Carolyn Lawrence-Dill - Carolyn Lawrence-Dill - Wikipedia

Carolyn Lawrence-Dill
Carolyn CarolynLawrence-Dill.jpg
narozený (1974-05-18) 18. května 1974 (věk 46)
El Paso, Texas, USA
Národnostamerický
Alma materUniversity of Georgia
Texas Tech University
Hendrix College
Známý jakoPřístup a dostupnost vědeckých údajů o rostlinách nástroje a zdroje pro predikci genových funkcí; vytváření vypočítatelných popisů fenotypů, budování výzkumné komunity
Vědecká kariéra
PoleBiologie rostlin
Bioinformatika
InstituceSlužba zemědělského výzkumu, Iowská státní univerzita
Doktorský poradceR. Kelly Dawe a Russell L. Malmberg

Carolyn Joy Lawrence-Dill (narozený 18 května 1974) je americký rostlinný biolog. Vyvíjí výpočetní systémy a nástroje, aby pomohla vědcům v oblasti rostlinné vědy využívat rostliny genetika a genomika data pro základní biologické aplikace, které postupují pěstování rostlin.

raný život a vzdělávání

Carolyn Joy Lawrence-Dill, roz Cogburn, byl narozen v El Paso, Texas. Vyrostla v Throckmorton, pak se přesunul do Cleburne v roce 1989. Promovala v roce 1992 Cleburne High School. Lawrence-Dill získal a B.A. vzdělání v oboru biologie z Hendrix College v roce 1996. Přijala ji SLEČNA. v oboru biologie v roce 1997 od Texas Tech University kde pracovala bavlna fyziologie a ona Ph.D. vzdělání v oboru botanika v roce 2003 z University of Georgia. Její disertační práce se zaměřila na integraci tradičních a výpočetních metod pro odvození genové funkce v rostlinách.[1]

Kariéra

Po jejím formálním vzdělání sloužila Lawrence-Dill dva roky jako postdoktorský výzkumník pod vedením Volkera Brendela[2] na Iowská státní univerzita.

V létě roku 2005 začal Lawrence-Dill pracovat jako výzkumný genetik pro USDA-ARS. Působila jako ředitelka společnosti MaizeGDB, kukuřice databáze modelových organismů do prosince 2013. V roce 2014 nastoupila na fakultu Iowská státní univerzita jako docent na katedrách genetiky, vývoje a buněčné biologie a agronomie. V roce 2019 byla povýšena do hodnosti profesor.

Výzkum

Výzkum společnosti Lawrence-Dill se zaměřuje na mapování genomy a genové prvky.[3][4][5][6], predikce funkce proteinu,[7][8] vynalézání nových způsobů propojení genů s fenotypovými popisy a obrázky,[9][10] vývoj způsobů výpočtu fenotypových popisů,[11][12][13][14] organizování širokých datových sad pro přístup a používání komunitou,[15][16][17] a vývoj výpočetních nástrojů, které ostatním umožňují provádět všechny tyto druhy analýz přímo. Ačkoli jsou výzkumné a vývojové projekty obecně v rostlinné říši, většina její práce se zaměřuje na kukuřice.

Genomika

Lawrence-Dill má schopnost pokročilých rostlinných vědců získat přístup k rostlině genomika zdroje sekvenováním a sestavováním genomů, anotováním strukturních prvků včetně genů, regulačních prvků a CRISPR weby ke genomům a vytváření nástrojů, které vědcům umožňují analyzovat data genové exprese.

Fenomika

Lawrence-Dill má schopnost pokročilých rostlinných vědců vypočítat fenotyp přímo připojením obrazových fenotypů k datům genomiky, crowdsourcingem pro strojové učení založené na obrazech, správou informací pro pole a vysoce výkonné fenotypování řízeného prostředí a výpočty fenotypových popisů.

Vedení a politika

Sdílení dat

Velká část práce, kterou Lawrence-Dill publikoval, usiluje o zdokonalení sdílení dat, aby umožnila výzkumným pracovníkům využívat zjištění jiných, protože někteří vědci mají obavy ze sdílení údajů, že ti, kteří generují materiály a data, nebudou vycházet z následného použití a odvozených výhod z jejich vlastních údajů.[18] Obecně však omezování přístupu k datům znemožňuje vědcům testovat, zda jsou výsledky výzkumu reprodukovatelné. Pokud jde o genomická data a materiály, omezení přístupu k informacím o digitální sekvenci (DSI) relevantní pro konkrétní zárodečná plazma může zabránit vědcům v identifikaci biologických materiálů pro nové výzkumné aplikace.

