FAM149B1 - FAM149B1 - Wikipedia
The Rodina se sekvenční podobností 149 členů B1 je necharakterizovaný protein[1] zakódováno člověkem FAM149B1 gen, s jedním aliasem KIAA0974.[2][3] Protein spočívá v jádru buňky. Předpokládaná sekundární struktura genu obsahuje několik alfa-helixů s několika strukturami beta-listů. Gen je konzervován u savců, ptáků, plazů, ryb a některých bezobratlých. Protein kódovaný tímto genem obsahuje proteinovou doménu DUF3719, která je konzervována napříč svými ortology.[3] Protein je exprimován na mírně podprůměrných úrovních ve většině typů lidských tkání, s vysokou expresí v tkáních mozku, ledvin a varlat, přičemž vykazuje relativně nízké hladiny exprese v tkáních pankreatu.[4][5]
Gen
Tento gen má možných 14 exony. Je umístěn na předním řetězci chromozomu 10 v 10q22.2 na pozitivním řetězci.[6] Celkové rozpětí genu, včetně 5 'a 3' UTR, je 3149 párů bází. Gen je vlevo lemován NUDT13 (nudix hydroláza 13) a vpravo DNAJC9-AS1 (DNAJC9 antisense RNA 1).
Izoformy
Protein FAM149B1 má možných 10 izoformy, které jsou určeny prostřednictvím alternativní sestřih genu.
| Název izoformy | Přistoupení | Exons | Délka (bp) |
| Primární přepis | NM_173348.1 | Vše (14) | 3149 |
| X1 | XM_005269744.2 | Vše (14) | 3108 |
| X2 | XM_011539737.2 | 13 | 2935 |
| X3 | XM_005269745.2 | 13 | 3006 |
| X4 | XM_017016164.1 | 12 | 2810 |
| X5 | XM_017016165.1 | 11 | 2779 |
| X6 * | XM_017016166.1 | 9 | 2816 |
| X6 * | XM_005269747.3 | 9 | 2923 |
| X7 | XM_017016167.1 | 9 | 1485 |
| X8 | XM_011539740.2 | 9 | 1447 |
Protein
Obecné vlastnosti
Primární protein kódovaný genem FAM149B1 je dlouhý 583 aminokyselin a má molekulovou hmotnost 64 kDal. Protein obsahuje konzervovanou proteinovou doménu DUF3719[8][6] nachází se na aminokyselinách 115–179. Izoelektrický bod proteinu před posttranslačními úpravami je 6,3,[9] a tento izoelektrický bod je relativně zachován v izoformách proteinu, zejména v těch s nejpodobnějším složením exonů. Tento protein je považován za bohatý na seriny v tom, že exprimuje vyšší serinové složení ve srovnání se složením jiných lidských proteinů.[10][11] Toto vysoce serinové složení je také vidět v ortologech genu.
Varianty spoje
Varianty sestřihu proteinu demonstrují některé sdílené vlastnosti proteinu, který je přeložen z primárního transkriptu. Protože každá izoforma má jinou délku a obsahuje různé kombinace dostupných exonů, existují rozdíly v izoelektrickém bodě a molekulové hmotnosti. Izoformy nejblíže hmotnosti a složení exonu primárnímu přepisu obecně sdílejí tyto vlastnosti. Proteinové izoformy, kterým chybí konzervovaná doména DUF3719, jsou izoformy X5 a X6, protože tato doména je obsažena mezi exony 3–6.
