Krystalizace adjutant - Crystallization adjutant

A krystalizace adjutant je materiál používaný k propagaci krystalizace, obvykle v kontextu, kdy materiál nekrystaluje přirozeně z čistého roztoku.

Aditiva v makromolekulární krystalizaci

V makromolekulární krystalografii se místo adjutantu používá termín aditivní. Aditivum může buď přímo komunikovat s protein, a začleňují se do pevné polohy ve výsledném krystalu nebo mají roli v neuspořádaném rozpouštědle, které v proteinových krystalech tvoří zhruba 50% objemu mřížky.

Polyethylenglykoly různých molekulové hmotnosti a soli s vysokou iontovou silou, jako je síran amonný a sodík citrát které indukují srážení bílkovin při použití ve vysokých koncentracích jsou klasifikovány jako srážecí látky, zatímco některé další soli, jako je síran zinečnatý nebo síran vápenatý které mohou způsobit silné srážení bílkovin, i když jsou použity v malém množství, jsou považovány za adjuvanty. Krystalizační adjuvanty se považují za přísady, pokud jsou účinné při relativně nízkých koncentracích.[1]Rozdíl mezi Nárazníky a adjutants je také nejasný. Molekuly pufru se mohou stát součástí mřížky (například HEPES v [2] se začleňuje do krystalů lidské neutrofilní kolagenázy), ale jejich hlavním použitím je udržování poměrně přesné pH požadavky na krystalizaci, které má mnoho proteinů. Běžně používané vyrovnávací paměti, jako jsou citrát mají vysokou iontovou sílu a při typických koncentracích pufru také působí jako sraženiny. Různé druhy, jako je Ca2+ a Zn2+ jsou biologickým požadavkem na správné složení určitých proteinů[2] a jisté kofaktory jsou potřebné k udržení dobře definované konformace. Některé strategie, jako je nahrazení srážecích látek a pufrů jinými, které mají mít podobný účinek, byly použity k rozlišení mezi rolemi, které hrají v krystalizaci proteinu různé složky v krystalizačním roztoku.[3][4]

Přísady pro krystalizaci membránových proteinů

Pro membránové proteiny, situace je komplikovanější, protože systém, který krystalizuje, není samotný membránový protein, ale micelární systém, ve kterém je membránový protein zabudován.[5]Velikost smíchaného proteinového detergentu micely jsou ovlivněny jak přísadami, tak čistící prostředky což silně ovlivní získané krystaly. Kromě měnící se koncentrace primárních detergentů, přísad (lipidy a alkoholy ) a sekundární detergenty lze použít k modulaci velikosti a tvaru mycích micel. Zmenšením velikosti smíšených micel je podporována mřížka vytvářející kontakty protein-protein. Lipidové kubické fáze, spontánní samovolně se shromažďující tekuté krystaly nebo lipidové mezofázy byly úspěšně použity při krystalizaci integrálních membránových proteinů.[6] Teplota, soli, detergenty, různé přísady se v tomto systému používají k přizpůsobení kubické fáze tak, aby vyhovovala cílovému proteinu. Typické prací prostředky[7] použité jsou n-dodecyl-p-d-maltopyranosid, n-decyl-β-d-glukopyranosid, lauryldimethylaminoxid LDAO, n-hexyl-p-d-glukopyranosid, n-nonyl-β-d-glukopyranosid a n-oktyl-p-d-glukopyranosid; různé lipidy jsou dioleoyl fosfatidylcholin, dioleoyl fosfatidylethanolamin a monoolein.[8]

Reference

  1. ^ Aditiva pro krystalizaci proteinů a rozmezí koncentrací
  2. ^ A b Kvantitativní vztah mezi strukturou a aktivitou inhibitorů lidské neutrofilní kolagenázy (MMP-8) pomocí srovnávací analýzy molekulárního pole a rentgenové strukturní analýzy.
  3. ^ Stura, E. A. (1998). „Strategie 3: Reverzní screening.“. V Bergfors, T. (ed.). Krystalizace bílkovin: techniky, strategie a tipy. Laboratorní příručka. International University Line. str. 113–124.
  4. ^ Stura E.A, Satterthwait, A.C, Calvo, J.C, Kaslow, D.C, Wilson, I.A. (1994). "Reverzní screening". Acta Crystallogr. D. 50 (4): 448–455. doi:10.1107 / S0907444994001794. PMID  15299400.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  5. ^ Hartmut Michel, ed. (1991). Krystalizace membránových proteinů. CRC Press.
  6. ^ M. Caffrey (2003). "Krystalizace membránového proteinu". J. Struct. Biol. 142 (1): 108–132. doi:10.1016 / S1047-8477 (03) 00043-1.
  7. ^ "Seznam hostitelských lipidů kompatibilních s mezo krystalizačními pokusy". Archivovány od originál dne 02.12.2011. Citováno 2011-12-09.
  8. ^ Misquitta Y .; Caffrey M. (2003). „Detergenty destabilizují kubickou fázi monooleinu: důsledky pro krystalizaci membránových proteinů“. Biophys. J. 85 (5): 3084–3096. Bibcode:2003BpJ .... 85,3084 mil. doi:10.1016 / S0006-3495 (03) 74727-4. PMC  1303585. PMID  14581209.

externí odkazy