Podnebí a genetické inženýrství

Lawrence-Dill se pravidelně věnuje aktuálním tématům klimatická změna a genetické inženýrství, poradenství kolegům, aby se zapojili do diskusí o těchto tématech s kolegy z jiných oborů, s tvůrci politik a se širokou veřejností. Její vedení se zaměřuje na hledání společných hodnot, formulování sociálních, environmentálních a ekonomických příležitostí a apelování na lepší budoucnost, spíše než na negativní důsledky.

V roce 2016 se Lawrence-Dill a sociolog Shawn Dorius pustili do práce, aby lépe pochopili, kde jsou negativní veřejné názory GMO a změna klimatu. Při vyšetřování toho, jak byly GMO zobrazeny v amerických zpravodajstvích, informace o Rušení Ruska ve volbách v USA v roce 2016 se objevily ruské státní zprávy z angličtiny RT a Sputnik bylo jim nařízeno se zaregistrovat jako zahraniční agenti To vedlo tým k prozkoumání zpráv reportovaných RT a Sputnikem, kde shledali, že jejich zobrazení témat GMO se velmi liší od amerických médií. Ruské státní zprávy o GMO byly téměř zcela negativní, přičemž zdánlivě úmyslné nesprávné asociace spojovaly GMO s kontroverzními, nesouvisejícími a nechutnými tématy (např. Témata týkající se potratů Zika infikované plody a Trans-pacifické partnerství ). Tým předpokládal, že tento druh činnosti by se mohl zaměřit nejen na vyvolání kontroverzí v USA, ale také na to, aby sloužil ekonomickým zájmům v Rusku, protože ruským průmyslovým odvětvím číslo dvě je zemědělství.

Zatímco jejich zjištění byla předmětem vzájemného hodnocení, Des Moines Register vydal článek na titulní straně[19] popisující jejich zjištění (25. února 2018). Vědci zveřejnili předtisk článku prostřednictvím SocArXiv[20] do jednoho dne, aby bylo zajištěno, že podrobné materiály, metody a interpretace dat budou plně k dispozici. Následovalo mediální šílenství s pokrytím ve více než 80 novinách, online webech a rozhlasových vysílání, se zvukovým pokrytím až do konce Národní veřejné rádio Marketplace (28. února 2018) a Veřejné rádio v Iowě ’S River to River (2. března 2018). Tam byl dokonce politický karikatura propuštěn Greg Kearney,[21] a Bill Gates hájil GMO prostřednictvím Redditu Zeptejte se mě na cokoli[22] diskuse uprostřed pokrytí. Recenzovaná publikace[23] byla přijata 11. března 2018. Po medializaci spojení GMO-Rusko vykazovaly zprávy o dalších zdánlivě nesouvisejících horkých tématech známky ruského vlivu se zjevným záměrem způsobit svár,[24] s ukázkami ovlivňujících kampaní vycházejících z nejrůznějších témat energie na lidská práva na mezinárodní obchod.

Budování vědecké komunity

Lawrence-Dill spojil výzkumné pracovníky z mnoha komunit, aby koordinovali svou práci. To zahrnuje budování shody ohledně norem a nomenklatury,[25][26] zakládající komunitní organizace,[27][28] a povzbuzování ostatních prostřednictvím mentoringu a školení.[29]

Ocenění

Zvolená služba

  • 2018 Mezinárodní síť pro fenotypizaci rostlin[31] Představenstvo (tříleté funkční období; spolupředseda)
  • 2018 North American Plant Phenotyping Network[32] Výkonná rada (dvouleté funkční období; předseda 2019; založila 501 (c) 3 )
  • 2016 Mezinárodní síť DivSeek[33] Řídící výbor, později představenstvo (člen; čtyřleté funkční období)
  • 2010 Výkonný výbor pro genetiku kukuřice[34] (Pětileté období; předseda 2015)

