HERPUD1 - HERPUD1

HERPUD1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1WGD
Identifikátory
Aliasy	HERPUD1, HERP, Mif1, SUP, homocysteinem indukovatelný ER protein s doménou 1 jako ubikvitin
Externí ID	OMIM: 608070 MGI: 1927406 HomoloGene: 40973 Genové karty: HERPUD1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	56,944,864 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	94,395,377 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba iontového kanálu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • molekulární funkce; • vazba na bílkoviny, přemostění zapojené do rozpoznávání substrátu pro ubikvitinaci;
Buněčná složka	• integrální součást membrány; • Lewyho tělo; • komplex vápníkového kanálu; • membrána endoplazmatického retikula; • membrána; • endoplazmatické retikulum;
Biologický proces	• negativní regulace endoplazmatického retikula vnitřní apoptotické signální dráhy vyvolané stresem; • negativní regulace aktivity endopeptidázy cysteinového typu účastnící se apoptotického procesu; • ubikvitin-dependentní proteinový katabolický proces; • negativní regulace vnitřní apoptotické signální dráhy; • regulace ubikvitinace bílkovin; • regulace endoplazmatického retikula vnitřní apoptotické signální dráhy vyvolané stresem; • buněčná homeostáza iontů vápníku; • endoplazmatické retikulum homeostáza vápenatých iontů; • reakce na stres endoplazmatického retikula; • PERK zprostředkovaná rozložená proteinová odpověď; • pozitivní regulace katabolického procesu proteinu závislého na ubikvitinu závislého na ER; • regulace katabolického procesu proteinu závislého na ubikvitinu závislého na ER; • reakce na rozvinutý protein; • retrográdní transport bílkovin, ER na cytosol; • pozitivní regulace vazby na bílkoviny; • endoplazmatické retikulum rozložilo proteinovou odpověď; • ubikvitinace bílkovin;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9709
	64209
	ENSG00000051108
	ENSMUSG00000031770
	Q15011
	Q9JJK5
	NM_001010989; NM_001010990; NM_001272103; NM_014685
	NM_022331; NM_001357205
	NP_001010989; NP_001259032; NP_055500; NP_001259032.1
	NP_071726; NP_001344134
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Homocystein reagující na endoplazmatický retikulum rezidentní ubiquitin-like protein člena 1 proteinu je protein že u lidí je kódován HERPUD1 gen.^[5]^[6]^[7]

Akumulace rozložených proteinů v endoplazmatickém retikulu (ER) spouští reakci na stres ER. Tato reakce zahrnuje inhibici translace, aby se zabránilo další akumulaci rozložených proteinů, zvýšená exprese proteinů podílejících se na skládání polypeptidů, známá jako reakce rozloženého proteinu (UPR), a destrukce nesprávně složených proteinů ER související s degradací proteinu (ERAD) Systém. Tento gen může hrát roli v UPR i ERAD. Jeho exprese je indukována UPR a ve své promotorové oblasti má prvek reakce na stres ER, zatímco kódovaný protein má N-koncovou doménu podobnou ubikvitinu, která může interagovat se systémem ERAD. Ukázalo se, že tento protein interaguje s presenilinovými proteiny a zvyšuje hladinu amyloid-beta proteinu po jeho nadměrné expresi. Alternativní sestřih tohoto genu produkuje více variant transkriptu, některé kódují různé izoformy. Úplná povaha všech variant přepisu nebyla stanovena.^[7]

Interakce

HERPUD1 bylo prokázáno komunikovat s UBQLN1^[8] a UBQLN2.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000051108 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031770 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Kokame K, Agarwala KL, Kato H, Miyata T (říjen 2000). „Herp, nový membránový protein podobný ubikvitinu indukovaný stresem z endoplazmatického retikula“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32846–53. doi:10,1074 / jbc.M002063200. PMID 10922362.
^ van Laar T, Schouten T, Hoogervorst E, van Eck M, van der Eb AJ, Terleth C (březen 2000). „Nový MMS-indukovatelný gen Mif1 / KIAA0025 je cílem rozvinuté dráhy proteinové odpovědi“. FEBS Dopisy. 469 (1): 123–31. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01253-9. PMID 10708769. S2CID 6419566.
^ ^A ^b „Entrez Gene: HERPUD1 homocysteinem indukovatelný, endoplazmatický retikulum stresem indukovatelný, ubikvitin podobný člen domény 1“.
^ ^A ^b Kim TY, Kim E, Yoon SK, Yoon JB (květen 2008). „Herp zvyšuje odbourávání proteinů souvisejících s ER náborem ubikilinů“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 369 (2): 741–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2008.02.086. PMID 18307982.

