FAM114A1 - FAM114A1
| FAM114A1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | FAM114A1, Noxp20, rodina se sekvenční podobností 114 členů A1 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 1915553 HomoloGene: 12259 Genové karty: FAM114A1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | n / a | Chr 5: 64,97 - 65,04 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Protein FAM114A1 také známý jako nadměrně exprimovaný protein v nervovém systému 20 (NOXP20) je a protein že u lidí je kódován FAM114A1 gen.[4] Ortology FAM114A1 lze nalézt v organismech taxonomicky vzdálených od Homo sapiens tak jako Drosophila. Jak se však očekávalo, lidský FAM114A! je spíše jako u primátů než u jiných ortologů. FAM114A1 jednu má paralog, FAM114A2, který také kóduje protein neznámé funkce.
Gen
FAM114A1 se nachází na krátkém rameni Chromozom 4 (4.p14) u lidí na předním řetězci smysl, začíná na základním páru 38869354 a končí na 38947365.[4] Jeho mRNA má 4138 bp. Gen má následující sousedy na stejném chromozomu:
- TLR1: Toll-like receptor (TLR) 1 hraje roli v patogen uznání a aktivace imunita.
- TLR6: Toll-like receptor (TLR) 6 hraje roli v patogen uznání a aktivace imunita.
- TMEM156: Gen kóduje a transmembránový protein.
- KLHL5: Kelch-like 5, má se za to, že jeho protein hraje roli v aktivaci lymfocytů.[5]
Homologie
| Rod a druh | Běžné jméno | Přístupové číslo | Sekv. délka | Sekv. identita | Sekv. podobnost |
| Pan troglodyty | Šimpanz | XP_517149.2 | 563 a | 99% | 99% |
| Macaca mulatta | Makak rhesus | EHH25809,1 | 563 a | 97% | 98% |
| Nomascus leucogenys | Gibbon severní s bílou tváří | XP_003258632.1 | 562 a | 97% | 98% |
| Macaca fascicularis | Krabí jíst makak | EHH53615.1 | 563 a | 96% | 98% |
| Pongo abelii | Orangutan sumaterský | XP_002814719.1 | 563 a | 98% | 96% |
| Equus caballus | Kůň | XP_001498667.1 | 562 a | 88% | 93% |
| Loxodonta africana | Slon africký | XP_003411349.1 | 558 a | 85% | 91% |
| Heterocephalus glaber | Nahý krtek krysy | EHB16215.1 | 561 a | 86% | 90% |
| Cavia porcellus | morče | XP_003471670.1 | 569 a | 86% | 90% |
| Bos taurus | Kráva | XP_588946.3 | 563 a | 84% | 90% |
| Sus scrofa | Divočák | XP_003128969.1 | 562 a | 84% | 90% |
| Ailuropoda melanoleuca | Obrovská Panda | XP_002928170.1 | 570 a | 83% | 89% |
| Canis lupus familiaris | Pes | XP_536261.3 | 560 a | 83% | 88% |
| Rattus norvegicus | Krysa | XP_573600.2 | 567 a | 78% | 83% |
| Mus musculus | Myš | BAB30694.1 | 569 a | 77% | 83% |
| Monodelphis domestica | Šedý vačice s krátkým ocasem | XP_001374188.1 | 562 a | 72% | 81% |
| Meleagris gallopavo | Divoký krocan | XP_003205919.1 | 563 a | 64% | 76% |
| Gallus gallus | Kuře | XP_423859.3 | 561 a | 64% | 75% |
| Taeniopygia guttata | Zebra pěnkava | XP_002189709.1 | 565 a | 61% | 75% |
| Anolis carolinensis | Carolina Anole | XP_003226293.1 | 539 a | 61% | 75% |
| Danio rerio | Zebra ryby | NP_001082947.1 | 546 a | 57% | 72% |
| Xenopus (silurana) tropicalis | Západní drápá žába | XP_002938704.1 | 424 a | 66% | 79% |
Výraz
NOXP20 je nadměrně exprimován v mozku,[6] microarray data [7] za použití Atlas mozku Allen poskytuje důkaz tohoto výrazu. Data z profilu NCBI GEO [8] ukazuje, že ačkoliv je FAM114A1 exprimován v mozku, jeho exprese přesahuje nervová tkáň zahrnout většinu typů tkání do lidského těla. Profily GEO také ukazují, že FAM114A1 je více vyjádřen v mezenchymu kmenové buňky než v nediferencovaných kmenových buňkách. Další experimenty [8] prokázali, že existují určité faktory, které ovlivňují expresi FAM114A1. Jedním příkladem je přímý vztah mezi nadměrnou expresí CLDN-1 a nadměrnou expresí FAM114A1.
