Endozoicomonas gorgoniicola - Endozoicomonas gorgoniicola

Endozoicomonas gorgoniicola
Vědecká klasifikace
Doména:
Bakterie
Kmen:
Proteobakterie
Třída:
Gammaproteobakterie
Objednat:
Oceanospirillales
Rodina:
Hahellaceae
Rod:
Endozoicomonas
Druh:
E. gorgoniicola
Binomické jméno
Endozoicomonas gorgoniicola
Pike, Haltli a Kerr 2013[1]
Typ kmene
PS125

Endozoicomonas gorgoniicola je Gramnegativní a fakultativně anaerobní bakterie z rodu Endozoicomonas. Jednotlivé buňky jsou pohyblivé a ve tvaru tyče.[2][3] Bakterie v tomto rodu jsou symbionty korálů.[2] E. gorgoniicola žijí konkrétně s měkkými korály (rodina Gorgoniidae ) a byly původně izolovány z druhu Plexaura, an octocoral,[1] u pobřeží Bimini na Bahamách. Přítomnost této bakterie v korálovém mikrobiomu je spojena se zdravím korálů.[4][5]

Morfologie

Černomořský prut Plexaura homomalla (4675579531)

E. gorgoniicola je gramnegativní buňka charakterizovaná vnější a vnitřní membránou, která obklopuje tenkou vrstvu peptidoglykanu.[6] Buňky mají obvykle tyčkovitý tvar a jsou asi 1,7 až 2,5μm dlouhý (průměr 2,0 μm) a průměr 0,4-0,9 μm (průměr 0,7 μm).[1][2] E. gorgoniicola mít bičíky které umožňují pohyblivost. Když je bakterie pokovené na námořní agar kolonie tvoří krémově bílé kruhy o průměru 0,5–1 mm.[1]

Místo výskytu

Stejně jako u většiny mikroorganismů E. gorgoniicola obývá mikroorganismy podél abiotických gradientů malého rozsahu ve větším organismu. Tento druh se vyskytuje u druhů rodu Plexaura, tyčinkovitý měkký korál. Mnoho Endozoicomonas druhy se vyskytují ve více korálových hostitelích, ale E. gorgoniicola byl izolován pouze v Plexaura. Bakterie spojené s korály obývají exoskeleton, v tkáních a v hlenu, který pokrývá povrch korálových polypů.[7][8][4] Vrstva hlenu je jedinečnou a důležitou vlastností korálů; chrání polyp před nežádoucími patogeny a živinami. Většina anti-patogenních vlastností hlenu pochází z bakterií, včetně Endozoicomonas druh.[1] Vnitřní mikrohabitata korálů jsou také obývána endosymbiotikum mikrořas dinoflageláty v rodině Symbiodiniaceae. Bakterie a tyto buňky mikrořas jsou uloženy v gastrodermis a vytvoří symbiotický vztah recyklací živin.[4][7]

Metabolismus

Všeobecné

V oceáně, E. gorgoniicola může růst při teplotách v rozmezí od 15 do 30 ° C. Buňky budou růst, i když pomalu, při koncentracích solí nad 4% a pod 1%. Jako endosymbiotický organismus E. gorgoniicola využívá živiny, ze kterých produkují související dinoflageláty mikrořas fotosyntéza. E. gorgoniicola může použít fotosyntát jako zdroj energie, ale co je důležitější, bakterie rozkládají sekundární sloučeniny, které korály a mikrořasy produkují jako odpad, jako je dimethylsulfoniopropionát (DMSP).[1] Bez této symbiózy by se v polypu hromadily toxické odpadní produkty.

Růst kultury

Optimální růst E. gorgoniicola dochází při 22-30 ° C a pH 8,0. Obsah soli musí být 2–3% NaCl,[1] který je o něco nižší než slanost oceánu - mořská voda je obecně 3,5% NaCl nebo 35 dílů na tisíc.[9] K růstu dochází na mořském agaru 2216. V kultuře E. gorgoniicola využívá cukry jako např laktóza, sladový cukr, D-manóza, a glycerol jako zdroj uhlíku anaerobní dýchání. Je to fakultativní aerobní organismus a může přejít na fermentaci, když chybí kyslík.[1] Tyto bakterie nejsou schopné redukovat dusičnany, což je funkce zásadní pro zdraví korálů; nicméně, E. gorgoniicola přispívají k symbióze redukcí síranů.

