boado RJ, Pardridge WM, Rigby WF (1999). „hnRNP A2 a hnRNP L se vážou na 3'UTR mRNA transportéru glukózy 1 a existují jako komplex in vivo“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 261 (3): 646–51. doi:10.1006 / bbrc.1999.1040. PMID 10441480.
Nichols RC, Wang XW, Tang J, Hamilton BJ, High FA, Herschman HR, Rigby WF (2000). Msgstr "RGG doména v hnRNP A2 ovlivňuje subcelulární lokalizaci". Exp. Cell Res. 256 (2): 522–32. doi:10,1006 / excr. 2000,4827. PMID 10772824.
Matsui M, Horiguchi H, Kamma H, Fujiwara M, Ohtsubo R, Ogata T (2000). "Testis- a vývojová fáze specifická exprese hnRNP A2 / B1 sestřihových izoforem, B0a / b". Biochim. Biophys. Acta. 1493 (1–2): 33–40. doi:10.1016 / s0167-4781 (00) 00154-8. PMID 10978504.
Zhou J, Allred DC, Avis I, Martínez A, Vos MD, Smith L, Treston AM, Mulshine JL (2001). „Diferenciální exprese časného detekčního markeru rakoviny plic, heterogenního nukleárního ribonukleoproteinu-A2 / B1 (hnRNP-A2 / B1) u normálního karcinomu prsu a neoplastického karcinomu prsu“. Breast Cancer Res. Zacházet. 66 (3): 217–24. doi:10.1023 / A: 1010631915831. PMID 11510693. S2CID 27708432.
Pioli PA, Rigby WF (2001). „Protein von Hippel-Lindau interaguje s heteronukleárním ribonukleoproteinem a2 a reguluje jeho expresi“. J. Biol. Chem. 276 (43): 40346–52. doi:10,1074 / jbc.M105391200. PMID 11517223.
Kim SH, Dierssen M, Ferreres JC, Fountoulakis M, Lubec G (2001). "Zvýšené hladiny proteinů heterogenního jaderného ribonukleoproteinu A2 / B1 v mozcích fetálního Downova syndromu". Exprese proteinů v mozku s Downovým syndromem. J. Neural Transm. Suppl. str. 273–80. doi:10.1007/978-3-7091-6262-0_22. ISBN 978-3-211-83704-7. PMID 11771750.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H, Mann M, Lamond AI (2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Curr. Biol. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Li S, Zhang P, Freibaum BD a kol. (2016). "Genetická interakce hnRNPA2B1 a DNAJB6 v modelu multisystémové proteinopatie Drosophila". Lidská molekulární genetika. 25 (5): 936–950. doi:10,1093 / hmg / ddv627. PMC 4754048. PMID 26744327.
Herman S, Fischer A, Presumey J, Hoffmann M, Koenders MI, Escriou V, Apparailly F, Steiner G (2015). „Inhibice zánětu a eroze kostí interferencí RNA - umlčování heterogenní jaderné RNP A2 / B1 ve dvou experimentálních modelech revmatoidní artritidy“. Artritida a revmatologie. 67 (9): 2536–2546. doi:10,1002 / článek 39223. PMID 26017221.
Kentaro I, Shinji K, Shoko U, Akihito M, Nozomi O, Tatsuki S, Senko T, Tomoe K, Yoichi T, Kengo M, Takao Y, Shingo D, Isamu S, Fumio S (2015). „Ridaifen G, analog tamoxifenu, je silné protinádorové léčivo působící prostřednictvím kombinatorické asociace s mnoha buněčnými faktory.“ Bioorganická a léčivá chemie. 23 (18): 6118–6124. doi:10.1016 / j.bmc.2015.08.001. PMID 26314924.
Geissler R, Simkin A, Floss D, Patel R, Fogarty EA, Scheller J, Grimson A (2016). „Rozsáhlá sekvenčně specifická cesta rozpadu mRNA zprostředkovaná hnRNPs A1 a A2 / B1“. Geny a vývoj. 30 (9): 1070–1085. doi:10.1101 / gad.277392.116. PMC 4863738. PMID 27151978.
QU XH, LIU JL, ZHONG XW, LI X, ZHANG QG (2015). „Pohledy na role hnRNP A2 / B1 a AXL v nemalobuněčném karcinomu plic“. Onkologické dopisy. 10 (3): 1677–1685. doi:10.3892 / ol.2015.3457. PMC 4533760. PMID 26622731.
Alarcón CR, Goodarzi H, Lee H, Liu X, Tavazoie S, Tavazoie SF (2015). „HNRNPA2B1 je mediátor událostí zpracování nukleární RNA závislých na m6A“. Buňka. 162 (6): 1299–1308. doi:10.1016 / j.cell.2015.08.011. PMC 4673968. PMID 26321680.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000122566 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000004980 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8029005-5] Biamonti G, Ruggiu M, Saccone S, Della Valle G, Riva S (srpen 1994). „Dva homologní geny, vzniklé duplikací, kódují lidské proteiny hnRNP A2 a A1“. Nucleic Acids Res. 22 (11): 1996–2002. doi:10.1093 / nar / 22.11.1996. PMC 308112. PMID 8029005.