Reference

  1. ^ [https://web.archive.org/web/20201017004220/https://athenaeum.libs.uga.edu/handle/10724/21098;jsessionid=87C1167146D5597DF6DD4ABE4B385364 archivováno 2020-10-17 na Wayback Machine Dizertační práce Carolyn Joy Lawrence: Kombinovaný bioinformatický / molekulárně založený přístup k porozumění molekulárním motorům v rostlinách] - webové stránky knihovny univerzity v Gruzii
  2. ^ Brendel, Volker. „Volker Brendel, profesor biologie“. Katedra biologie, Indiana University.
  3. ^ Andorf, Carson M .; Kopylov, Mykhailo; Dobbs, Drena; Koch, Karen E .; Stroupe, M. Elizabeth; Lawrence, Carolyn J .; Bass, Hank W. (prosinec 2014). „Motivy G-Quadruplex (G4) v genomu kukuřice (Zea mays L.) jsou na konkrétních místech obohaceny o tisíce genů spojených s energetickým stavem, hypoxií, nízkým obsahem cukru a nedostatkem živin“. Journal of Genetics and Genomics. 41 (12): 627–647. doi:10.1016 / j.jgg.2014.10.004. PMID  25527104.
  4. ^ Law, MeiYee; Childs, Kevin L .; Campbell, Michael S .; Stein, Joshua C .; Olson, Andrew J .; Holt, Carson; Panchy, Nicholas; Lei, Jikai; Jiao, Dian; Andorf, Carson M .; Lawrence, Carolyn J .; Ware, Doreen; Shiu, Shin-Han; Sun, Yanni; Jiang, Ning; Yandell, Mark (1. ledna 2015). „Automatická aktualizace, revize a kontrola kvality anotací kukuřičného genomu pomocí nástroje MAKER-P vylepšuje genové modely B73 RefGen_v3 a identifikuje nové geny“. Fyziologie rostlin. 167 (1): 25–39. doi:10.1104 / pp.114.245027. PMC  4280997. PMID  25384563.
  5. ^ Campbell, Michael S .; Law, MeiYee; Holt, Carson; Stein, Joshua C .; Moghe, Gaurav D .; Hufnagel, David E .; Lei, Jikai; Achawanantakun, Rujira; Jiao, Dian; Lawrence, Carolyn J .; Ware, Doreen; Shiu, Shin-Han; Childs, Kevin L .; Sun, Yanni; Jiang, Ning; Yandell, Mark (1. února 2014). „MAKER-P: Sada nástrojů pro rychlé vytváření, správu a kontrolu kvality anotací rostlinných genomů“. Fyziologie rostlin. 164 (2): 513–524. doi:10.1104 / pp.113.230144. PMC  3912085. PMID  24306534. S2CID  11525262.
  6. ^ Manchanda, Nancy; Portwood, John L .; Woodhouse, Margaret R .; Seetharam, Arun S .; Lawrence-Dill, Carolyn J .; Andorf, Carson M .; Hufford, Matthew B. (2. března 2020). „GenomeQC: nástroj pro hodnocení kvality pro genomové sestavy a anotace genové struktury“. BMC Genomics. 21 (1): 193. doi:10.1186 / s12864-020-6568-2. PMC  7053122. PMID  32122303.
  7. ^ Wimalanathan, Kokulapalan; Lawrence-Dill, Carolyn J. (18. října 2019). "Meta anotátor genové ontologie pro rostliny". doi:10.1101/809988. S2CID  208587945. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  8. ^ Wimalanathan, Kokulapalan; Friedberg, Iddo; Andorf, Carson M .; Lawrence-Dill, Carolyn J. (duben 2018). „Metody anotace, hodnocení a kontrola kukuřice GO (kukuřice-GAMER)“. Plant Direct. 2 (4): e00052. doi:10,1002 / pld3,52. PMC  6508527. PMID  31245718. S2CID  90386060.
  9. ^ Cho, Kyoung Tak; Portwood, John L .; Gardiner, Jack M .; Harper, Lisa C .; Lawrence-Dill, Carolyn J .; Friedberg, Iddo; Andorf, Carson M. (28. srpna 2019). "MaizeDIG: Databáze obrazů a genomů kukuřice". Hranice ve vědě o rostlinách. 10: 1050. doi:10.3389 / fpls.2019.01050. PMC  6724615. PMID  31555312.
  10. ^ Zhou, Naihui; Siegel, Zachary D .; Zarecor, Scott; Lee, Nigel; Campbell, Darwin A .; Andorf, Carson M .; Nettleton, Dan; Lawrence-Dill, Carolyn J .; Ganapathysubramanian, Baskar; Kelly, Jonathan W .; Friedberg, Iddo (30. července 2018). „Crowdsourcingová obrazová analýza pro rostlinnou fenomén pro generování základních údajů o pravdě pro strojové učení“. PLOS výpočetní biologie. 14 (7): e1006337. Bibcode:2018PLSCB..14E6337Z. doi:10.1371 / journal.pcbi.1006337. PMC  6085066. PMID  30059508. S2CID  51881800.
