David Suter (biolog) - David Suter (biologist)
David Suter | |
---|---|
Portrét Davida Sutera | |
narozený | 1978 (věk 41–42) |
Národnost | švýcarský |
Známý jako | Kvantitativní časově rozlišená analýza genové exprese v jednotlivých živých buňkách Jednomolekulární zobrazování dynamiky transkripčních faktorů Mitotické záložky Biologie kmenových buněk |
Akademické pozadí | |
Vzdělávání | Lék Klavír |
Alma mater | University of Geneva |
Akademická práce | |
Disciplína | Buněčná biologie Molekulární biologie |
Subdisciplína | Kvantitativní analýza genová exprese Kontrola identity buňky Biologie kmenových buněk Transkripční faktor dynamika Genomika |
Instituce | École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) |
webová stránka | https://www.epfl.ch/labs/suter-lab/ |
David Suter (narozený 1978 v Švýcarsko ) je švýcarský lékař a molekulární a buněčný biolog. Jeho výzkum se zaměřuje na kvantitativní přístupy ke studiu genová exprese a rozhodnutí o osudu vývojových buněk. V současné době je profesorem na EPFL (École Polytechnique Fédérale de Lausanne), kde vede Suter Lab v Ústavu bioinženýrství School of Life Sciences.[1][2]
Kariéra
Suter studoval lék na University of Geneva a lékařský diplom získal v roce 2004. Promoval v roce 2007 a PhD na embryonální kmenová buňka diferenciace a transgeneze,[3] a v roce 2008 obdržel své Lékař (MD) také z University of Geneva.
V roce 2008 nastoupil do laboratoře Ueli Schibler na Katedře molekulární biologie na Ústavu molekulární biologie University of Geneva na postdoktorské školení. Zde vyvinul novou technologii umožňující ultra-citlivé monitorování kinetiky transkripce v jednotlivých živých buňkách pomocí luminiscenční mikroskopie. Umožnilo demonstrovat, že savčí geny jsou přepisovány během krátkých časových období, nazývaných transkripční dávky, které mají velmi odlišné kinetické vlastnosti pro různé geny. Klíčovým zjištěním bylo, že většina savčích genů musí projít refrakterním obdobím, když jsou neaktivní, než mohou být znovu aktivovány.[4] Suter a vysoké školy využily tento přístup k oddělení vlivu fyziologických stimulů na různé parametry prasknutí.[5] Rovněž prokázali dynamické interakce cirkadiánních transkripčních faktorů a jejich regulaci pomocí proteazom.[6]
V roce 2011 se stal postdoktorandem v Laboratoři v Xiaoliang Sunney Xie na Harvardská Univerzita. Spolu s Christofem Gebhardtem vyvinul Suter novou technologii, která umožňuje vizualizovat a měřit dobu zdržení jednotlivých molekul transkripčních faktorů vázajících se na DNA.[7] Pomocí této technologie byli schopni určit dobu zdržení různých transkripčních faktorů na DNA a umožnili měření podílu molekul vázaných na DNA v populaci transkripčních faktorů. Díky tomu byli schopni rozlišit tři různé způsoby vazby DNA (dimerní, monomerní a nepřímé) a současně zaznamenat vazebné události DNA dvou heterodimerních partnerů. Rozšířením technologie k určení lokalizace jednotlivých molekul RNA polymeráza II v savčích jádrech prokázali, že polymerázy jsou většinou homogenně distribuovány v celém jádře, a proto argumentují proti statickému modelu shlukování v továrnách na transkripci.[8]
Od roku 2013 působí jako profesor na EPFL, kde vede Suterovu laboratoř v Ústavu bioinženýrství České republiky School of Life Sciences.[1][2]
Výzkum
Laboratoř Suter vyvíjí kvantitativní přístupy ke studiu genová exprese v jednotlivých živých buňkách a jejich použití k pochopení molekulárních bází rozhodnutí o osudu buňky.
