CrfA RNA - CrfA RNA

CrfA RNA
CrfA SScons.png
Zachovaná sekundární struktura CrfA RNA.
Identifikátory
SymbolCrfA
Další údaje
DoményCaulobacter
PDB strukturPDBe

CrfA RNA (Caulobacter rodpověď na Famin RNA ) je rodina nekódující RNA nalezen v Caulobacter crescentus. CrfA je vyjádřený na uhlík hladovění a předpokládá se, že aktivuje 27 geny.[1] To bylo původně identifikováno spolu s 26 dalších nekódujících RNA pomocí dlaždice Caulobacter microarray protokol specificky zaměřený na detekci malých RNA.[2]

CrfA RNA je jednou z pouhých 8 domnělých ncRNA konzervovaných v blízce příbuzných Caulobacter sp. K31.[1]

Odezva na hladovění uhlíkem

Bylo zjištěno, že CrfA je 10krát upregulován C. crescentus když glukóza byl zbaven v a minimální médium. Další experimenty zjistily, že reakce je specifická pro deprivaci uhlíku; jeho výraz nebyl zvýšen, když fosfát nebo dusík byly omezující faktory.[1]

Affymetrix mikročipy byly poté použity k analýze změn v přepis v reakci na zvýšenou CrfA. Sedm postižených genových produktů bylo Receptory závislé na TonB vnější membránové proteiny které usnadňují absorpci vnějšího substrátu.[3] Upregulace těchto proteinů by mohla zvýšit příjem uhlíku během hladovění. Další regulovaný gen CrfA (EntrezGene CC_1363 ) kóduje a protonová pumpa poháněno pyrofosfát hydrolýza. Zvyšování produkce tohoto protein mohl umožnit buňce udržovat své elektrochemický gradient a moc ATP syntéza během hladovění uhlíku.[1]

σ54 reguluje mnoho dalších proteinů podílejících se na reakci na hladovění uhlíkem na úrovni transkripce.[4]

Reference

  1. ^ A b C d Landt SG, Lesley JA, Britos L, Shapiro L (září 2010). „CrfA, malý nekódující regulátor RNA adaptace na uhlíkové hladovění u Caulobacter crescentus“. J. Bacteriol. 192 (18): 4763–4775. doi:10.1128 / JB.00343-10. PMC  2937403. PMID  20601471.
  2. ^ Landt SG, Abeliuk E, McGrath PT, Lesley JA, McAdams HH, Shapiro L (květen 2008). "Malé nekódující RNA v Caulobacter crescentus". Mol. Microbiol. 68 (3): 600–614. doi:10.1111 / j.1365-2958.2008.06172.x. PMID  18373523.
  3. ^ Koebnik R (srpen 2005). „Trans-obálková signalizace závislá na TonB: výjimka nebo pravidlo?“. Trends Microbiol. 13 (8): 343–347. doi:10.1016 / j.tim.2005.06.005. PMID  15993072.
  4. ^ England JC, Perchuk BS, Laub MT, Gober JW (únor 2010). „Globální regulace genové exprese a diferenciace buněk v Caulobacter crescentus v reakci na dostupnost živin“. J. Bacteriol. 192 (3): 819–833. doi:10.1128 / JB.01240-09. PMC  2812448. PMID  19948804.

Další čtení