| Název izoformy | Přistoupení | Molekulová hmotnost (kDal) | Délka (aa) | Isoelektrický bod |
| Primární přepis | NP_775483.1 | 64 | 582 | 6.3 |
| X1 | XP_005269801.1 | 63.7 | 574 | 6.3 |
| X2 | XP_011538039.1 | 62.6 | 560 | 7.5 |
| X3 | XP_005269802.1 | 59.8 | 540 | 6.4 |
| X4 | XP_016871653.1 | 57.8 | 518 | 7.7 |
| X5 | XP_016871654.1 | 53 | 476 | 6.8 |
| X6 * | XP_016871655.1 | 46.6 | 419 | 7.5 |
| X6 * | XP_005269804.1 | 46.6 | 419 | 7.5 |
| X7 | XP_016871656.1 | 41 | 368 | 5.1 |
| X8 | XP_011538042.1 | 38 | 348 | 5.2 |
Struktura
Existuje shluk negativních nábojů z aminokyselin 212 až 239. Shluky negativních nábojů často koordinují ionty vápníku, hořčíku nebo zinku, protein vázající manózu nebo aminopeptidáza.[12] Protein neobsahuje žádné shluky kladných nebo smíšených nábojů. Předpokládá se, že sekundární struktura proteinu je většinou kombinací alfa-šroubovice s několika předpokládanými beta-list struktur.
Subcelulární lokalizace
Subcelulární polohou proteinu je jádro.[13] Tady je leucinový zip vzor v proteinu začínající na aminokyselině 347.[14]
Posttranslační úpravy
Acetylace
Předpokládá se, že třetí aminokyselina v proteinové sekvenci je serin acetylovaný.[15]
Fosforylace
Existuje několik předpokládaných fosforylace pro tuto proteinovou sekvenci jsou predikována místa na různých aminokyselinách serinu, tyrosinu a threoninu.[16] Konzervovaná doména DUF3719 obsahuje 7 předpokládaných fosforylačních míst.
Sumoylace
Jeden předpovídal sumoylace místo bylo identifikováno v proteinové sekvenci na K267.[17]
Výraz
Celkově v lidském těle je tento gen exprimován na úrovních mírně pod průměrnou úrovní exprese lidského genu.[18] Protein je exprimován ve většině buněčných typů lidského těla.[19] Většina experimentů ukazuje vyšší expresi tohoto proteinu v ledvinách, varlatech a mozkových tkáních, s velmi nízkou expresí pozorovanou v tkáních pankreatu.[4][5] Gen je exprimován v nižších úrovních než jeho normální exprese ve většině rakovinných tkání. Je také patrné, že gen je nejvíce exprimován ve fetálních a kojeneckých tkáních.[20]
Data z DNA microarray
DNA microarray analytické experimenty ukazují vzorce exprese FAM149B1 ve srovnání s několika jinými geny ve vzorku. Ukázalo se, že FAM149B1 je na nižší úrovni exprese než většina ostatních genů v a mnohočetný myelom buněčné linie a bylo prokázáno, že se zvyšuje na téměř průměrnou úroveň genové exprese po beta-katenin byl ze vzorku vyčerpán.[21]
Bylo také prokázáno, že exprese FAM149B1 klesá na nižší než průměrnou hladinu genové exprese v buněčné linii rakoviny vaječníků po použití protinádorového léčiva s názvem NSC319726.[13]
Transkripční regulace
Gen má devět různých identifikovaných promotorových oblastí, které korelují s různými izoformami genu. Promotor pro primární transkript genu má vazebná místa pro řadu různých transkripčních faktorů.
Interagující proteiny
Aktuální data podporují interakce proteinu FAM149B1 se 6 různými proteiny.
Bylo stanoveno, že jeden protein je interagující protein s FAM149B1 prostřednictvím afinitní chromatografie techniky.
- The TBC1D32 protein hraje roli v mnoha biologických procesech včetně stanovení symetrie levé / pravé, morfogeneze embryonální číslice, vývoje srdce, vývoje čočky v oku kamery typu, nepohyblivé sestavy cilium, lokalizace proteinu do cilium, vývoje pigmentového epitelu sítnice a vyhlazené signalizace dráha zapojená do vzorování dorální / ventrální neurální trubice. Tento protein je klasifikován jako vývojový protein.[22]
Dalších pět proteinů, u nichž se předpokládá interakce s proteinem FAM149B1, bylo nalezeno procesem těžba textů.