Další čtení

van Laar T, van der Eb AJ, Terleth C (červen 2001). "Mif1: chybějící spojení mezi rozvinutou cestou reakce proteinu a degradací proteinu spojenou s ER?". Současná věda o proteinech a peptidech. 2 (2): 169–90. doi:10.2174/1389203013381189. PMID 12370023.
Nomura N, Miyajima N, Sazuka T, Tanaka A, Kawarabayasi Y, Sato S a kol. (1995). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. I. Kódující sekvence 40 nových genů (KIAA0001-KIAA0040) odvozené analýzou náhodně vzorkovaných cDNA klonů z lidské nezralé myeloidní buněčné linie KG-1“. Výzkum DNA. 1 (1): 27–35. doi:10.1093 / dnares / 1.1.27. PMID 7584026.
Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (duben 1996). „Metoda„ dvojitého adaptéru “pro vylepšenou konstrukci knihovny brokovnic“. Analytická biochemie. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W a kol. (Duben 1997). "Sekvenování cDNA ve velkém měřítku". Výzkum genomu. 7 (4): 353–8. doi:10,1101 / gr. 7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Kokame K, Kato H, Miyata T (březen 2001). „Identifikace ERSE-II, nového cis působícího prvku odpovědného za reakci na savci rozvinutou proteinovou závislost závislou na ATF6“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (12): 9199–205. doi:10,1074 / jbc.M010486200. PMID 11112790.
Sai X, Kawamura Y, Kokame K, Yamaguchi H, Shiraishi H, Suzuki R a kol. (Duben 2002). „Endoplazmatický retikulum stresem indukovatelný protein, Herp, zvyšuje presenilinem zprostředkovanou generaci amyloidního beta-proteinu“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (15): 12915–20. doi:10,1074 / jbc.M112372200. PMID 11799129.
Chtarbova S, Nimmrich I, Erdmann S, Herter P, Renner M, Kitajewski J, Müller O (listopad 2002). „Myší Nr4a1 a Herpud1 jsou up-regulovány Wnt-1, ale homologní lidské geny jsou nezávislé na aktivaci beta-kateninem“. The Biochemical Journal. 367 (Pt 3): 723–8. doi:10.1042 / BJ20020699. PMC 1222938. PMID 12153396.
Sai X, Kokame K, Shiraishi H, Kawamura Y, Miyata T, Yanagisawa K, Komano H (říjen 2003). „Doména Herp podobná ubikvitinu se podílí na Herp degradaci, ale není nezbytná pro její zvýšení tvorby amyloidního beta-proteinu“. FEBS Dopisy. 553 (1–2): 151–6. doi:10.1016 / S0014-5793 (03) 01009-3. PMID 14550564. S2CID 1109038.
Schulze A, Standera S, Buerger E, Kikkert M, van Voorden S, Wiertz E a kol. (Prosinec 2005). „Protein HERP ubikvitinové domény tvoří komplex se složkami degradační dráhy spojené s endoplazmatickým retikulem“. Journal of Molecular Biology. 354 (5): 1021–7. doi:10.1016 / j.jmb.2005.10.020. PMID 16289116.
Lim J, Hao T, Shaw C, Patel AJ, Szabó G, Rual JF a kol. (Květen 2006). „Síť interakce protein-protein pro lidské zděděné ataxie a poruchy degenerace Purkyňových buněk“. Buňka. 125 (4): 801–14. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Liang G, Audas TE, Li Y, Cockram GP, Dean JD, Martyn AC a kol. (Listopad 2006). „Luman / CREB3 indukuje transkripci proteinu stresové reakce endoplazmatického retikula (ER) Herp prostřednictvím prvku reakce na stres ER“. Molekulární a buněčná biologie. 26 (21): 7999–8010. doi:10.1128 / MCB.01046-06. PMC 1636730. PMID 16940180.
Lenz B, Bleich S, Beutler S, Schlierf B, Schwager K, Reulbach U a kol. (Prosinec 2006). "Homocystein reguluje expresi Herp pomocí methylace DNA zahrnující vazebná místa AARE a CREB". Experimentální výzkum buněk. 312 (20): 4049–55. doi:10.1016 / j.yexcr.2006.09.004. PMID 17020760.

Tento článek o gen na lidský chromozom 16 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000051108 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031770 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10922362-5] Kokame K, Agarwala KL, Kato H, Miyata T (říjen 2000). „Herp, nový membránový protein podobný ubikvitinu indukovaný stresem z endoplazmatického retikula“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32846–53. doi:10,1074 / jbc.M002063200. PMID 10922362.

[pmid10708769-6] van Laar T, Schouten T, Hoogervorst E, van Eck M, van der Eb AJ, Terleth C (březen 2000). „Nový MMS-indukovatelný gen Mif1 / KIAA0025 je cílem rozvinuté dráhy proteinové odpovědi“. FEBS Dopisy. 469 (1): 123–31. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01253-9. PMID 10708769. S2CID 6419566.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: HERPUD1 homocysteinem indukovatelný, endoplazmatický retikulum stresem indukovatelný, ubikvitin podobný člen domény 1“.

[pmid18307982-8] A ^b Kim TY, Kim E, Yoon SK, Yoon JB (květen 2008). „Herp zvyšuje odbourávání proteinů souvisejících s ER náborem ubikilinů“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 369 (2): 741–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2008.02.086. PMID 18307982.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]