Kvantitativní analýza genové exprese v jednotlivých živých buňkách
Využití luminiscenční mikroskopie pro ultrazvukové monitorování transkripce v jediném embryonální kmenové buňky (ES), studovali přenos transkripční aktivity skrz buněčné dělení. Zjistili, že časové škály transkripční paměti se pohybovaly v rozmezí dvou až deseti buněčné cykly pro různé savčí geny.[9] Vyvinuli nový přístup založený na fluorescenčním časovači pro současné sledování proteosyntéza a degradace sazby v živých buňkách. V kombinaci se značením proteinů pulzní chase byli schopni určit, jak změny v rychlosti syntézy a degradace formují fluktuace hladin proteinů během buněčný cyklus. Také to našli degradace bílkovin rychlosti se mezi jednotlivými buňkami značně lišily, ale korelovaly s rychlostmi syntézy na úrovni jednotlivých buněk. Tento objev naznačuje, že buňky jsou schopné koordinovat syntézu a degradaci proteinů na variabilitu úrovně pufrového proteinu, a tím zajistit robustní řízení homeostáza bílkovin.[10][11]
Zvládněte transkripční faktory a rozhodování o osudu buněk
Suter Lab se také zajímá o dopad fluktuací transkripčních faktorů na rozhodování o osudu buněk. Zkoumali, zda kolísání úrovní exprese ŘÍJEN 4 a SOX2, dva hlavní regulátory pluripotence, ovlivňují diferenciační potenciál ES buňky. Zjistili, že malé endogenní fluktuace ŘÍJEN 4 a v menší míře SOX2 významně ovlivnit potenciál ES buňky zavázat se k různým zárodečným vrstvám.[13] Také rozebrali dynamickou regulaci chromatin dostupnost průkopnickým transkripčním faktorem ŘÍJEN 4 a demonstroval svou aktivitu v časovém měřítku minut, aby udržel oblasti ochuzené o nukleosomy v DNA regiony regulující identitu ES buňky.[14]
Rozdíly
Suter je členem několika institucí, jako je člen představenstva Švýcarské sítě kmenových buněk,[15] Mezinárodní společnost pro výzkum kmenových buněk (ISSCR) a Evropská společnost pro genovou a buněčnou terapii (ESGCT). Dříve držel a Švýcarská národní vědecká nadace Profesorství (2013-2019).[2]
Soukromý život
Suter se narodil a vyrostl v Ženeva, Švýcarsko. Získal také titul v oboru klasický klavír z Haute école de musique de Genève.[Citace je zapotřebí ]
Vybrané publikace
- Friman, Elias T .; Deluz, Cédric; Meireles-Filho, Antonio CA; Govindan, Subashika; Gardeux, Vincent; Deplancke, Bart; Suter, David M. (2019). „Dynamická regulace dostupnosti chromatinu pluripotenčními transkripčními faktory napříč buněčným cyklem“. eLife. 8. doi:10,7554 / eLife.50087. PMC 6890464. PMID 31794382.[14]
- Strebinger, Daniel; Deluz, Cédric; Friman, Elias T .; Govindan, Subashika; Alber, Andrea B .; Suter, David M. (2019). „Endogenní fluktuace rozhodnutí o osudu pluripotentních buněk ovlivňujících OCT 4 a SOX 2“. Molekulární biologie systémů. 15 (9): e9002. doi:10.15252 / msb.20199002. PMC 6759502. PMID 31556488.[13]
- Phillips, Nicholas E .; Mandic, Aleksandra; Omidi, Saeed; Naef, Felix; Suter, David M. (2019). "Paměť a příbuznost transkripční aktivity v liniích savčích buněk". Příroda komunikace. 10 (1): 1208. Bibcode:2019NatCo..10.1208P. doi:10.1038 / s41467-019-09189-8. PMC 6418128. PMID 30872573.[16]
- Raccaud, Mahé; Friman, Elias T .; Alber, Andrea B .; Agarwal, Harsha; Deluz, Cédric; Kuhn, Timo; Gebhardt, J. Christof M .; Suter, David M. (2019). „Vazba mitotického chromozomu předpovídá vlastnosti transkripčního faktoru v mezifázi“. Příroda komunikace. 10 (1): 487. Bibcode:2019NatCo..10..487R. doi:10.1038 / s41467-019-08417-5. PMC 6353955. PMID 30700703. S2CID 59525214.[17]
- Alber, Andrea Brigitta; Paquet, Eric Raphael; Biserni, Martina; Naef, Felix; Suter, David Michael (2018). „Monitorování obratu proteinů v jedné živé buňce odhaluje mezibuněčnou variabilitu a závislost buněčného cyklu na rychlostech degradace“. Molekulární buňka. 71 (6): 1079–1091.e9. doi:10.1016 / j.molcel.2018.07.023. PMID 30146318.[18]
- Deluz, Cédric; Friman, Elias T .; Strebinger, Daniel; Benke, Alexander; Raccaud, Mahé; Callegari, Andrea; Leleu, Marion; Manley, Suliana; Suter, David M. (2016). "Role pro mitotické označování SOX2 v pluripotenci a diferenciaci". Geny a vývoj. 30 (22): 2538–2550. doi:10,1101 / gad.289256.116. PMID 27920086.[19]
Reference
- ^ A b "Suter-lab". www.epfl.ch. Citováno 2020-08-31.
