Stabilní RNA intronové sekvence proti viru Epstein – Barrové - Epstein–Barr virus stable intronic-sequence RNAs

Stabilní intronová sekvence RNA viru Epstein – Barrové
Identifikátory
SymbolEBVSIS
Další údaje
RNA typsisRNA
DoményHerpesviridae;
PDB strukturPDBe

Stabilní RNA s intronovou sekvencí (ebv-sisRNA) proti viru Epstein – Barr jsou třídou nekódující RNA generováno opakováním introny v Virus Epstein – Barr. Po EBER 1 a 2 je ebv-sisRNA-1 třetí nejhojnější EBV RNA generovanou během vysoce onkogenní druh latence viru (latence III). Zachování sekvence ebv-sisRNA a sekundární struktura mezi EBV a jinými herpesviry navrhnout sdílené funkce při latentní infekci.

Pozadí

The Virus Epstein – Barr (EBV) infikuje až 95% dospělých[1] a je původcem infekce mononukleóza ("mono"). Infekce EBV vede k celoživotnímu. Latentní infekce jsou „spící“, což znamená, že nejsou aktivní viriony jsou produkovány, avšak virus generuje bílkoviny a RNA modulovat interakce hostitel-virus, které udržují latentní infekci. Způsoby, které je třeba ještě plně určit, způsobují infikování EBV B buňky náchylnější k rakovině (např. Hodgkinův lymfom, Burkittův lymfom, a karcinom nosohltanu ). Nekódující RNA (ncRNA) mají v tomto procesu roli. Strukturované ncRNA jsou zvláště zajímavé, protože slouží široké škále funkcí, na které se zaměřuje intenzivní úsilí charakterizovat a archivovat v takových projektech jako Rfam.[2][3]

Nedávná studie o použití ncRNA v EBV bioinformatika a RNA-sekv identifikoval více oblastí ve svém genomu, které pravděpodobně obsahují funkční RNA.[4] Tyto regiony zahrnuty EBER -1 a -2, v-snoRNA1 a většina známých virových miRNA. Kromě těchto známých EBV ncRNA tato analýza identifikovala nové RNA, včetně dvou stabilních intronových sekvencí (sis) RNA. Introny, typicky se rychle rozkládají v buňce, ale mohou přetrvávat a hromadit se ve velkém množství, když plní funkční roli. Takové sisRNA byly nalezeny v Xenopus oocyty.[5] Stabilní introny se nacházejí také v jiných herpesviry například Přepis spojený s latencí HHV, který hraje důležitou roli při údržbě latence viru.[6]

Obrázek 1. Transkript latence III EBV ukazující umístění stabilních intronů EBV W opakujících se.
Obrázek 2. Sekundární struktura ebv-sisRNA-1

V EBV jsou sisRNA generovány z oblasti známé jako W repetice. Tato oblast je přepsána během typu virová latence to je velmi onkogenní (latence typu III) a také ve vzácném typu latence (latence s omezením Wp) pozorované u ~ 15% endemických Burkittův lymfom.[7] Sestřih z těchto W opakujících se transkriptů produkuje krátký intron a dlouhý intron (obr. 1), které se oba hromadí u člověka infikovaného EBV ve velkém množství B buňky. Ve skutečnosti je ebv-sisRNA-1 třetí nejhojněji produkovanou EBV RNA po EBER1 a EBER2, které jsou vysoce exprimovány v buňkách infikovaných EBV.,[8][9] Přítomnost těchto RNA v patogenní formě latence naznačuje role v rakovinách spojených s EBV.[4]

ebv-sisRNA-1

Krátký W opakovaný intron, místo aby byl sestříhán a rychle degradován, přetrvává i po sestřihu a je třetí nejhojnější malou ncRNA produkovanou EBV v latenci III. Nukleotidy 4 až 26 ebv-sisRNA-1 tvoří krátký vlásenka který představuje Uridin -obvyklý motiv sekvence (možná platforma pro proteinové interakce) do smyčky. Je nepravděpodobné, že zbytek sekvence bude stabilní Struktura RNA. Tento nestrukturovaný úsek sekvence může být vystaven, aby umožňoval interakce s nukleové kyseliny nebo jiný bílkoviny. Sekvence sisRNA je ~ 100% konzervována v EBV kmenech a homologie rozšiřuje o další lymfokryptoviry. Struktura vlásenky je také zachována a zahrnuje zachování struktury mutace v jeho stonku.[5]