- Lidský protein ABHD8 (Alpha / Beta Hydrolase Domain-Containing Protein 8) je protein hydrolázy nacházející se v extracelulárním exosomu.[23]
- Protein METTL16 (obsahující doménu methyltransferázy 10) je methyltransferáza nacházející se v jádru a cytosolu buňky.[24] Tento protein byl experimentálně určen k interakci YARS protein (tyrosyl-tRNA syntetáza), který katalyzuje připojení tyrosinu k tRNA, a MEPCE (Methylphosphate Capping Enzyme), který přidává methylfosfátový uzávěr na 5-konci 7SK snRNA.
- SLC6A17 (Solute Carrier Family 6 Member 17) je vezikulární transportér závislý na sodíku, který je selektivní pro prolin, glycin, leucin a alanin a není závislý na chloridech, jako většina ostatních transportérů v jeho rodině.[25]
- Předpokládá se, že gen TM2D1 (protein vázající na amyloidy) se účastní na apoptóze vyvolané beta-amyloidy svou interakcí s beta-APP42 a také má aktivitu receptoru spojeného s G-proteinem. Tento protein se nachází hlavně v jádru a plazmatické membráně buňky.[26]
- Protein DNAJc9 (DnaJ Heat Shock Protein Family (Hsp40) Member C9) může hrát roli co-chaperonu proteinů rodiny Hsp70 HSPA1A, HSPA1B a HSPA8. Tento protein se nachází extracelulárně a v jádře, plazmatické membráně a cytosolu.
Homologie / evoluce
Paralog
Je známý jeden paralog, FAM149A.[27] Nachází se na lidském chromozomu 4 ve 4q35.1. Funkce proteinu kódovaného tímto genem není dobře známa, ale obsahuje také proteinovou doménu DUF3719. Protein přeložený tímto genem má 21,2% identitu[28] s proteinem FAM149B1. Proteinová sekvence je dlouhá 482 aminokyselin.
Ortology
Tento gen má ortology přes savce, ptáky, plazy, ryby a některé bezobratlé.[3] U savců existuje vysoká konzervace, u mnoha dalších ortologů obratlovců mírná konzervace a u několika ortologů bezobratlých nízká konzervace.[29][28]
| Rodové druhy | Běžné jméno | Čas divergence (MYA)[30] | Přístupové číslo | Délka (aa) | Identita[28] | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Homo sapiens | Člověk | - | NP_775483.1 | 582 | 100% |
| 2 | Pongo abelii | Orangutan sumaterský | 15.76 | XP_009243761.1 | 587 | 93.0% |
| 3 | Papio anubis | Pavián | 29.4 | XP_003903829.1 | 582 | 93.6% |
| 4 | Mus musculus | Myš | 90 | XP_006518391.1 | 544 | 73.5% |
| 5 | Bos mutus | Domácí Yak | 96 | XP_005910201.1 | 584 | 86.0% |
| 6 | Orcinus orca | Kosatka, Orca | 96 | XP_004273176.1 | 585 | 87.0% |
| 7 | Ailuropoda melanoleuca | Obrovská Panda | 96 | XP_011224744.1 | 590 | 82.7% |
| 8 | Orycteropus afer afer | Aardvark | 105 | XP_007938812.1 | 583 | 84.0% |
| 9 | Monodelphis domestica | Vačice krátkonohá | 159 | XP_007478430.1 | 587 | 73.5% |
| 10 | Sarcophilus harrisii | tasmánský čert | 159 | XP_012396086.1 | 588 | 72.0% |
| 11 | Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | 177 | XP_007658720.1 | 506 | 48.1% |
| 12 | Gallus gallus | Kuře | 312 | XP_004942035.1 | 602 | 50.4% |
| 13 | Lepidothrix coronata | Modro-korunovaný manakin | 312 | XP_017688171.1 | 576 | 47.5% |
| 14 | Haliaeetus albicilla | Orel mořský | 312 | XP_009911204.1 | 589 | 49.4% |
| 15 | Falco peregrinus | Sokol stěhovavý | 312 | XP_005235226.1 | 597 | 49.2% |