- ^ A b C „21 nových profesorů na dvou federálních technologických institutech | ETH-Board“. www.ethrat.ch. Citováno 2020-10-12.
- ^ "suter dm krause kh - Výsledky hledání - PubMed". PubMed. Citováno 2020-08-31.
- ^ Suter, D. M .; Molina, N .; Gatfield, D .; Schneider, K .; Schibler, U .; Naef, F. (2011-04-22). "Savčí geny jsou transkribovány s velmi odlišnou kinetikou prasknutí". Věda. 332 (6028): 472–474. Bibcode:2011Sci ... 332..472S. doi:10.1126 / science.1198817. ISSN 0036-8075. PMID 21415320. S2CID 20816960.
- ^ Molina, Nacho; Suter, David M .; Cannavo, Rosamaria; Zoller, Benjamin; Gotic, Ivana; Naef, Félix (17. 12. 2013). „Stimulem indukovaná modulace transkripčního prasknutí v jediném savčím genu“. Sborník Národní akademie věd. 110 (51): 20563–20568. Bibcode:2013PNAS..11020563M. doi:10.1073 / pnas.1312310110. ISSN 0027-8424. PMC 3870742. PMID 24297917.
- ^ Stratmann, Markus; Suter, David Michael; Molina, Nacho; Naef, Felix; Schibler, Ueli (2012-10-26). „Circadian Dbp Transcription Relies on Highly Dynamic BMAL1-CLOCK Interaction with E Boxes and Requires the Proteasome“. Molekulární buňka. 48 (2): 277–287. doi:10.1016 / j.molcel.2012.08.012. ISSN 1097-2765. PMID 22981862.
- ^ Gebhardt, J. Christof M .; Suter, David M .; Roy, Rahul; Zhao, Ziqing W .; Chapman, Alec R .; Basu, Srinjan; Maniatis, Tom; Xie, X. Sunney (2013-03-24). "Jednomolekulární zobrazování transkripčního faktoru vázajícího se na DNA v živých savčích buňkách". Přírodní metody. 10 (5): 421–426. doi:10.1038 / nmeth.2411. ISSN 1548-7105. PMC 3664538. PMID 23524394.
- ^ Zhao, Ziqing W .; Roy, Rahul; Gebhardt, J. Christof M .; Suter, David M .; Chapman, Alec R .; Xie, X. Sunney (2014-01-14). „Prostorová organizace RNA polymerázy II uvnitř buněčného jádra savců odhalená superrozlišovací mikroskopií odraženého světla“. Sborník Národní akademie věd. 111 (2): 681–686. Bibcode:2014PNAS..111..681Z. doi:10.1073 / pnas.1318496111. ISSN 0027-8424. PMC 3896202. PMID 24379392.
- ^ Phillips, Nicholas E .; Mandic, Aleksandra; Omidi, Saeed; Naef, Felix; Suter, David M. (2019-03-14). "Paměť a příbuznost transkripční aktivity v liniích savčích buněk". Příroda komunikace. 10 (1): 1208. Bibcode:2019NatCo..10.1208P. doi:10.1038 / s41467-019-09189-8. ISSN 2041-1723. PMC 6418128. PMID 30872573.
- ^ Mandic, A .; Strebinger, D .; Regali, C .; Phillips, N.E .; Suter, D. M. (01.05.2017). „Nová metoda pro kvantitativní měření genové exprese v jednotlivých živých buňkách“. Metody. Dynamika transkripce. 120: 65–75. doi:10.1016 / j.ymeth.2017.04.008. ISSN 1046-2023. PMID 28456689.