  11. ^ Oellrich, Anika; Walls, Ramona L; Cannon, Ethalinda; Dělo, Steven B; Cooper, Laurel; Gardiner, Jack; Gkoutos, Georgios V; Harper, Lisa; On, Mingze; Hoehndorf, Robert; Jaiswal, Pankaj; Kalberer, Scott R; Lloyd, John P; Meinke, David; Menda, Naama; Moore, Laura; Nelson, Rex T; Pujar, Anuradha; Lawrence, Carolyn J; Huala, Eva (2015). „Ontologický přístup ke srovnávacím jevům v rostlinách“. Rostlinné metody. 11 (1): 10. doi:10.1186 / s13007-015-0053-r. PMC  4359497. PMID  25774204. S2CID  18382593.
  12. ^ Braun, Ian; Lawrence-Dill, Carolyn (2018). „Výpočetní klasifikace fenologů napříč biologickou rozmanitostí“ (PDF). Sborník příspěvků z 9. mezinárodní konference o biologické ontologii: 2. Archivováno (PDF) od originálu na 2019-01-14. Citováno 2020-10-16.
  13. ^ Braun, Ian R .; Lawrence-Dill, Carolyn J. (10. ledna 2020). „Automatizované metody umožňují přímý výpočet fenotypových popisů pro novou předpověď genů kandidátů“. Hranice ve vědě o rostlinách. 10: 1629. doi:10.3389 / fpls.2019.01629. ISSN  1664-462X. PMC  6965352. PMID  31998331. S2CID  210117404.
  14. ^ Braun, Ian R .; Yanarella, Colleen F .; Lawrence-Dill, Carolyn J. (20. května 2020). "Výpočet fenotypových popisů pro objev genů kandidátů a zlepšení plodin". Fenomika rostlin. 2020: 1–4. doi:10.34133/2020/1963251.
  15. ^ AlKhalifah, Naser; Campbell, Darwin A .; Falcon, Celeste M .; Gardiner, Jack M .; Miller, Nathan D .; Romay, Maria Cinta; Zdi, Ramona; Walton, Renee; Yeh, Cheng-Ting; Bohn, Martin; Bubert, Jessica; Buckler, Edward S .; Ciampitti, Ignacio; Flint-Garcia, Sherry; Gore, Michael A .; Graham, Christopher; Hirsch, Candice; Holland, James B .; Hooker, David; Kaeppler, Shawn; Knoll, Joseph; Lauter, Nick; Lee, Elizabeth C .; Lorenz, Aaron; Lynch, Jonathan P .; Moose, Stephen P .; Murray, Seth C .; Nelson, Rebecca; Rocheford, Torbert; Rodriguez, Oscar; Schnable, James C .; Scullyová, Brian; Smith, Margaret; Springer, Nathan; Thomison, Peter; Tuinstra, Mitchell; Wisser, Randall J .; Xu, Wenwei; Ertl, David; Schnable, Patrick S .; De Leon, Natalia; Spalding, Edgar P .; Edwards, Jode; Lawrence-Dill, Carolyn J. (prosinec 2018). „Genomy kukuřice na pole: genotyp, fenotyp, prostředí a inbrední obrazové datové sady polní sezóny 2014 a 2015“. Poznámky k výzkumu BMC. 11 (1): 452. doi:10.1186 / s13104-018-3508-1. PMC  6038255. PMID  29986751.
  16. ^ Lawrence, C. J. (1. ledna 2004). „MaizeGDB, komunitní databáze genetiky a genomiky kukuřice“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (90001): 393D – 397. doi:10.1093 / nar / gkh011. PMC  308746. PMID  14681441.
  17. ^ Duvick, J .; Fu, A .; Muppirala, U .; Sabharwal, M .; Wilkerson, M. D .; Lawrence, C. J .; Lushbough, C .; Brendel, V. (23. prosince 2007). „PlantGDB: zdroj pro srovnávací genomiku rostlin“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Databáze): D959 – D965. doi:10.1093 / nar / gkm1041. PMC  2238959. PMID  18063570. S2CID  10046054.
  18. ^ Longo, Dan L .; Drazen, Jeffrey M. (20. ledna 2016). "Sdílení dat". New England Journal of Medicine. 374 (3): 276–277. doi:10.1056 / NEJMe1516564. PMID  26789876.
  19. ^ Eller, Donnelle. „Články proti GMO vázané na ruské stránky, ukazuje výzkum ISU“. Des Moines Register. Archivováno z původního dne 17. října 2020. Citováno 15. října 2020.
