ChemSpider - ChemSpider
Obsah | |
---|---|
Popis | Databáze chemických struktur poskytující rychlý přístup k více než 77 milionům struktur, vlastností a souvisejících informací. |
Kontakt | |
Výzkumné centrum | Raleigh, Severní Karolína, Spojené státy |
Laboratoř | |
Přístup | |
webová stránka | www.chemspider.com |
Nástroje | |
Samostatný | https://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661 |
Smíšený | |
Licence | Creative Commons Uvedení zdroje Sdílet podobně[2] |
ChemSpider je databáze chemických látek. ChemSpider je vlastněn Royal Society of Chemistry.[3][4][5][6][7]
Databáze
Databáze obsahuje informace o více než 77 milionech molekuly z více než 270 zdrojů dat, včetně:[8]
- EPA DSSTox[9]
- US Food and Drug Administration (FDA)
- Lidská databáze metabolomu
- Journal of Heterocyclic Chemistry
- KEGG
- KUMGM
- LeadScope
- LipidMAPS
- Marinlit
- MDPI
- MICAD
- MLSMR
- MMDB
- MOLI
- MTDP
- Nanogen
- Přírodní chemická biologie
- NCGC
- NIAID
- Národní institut zdraví (NIH)
- NINDS Schválený program screeningu drog
- NIST
- Webová kniha NIST Chemistry
- NMMLSC
- NMRShiftDB
- PANACHE
- PCMD
- PDSP
- Peptidy
- Prous Science Drugs of the Future
- QSAR
- R&D Chemicals
- San Diego Center for Chemical Genomics
- SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
- SMID
- brejle
- Konsorcium pro strukturální genomiku
- SureChem
- Synthon-Lab
- Thomson Pharma
- Celkem stavebních bloků TOSLab
- UM-BBD
- UPCMLD
- Užitečné
- Web vědy
- xPharm
Každá chemická látka je označena a unikátní identifikátor, která je součástí odpovídající adresy URL. Například, aceton je 175, a má tedy URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html
Crowdsourcing
Databázi ChemSpider lze aktualizovat včetně příspěvků uživatelů chemická struktura depozice, depozice spektra a kurátorování uživatelů. Tohle je crowdsourcing přístup k vývoji online databáze chemie. Crowdsourced založené kurátorství dat vytvořilo a slovník chemických názvů spojených s chemickými strukturami, které byly použity v dolování textu aplikace biomedicínské a chemické literatury.[10]
Nicméně, práva k databázi nejsou prominuty a výpis dat není k dispozici; Ve skutečnosti FAQ dokonce uvádí, že je povoleno pouze omezené stahování:[11] proto právo na vidličku není zaručeno a projekt nelze zohlednit volný, uvolnit /otevřeno.
Hledání
K dispozici je řada dostupných modulů vyhledávání:
- The standardní vyhledávání umožňuje dotazování pro systematické názvy, obchodní jména a synonyma a čísla registrů
- The pokročilé vyhledávání umožňuje interaktivní vyhledávání podle chemické struktury, chemické podstruktury, také s využitím molekulárního vzorce a molekulární váha rozsah, CAS čísla, dodavatelé atd. Hledání lze použít k rozšíření nebo omezení již nalezených výsledků.
- Vyhledávání struktur na mobilních zařízeních lze provádět pomocí bezplatných aplikací pro iOS (iPhone / iPod / iPad)[12] a pro Android (operační systém).[13]
Značka chemického dokumentu
Databáze ChemSpider byla použita v kombinaci s dolování textu jako základ označení chemického dokumentu. ChemMantis,[14] Integrovaný systém pro transformaci značení a názvosloví chemie používá algoritmy k identifikaci a extrakci chemických názvů z dokumentů a webových stránek a převádí chemické názvy na chemické struktury pomocí algoritmů převodu názvů na struktury a slovník vyhledávání v databázi ChemSpider. Výsledkem je integrovaný systém mezi chemickými dokumenty a vyhledáváním informací přes ChemSpider do více než 150 zdrojů dat.
Dějiny
ChemSpider získala společnost Royal Society of Chemistry (RSC) v květnu 2009.[15] Před akvizicí společností RSC byla společnost ChemSpider ovládána soukromou společností ChemZoo Inc. Systém byl poprvé spuštěn v březnu 2007 v beta verze forma a převedena na vydání v březnu 2008. ChemSpider rozšířil obecnou podporu databáze chemie o podporu Wikipedia sběr chemických struktur prostřednictvím jejich implementace WiChempedia.
Služby
Řada služeb je dostupná online. Patří mezi ně převod chemických názvů na chemické struktury, generace ÚSMĚVY a InChI řetězce, stejně jako predikce mnoha fyzikálně-chemických parametrů a integrace s povolením webové služby NMR předpověď.
