CrfA RNA - CrfA RNA
| CrfA RNA | |
|---|---|
 Zachovaná sekundární struktura CrfA RNA. | |
| Identifikátory | |
| Symbol | CrfA |
| Další údaje | |
| Domény | Caulobacter |
| PDB struktur | PDBe |
CrfA RNA (Caulobacter rodpověď na Famin RNA ) je rodina nekódující RNA nalezen v Caulobacter crescentus. CrfA je vyjádřený na uhlík hladovění a předpokládá se, že aktivuje 27 geny.[1] To bylo původně identifikováno spolu s 26 dalších nekódujících RNA pomocí dlaždice Caulobacter microarray protokol specificky zaměřený na detekci malých RNA.[2]
CrfA RNA je jednou z pouhých 8 domnělých ncRNA konzervovaných v blízce příbuzných Caulobacter sp. K31.[1]
Odezva na hladovění uhlíkem
Bylo zjištěno, že CrfA je 10krát upregulován C. crescentus když glukóza byl zbaven v a minimální médium. Další experimenty zjistily, že reakce je specifická pro deprivaci uhlíku; jeho výraz nebyl zvýšen, když fosfát nebo dusík byly omezující faktory.[1]
Affymetrix mikročipy byly poté použity k analýze změn v přepis v reakci na zvýšenou CrfA. Sedm postižených genových produktů bylo Receptory závislé na TonB vnější membránové proteiny které usnadňují absorpci vnějšího substrátu.[3] Upregulace těchto proteinů by mohla zvýšit příjem uhlíku během hladovění. Další regulovaný gen CrfA (EntrezGene CC_1363 ) kóduje a protonová pumpa poháněno pyrofosfát hydrolýza. Zvyšování produkce tohoto protein mohl umožnit buňce udržovat své elektrochemický gradient a moc ATP syntéza během hladovění uhlíku.[1]
σ54 reguluje mnoho dalších proteinů podílejících se na reakci na hladovění uhlíkem na úrovni transkripce.[4]
Reference
- ^ A b C d Landt SG, Lesley JA, Britos L, Shapiro L (září 2010). „CrfA, malý nekódující regulátor RNA adaptace na uhlíkové hladovění u Caulobacter crescentus“. J. Bacteriol. 192 (18): 4763–4775. doi:10.1128 / JB.00343-10. PMC 2937403. PMID 20601471.
- ^ Landt SG, Abeliuk E, McGrath PT, Lesley JA, McAdams HH, Shapiro L (květen 2008). "Malé nekódující RNA v Caulobacter crescentus". Mol. Microbiol. 68 (3): 600–614. doi:10.1111 / j.1365-2958.2008.06172.x. PMID 18373523.
- ^ Koebnik R (srpen 2005). „Trans-obálková signalizace závislá na TonB: výjimka nebo pravidlo?“. Trends Microbiol. 13 (8): 343–347. doi:10.1016 / j.tim.2005.06.005. PMID 15993072.
- ^ England JC, Perchuk BS, Laub MT, Gober JW (únor 2010). „Globální regulace genové exprese a diferenciace buněk v Caulobacter crescentus v reakci na dostupnost živin“. J. Bacteriol. 192 (3): 819–833. doi:10.1128 / JB.01240-09. PMC 2812448. PMID 19948804.
Další čtení
- Laub MT, Shapiro L, McAdams HH (2007). "Systémová biologie Caulobacter" (PDF). Annu. Genet. 41: 429–441. doi:10.1146 / annurev.genet.41.110306.130346. PMID 18076330.
- Hinz AJ, Larson DE, Smith CS, Brun YV (únor 2003). „Caulobacter crescentus vývojový protein pro polární organely PodJ je odlišně lokalizován a je vyžadován pro polární cílení vývojového regulátoru PleC“. Mol. Microbiol. 47 (4): 929–941. doi:10.1046 / j.1365-2958.2003.03349.x. PMID 12581350.
- Massé E, Majdalani N, Gottesman S (duben 2003). „Regulační role malých RNA v bakteriích“. Curr. Opin. Microbiol. 6 (2): 120–124. doi:10.1016 / S1369-5274 (03) 00027-4. PMID 12732300.
- Majdalani N, Vanderpool CK, Gottesman S (2005). "Bakteriální malé regulátory RNA". Krit. Biochem. Mol. Biol. 40 (2): 93–113. doi:10.1080/10409230590918702. PMID 15814430.
- Ely B (1991). "Genetika Caulobacter crescentus". Pervitin Enzymol. 204: 372–384. doi:10.1016 / 0076-6879 (91) 04019-K. PMID 1658564.
- Fröhlich KS, Vogel J (prosinec 2009). "Aktivace genové exprese malou RNA". Curr. Opin. Microbiol. 12 (6): 674–682. doi:10.1016 / j.mib.2009.09.009. PMID 19880344.