  20. ^ Dorius, Shawn F; Lawrence-Dill, Carolyn J (27. února 2018). „Zasetí semen skepticismu: ruské státní zprávy a nálady proti GMO“. doi:10.31235 / osf.io / 26ubf. PMID  29561212. Archivováno z původního dne 2. května 2019. Citováno 17. října 2020. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  21. ^ Kearney, G. M. "Přitahující pozornost". Archivováno z původního dne 17. října 2020. Citováno 15. října 2020.
  22. ^ Brány, Bille. „r / IAmA - komentář u / thisisbillgates k“ Jsem Bill Gates, spolupředseda nadace Bill & Melinda Gates Foundation. Zeptej se mě na cokoliv."". reddit.
  23. ^ Dorius, Shawn F .; Lawrence-Dill, Carolyn J. (3. dubna 2018). „Zasetí semen skepticismu: ruské státní zprávy a nálady proti GMO“. GM plodiny a jídlo. 9 (2): 53–58. doi:10.1080/21645698.2018.1454192. PMC  6277062. PMID  29561212. S2CID  4051135.
  24. ^ Timberg, Craig; Romm, Tony. „Tyto provokativní obrázky ukazují, že ruští trollové se snažili podnítit debatu o změně klimatu, frakování a ropovodu Dakota“. Washington Post. Citováno 20. října 2020.
  25. ^ Gray, John; Bevan, Michael; Brutnell, Thomas; Buell, C. Robin; Cone, Karen; Štikozubec, Sarah; Jackson, David; Kellogg, Elizabeth; Lawrence, Carolyn; McCouch, Susan; Mockler, Todd; Moose, Stephen; Paterson, Andrew; Peterson, Thomas; Rokshar, Daniel; Souza, Glaucia Mendes; Springer, Nathan; Stein, Nils; Timmermans, Marja; Wang, Guo-Liang; Grotewold, Erich (leden 2009). „Doporučení pro pojmenování proteinů transkripčních faktorů v trávě“. Fyziologie rostlin. 149 (1): 4–6. doi:10.1104 / str. 108.128504. PMC  2613739. PMID  19126689.
  26. ^ Lawrence, Carolyn J .; Dawe, R. Kelly; Christie, Karen R .; Cleveland, Don W .; Dawson, Scott C .; Endow, Sharyn A .; Goldstein, Lawrence S.B .; Goodson, Holly V .; Hirokawa, Nobutaka; Howard, Jonathon; Malmberg, Russell L .; McIntosh, J. Richard; Miki, Harukata; Mitchison, Timothy J .; Okada, Yasushi; Reddy, Anireddy S.N .; Saxton, William M .; Schliwa, Manfred; Scholey, Jonathan M .; Vale, Ronald D .; Walczak, Claire E .; Wordeman, Linda (11. října 2004). „Standardizovaná nomenklatura kinesinu“. Journal of Cell Biology. 167 (1): 19–22. doi:10.1083 / jcb.200408113. PMC  2041940. PMID  15479732. S2CID  30027277.
  27. ^ Carroll, April Agee; Clarke, Jennifer; Fahlgren, Noah; Gehan, Malia A .; Lawrence-Dill, Carolyn J .; Lorence, Argelia (leden 2019). „NAPPN: Kdo jsme, kam jdeme a proč byste se k nám měli připojit!“. The Plant Phenome Journal. 2 (1): 1–4. doi:10,2135 / tppj2018.08.0006. S2CID  186567373.
  28. ^ Lawrence-Dill, Carolyn J .; Schnable, Patrick S .; Springer, Nathan M. (červenec 2019). „Idea Factory: Iniciativa kukuřice na pole“. Crop Science. 59 (4): 1406–1410. doi:10.2135 / plodiny2019.02.0071.
  29. ^ Lawrence-Dill, Carolyn; Heindel, Theodore; Schnable, Patrick; Strong, Stephanie; Wittrock, Jill; Losch, Mary; Dickerson, Julie (16. května 2018). "Transdisciplinární postgraduální vzdělávání v prediktivní rostlinné fenomenice". Agronomie. 8 (5): 73. doi:10,3390 / agronomie8050073.
  30. ^ „Ženy úspěchu“. ywca. Archivováno od původního dne 2020-10-17. Citováno 2020-10-15.
  31. ^ „IPPN Home“. www.plant-phenotyping.org. Archivováno od původního dne 2020-10-01. Citováno 2020-10-15.
  32. ^ „Severoamerická síť pro fenotypizaci rostlin“. nappn.plant-phenotyping.org. Archivováno od původního dne 2020-06-12. Citováno 2020-10-15.
  33. ^ „DivSeek International Network - globální komunita řízená nezisková organizace“. DivSeek Intl. Archivováno od původního dne 2020-10-17. Citováno 2020-10-15.
  34. ^ „Výkonný výbor pro genetiku kukuřice“. maizegdb.org. Archivováno od původního dne 2020-05-13. Citováno 2020-10-15.

externí odkazy

Webové stránky

Podcasty

Semináře