[6] „Chyba 403“.

[entrez-7] „Entrez Gene: HNRPA2B1 heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 / B1“.

[8] „HNRNPA2B1 heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 / B1 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“.

[9] „Chyba 403“.

[10] Munkácsy, Gyöngyi; Sztupinszki, Zsófia; Herman, Péter; Bán, Bence; Pénzváltó, Zsófia; Szarvas, Nóra; Győrffy, Balázs (1. ledna 2016). „Ověření účinnosti umlčování RNAi pomocí dat genového pole ukazuje 18,5% poruchovost ve 429 nezávislých experimentech“. Molekulární terapie - nukleové kyseliny. 5 (9): e366. doi:10.1038 / mtna.2016.66. ISSN 2162-2531. PMC 5056990. PMID 27673562.

[pmid10381337-11] Pancetti F, Bosser R, Krehan A, Pyerin W, Itarte E, Bachs O (červen 1999). „Heterogenní jaderný ribonukleoprotein A2 interaguje s proteinovou kinázou CK2“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 260 (1): 17–22. doi:10.1006 / bbrc.1999.0849. PMID 10381337.

[12] Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z, MacLea KS, Freibaum B, Li S, Molliex A, Kanagaraj AP, Carter R, Boylan KB, Wojtas AM, Rademakers R, Pinkus JL, Greenberg SA , Trojanowski JQ, Traynor BJ, Smith BN, Topp S, Gkazi AS, Miller J, Shaw CE, Kottlors M, Kirschner J, Pestronk A, Li YR, Ford AF, Gitler AD, Benatar M, King OD, Kimonis VE, Ross ED, Weihl CC, Kratší J, Taylor JP (2013). „Mutace v prionových doménách v hnRNPA2B1 a hnRNPA1 způsobují multisystémovou proteinopatii a ALS“. Příroda. 495 (7442): 467–73. doi:10.1038 / příroda1122. PMC 3756911. PMID 23455423.

[13] Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z a kol. Mutace v prionových doménách v hnRNPA2B1 a hnRNPA1 způsobující proteinopatii a ALS. Nature 2013; 495: 467–73. Dostupný z: https://www.researchgate.net/publication/235770144_Mutations_in_prion-like_domains_in_hnRNPA2B1_and_hnRNPA1_cause_multisystem_proteinopathy_and_ALS [zpřístupněno 28. března 2017].

[14] Xuan Yang, Wang Jingshu, Ban Liying, Lu Jian-Jun, Yi Canhui, Li Zhenglin, Yu Wendan, Li Mei, Xu Tingting, Yang Wenjing, Tang Zhipeng, Tang Ranran, Xiao Xiangsheng, Meng Songshu, Chen Yiming, Liu Quentin, Huang Wenlin, Guo Wei, Cui Xiaonan, Deng Wuguo, (2016), hnRNPA2 / B1 aktivuje cyklooxygenázu-2 a podporuje růst nádorů u lidských karcinomů plic, Molecular Oncology, 10, doi: 10,1016 / j.molonc.2015.11.010. Dostupný z: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1016/j.molonc.2015.11.010/abstract;jsessionid=F7FAA0EE2ECB0751450320F2792BFD9E.f03t01

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]