CFAP157 - CFAP157
 | tento článek používá Značky HTML. (Února 2019) |
| CFAP157 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | CFAP157, C9orf117, protein asociovaný s řasinkami a bičíky 157 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 2447809 HomoloGene: 53056 Genové karty: CFAP157 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 9: 127,71 - 127,72 Mb | Chr 2: 32,78 - 32,78 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Protein 157 spojený s řasinkami a bičíky (CFAP157) také známý jako otevřený čtecí rámec chromozomu 9 117 (c9orf117) je protein že u lidí je kódován genem CFAP157.
Gen CFAP157 je „specificky vyžadován během spermatogeneze pro morfogenezi bičíku a motilitu spermií a může být zapotřebí k potlačení tvorby nadpočetných axonémů a zajištění správné ultrastruktury, “[5] podle UniProt.
Gen
Umístění
CFAP157 se nachází na chromozomu 9, 9q34.11 u člověka z základní pár 127 706 989 do základní pár 127,716,002.[6]
Funkce
Velikost genu je 9 013 bází a orientace je plus vlákno.[6] Gen má 9 exony.[7]
mRNA
Nejběžnější varianta mRNA CFAP157 obsahuje 1722 základní páry.[7]
Výraz
CFAP157 je exprimován v mnoha tkáních lidského těla, jako je čípek, plíce, varle, a děloha. Lidé, kteří mají nádor dělohy, pravděpodobně budou mít expresi v CFAP157. Tento gen je exprimován u dospělých i plodů.[8]
Protein
U člověka obsahuje CFAP157 520 aminokyselin.[9] Protein je glutamin extrémně bohatý a glycin chudý. Protein je docela neutrální s izoelektrický bod při pH 7,4.[10] Průměrná hmotnost proteinu se odhaduje na 60 531 748 Da a absorpční koeficient se odhaduje na 25 440 M−1 cm−1.
CFAP157 je primárně složen z α-šroubovice a neexistuje žádná transmembránová spirála. Program tvorby proteinové struktury nazvaný Phyre se používá k vytvoření predikované struktury CFAP157.
Homologie
U člověka není znám paralog pro CFAP157. CFAP157 má mnoho ortologů. Následující tabulka obsahuje některé ortology, včetně lidí, obyčejných šimpanzů, makaků rhesus, skotu, psů, myší, potkanů, žab a tropických drápů.[11]
| Druh | Běžné jméno | Přístupové číslo | Identita sekvence | Sekvenční podobnost |
|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | NP_001012520 | 100% | 100% |
| Pan troglodyty | Společný šimpanz | XP_001143084 | 98.5% | 99.0% |
| Macaca mulatta | Makak rhesus | XP_001095281 | 95.2% | 96.4% |
| Bos taurus | Dobytek | XP_005213477 | 70.5% | 84.0% |
| Canis lupus familiaris | Pes | XP_005625392 | 71.5% | 80.9% |
| Mus musculus | Myš | NP_079895 | 64.6% | 79.0% |
| Rattus norvegicus | Krysa | NP_001094339 | 64.2% | 78.4% |
| Xenopus tropicalis | Tropická drápová žába | NP_001072774 | 41.5% | 60.5% |
| Danio rerio | Zebrafish | NP_001103638 | 34.0% | 54.9% |
Interagující proteiny
P14335 (Virus Kunjin kmen MRM61C) je virus, který interaguje s CFAP157 prostřednictvím dvouhybridní screening. Virus Kunjin není tak závažný jako jiné viry, ale jedná se o znatelný objev, protože je možné využít interakce k vývoji nových typů léků. Vědci z University of Queensland objevili nové lékařské použití viru Kunjin v roce 2005 a možná léčba zahrnuje vakcíny proti HIV / rakovině.[12]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000160401 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000038987 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „CFAP157 - protein asociovaný s řasinkami a bičíky 157 - Homo sapiens (člověk) - gen a protein CFAP157“. www.uniprot.org. Citováno 2018-02-05.
- ^ A b Databáze, GeneCards Human Gene. "CFAP157 Gene - GeneCards | CF157 Protein | CF157 Antibody". www.genecards.org. Citováno 2018-02-20.
- ^ A b "Homo sapiens cilia and flagella associated protein 157 (CFAP157), tran - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2018-04-23.
- ^ Skupina, Schuler. „Profil EST - Hs.652519“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2018-04-23.
- ^ "Protein 157 [Homo sapiens] asociovaný s řasinkami a bičíky - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2018-02-20.
- ^ "Prot pi | Bioinformatická kalkulačka". www.protpi.ch. Citováno 2018-04-23.
- ^ „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2018-04-23.
- ^ „Nové lékařské využití viru Kunjin“. News-Medical.net. 2005-04-12. Citováno 2018-05-06.