| 16 | Chrysemys picta bellii | Západní malovaná želva | 312 | XP_008169104.1 | 596 | 56.1% |
| 17 | Pelodiscus sinensis | Čínská softshellová želva | 312 | XP_014433498.1 | 487 | 47.1% |
| 18 | Alligator mississippiensis | Americký aligátor | 312 | XP_014464842.1 | 596 | 55.0% |
| 19 | Xenopus tropicalis | Západní drápá žába | 352 | NP_001278638.1 | 561 | 39.8% |
| 20 | Danio rerio | Zebra ryby | 435 | NP_001074134.1 | 644 | 37.7% |
| 21 | Lepisosteus oculatus | Skvrnitý gar | 435 | XP_015202055.1 | 647 | 37.9% |
| 22 | Oreochromis niloticus | Nilská tilapie | 435 | XP_005474333.1 | 683 | 34.3% |
| 23 | Callorhinchus milii | Australský ghostshark | 473 | XP_007897395.1 | 638 | 36.8% |
| 24 | Ciona intestinalis | Mořské stříkání | 676 | XP_002129894.1 | 807 | 24.5% |
| 25 | Aplysia californica | Kalifornský mořský slimák | 797 | XP_012945921.1 | 312 | 16.9% |
Klinický význam
Zatímco vědci tento gen do značné míry dobře nerozumí, ukázalo se, že je spojován s celou řadou různých rakovinných nádorů.[31][32]
Gen FAM149B1 je také zahrnut v oblasti 11 genů, která zahrnuje jednu z 15 oblastí obsahujících mutace spojené s Africký trpaslík fenotyp.[33][34]
Reference
- ^ "Rodina Homo sapiens se sekvenční podobností 149 členů B1 (FAM149B1), mRNA". Citováno 6. února 2017.
- ^ "FAM149B1 rodina se sekvenční podobností 149 členů B1". Citováno 6. února 2017.
- ^ A b C „Gene: FAM149B1“. Ensembl. Citováno 6. února 2017.
- ^ A b Atlas lidského proteinu, FAM149B1 http://www.proteinatlas.org/ENSG00000138286-FAM149B1/tissue
- ^ A b NCBI, Národní centrum pro biotechnologické informace, H. sapiens FAM149B1 ETS https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/317662
- ^ A b „FAM149B1 Gene“. Genové karty. Citováno 6. února 2017.
- ^ "Rodina FAM149B1 se sekvenční podobností 149 členů B1 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-06.
- ^ „Protein neznámé funkce DUF3719 (IPR022194)“. InterPro.
- ^ PI, Biology Workbench. Program Dr. Luca Toldo, vyvinutý na http://www.embl-heidelberg.de. Změněno Bjoernem Kindlerem, aby se vytiskl také nejnižší nalezený čistý poplatek. K dispozici na EMBL WWW Gateway to Isoelectric Point Service {{cite web | url = http: //www.embl-heidelberg.de/cgi/pi-wrapper.pl | title = archivovaná kopie | accessdate = 2014-05-10 | url -status = mrtvý | archiveurl = https: //web.archive.org/web/20081026062821/http: //www.embl-heidelberg.de/cgi/pi-wrapper.pl | archivedate = 2008-10-26}}
- ^ AASTATS, Biology Workbench. Jack Kramer, 1990.
- ^ SAPS, Biology Workbench. Algoritmus: Brendel, V., Bucher, P., Nourbakhsh, I.R., Blaisdell, B.E. & Karlin, S. (1992) „Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí“ Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 2002-2006. Program: Volker Brendel, Katedra matematiky, Stanford University, Stanford CA 94305, USA
- ^ Zhu, Z. Y .; Karlin, S. (06.06.1996). "Klastry nabitých zbytků v proteinových trojrozměrných strukturách". Sborník Národní akademie věd. 93 (16): 8350–8355. Bibcode:1996PNAS ... 93.8350Z. doi:10.1073 / pnas.93.16.8350. ISSN 0027-8424. PMC 38674. PMID 8710874.
