CsrA protein - CsrA protein

CsrA
PDB 1vpz EBI.jpg
CsrA dimer z Escherichia coli.[1]
Identifikátory
SymbolCsrA
PfamPF02599
InterProIPR003751

Regulátor ukládání uhlíku A (CsrA) je RNA vazba protein. Homology CsrA se nacházejí ve většině bakteriálních druhů, v pseudomonády se nazývají represor sekundárních metabolitů (RsmA a RsmE).[2] CsrA proteiny se obecně váží na Sekvence Shine-Dalgarno z messengerové RNA a buď inhibují translaci nebo usnadňují rozpad mRNA.[3]

CsrA má regulační účinek na glykogen biosyntéza a katabolismus, glykolýza,[3] biofilm formace[4] a snímání kvora.[5]

Interakce

Konsenzuální sekundární struktura a primární sekvence pro cíle proteinu vázajícího CsrA RNA.

Protein CsrA se váže na a Kmenová smyčka RNA motiv. Schopnost proteinu inhibovat translaci vázaných mRNA může být potlačena expresí sRNA, jako je CsrB, CsrC, RsmZ, RsmY a RsmX které obsahují více kopií motivu RNA. Tyto RNA sekvestrují CsrA, což umožňuje translaci dříve inhibovaných vázaných mRNA. Studie zkoumající specifickou vazbu CsrA v Salmonella transkriptom identifikoval 467 vazebných míst.[6]

Reference

  1. ^ Gutiérrez, P; Li, Y; Osborne, MJ; Pomerantseva, E; Liu, Q; Gehring, K (květen 2005). "Struktura roztoku proteinu regulátoru ukládání uhlíku CsrA z Escherichia coli". Journal of Bacteriology. 187 (10): 3496–501. doi:10.1128 / JB.187.10.3496-3501.2005. PMC  1112004. PMID  15866937.
  2. ^ Timmermans, J; Van Melderen, L (září 2010). „Post-transkripční globální regulace CsrA v bakteriích“. Buněčné a molekulární biologické vědy. 67 (17): 2897–908. doi:10.1007 / s00018-010-0381-z. PMID  20446015. S2CID  23366724.
  3. ^ A b Liu, MY; Gui, G; Wei, B; Preston JF, 3. místo; Oakford, L; Yüksel, U; Giedroc, DP; Romeo, T (11. července 1997). „Molekula RNA CsrB se váže na globální regulační protein CsrA a antagonizuje jeho aktivitu v Escherichia coli“. The Journal of Biological Chemistry. 272 (28): 17502–10. doi:10.1074 / jbc.272.28.17502. PMID  9211896.
  4. ^ Jackson, DW; Suzuki, K; Oakford, L; Simecka, JW; Hart, ME; Romeo, T (leden 2002). „Tvorba a šíření biofilmu pod vlivem globálního regulátora CsrA z Escherichia coli“. Journal of Bacteriology. 184 (1): 290–301. doi:10.1128 / jb.184.1.290-301.2002. PMC  134780. PMID  11741870.
  5. ^ Sonnleitner, E; Romeo, A; Bläsi, U (duben 2012). „Malé regulační RNA v Pseudomonas aeruginosa“. RNA Biology. 9 (4): 364–71. doi:10,4161 / rna.19231. PMID  22336763.
  6. ^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). "Globální vzorce rozpoznávání RNA posttranskripčních regulátorů Hfq a CsrA odhalené UV zesítěním in vivo". EMBO J.. 35 (9): 991–1011. doi:10.15252 / embj.201593360. PMC  5207318. PMID  27044921.