Koeficient shody - Coefficient of coincidence - Wikipedia

Segment DNA se třemi geny, vykazující dvojitou rekombinační událost. Pokud jsou známy jednotlivé rychlosti rekombinace (mezi A a B; a mezi B a C), pak je c.o.c. mezi regiony AB a BC lze vypočítat z rychlosti dvojité rekombinace.

V genetice je koeficient shody (c.o.c.) je měřítkem rušení při formování chromozomální přechody v době redukční dělení buněk. Obecně platí, že pokud dojde k křížení na jednom místě na chromozomu, sníží se tím pravděpodobnost křížení na blízkém místě.^[1] Tomu se říká interference.

Koeficient shody se obvykle počítá z rychlostí rekombinace mezi třemi geny. Pokud existují tři geny v pořadí A B C, pak můžeme určit, jak blízko propojeno jsou podle frekvence rekombinace. Známe-li rychlost rekombinace mezi A a B a rychlost rekombinace mezi B a C, naivně bychom očekávali, že dvojnásobná rychlost rekombinace bude produkt z těchto dvou sazeb.

Koeficient shody se vypočítá vydělením aktuální frekvence dvojitých rekombinantů podle této očekávané frekvence:^[1]

c.o.c. = skutečná frekvence dvojnásobné rekombinace / očekávaná frekvence dvojnásobné rekombinace

Rušení je pak definováno takto:^[1]

rušení = 1 - c.o.c.

Tento obrázek nám říká, jak silně křížení v jedné z oblastí DNA (AB nebo BC) interferuje s tvorbou křížení v druhé oblasti.

Pracoval příklad

Drosophila ženy genotyp A⁺a b⁺před naším letopočtem⁺C byli zkříženi s muži genotypu aa bb cc. To vedlo k 1000 potomkům následujících fenotypy:

A⁺b⁺C⁺: 244 (rodičovský genotyp, nevykazuje žádnou rekombinaci)

A⁺b⁺C: 81 (rekombinantní mezi B a C)

A⁺před naším letopočtem⁺: 23 (dvojitý rekombinantní)

A⁺před naším letopočtem: 152 (rekombinantní mezi A a B)

ab⁺C⁺: 148 (rekombinantní mezi A a B)

ab⁺C: 27 (dvojitý rekombinantní)

abc⁺: 89 (rekombinantní mezi B a C)

abc: 236 (rodičovský genotyp, nevykazuje žádnou rekombinaci)

Z těchto čísel je zřejmé, že b⁺/ b místo leží mezi a⁺/ lokus a c⁺/ c lokus.

Existuje 23 + 152 + 148 + 27 = 350 potomků ukazujících rekombinaci mezi geny A a B. A existuje 81 + 23 + 27 + 89 = 220 potomků ukazujících rekombinaci mezi geny B a C. Očekávaná rychlost dvojité rekombinace je tedy ( 350/1 000) * (220/1 000) = 0,077 nebo 77 na 1000.

Ve skutečnosti však existuje pouze 23 + 27 = 50 dvojitých rekombinantů. Koeficient shody je tedy 50/77 = 0,65.

Interference je 1 - 0,65 = 0,35.

Reference