ebv-sisRNA-2

Ebv-sisRNA-2 je generována z dlouhého W opakovaného intronu. Důkazy o stabilní a konzervované struktuře RNA pokrývají ~ 40% této RNA a jedna oblast se může složit do pozoruhodně dlouhé (586 nt) a termodynamicky stabilní vlásenkové smyčky (obr. 2). Kromě kmenů EBV, kde je vlásenka ~ 100% konzervována v sekvenci, se tato struktura nachází také v jiných lymfokrypovirech. Přes vysokou divergenci sekvence mezi těmito homologními RNA je dlouhá vlásenková struktura dobře zachována. To naznačuje, že tato RNA hraje důležitou funkční roli v ebv-sisRNA-2.[5] Velikost ebv-sisRNA-2 (2 791 nt) se více podobá velikosti Přepis spojený s latencí HHV ) a možná bude hrát podobnou roli při údržbě latence viru.[6]

Obrázek 3. Schéma obří vlásenky, která se ohýbá uvnitř ebv-sisRNA-2

Reference

  1. ^ „Virus Epstein – Barr a infekční mononukleóza“. Archivovány od originál dne 20. dubna 2012. Citováno 11. listopadu 2013.
  2. ^ Heilman, J. M .; Kemmann, E .; Bonert, M .; Chatterjee, A .; Ragar, B .; Beards, G. M .; Iberri, D. J .; Harvey, M .; Thomas, B .; Stomp, W .; Martone, M. F .; Lodge, D. J .; Vondracek, A .; De Wolff, J. F .; Liber, C .; Grover, S. C .; Vickers, T. J .; Meskó, B .; Laurent, M. L. R. (2011). „Wikipedia: klíčový nástroj pro globální podporu veřejného zdraví“. Journal of Medical Internet Research. 13 (1): e14. doi:10.2196 / jmir.1589. PMC  3221335. PMID  21282098.
  3. ^ Daub, J .; Gardner, P. P .; Tate, J .; Ramsköld, D .; Manske, M.; Scott, W. G .; Weinberg, Z .; Griffiths-Jones, S .; Bateman, A. (2008). „RNA WikiProject: Komunitní anotace rodin RNA“. RNA. 14 (12): 2462–2464. doi:10.1261 / rna.1200508. PMC  2590952. PMID  18945806.
  4. ^ A b Moss WN, Steitz JA (srpen 2013). „Analýzy viru Epstein – Barrové v celém genomu odhalily konzervované struktury RNA a novou stabilní intronovou sekvenci RNA“. BMC Genomics. 14: 543. doi:10.1186/1471-2164-14-543. PMC  3751371. PMID  23937650.
  5. ^ A b C Gardner EJ, Nizami ZF, Talbot CC, Gall JG (2012). „Stabilní intronová sekvence RNA (sisRNA), nová třída nekódující RNA z jádra oocytů Xenopus tropicalis“. Geny a vývoj. 26 (22): 2550. doi:10.1101 / gad.202184.112. PMC  3505824. PMID  23154985.
  6. ^ A b Farrell MJ, Dobson AT, Feldman LT (01.02.1991). „Přepis související s latencí viru Herpes simplex je stabilní intron“. Sborník Národní akademie věd. 88 (3): 790–794. doi:10.1073 / pnas.88.3.790. PMC  50899. PMID  1846963. (Celý článek zdarma: [1] )
  7. ^ Kelly, G. L .; Long, H. M .; Stylianou, J .; Thomas, W. A .; Leese, A .; Bell, A. I .; Bornkamm, G. W .; Mautner, J .; Rickinson, A. B .; Rowe, M. (2009). Jung, Jae U (ed.). „Antiapoptotický protein viru Epstein-Barrové konstitutivně exprimovaný v transformovaných buňkách a implikovaný v Burkittově lymfomagenezi: vazba Wp / BHRF1“. PLoS patogeny. 5 (3): e1000341. doi:10.1371 / journal.ppat.1000341. PMC  2652661. PMID  19283066.
  8. ^ Conrad NK, Fok V, Cazalla D, Borah S, Steitz JA (2006). „Výzva virových snRNP“. Cold Spring Harb. Symp. Kvant. Biol. 71: 377–384. doi:10,1101 / sqb.2006.71.057. PMID  17381320. Citováno 2010-08-13.
  9. ^ Toczyski DP, Matera AG, Ward DC, Steitz JA (duben 1994). „Malá RNA EBER1 viru Epstein-Barrové (EBV) váže a přemisťuje ribozomální protein L22 v lidských B lymfocytech infikovaných EBV“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (8): 3463–3467. doi:10.1073 / pnas.91.8.3463. PMC  43597. PMID  8159770. Citováno 2010-08-13.

externí odkazy