Porovnání softwaru pro predikci tání DNA - Comparison of DNA melting prediction software - Wikipedia
 | Tento článek je věcná přesnost může být ohroženo z důvodu zastaralých informací. (Květen 2018) |
Tento srovnání softwaru pro predikci tání DNA zahrnuje zdrojový kód a webový software pro předpovídání DNA tání a struktura.[1]
Typy softwaru, metody, dostupnost atd.
| název | Odkazy | Charakteristické rysy | Metoda | Jazyk | Sekv. Limit | Disociace |
|---|---|---|---|---|---|---|
| DNAmelt[2] | zdrojový kód | Stat mech | MATLAB | 1 Mb[3] | ? | |
| MeltSim 1.0[4] | zdrojový kód | GUI pro Okna | Stat mech | Pascal Delphi | 2 Mb | ? |
| MeltSim 1,99[4] | zdrojový kód | CLI | Stat mech | C | ? | |
| Polský server | webový server | Stat mech | F77 | 1 kB | Ano | |
| Stitchprofiles.uio.no | webový server | Stat mech | Perl, gnuplot | 480 kb | Ne | |
| uMelt | webový server | Stat mech | Adobe Flex | 3 500 b | ? | |
| WebSIDD | webový server | Stat mech | C ++ | 10 kB | ? | |
| OligoCalc | webový server | |||||
| OligoAnalyzer 3.1 | webový server |
NN = Metody používající termodynamické parametry nejbližšího souseda pro předpovídání oligonukleotid teploty tání (Tm), křivky tání, Křivky DSC nebo jiné vlastnosti odvozené z zákon hromadné akce.
Stat mech = Statistické mechanické metody aplikované na delší molekuly DNA k předpovědi procesů tavení s mezilehlými subtranzemi. Profily tání jsou počítány na základě funkce oddílů které představují částečně roztavené konfigurace DNA.
Podporované vstupní funkce
| název | NA typy | Koncentrace | Termodynamické parametry | Jiný vstup | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Lin DNA | cirkulovat DNA | RNA | LNA | [Na +] | [Mg ++] | Pramen konc. | |||
| DNAmelt | Ano | Ne | Ne | Ne | ? | ? | ? | ? | |
| GeneFizz | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Soubor EMBL / Genbank |
| MeltSim | Ano | Ne | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | Ano | |
| Polský server | Ano | Ne | Ano | Ne | Ne | Ne | Ano | Ano | neshody |
| Stitchprofiles.uio.no | Ano | Ne | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | Ano | helicity |
| uMelt | Ano | Ne | Ne | Ne | Ano | Ano | Ne | Ano | |
| WebSIDD | Ano | Ano | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Ne | Úroveň stresu |
Podporované výstupní funkce
| název | Křivky tání | Pravděpodobnost funkce | Obrysové čáry (mapa taveniny) | Jiný výstup | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Θ (T) | dΘ / dT | bp | 50% | Jiný % | ||
| DNAmelt | ? | ? | Ano | ? | ? | |
| GeneFizz | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | zobrazuje CDS, gen, mRNA |
| MeltSim | ? | Ano | Ano | Ano | Ne | |
| Polský server | ? | Ano | Ano | Ano | Ne | mobilita gelu |
| Stitchprofiles.uio.no | Ano | Ne | Ano | Ano | Ano | profily stehů, parametry FF |
| uMelt | Ano | Ano | Ne | Ano | Ne | profil dynamického tavení |
| WebSIDD | Ne | Ne | Ano | Ne | Ne | G (x), pravděpodobnosti B-Z, # otevřené bp, # otevřené oblasti, minimální E |
Odkazy a poznámky
- ^ Poznámka: V tomto srovnání není zahrnut software pro Predikce struktury RNA, analýza DNA microarray termodynamika, design nukleové kyseliny (např., primer design) a atomistická úroveň simulace DNA.
- ^ Michoel, T; Van de Peer, Y (2006). „Helicoidní přenosový maticový model pro nehomogenní tavení DNA“ (PDF). Fyzický přehled E. 73 (1 Pt 1): 011908. doi:10.1103 / PhysRevE.73.011908. PMID 16486186. S2CID 13395867.
- ^ Pro sekvence> 1 MB se používá okenní přístup
- ^ A b Blake, RD; Bizzaro, JW; Blake, JD; Den, GR; Delcourt, SG; Knowles, J; Marx, KA; SantaLucia, J Jr (1999). „Statistická mechanická simulace tání polymerní DNA pomocí MELTSIM“. Bioinformatika. 15 (5): 370–5. doi:10.1093 / bioinformatika / 15.5.370. PMID 10366657.