Echinobase - Echinobase

Echinobase
Urchin.png
Obsah
PopisMořský ježek
OrganismyOstnokožci
Kontakt
Výzkumné centrumhttp://beckmaninstitute.caltech.edu/crg.shtml
Přístup
webová stránkahttp://www.echinobase.org/

Echinobase je webový informační systém, který katalogizuje různá genomická a biologická data pro ostnokožce clade. Systém poskytuje vyhledávač genů, prohlížeč genomiky a další bioinformatické nástroje pro zkoumání genomových a transkriptomických dat. Informační systém Echinobase se zaměřuje na informace z osmi modelů výzkumu echinoderm: Strongylocentrotus purpuratus, Strongylocentrotus fransciscanus, Allocentrotus fragilis, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvimensis a Ophiothrix spiculata, Eucidaris tribuloides. Cílem Echinobase je podpora molekulární biologické vědy, včetně vývojových procesů a regulačních sítí genů.[1]

Software, hardware a platforma

Echinobase poskytuje srovnávací platformu pro genomiku pro ostnokožce, která zahrnuje genomy a transkriptomy pro Strongylocentrotus purpuratus, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvamensis a Ophiothrix spiculata. Echinobase byl vytvořen pomocí softwaru Maker 2, GLEAN, SNAP, RepeatModeler pipeline, genbank, IPR skenování, NCBI, BLAST, PubMed. Echinobase pracuje v cloudovém prostředí, které využívá Drupal, PHP, CSS, JavaScript a PostgreSQL.

Nástroje a obsah

  • O ostnokožcích podle druhů (trongylocentrotus purpuratus, Patiria miniata, Lytechinus variegatus, Allocentrotus fragilis, Eucidaris tribuloides, Parastichopus parvimensis, Ophiothrix spiculata, Strongylocentrotus franciscanus).
  • Jbrowse
  • VÝBUCH
  • Nástroje: prohlížeč ATAC-seq, vyhledávání genů, tabulka Bac, knihovna obrázků, vyhledávání transkriptomů
  • S purpové vyhledávání genů
  • Pokyny pro genovou nomenklaturu
  • Materiály a metody
  • Zdroje (filtry, bacs, tabulka využití kodonů SU, QPCR primery, Nanostring Codeset.
  • Hledání literatury: Textpresso pro Echinoidea

Publikace a výzkum využívající Echinobase

  • Remodelace a matice mimobuněčné matrix metaloproteinázy (podobná ajMMP-2 a podobná ajMMP-16) během regenerace střeva mořská okurka Apostichopus japonicus.[2]
  • Krátké tandemové repetice, segmentální duplikace, delece genů a genomová nestabilita v rychle diverzifikované rodině imunitních genů.[3]
  • Analýza cytokineze podle elektronová mikroskopie.
  • Přední signální centrum vzory a velikosti přední neuroectoderm embrya mořského ježka.[4]
  • Vývoj a vývoj echinodermu v postgenomické éře.[5]
  • SpBase: databáze mořských ježků a webové stránky[6]
  • Genom mořského ježka Strongylocentrotus purpuratus[7] (The Sea Urchin Sequencing Consortium. Science.)

Viz také

Reference

  1. ^ Kudtarkar, Parul; Cameron, R. Andrew (01.01.2017). „Echinobase: rozšiřující se zdroj pro genomické informace o echinoderm“. Databáze. 2017. doi:10.1093 / databáze / bax074. PMC  5737241. PMID  29220460.
  2. ^ Miao, Ting; Wan, Zixuan; Sun, Lina; Li, Xiaoni; Xing, Lili; Bai, Yucen; Wang, Fang; Yang, Hongsheng (říjen 2017). "Remodelace extracelulární matrix a charakterizace metaloproteináz matrix (podobné ajMMP-2 a podobné ajMMP-16) během regenerace střev mořské okurky Apostichopus japonicus". Srovnávací biochemie a fyziologie. Část B, Biochemie a molekulární biologie. 212: 12–23. doi:10.1016 / j.cbpb.2017.06.011. ISSN  1879-1107. PMID  28687360.
  3. ^ Oren, Matan; Barela Hudgell, Megan A .; D’Allura, Brian; Agronin, Jacob; Gross, Alexandra; Podini, Daniele; Smith, L. Courtney (09.11.2016). „Krátké tandemové repetice, segmentální duplikace, delece genů a genomová nestabilita v rychle diverzifikované imunitní genové rodině“. BMC Genomics. 17 (1): 900. doi:10.1186 / s12864-016-3241-x. ISSN  1471-2164. PMC  5103432. PMID  27829352.
  4. ^ Range, Ryan C .; Wei, Zheng (01.05.2016). „Přední signální centrum vzory a velikosti přední neuroectoderm embrya mořského ježka“. Rozvoj. 143 (9): 1523–1533. doi:10.1242 / dev.128165. ISSN  1477-9129. PMC  4909856. PMID  26952978.
  5. ^ Cary, Gregory A .; Hinman, Veronica F. (2017-07-15). „Vývoj a vývoj echinodermu v postgenomické éře“. Vývojová biologie. 427 (2): 203–211. doi:10.1016 / j.ydbio.2017.02.003. ISSN  1095-564X. PMID  28185788.
  6. ^ Cameron, R. Andrew; Samanta, Manoj; Yuan, podzim; On, Dong; Davidson, Eric (leden 2009). „SpBase: databáze genomu mořského ježka a webová stránka“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D750 – D754. doi:10.1093 / nar / gkn887. ISSN  0305-1048. PMC  2686435. PMID  19010966.
  7. ^ Konsorcium pro sekvenování genomu mořského ježka; Sodergren, E; Weinstock, G. M; Davidson, E. H; Cameron, R. A; Gibbs, R. A; Angerer, R. C; Angerer, L. M; Arnone, M. I; Burgess, D. R; Burke, R. D; Coffman, J. A; Dean, M; Elphick, M.R; Ettensohn, C. A; Foltz, K.R; Hamdoun, A; Hynes, R.O .; Klein, W. H; Marzluff, W; McClay, D. R; Morris, R. L; Mushegian, A; Rast, J. P; Smith, L. C; Thorndyke, M. C; Vacquier, V. D; Wessel, G. M.; Wray, G; et al. (2006-11-10). „Genom mořského ježka Strongylocentrotus purpuratus“. Věda. 314 (5801): 941–952. doi:10.1126 / science.1133609. ISSN  0036-8075. PMC  3159423. PMID  17095691.

externí odkazy

Genové regulační sítě