DECIPHER (software) - DECIPHER (software)
| Vývojáři | Erik Wright |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 2.18.1 / 2020 |
| Napsáno | R, C |
| Operační systém | Unix, Linux, Operační Systém Mac, Okna |
| Plošina | IA-32, x86-64 |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | GPL 3 |
| webová stránka | rozluštit |
ROZLUŠTIT je sada softwarových nástrojů, kterou lze použít k efektivnímu dešifrování a správě biologických sekvencí pomocí programovacího jazyka R. Některé funkce programu jsou přístupné online prostřednictvím webových nástrojů.
Funkce
- Sekvenční databáze: import, údržba, zobrazení a export sekvencí.
- Zarovnání více sekvencí: zarovnat sekvence DNA, RNA nebo aminokyseliny.[1]
- Zarovnání genomu: Najděte a srovnejte syntetické oblasti více genomů.
- Oligonukleotidový design:[2] primer design[3][4] pro polymerázová řetězová reakce (PCR), sonda design pro fluorescence in situ hybridizace (RYBA)[5] nebo DNA mikročipy.[6]
- Manipulovat sekvence: oříznout oblasti nízké kvality, opravit posuny rámů, přeorientovat nukleotidy, určit shoda nebo strávit s restrikční enzymy.
- Analyzujte sekvence: najít chiméry,[7] předpovědět sekundární struktura, zařadit do taxonomie,[8] vytvořit fylogenetické stromy, a rekonstrukce předků.
- Genový nález: předvídat geny v genomu, extrahujte je z genomu a exportujte je do souboru.
Viz také
Reference
- ^ Wright ES (2015). „DECIPHER: využití kontextu místní sekvence ke zlepšení zarovnání více sekvencí proteinu“. BMC bioinformatika. 16: 322. doi:10.1186 / s12859-015-0749-z. PMC 4595117. PMID 26445311.
- ^ Noguera DR, Wright ES, Camejo P, Yilmaz LS (2014). "Matematické nástroje pro optimalizaci designu oligonukleotidových sond a primerů". Aplikovaná mikrobiologie a biotechnologie. 98 (23): 9595–608. doi:10.1007 / s00253-014-6165-x. PMID 25359473.
- ^ Wright ES, Yilmaz LS, Ram S, Gasser JM, Harrington GW, Noguera DR (2014). "Využití zkreslení prodloužení v polymerázové řetězové reakci ke zlepšení specificity primeru v souborech téměř identických templátů DNA". Mikrobiologie prostředí. 16 (5): 1354–1365. doi:10.1111/1462-2920.12259. PMID 24750536.
- ^ Wright ES, Vetsigian KH (2016). „DesignSignatures: nástroj pro navrhování primerů, které poskytují amplikony se zřetelnými podpisy“. Bioinformatika. 32 (10): 1565–1567. doi:10.1093 / bioinformatika / btw047. PMID 26803162.
- ^ Wright ES, Yilmaz LS, Corcoran AM, Okten HE, Noguera DR (2014). „Automatizovaný návrh sond pro rRNA cílenou fluorescenci in situ hybridizace odhaluje výhody použití duálních sond pro přesnou identifikaci“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 80 (16): 5124–5133. doi:10.1128 / AEM.01685-14. PMC 4135741. PMID 24928876.
- ^ Yilmaz LS, Loy A, Wright ES, Wagner M, Noguera DR (2012). „Modelování formamidové denaturace hybridů sonda-cíl pro vylepšený design sondy microarray v mikrobiální diagnostice“. PLOS ONE. 7 (8): e43862. Bibcode:2012PLoSO ... 743862Y. doi:10.1371 / journal.pone.0043862. PMC 3428302. PMID 22952791.
- ^ Wright ES, Yilmaz LS, Noguera DR (2012). „DECIPHER, vyhledávací přístup k identifikaci chiméry pro 16S rRNA sekvence“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 78 (3): 717–725. doi:10.1128 / AEM.06516-11. PMC 3264099. PMID 22101057.
- ^ Murali A, Bhargava A, Wright ES (2018). „IDTAXA: nový přístup k přesné taxonomické klasifikaci sekvencí mikrobiomu“. Mikrobiom. 6 (140): 140. doi:10.1186 / s40168-018-0521-5. PMC 6085705. PMID 30092815.
externí odkazy
 | Tento vědecký software článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |