CodonCode Aligner - CodonCode Aligner - Wikipedia

CodonCode Aligner
VývojářiCodonCode Corporation
Stabilní uvolnění
4.2.5 / 2013
Operační systémMac OS X, WIndows
TypBioinformatika
Licencekomerční; zdarma pro omezené použití (sledování a úpravy trasování)
webová stránkahttp://www.codoncode.com/aligner

CodonCode Aligner je komerční aplikace pro DNA sestava sekvence, zarovnání sekvence a úpravy na Mac OS X a Okna.

Funkce

Mezi funkce patří chromatogram úpravy, ořezávání a ořezávání vektorů, sestava sekvence a úpravy úprav, zarovnání cDNA proti genomickým šablonám, zarovnání sekvence a úpravy, vzájemné sladění kontigů s ClustalW, SVAL nebo integrované algoritmy, detekce mutací, včetně detekce heterozygotů jedno-nukleotidový polymorfismus, analýza heterozygotních inzercí a delecí, začněte online VÝBUCH vyhledávání, analýza omezení (vyhledání a zobrazení stránek omezujících řez), zostření trasování a podpora pro Phred, Phrap, ClustalW, a SVAL.

Dějiny

První beta verze CodonCode Aligner byla vydána v dubnu 2003, poté první plná verze v červnu 2003. Hlavní aktualizace byly vydány v letech 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 a 2008.

V dubnu 2009 byl CodonCode Aligner citován ve více než 400 vědeckých publikacích. Citace pokrývají širokou škálu oblastí biomedicínského výzkumu, včetně výzkumu HIV,[1][2][3] biogeografie a biologie životního prostředí,[4][5] Studie methylace DNA,[6] genetické choroby,[7][8][9] klinická mikrobiologie,[10][11] a vývojový výzkum a fylogenetika.[12][13][14]

Viz také

Reference

  1. ^ Bailey JR, Sedaghat AR, Kieffer T, Brennan T, Lee PK, Wind-Rotolo M, Haggerty CM, Kamireddi AR, Liu Y, Lee J, Persaud D, Gallant JE, Cofrancesco J, Quinn TC, Wilke CO, Ray SC, Siliciano JD, Nettles RE, Siliciano RF (2006). „Virus reziduální lidské imunodeficience typu 1 u některých pacientů na antiretrovirové terapii je ovládán malým počtem neměnných klonů, které se v cirkulujících CD4 + T buňkách vyskytují zřídka.“ “. J Virol. 80 (13): 6441–6457. doi:10.1128 / JVI.00591-06. PMC  1488985. PMID  16775332.
  2. ^ Calis JC, Rotteveel HP, van der Kuyl AC, Zorgdrager F, Kachala D, van Hensbroek MB, Cornelissen M (2008). „Těžká anémie není spojena s charakteristikami genů HIV-1 env u malawských dětí“. BMC Infect Dis. 8: 26. doi:10.1186/1471-2334-8-26. PMC  2311312. PMID  18312662. otevřený přístup
  3. ^ Mild M, Esbjörnsson J, Fenyö EM, Medstrand P (2007). „Častá intrapatientní rekombinace mezi obálkami viru lidské imunodeficience typu 1 R5 a X4: důsledky pro Coreceptor Switch'ñø“. J Virol. 81 (7): 3369–3376. doi:10.1128 / JVI.01295-06. PMC  1866041. PMID  17251288.
  4. ^ Pendley CJ, Becker EA, Karl JA, Blasky AJ, Wiseman RW, Hughes AL, O'Connor SL, O'Connor DH (2008). „Charakterizace MHC třídy I indonéských makaků cynomolgus“. Imunogenetika. 60 (7): 339–351. doi:10.1007 / s00251-008-0292-4. PMC  2612123. PMID  18504574.
  5. ^ Behnke A, Bunge J, Barger K, Breiner H, Alla V, Stoeck T (2006). „Mikroeukaryotické komunitní vzory podél gradientu O2 / H2S v supersulfidovém anoxickém fjordu (Framvaren, Norsko)“ Ä † “. Appl Environ Microbiol. 72 (5): 3626–3636. doi:10.1128 / AEM.72.5.3626-3636.2006. PMC  1472314. PMID  16672511.
  6. ^ Bart A, van Passel MWJ, van Amsterdam K, van der Ende A (2005). „Přímá detekce methylace v genomové DNA“. Nucleic Acids Res. 33 (14): e124. doi:10.1093 / nar / gni121. PMC  1184226. PMID  16091626.
  7. ^ Andersson LS, Juras R, Ramsey DT, Eason-Butler J, Ewart S, Cothran G, Lindgren G (2008). „Vícenásobné vrozené oční anomálie koní se mapují na interval 4,9 megabází na chromozomu 6 koní“. BMC Genet. 9: 88. doi:10.1186/1471-2156-9-88. PMC  2653074. PMID  19099555. otevřený přístup
  8. ^ Tremblay K, Lemire M, Potvin C, Tremblay A, Hunninghake GM, Raby BA, Hudson TJ, Perez-Iratxeta C, Andrade-Navarro MA, Laprise C (2008). „Výpočetní metoda Genes to Diseases (G2D) k identifikaci kandidátních genů pro astma“. PLOS ONE. 3 (8): e2907. doi:10,1371 / journal.pone.0002907. PMC  2488373. PMID  18682798. otevřený přístup
  9. ^ McCullough BJ, Adams JC, Shilling DJ, Feeney MP, Sie KCY, Tempel BL (2007). „3p-syndrom definuje zaostření ztráty sluchu v 3p25.3“. Hear Res. 224 (1–2): 51–60. doi:10.1016 / j.heares.2006.11.006. PMC  1995240. PMID  17208398.
  10. ^ Pignone M, Greth KM, Cooper J, Emerson D, Tang J (2006). „Identifikace mykobakterií pomocí maticové laserové desorpční ionizace - časová hmotnostní spektrometrie“. J Clin Microbiol. 44 (6): 1963–1970. doi:10.1128 / JCM.01959-05. PMC  1489414. PMID  16757585.
  11. ^ van Amsterdam K, Bart A, van der Ende A (2005). „Odtoková pumpa Helicobacter pylori TolC propůjčuje rezistenci na metronidazol. Antimikrobní látky Chemother. 49 (4): 1477–1482. doi:10.1128 / AAC.49.4.1477-1482.2005. PMC  1068630. PMID  15793129.
  12. ^ Baxter SW, Papa R, Chamberlain N, Humphray SJ, Joron M, Morrison C, Ffrench-Constant RH, McMillan WO, Jiggins CD (2008). „Konvergentní evoluce v genetickém základu Müllerian mimikry v Heliconius Butterflies“. Genetika. 180 (3): 1567–1577. doi:10.1534 / genetika.107.082982. PMC  2581958. PMID  18791259.
  13. ^ Siddall ME, Trontelj P, Utevsky SY, Nkamany M, Macdonald KS (2007). „Různá molekulární data ukazují, že komerčně dostupné léčivé pijavice nejsou Hirudo medicinální“. Proc Biol Sci. 274 (1617): 1481–1487. doi:10.1098 / rspb.2007.0248. PMC  2176162. PMID  17426015.
  14. ^ Stoeck T, Kasper J, Bunge J, Leslin C, Ilyin V, Epstein S (2007). „Rozmanitost Protistánu v Arktidě: případ paleoklimatu formujícího moderní biologickou rozmanitost?“. PLOS ONE. 2 (8): e728. doi:10.1371 / journal.pone.0000728. PMC  1940325. PMID  17710128. otevřený přístup

externí odkazy