DPVweb - DPVweb - Wikipedia

DPVweb je databáze pro virology pracující na rostlinné viry kombinování taxonomické, bioinformatické a příznak data.

Popis

DPVweb je centrální webový zdroj informací o viry, viroidy a satelity z rostliny, houby a prvoky.^[1]

Poskytuje komplexní taxonomické informace včetně stručných popisů každé rodiny a rodu a klasifikovaných seznamů virových sekvencí. Využívá rozsáhlou databázi, která také obsahuje podrobné, upravené informace pro všechny sekvence virů, viroidů a satelitů rostlin, hub a prvoků, které jsou úplné nebo obsahují alespoň jeden úplný gen. V současné době existuje asi 10 000 takových sekvencí. Pro srovnávací účely obsahuje DPVweb také reprezentativní sekvenci všech ostatních plně sekvenovaných druhů viru s RNA nebo jednovláknové DNA genom. Pro každou kurátorskou sekvenci obsahuje databáze počáteční a koncovou pozici každého prvku (gen, nepřeložená oblast atd.), u kterých byla zkontrolována přesnost. Pokud je to možné, nomenklatura pro geny a bílkoviny jsou standardizovány v rámci rodů a rodin. Posloupnosti prvků (buď jako DNA nebo aminokyselina sekvence) lze přímo stáhnout z webu v FASTA formát.

K informacím o sekvenci lze přistupovat také prostřednictvím klientského softwaru pro osobní počítače.

Dějiny

Popisy rostlinných virů (DPV) byly poprvé zveřejněny Sdružení aplikovaných biologů v roce 1970 jako série letáků, každý napsaný odborníkem popisujícím konkrétní rostlinný virus.^[2] V roce 1998 bylo všech 354 DPV publikovaných v tištěné podobě naskenováno a převedeno do elektronického formátu v databázi a distribuováno na CDROM. V roce 2001 byly popisy zpřístupněny na novém webu DPVweb a poskytly otevřený přístup k nyní více než 400 DPV (v současné době 415), jakož i taxonomické a sekvenční údaje o všech rostlinných virech.

Použití

DPVweb je pomůckou pro výzkumné pracovníky v oblasti virologie rostlin a také vzdělávacím zdrojem pro studenty virologie a molekulární biologie.

Tato stránka poskytuje jediný přístupový bod pro všechny známé sekvence genomu rostlinného viru, což usnadňuje shromažďování těchto sekvencí pro další analýzu a srovnání. Sekvenční data z databáze DPVweb se ukázaly jako cenné pro řadu projektů:

průzkum kodon zkreslení využití mezi všemi rostlinnými viry,
obousměrné srovnání mezi komplexními sadami sekvencí z rodin Flexiviridae a Potyviridae které pomohly informovat taxonomii a objasnit kritéria diskriminace podle rodu a druhu,
průzkum a ověření míst štěpení polyproteinů v rodině Potyviridae.

Viz také

Reference

^ Adams, M; Antoniw, J (2005). „DPVweb: internetový zdroj s otevřeným přístupem k virům rostlin a virovým chorobám“. Výhledy na ochranu proti škůdcům. 16 (6): 268–270. doi:10.1564 / 16dec08.
^ Adams, M; Antoniw, J (leden 2006). „DPVweb: komplexní databáze genů a genomů virů rostlin a hub. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D382–5. doi:10.1093 / nar / gkj023. PMC 1347386. PMID 16381892.

Citace Dánského institutu zemědělských věd
Citace John Innes Center, Velká Británie
Adams MJ, Antoniw JF, Fauquet CM (březen 2005). „Molekulární kritéria pro diskriminaci podle rodu a druhu v rodině Potyviridae". Oblouk. Virol. 150 (3): 459–79. doi:10.1007 / s00705-004-0440-6. PMID 15592889. S2CID 20451483.
Adams MJ, Antoniw JF, Beaudoin F (červenec 2005). „Přehled a analýza míst štěpení polyproteinů v rodině Potyviridae". Mol. Plant Pathol. 6 (4): 471–87. doi:10.1111 / j.1364-3703.2005.00296.x. PMID 20565672.
Adams MJ, Antoniw JF (leden 2004). Msgstr "Předpětí použití kodonu mezi viry rostlin". Oblouk. Virol. 149 (1): 113–35. doi:10.1007 / s00705-003-0186-6. PMID 14689279. S2CID 21830222.
Adams MJ, Antoniw JF, Bar-Joseph M a kol. (Květen 2004). „Nová rodina rostlinných virů Flexiviridae a hodnocení molekulárních kritérií pro vymezení druhů “. Oblouk. Virol. 149 (5): 1045–60. doi:10.1007 / s00705-004-0304-0. PMID 15098118. S2CID 34493607.

externí odkazy

Oficiální webové stránky
DPVweb Bioinformatická ontologie EDAM

[researchgate-1] Adams, M; Antoniw, J (2005). „DPVweb: internetový zdroj s otevřeným přístupem k virům rostlin a virovým chorobám“. Výhledy na ochranu proti škůdcům. 16 (6): 268–270. doi:10.1564 / 16dec08.

[nist-2] Adams, M; Antoniw, J (leden 2006). „DPVweb: komplexní databáze genů a genomů virů rostlin a hub. Nucleic Acids Res. 34 (Problém s databází): D382–5. doi:10.1093 / nar / gkj023. PMC 1347386. PMID 16381892.

[1]

[2]