FAM200A - FAM200A
| FAM200A | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||||||||||||||||
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | FAM200A, C7orf38, rodina se sekvenční podobností 200 členů A | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | HomoloGene: 89159 Genové karty: FAM200A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
| Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 7: 99,55 - 99,56 Mb | n / a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [2] | n / a | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
C7orf38 je gen lokalizovaný na chromozom 7 v lidském genomu.[3] Gen je exprimován téměř ve všech typech tkání na velmi nízkých úrovních.[4] Evolučně se nachází v celém království animalia. Zatímco vědecká komunita plně nerozumí funkci proteinu, bioinformatické nástroje ukázaly, že protein je velmi podobný zinkový prst nebo transposáza bílkoviny. Mnoho z toho ortology, paralogy Bylo prokázáno, že sousední geny mají domény se zinkovým prstem.[5] Protein obsahuje doménu dimerizace hAT blízko své C-konec.[6] Tato doména je vysoce zachována v transposáza enzymy.[7]
Gen
C7orf38 se nachází na chromozomu 7 v q22.1. Jeho genomová sekvence obsahuje 5 612 bp. Převládající přepis obsahuje dva exony a má délku 2 507 bp.[8] Přeložený protein obsahuje 573 aminokyseliny.[9]
Složení bílkovin
573 aminokyselinový protein má molekulovou hmotnost 66 280,05.[10] The izoelektrický bod Bylo zjištěno, že se vyskytuje při pH 5,775, přibližně o 1,6 pH nižším než je průměrné lidské pH.[11] Jsou zřejmé dvě odchylky od prototypových lidských proteinů. Protein obsahuje méně, než se očekávalo glycin zbytky a je bohatý na leucin zbytky.[12] Neexistují žádné silné sekce hydrofobicita nebo hydrofilnost. Nepředpokládá se tedy, že bude transmembránový protein.
Genové sousedství
Čtyři geny v nejbližší blízkosti C7orf38 na chromozomu 7 vykazují podobnou funkci, z nichž mnohé jsou transkripční faktory.[13]
| název | Orientace | Funkce |
|---|---|---|
| ZNF789 | Začátek: 98 908 451 bp od pter Konec: 98 923 153 bp od pter Velikost: 14 703 bází Orientace: plus vlákno | Gen kóduje protein 789 zinkového prstu. Funkčně bylo navrženo, aby se gen účastnil regulace transkripce. Předpokládá se použití vazby iontů zinku. |
| ZNF394 | Začátek: 98 928 790 bp od pter Konec: 98 935 813 bp od pter Velikost: 7 024 bází Orientace: minus vlákno | Gen kóduje protein zinkového prstu 394. Nadměrná exprese nad ZNF394 inhibuje transkripci c-jun a Ap-1. To naznačuje, že se jedná o transkripční represor. |
| ZKSCAN5 | Začátek: 98 940 209 bp od pter Konec: 98 969 381 bp od pter Velikost: 29 173 bází Orientace: plus vlákno | Gen kóduje zinkový prst s KRAB a SCAN doménami 5. Tento gen kóduje protein se zinkovým prstem z rodiny Kruppel. Protein obsahuje SCAN box a KRAB A doménu. |
| ZNF655 | Začátek: 98 993 981 bp od pter Konec: 99 012 012 bp od pter Velikost: 18 032 bází Orientace: plus vlákno | Gen kóduje protein zinkového prstu 655. Bylo objeveno mnoho alternativně sestřižených transkriptů kódujících odlišné izoformy. |
| Mihuya | Začátek: 99 149 738 bp od pter Konec: 99 149 626 bp od pter Velikost: 112 bází Orientace: plus vlákno | Gen Mihuya nekóduje velký nebo známý funkční protein. Antisense vztah k C7orf38 zvyšuje možnost regulace výrazu. |
Paralogy
Osm paralogy se nacházejí v člověku proteom.[5] Podobně jako sousední geny funguje mnoho paralogů jako zinkové prsty nebo transkripční faktory.
| název | NCBI přístupové číslo | Délka (AA) | % Identity k C7orf38 | % Podobnost s C7orf38 |
|---|---|---|---|---|
| hypotetický protein LOC285550 | NP_001138663.1 | 657 | 79 | 91 |
| protein se zinkovým prstem typu MYM 6 | NP_009098.3 | 1325 | 38 | 60 |
| Protein obsahující doménu SCAN 3 | NP_443155.1 | 1325 | 39 | 60 |
| protein obsahující BED doménu se zinkovým prstem 5 | NP_067034.2 | 692 | 35 | 57 |
| Buster3 odvozený od transposonu podobný transposáze | NP_071373.2 | 594 | 32 | 53 |
| obecný protein transkripčního faktoru II-I opakující se doménu 2B | NP_001003795.1 | 949 | 25 | 46 |
| GTF2I opakovaná doména obsahující 2 | NP_775808.2 | 949 | 24 | 45 |
| Protein interagující s EPM2A 1 | NP_055620.1 | 607 | 22 | 42 |
Ortology
Ortology k C7orf38 lze evolučně vysledovat prostřednictvím rostlin.[5] Toto není rozsáhlý seznam ortologů. Účelem je poskytnout evoluční přehled o ochraně C7orf38.