- ^ A b C d „GDS4877 / 213463_s_at“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-07.
- ^ „PSORT prediction tool“. GenScript.
- ^ NetAcet: Predikce stránek pro acetylaci N-terminálů., Přístup přes Expasy. Lars Kiemer, Jannick Dyrløv Bendtsen a Nikolaj Blom. Přijato v bioinformatice, 2004.
- ^ NetPhos: Predikce posttranslační glykosylace a fosforylace proteinů z aminokyselinové sekvence. Blom N, Sicheritz-Ponten T, Gupta R, Gammeltoft S, Brunak S. Proteomics: Jun; 4 (6): 1633-49, recenze 2004.
- ^ Program analýzy SUMOplot, vyvinutý společností Abgent, Copyright © 2013 -2017 http://www.abgent.com/sumoplot
- ^ "Výsledky hledání FAM149B1". pax-db.org. Citováno 2017-05-07.
- ^ NCBI GeoProfile, Homo sapiens FAM149B1, profil GDS596 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596%3A213463_s_at
- ^ Skupina, Schuler. „Profil EST - Hs.408577“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-07.
- ^ A b „GDS3578 / 213463_s_at“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-07.
- ^ Huttlin, E., Ting, L., Bruckner, R., Gebreab, F., Gygi, M., Szpyt, J.,. . . Gygi, S. (2015). Síť BioPlex: Systematický průzkum lidského interaktomu. Cell, 162 (2), 425-440. doi: 10.1016 / j.cell.2015.06.043
- ^ „ABHD8_HUMAN“. UniProt.
- ^ „METTL16 Gene“. Genové karty. Archivovány od originál dne 16. 11. 2011.
- ^ "SLC6A17 gen". Genové karty. Archivovány od originál dne 07.11.2011.
- ^ "TM2D1 gen". Genové karty. Archivovány od originál dne 30.11.2011.
- ^ "Rodina Homo sapiens se sekvenční podobností 149 členů A (FAM149A), t - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2017-05-06.
- ^ A b C „ALIGN“. Pracovní stůl biologie. Citováno 26. února 2017.
- ^ "NCBI BLAST". Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 26. února 2017.
- ^ "Time Tree". Časový strom. Citováno 26. února 2017.
- ^ Ikeda, A; Shimizu, T; Matsumoto, Y (19. září 2013). „Somatické mutace receptoru leptinu jsou časté v cirhotických játrech infikovaných HCV a jsou spojeny s haptocelulárním karcinomem.“ Gastroenterologie. 146 (1): 222–32. doi:10.1053 / j.gastro.2013.09.025. hdl:2433/180778. PMID 24055508.
- ^ Hadj-Hamou, NS; Lae, M; Almeida, A (24. dubna 2012). „Transkriptomový podpis endotelových lymfatických buněk koexistuje s podpisem chronického oxidačního stresu u radiačně indukovaných post-radioterapeutických angiosarkomů prsu“. Karcinogeneze. 33 (7): 1399–405. doi:10.1093 / carcin / bgs155. PMID 22532251.
- ^ Detekce konvergentních signálů adaptace na tropické lesy u lidí v celém genomu. (Článek v oblasti výzkumu) Amorim, Carlos Eduardo G.; Daub, Josephine T.; Salzano, Francisco M.; Foll, Matthieu; Excoffier, LaurentPLoS ONE, 7. dubna 2015, sv. 10 (4), p.e0121557 [recenzovaný deník]
- ^ Adaptivní vývoj lokusů překrývajících se s lidským africkým trpasličím fenotypem Mendizabal, Isabel; Marigorta, Urko; Lao, Oscar; Comas, DavidHuman Genetics, 2012, sv. 131 (8), str. 1305-1317 [recenzovaný časopis]