- ^ Alber, Andrea Brigitta; Paquet, Eric Raphael; Biserni, Martina; Naef, Felix; Suter, David Michael (2018-09-20). „Monitorování obratu bílkovin v jedné živé buňce odhaluje mezibuněčnou variabilitu a závislost buněčného cyklu na rychlostech degradace“. Molekulární buňka. 71 (6): 1079–1091.e9. doi:10.1016 / j.molcel.2018.07.023. ISSN 1097-2765. PMID 30146318.
- ^ Deluz, Cédric; Friman, Elias T .; Strebinger, Daniel; Benke, Alexander; Raccaud, Mahé; Callegari, Andrea; Leleu, Marion; Manley, Suliana; Suter, David M. (2016-11-15). „Role pro mitotické označování SOX2 v pluripotenci a diferenciaci“. Geny a vývoj. 30 (22): 2538–2550. doi:10,1101 / gad.289256.116. ISSN 0890-9369. PMC 5159668. PMID 27920086.
- ^ A b Strebinger, Daniel; Deluz, Cédric; Friman, Elias T; Govindan, Subashika; Alber, Andrea B; Suter, David M. (01.09.2019). „Endogenní fluktuace rozhodnutí o osudu pluripotentních buněk ovlivňujících OCT 4 a SOX 2“. Molekulární biologie systémů. 15 (9): e9002. doi:10.15252 / msb.20199002. ISSN 1744-4292. PMC 6759502. PMID 31556488.
- ^ A b Friman, Elias T; Deluz, Cédric; Meireles-Filho, Antonio CA; Govindan, Subashika; Gardeux, Vincent; Deplancke, Bart; Suter, David M. (03.12.2019). „Dynamická regulace dostupnosti chromatinu pluripotenčními transkripčními faktory napříč buněčným cyklem“. eLife. 8: e50087. doi:10,7554 / eLife.50087. ISSN 2050-084X. PMC 6890464. PMID 31794382.
- ^ "Domov". Síť švýcarských kmenových buněk. Citováno 2020-08-31.
- ^ Phillips, Nicholas E .; Mandic, Aleksandra; Omidi, Saeed; Naef, Felix; Suter, David M. (2019-03-14). "Paměť a příbuznost transkripční aktivity v liniích savčích buněk". Příroda komunikace. 10 (1): 1208. Bibcode:2019NatCo..10.1208P. doi:10.1038 / s41467-019-09189-8. ISSN 2041-1723. PMC 6418128. PMID 30872573.
- ^ Raccaud, Mahé; Friman, Elias T .; Alber, Andrea B .; Agarwal, Harsha; Deluz, Cédric; Kuhn, Timo; Gebhardt, J. Christof M .; Suter, David M. (2019-01-30). „Vazba mitotického chromozomu předpovídá vlastnosti transkripčního faktoru v mezifázi“. Příroda komunikace. 10 (1): 487. Bibcode:2019NatCo..10..487R. doi:10.1038 / s41467-019-08417-5. ISSN 2041-1723. PMC 6353955. PMID 30700703.
- ^ Alber, Andrea Brigitta; Paquet, Eric Raphael; Biserni, Martina; Naef, Felix; Suter, David Michael (2018-08-23). „Monitorování obratu bílých buněk v jediné živé buňce odhaluje mezibuněčnou variabilitu a závislost buněčného cyklu na rychlostech degradace“. Molekulární buňka. 71 (6): 1079–1091.e9. doi:10.1016 / j.molcel.2018.07.023. PMID 30146318.
- ^ Deluz, Cédric; Friman, Elias T .; Strebinger, Daniel; Benke, Alexander; Raccaud, Mahé; Callegari, Andrea; Leleu, Marion; Manley, Suliana; Suter, David M. (2016-11-15). „Role pro mitotické označování SOX2 v pluripotenci a diferenciaci“. Geny a vývoj. 30 (22): 2538–2550. doi:10,1101 / gad.289256.116. ISSN 0890-9369. PMC 5159668. PMID 27920086.
externí odkazy
- David Suter publikace indexované podle Google Scholar.
- ORCID 0000-0001-5644-4899
- Webové stránky Suter Lab