Klub byl oficiálně založen 23. června 1928 Félixem Pérez de la Serna. Jeho prvním prezidentem byl Ramón del Hierro. Klub však musel pozastavit provoz v roce 1936 kvůli španělské občanské válce, kde zůstal nečinný, dokud se reformoval dne 4. září 1946.
Leganés hrál drtivou většinu své existence v nižších ligách. V roce 1977 klub získal povýšení na čtvrtá divize, kde se hrálo už sedm let, když byla kategorie ještě třetí úrovní.
Po stabilním postupu dosáhl Leganés nového divize tři v roce 1987 povýšen na druhá divize o šest let později a udržení statusu ligy po dobu 11 sezón; během tohoto časového období sbíral dvě po sobě jdoucí osmá místa (nejlepší) z let 1995–97.
V Sezóna 2013–14 Po 10 letech ve třetí divizi postoupil Leganés do druhé divize.
V Sezóna 2015–16, poprvé ve své historii, Leganés získal povýšení na La Liga, který byl uzavřen 4. června 2016 vítězstvím 1–0 proti CD Mirandés.[2] Zůstali v elitě po čtyři sezóny a dosáhli vrcholu 13. v 2018–19, před sestoupením v poslední hře následující sezóny, domácí remíza 2–2 Real Madrid.[3] Ukončení čtyřletého působení Lega v první řadě. Během tohoto kouzla se tým poprvé kvalifikoval do semifinále Copa del Rey vyloučením Real Madrid v čtvrtfinále díky výhře 2–1 na Stadion Santiago Bernabéu.[4]