Syntetické stránky
SyntheticPages je bezplatná interaktivní databáze syntetická chemie postupy prováděné Royal Society of Chemistry.[16] Uživatelé předkládají syntetické postupy, které sami provedli, ke zveřejnění na webu. Tyto postupy mohou být původními pracemi, ale jsou častěji založeny na literárních reakcích. Citace k původnímu zveřejněnému postupu se případně provedou. Před odesláním jsou zkontrolovány vědeckým redaktorem. Stránky neprocházejí formálním peer-review jako vědecký časopis článek, ale komentáře mohou dělat přihlášení uživatelé. Komentáře jsou také moderovány vědeckými redaktory. Záměrem je shromáždit praktické zkušenosti s tím, jak se chovat užitečně chemická syntéza v laboratoři. Zatímco experimentální metody publikované v obyčejném akademický časopis jsou uvedeny formálně a stručně, postupy v ChemSpider SyntheticPages jsou uvedeny s praktičtějšími podrobnostmi. Podporuje se neformálnost. Zahrnuty jsou také komentáře zadavatelů. Mezi další publikace se srovnatelným množstvím podrobností patří Organické syntézy a Anorganické syntézy. Stránky SyntheticPages původně zřídili profesoři Kevin Booker-Milburn (University of Bristol ), Stephen Caddick (University College v Londýně ), Peter Scott (University of Warwick ) a Dr. Max Hammond. V únoru 2010 bylo oznámeno spojení[17] s vyhledávačem chemických struktur Royal Society of Chemistry ChemSpider a vznikem ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP).
Otevřete FAKTY
ChemSpider slouží jako úložiště chemických sloučenin jako součást Otevřete FAKTY projekt, an Iniciativa pro inovativní léčiva. Otevřené FAKTY zavedou otevřené standardy, otevřený přístup, sémantický web přístup k řešení překážek při objevování drog s malými molekulami - různorodé informační zdroje, nedostatek standardů a informační přetížení.[18]
Viz také
Reference
- ^ Van Noorden, R. (2012). „Síť dat chemie se rozšiřuje“. Příroda. 483 (7391): 524. Bibcode:2012Natur.483..524V. doi:10.1038 / 483524a. PMID 22460877.
- ^ "Blog ChemSpider» Archiv blogů »ChemSpider přijímá licence Creative Commons". www.chemspider.com. Archivovány od originál dne 02.04.2015. Citováno 2014-03-21.
- ^ Antony John Williams (Leden – únor 2008). „ChemSpider a jeho rozšiřující se web: Budování komunity zaměřené na strukturu pro chemiky“. Chemistry International. 30 (1).
- ^ Williams, A. J. (2008). "Veřejné databáze chemických sloučenin". Aktuální názor na objev a vývoj drog. 11 (3): 393–404. PMID 18428094.
- ^ Brumfiel, G. (2008). „Lékárny otáčejí sítí dat“. Příroda. 453 (7192): 139. Bibcode:2008 Natur.453..139B. doi:10.1038 / 453139a. PMID 18464701.
- ^ Williams, A. J. (2011). „Chemspider: Platform for Crowdsourced Collaboration to Curate Data Derived from Public Compound Databases“. Kolaborativní výpočetní technologie pro biomedicínský výzkum. str. 363–386. doi:10.1002 / 9781118026038.ch22. ISBN 9781118026038.
- ^ Pence, H. E.; Williams, A. (2010). "ChemSpider: Online chemický informační zdroj". Journal of Chemical Education. 87 (11): 1123. Bibcode:2010JChEd..87.1123P. doi:10.1021 / ed100697w.
- ^ "Zdroje dat". Chemspider. Citováno 16. května 2019.
- ^ „Blog ChemSpider» Archiv blogů »Prohlížeč US EPA DSSTox se připojuje k ChemSpideru“. ChemSpider. 23. srpna 2008. Archivováno od originál dne 7. listopadu 2017. Citováno 7. listopadu 2017.
- ^ Hettne, K. M .; Williams, A. J .; Van Mulligen, E. M .; Kleinjans, J .; Tkachenko, V .; Kors, J. A. (2010). „Automatická vs. manuální úprava chemického slovníku s více zdroji: Dopad na dolování textu“. Journal of Cheminformatics. 2 (1): 3. doi:10.1186/1758-2946-2-3. PMC 2848622. PMID 20331846.
- ^ "Blog ChemSpider» Archiv blogů »Kdo by chtěl mít celou databázi ChemSpider?". www.chemspider.com. Archivovány od originál dne 2015-09-24. Citováno 2014-04-18.
- ^ „ChemSpider v App Storu“. Obchod s aplikacemi.
- ^ „ChemSpider Mobile - Aplikace pro Android ve službě Google Play“. play.google.com.
- ^ Vítejte ChemMantis na ChemZoo a výzva k příspěvku od komunity, 23. 10. 2008, A. Williams,příspěvek na blogu Archivováno 24. 09. 2015 na Wayback Machine
- ^ „RSC získává ChemSpider“. Royal Society of Chemistry. 11. května 2009. Citováno 2009-05-11.
- ^ „ChemSpider SyntheticPages“. ChemSpider SyntheticPages. Royal Society of Chemistry. Citováno 26. června 2012.
- ^ „ChemSpider a SyntheticPages podporují syntetickou chemii“. Publikování RSC. Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. Archivovány od originál dne 26. července 2012. Citováno 2012-06-26.
- ^ Williams, A. J.; Harland, L .; Groth, P .; Pettifer, S.; Chichester, C .; Willighagen, E. L .; Evelo, C. T .; Blomberg, N .; Ecker, G.; Goble, C.; Mons, B. (2012). „Otevřené FAKTY: Sémantická interoperabilita pro objevování drog“. Objev drog dnes. 17 (21–22): 1188–1198. doi:10.1016 / j.drudis.2012.05.016. PMID 22683805.