RsmX - RsmX

Sekundární struktura Pseudomonas RsmX
Sekundární struktura Pseudomonas RsmX ncRNA[1]

The rsmX Gen je součástí rodiny Rsm / Csr nekódující RNA (ncRNA). Členové rodiny Rsm / Csr jsou přítomni v nejrůznějších oborech bakterie, počítaje v to Escherichia coli,[2] Erwinia,[3] Salmonella,[4] Vibrio[5] a Pseudomonas.[6] Tyto ncRNA působí sekvestrací translace represor bílkoviny, tzv RsmA, aktivace výraz následných genů, které by normálně blokovaly represory. Sekvestrace cílových proteinů závisí na exponovaných GGA motivech v kmenové smyčky ncRNA.[7] Aktivované geny se obvykle účastní sekundárně metabolismus, tvorba biofilmu a pohyblivost.[8]

v Pseudomonas spp., byly identifikovány tři rsm ncRNA. Jedná se o RsmX (přibližně 115 nt ), RsmY (přibližně 120 nt) a RsmZ (přibližně 145 nt). Exprese všech tří ncRNA je závislá na hustotě populace, s maximální expresí na konci roku exponenciální fáze.[9] Exprese všech tří ncRNA dále závisí na regulátoru odezvy, GacA, který aktivuje transkripci ncRNA vazbou konzervované upstream aktivující sekvence (UAS) v promotér kraj.[10] Pseudomonády obvykle obsahují jednu kopii každé z RsmY a RsmZ, nicméně číslo kopie RsmX je variabilnější. Například, P. aeruginosa neobsahuje žádné kopie RsmX a P. syringae pathovary obsahovat pět kopií.[1]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Moll a kol. (2010) „Stavba budovy rsmX model co-variance a identifikace pěti rsmX-jako ncRNA v Pseudomonas syringae pv. rajče DC3000. “ RNA Biology 7(5):
  2. ^ Romeo T, Gong M, Liu MY, Brun-Zinkernagel AM (srpen 1993). „Identifikace a molekulární charakterizace csrA, pleiotropního genu z Escherichia coli, který ovlivňuje biosyntézu glykogenu, glukoneogenezi, velikost buněk a povrchové vlastnosti“. J. Bacteriol. 175 (15): 4744–4755. doi:10.1128 / jb.175.15.4744-4755.1993. PMC  204926. PMID  8393005.
  3. ^ Liu a kol. (1998) „Charakterizace nového regulátoru RNA z Erwinia caratovora ssp. caratovora který řídí produkci extracelulárních enzymů a sekundárních metabolitů. “ Molekulární mikrobiologie 29: 219–234
  4. ^ Fortune DR, Suyemoto M, Altier C (leden 2006). „Identifikace CsrC a charakterizace jeho role při invazi epiteliálních buněk do serovaru Typhimurium z Salmonella enterica“. Infikovat. Immun. 74 (1): 331–339. doi:10.1128 / IAI.74.1.331-339.2006. PMC  1346597. PMID  16368988.
  5. ^ Lenz DH, Miller MB, Zhu J, Kulkarni RV, Bassler BL (listopad 2005). „CsrA a tři redundantní malé RNA regulují snímání kvora u Vibrio cholerae“. Mol. Microbiol. 58 (4): 1186–1202. doi:10.1111 / j.1365-2958.2005.04902.x. PMID  16262799.
  6. ^ Heeb S, Blumer C, Haas D (únor 2002). „Regulační RNA jako mediátor v globální regulaci tvorby exoproduktů v Pseudomonas fluorescens CHA0 závislou na GacA / RsmA“. J. Bacteriol. 184 (4): 1046–1056. doi:10.1128 / jb.184.4.1046-1056.2002. PMC  134805. PMID  11807065.
  7. ^ Valverde C, Lindell M, Wagner EG, Haas D (červen 2004). „Opakovaný GGA motiv je rozhodující pro aktivitu a stabilitu riboregulátoru RsmY Pseudomonas fluorescens“. J. Biol. Chem. 279 (24): 25066–25074. doi:10,1074 / jbc.M401870200. PMID  15031281.
  8. ^ Lapouge K, Schubert M, Allain FH, Haas D (leden 2008). „Gac / Rsm signální transdukční cesta gama-proteobakterií: od rozpoznávání RNA po regulaci sociálního chování“. Mol. Microbiol. 67 (2): 241–253. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.06042.x. PMID  18047567.
  9. ^ Kay E, Dubuis C, Haas D (listopad 2005). "Tři malé RNA společně zajišťují sekundární metabolismus a biologickou kontrolu v Pseudomonas fluorescens CHA0". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (47): 17136–17141. Bibcode:2005PNAS..10217136K. doi:10.1073 / pnas.0505673102. PMC  1287983. PMID  16286659.
  10. ^ Humair B, Wackwitz B, Haas D (březen 2010). „GacA-kontrolovaná aktivace promotorů pro malé geny RNA v Pseudomonas fluorescens“. Appl. Environ. Microbiol. 76 (5): 1497–1506. doi:10.1128 / AEM.02014-09. PMC  2832403. PMID  20048056.