Genetika

16S rRNA oblasti DNA z čisté E. gorgoniicola kolonie byly sekvenovány a bylo zjištěno, že jsou novými kmeny Endozoicomonas. DNA může být extrahována z tohoto druhu za použití eubakteriálních 16S rRNA genových primerů 27F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3 ') a 1525R (5'AAGGAGGTGATCCAGCC-3'). Úzce souvisí s dříve pojmenovaným E. elysicola, stejně jako E. montiporae a E. numazuensis. Všechny jsou izolovány od gorgonských (měkkých) korálů.[1] Jak 2018, 1556 párů bází rRNA bylo sekvenováno z E. gorgoniicola genom.[10] Příbuzné druhy E. montiporae má genom asi 5,4 milionu párů bází,[11] a funguje podobně jako E. gorgoniicola, což naznačuje, že mohou mít podobně velký genom.

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i Pike, Rebecca E .; Halti, Brad; Kerr, Russell G. (2013). "Popis Endozoicomonas euniceicola sp. Nov. A Endozoicomonas gorgoniicola sp. Nov., Bakterií izolovaných z oktokorálů Eunicea fusca a Plexaura sp. A upravený popis rodu Endozoicomonas". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 63 (Pt 11): 4294–302. doi:10.1099 / ijs.0.051490-0. PMID  23832969.
  2. ^ A b C "JGI GOLD | Metadata organismu". gold.jgi.doe.gov.
  3. ^ Podstawka, Adam. "Endozoicomonas gorgoniicola PS125 | Typový kmen | NCCB100438, CECT8353 | BacDiveID: 134024". bacdive.dsmz.de.
  4. ^ A b C Bourne, David G .; Morrow, Kathleen M .; Webster, Nicole S. (2016). „Pohledy na korálový mikrobiom: podpora zdraví a odolnosti ekosystémů útesů“. Výroční přehled mikrobiologie. 70 (1): 317–340. doi:10.1146 / annurev-micro-102215-095440. PMID  27482741.
  5. ^ Vezzulli, Luigi; Pezzati, Elisabetta; Huete-Stauffer, Carla; Pruzzo, Carla; Cerrano, Carlo (26. června 2013). „16SrDNA pyrosekvenování středomořské Gorgonian Paramuricea clavata odhaluje souvislost mezi změnami u členů bakteriálního holobiontu, antropogenním vlivem a propuknutím nemocí“. PLOS ONE. 8 (6): e67745. Bibcode:2013PLoSO ... 867745V. doi:10.1371 / journal.pone.0067745. ISSN  1932-6203. PMC  3694090. PMID  23840768.
  6. ^ Brown, Lisa; Vlk, Julie M .; Prados-Rosales, Rafael; Casadevall, Arturo (1. září 2015). „Skrz zeď: extracelulární vezikuly v grampozitivních bakteriích, mykobakteriích a houbách“. Příroda Recenze Mikrobiologie. 13 (10): 620–630. doi:10.1038 / nrmicro3480. PMC  4860279. PMID  26324094.
  7. ^ A b Rosenberg, Eugene; Koren, Omry; Reshef, Leah; Efrony, Rotem; Zilber-Rosenberg, Ilana (květen 2007). "Úloha mikroorganismů ve zdraví, nemoci a vývoji korálů". Recenze přírody. 5 (5): 355–362. doi:10.1038 / nrmicro1635. PMID  17384666.
  8. ^ Ainsworth, Tracy D .; Thurber, Rebecca Vega (2010). „Budoucnost korálových útesů: mikrobiální perspektiva“. Trendy v ekologii a evoluci. 25 (4): 233–240. doi:10.1016 / j.tree.2009.11.001. PMID  20006405.
  9. ^ SMOS. "Sensing salinity". Evropská kosmická agentura.
  10. ^ „Endozoicomonas gorgoniicola - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov.
  11. ^ Ding, Jiun-Yan; Shiu, Jia-Ho; Chen, Wen-Ming; Chiang, Yin-Ru; Tang, Sen-Lin (8. března 2016). „Genomic Insight into the Host – Endosymbiont Relationship of Endozoicomonas montiporae CL-33T with its Coral Host“. Hranice v mikrobiologii. 7: 251. doi:10.3389 / fmicb.2016.00251. PMC  4781883. PMID  27014194.

Další čtení

externí odkazy