| Běžné jméno | Rod a druh | NCBI přístupové číslo | Délka (AA) | % Identity k C7orf38 | % Podobnost s C7orf38 |
|---|---|---|---|---|---|
| Šimpanz | Pan troglodyty | XP_001139775.1 | 573 | 99 | 99 |
| Makak opice | Macaca fascicularis | BAE01234.1 | 573 | 96 | 98 |
| Kůň | Equus caballus | XP_001915370.1 | 573 | 81 | 84 |
| Prase | Sus scrofa | XP_001929194 | 1323 | 39 | 61 |
| Kráva | Bos taurus | XP_875656.2 | 1320 | 38 | 61 |
| Myš | Mus musculus | CAM15594.1 | 1157 | 37 | 60 |
| Domácí pes | Canis lupus familiaris | ABF22701.1 | 609 | 37 | 60 |
| Krysa | Rattus rattus | NP_001102151.1 | 1249 | 37 | 59 |
| Vačice | Monodelphis domestica | XP_001372983.1 | 608 | 37 | 59 |
| Kuře | Gallus gallus | XP_424913.2 | 641 | 37 | 58 |
| Žába | Xenopus (Silurana) tropicalis | ABF20551.1 | 656 | 37 | 56 |
| Zebra ryby | Danio rerio | XP_001340213.1 | 609 | 37 | 56 |
| Hrachová mšice | Acyrthosiphon pisum | XP_001943527.1 | 659 | 36 | 54 |
| brouk | Tribolium castaneum | ABF20545.1 | 599 | 35 | 55 |
| Mořské stříkání | Ciona intestinalis | XP_002119512.1 | 524 | 34 | 52 |
| Hydra | Hydra magnipapillata | XP_002165429.1 | 572 | 29 | 52 |
| Puffer ryby | Tetraodon nigroviridis | CAF95678.1 | 539 | 28 | 47 |
| Komár | Anopheles gambiae | XP_558399.5 | 591 | 28 | 47 |
| Mořský ježek | Strongylocentrotus purpuratus | ABF20546.1 | 625 | 27 | 47 |
| Travní rostlina | Čirok bicolor | XP_002439156.1 | 524 | 25 | 40 |
| Široký listový strom | Populus trichocarpa | XP_002319808.1 | 788 | 21 | 39 |
Struktura
Protein
CBLast byl použit ke stanovení strukturně příbuzného proteinu s experimentálně stanovenou strukturou. Ukázalo se, že protein Hermes DNA transpozáza z nadrodiny Hermes DBD je strukturně podobný (Evalue: 1E-6).[14]
| hAT dimerizační doména | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | čepice | ||||||||
| Pfam | PF05699 | ||||||||
| InterPro | IPR008906 | ||||||||
| |||||||||
Doména dimerizace hAT se nachází na C-konec z transposáza prvky patřící do nadrodiny aktivátoru (nadrodina prvků hAT). Izolovaná dimerizační doména tvoří in vitro extrémně stabilní dimery.[7]
mRNA
K předpovědi sekundární struktury zralé sekvence mRNA byl použit program MFOLD dostupný na serveru Rensselaer BioInformatics Server.[15]Primární sekvence sekundárních struktur mRNA vykazovala vysokou úroveň ochrany v ortologech, což naznačuje strukturální význam.
Distribuce tkání
Zdá se, že gen je exprimován ve většině typů tkání.[16] Velmi nízké hladiny exprese byly pozorovány prostřednictvím est profilů a nebyla pozorována žádná odchylka mezi zdravotními nebo vývojovými stavy.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000221909 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „University of California Santa Cruz“. Citováno 2010-05-10.
- ^ „NCBI UniGene“. Citováno 2010-05-10.
- ^ A b C "NCBI BLAST". Citováno 2010-05-10.
- ^ „KEGG“. Citováno 2010-05-10.
- ^ A b Essers L, Adolphs RH, Kunze R (2000). „Vysoce konzervovaná doména transpozázy aktivátoru kukuřice je zapojena do dimerizace“. Rostlinná buňka. 12 (2): 211–224. doi:10.2307/3870923. JSTOR 3870923. PMC 139759. PMID 10662858.
- ^ "Fam200A". Citováno 2010-05-10.
- ^ „Přístupové číslo proteinu NCBI“. Citováno 2010-05-10.
- ^ "AAStats. SDSC Biology WorkBench". Citováno 2010-05-10.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „IP. SDSC Biology WorkBench“. Citováno 2010-05-10.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ "SAPS. SDSC Biology WorkBench". Citováno 2010-05-10.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ "AceView". Citováno 2010-05-10.
- ^ „Hermesova transpozáza DNA“. Citováno 2010-05-10.
- ^ "Fam200A". Archivovány od originál dne 22. 05. 2010. Citováno 2010-05-10.
- ^ „NCBI UniGene“. Citováno 2010-04-22.