Protein
NOXP20 se skládá z 563 aminokyseliny a váží 60742 Da s izoelektrickým hrotem 4,415 999. O podrobnostech tohoto proteinu je známo jen málo, nicméně existuje mnoho vědeckých předpovědí pro strukturu a funkci proteinu. Jako každý jiný protein, i tento protein prochází posttranslačními úpravami. Modifikace, která se ukázala jako pravdivá, je fosforylace na dvou aminokyselinách proteinu 196 a 199.
Struktura
Existuje několik nástrojů k předpovědi sekundární struktury proteinu. Jedním z nástrojů, který kombinuje výsledky několika z nich, je PELE na SDSC Biology WorkBench.[9] Podle tohoto nástroje jsou sekundární strukturou proteinu většinou alfa helixy a cívky s některými beta vlákny kolem struktury.
Interakce
Neexistuje důkaz o žádných interakcích, které má protein FAM114A1 s jinými proteiny v lidském těle. U myší však byla detekována interakce mezi FAM114A1 a CDGSH doménou síry železa 2.[10]Existuje 77% identita a 83% podobnost mezi aminokyseliny NOXP20 u těchto dvou druhů (Homo sapiens a Mus musculus ). Vzhledem k úzkému vztahu mezi těmito dvěma druhy můžeme předpokládat, že NOXP20 má stejnou interakci u lidí.
Funkce
Přesná funkce NOXP20 stále není dobře známa. Existují však důkazy, že protein nese a kaspáza nábor domény.[6] To vím kaspáza podílí se na apoptóze, tyto informace nás vedou k domněnce, že NOXP20 může hrát roli v apoptóze a regulaci proliferace buněk.
Reference
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029185 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b "Rodina FAM114A1 se sekvenční podobností 114, člen A1 [Homo sapiens]". NCBI. Citováno 22. dubna 2012.
- ^ „Genové karty“. Genecards. Citováno 28. dubna 2012.
- ^ A b Boucquey M, De Plaen E, Locker M, Poliard A, Mouillet-Richard S, Boon T, Kellermann O (říjen 2006). „Noxp20 a Noxp70, dva nové markery časné neuronální diferenciace, detekované v neuroektodermických prekurzorových buňkách odvozených od teratokarcinomu“. Journal of Neurochemistry. 99 (2): 657–69. doi:10.1111 / j.1471-4159.2006.04093.x. PMID 17029606.
- ^ „Micro-Array Data“. Allenův institut pro mozkovou vědu. Citováno 28. dubna 2012.
- ^ A b „Geo profily“. NCBI. Citováno 28. dubna 2012.
- ^ „Biology Workbench“. SDSC Biology WorkBench. Citováno 28. dubna 2012.
- ^ "Tětiva". STRING 9.0. Citováno 28. dubna 2012.
Další čtení
- Boucquey M, De Plaen E, Locker M, Poliard A, Mouillet-Richard S, Boon T, Kellermann O (říjen 2006). „Noxp20 a Noxp70, dva nové markery časné neuronální diferenciace, detekované v neuroektodermických prekurzorových buňkách odvozených od teratokarcinomu“. Journal of Neurochemistry. 99 (2): 657–69. doi:10.1111 / j.1471-4159.2006.04093.x. PMID 17029606.