Diethylpyrokarbonát - Diethyl pyrocarbonate
 | |
 | |
| Jména | |
|---|---|
| Název IUPAC Diethyldikarbonát | |
Ostatní jména
| |
| Identifikátory | |
3D model (JSmol ) | |
| ChEBI | |
| ChEMBL | |
| ChemSpider | |
| Informační karta ECHA | 100.015.039  |
| Číslo ES |
|
| KEGG | |
| Pletivo | Diethylpyrokarbonát |
PubChem CID | |
| UNII | |
Řídicí panel CompTox (EPA) | |
| |
| |
| Vlastnosti | |
| C6H10Ó5 | |
| Molární hmotnost | 162.141 g · mol−1 |
| Vzhled | Čirá, bezbarvá kapalina |
| Hustota | 1,101 g / ml při 25 ° C 1,121 g / ml při 20 ° C |
| Bod varu | 93 až 94 ° C (199 až 201 ° F; 366 až 367 K) při 24 hPa |
| Nebezpečí | |
| Hlavní nebezpečí | Škodlivý |
| Piktogramy GHS |  |
| Signální slovo GHS | Varování |
| H302, H315, H319, H332, H335 | |
| P261, P264, P270, P271, P280, P301 + 312, P302 + 352, P304 + 312, P304 + 340, P305 + 351 + 338, P312, P321, P330, P332 + 313, P337 + 313, P362, P403 + 233, P405, P501 | |
| Bod vzplanutí | 692 ° C (156 ° F; 342 K) uzavřený kelímek |
| Smrtelná dávka nebo koncentrace (LD, LC): | |
LD50 (střední dávka ) | Orálně - krysa - 850 mg / kg |
| Související sloučeniny | |
Související sloučeniny | Di-tert-butyldikarbonát Dimethyldikarbonát |
Pokud není uvedeno jinak, jsou uvedeny údaje o materiálech v nich standardní stav (při 25 ° C [77 ° F], 100 kPa). | |
 ověřit (co je   ?) | |
| Reference Infoboxu | |
Diethylpyrokarbonát (DEPC), také zvaný diethyldikarbonát (IUPAC název), se používá v laboratoř deaktivovat RNáza enzymy ve vodě a na laboratorním náčiní. Činí tak kovalentní modifikace histidin (nejsilněji), lysin, cystein, a tyrosin zbytky.[1][2]
Při manipulaci s DEPC (a tedy bez RNáz) se používá voda RNA v laboratoři, aby se snížilo riziko degradace RNA RNázami.
Voda je obvykle ošetřena 0,1% obj./obj. DEPC po dobu nejméně 2 hodin při teplotě 37 ° C a poté autoklávovaný (minimálně 15 minut) k deaktivaci stop DEPC. Inaktivací DEPC tímto způsobem se získá CO2 a ethanol. Vyšší koncentrace DEPC jsou schopné deaktivovat větší množství RNázy, ale zbývající stopy nebo vedlejší produkty mohou inhibovat další biochemické reakce, jako je transkripce in vitro. Kromě toho je možná chemická modifikace RNA, jako je karboxymethylace, jsou-li přítomny stopy DEPC nebo jeho vedlejších produktů, což má za následek zhoršenou regeneraci intaktní RNA i po výměně pufru (po vysrážení).
DEPC je nestabilní ve vodě a náchylný k hydrolýze na oxid uhličitý a ethanol, zejména v přítomnosti a nukleofil. Z tohoto důvodu nelze DEPC použít s Tris nebo HEPES Nárazníky. Naproti tomu lze použít s fyziologický roztok pufrovaný fosfáty nebo MOPS.[3] Praktickým pravidlem je, že enzymy nebo chemikálie, které mají aktivní -O :, -N: nebo -S:, nemohou být ošetřeny DEPC, aby se staly prostými RNáz, protože DEPC reaguje s těmito druhy. Kromě toho mohou produkty degradace DEPC inhibovat transkripci in vitro.
DEPC derivatizace histidinu se také používá ke studiu důležitosti histidylových zbytků v enzymech. Úpravy histidin výsledkem DEPC vznikají karbethoxylované deriváty na N-omega-2 dusíku imidazol prsten. DEPC modifikace histidinů lze zvrátit působením 0,5 M hydroxylamin při neutrálním pH.
DEPC lze také použít ke zkoumání struktury dvouvláknové DNA.
Reference
- ^ Chirgwin, John M; et al. (1979). "Izolace biologicky aktivní ribonukleové kyseliny ze zdrojů obohacených ribonukleázou". Biochemie. 18 (24): 5294–5299. doi:10.1021 / bi00591a005. PMID 518835.
- ^ Vlk, Barry; Lesnaw, Judith A .; Reichmann, Manfred E. (1970). "Mechanismus nevratné inaktivace hovězí pankreatické ribonukleázy diethylpyrokarbonátem. Obecná reakce diethylpyrokarbonátu s proteiny". European Journal of Biochemistry. 13 (3): 519–25. doi:10.1111 / j.1432-1033.1970.tb00955.x. PMID 5444158.
- ^ „Časté dotazy ohledně DEPC“. Sigma-Aldrich. Citováno 12. srpna 2012.