C16orf58 - C16orf58
| RUSF1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | RUSF1, RUS, chromozom 16, otevřený čtecí rámec 58, C16orf58, člen rodiny RUS 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 2384572 HomoloGene: 11232 Genové karty: RUSF1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 16: 31,49 - 31,51 Mb | Chr 7: 128,27 - 128,3 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Otevřený čtecí rámec chromozomu 16 58nebo C16orf58, také známý jako FLJ13638 je protein který je u lidí kódován C16orf58 gen.[5] Samotný gen je dlouhý 18892 bp s mRNA 2760 bp a proteinová sekvence 468 aminokyseliny. Existuje konzervovaná doména neznámého DUF647. Pro tento gen zatím nebyla stanovena žádná funkce, ale předpokládá se, že se nachází v endoplazmatické retikulum v cytoplazma.[6]
Distribuce druhů
C16orf58 má velmi zajímavou konzervaci v tom, že má ortology zpět rostliny a houby. Nebylo však nalezeno v plazi, ptactvo nebo obojživelníci. Níže uvedená tabulka zobrazuje některé, ale ne všechny, ortology, které byly nalezeny pomocí funkce BLAST.[7]
| Druh | Společný název organismu | Přistoupení NCBI | Sekvenční identita | E-hodnota | Délka (AA) | Obecný název genu |
| Homo sapiens | Člověk | NP_073581 | 100% | 0.0 | 468 | C16orf58 |
| Equus Caballus | Kůň | XP_001495510 | 85% | 0.0 | 468 | PRIPRAVENO: podobné proteinu C16orf58 UPF0420 |
| Canis familiaris | Pes | XP_547054 | 85% | 0.0 | 485 | podobný CG10338-PA |
| Mus musculus | Myš | Q91W34 | 81% | 0.0 | 466 | cDNA sekvence BC017158 |
| Monodelphis domestica | Vačice | XP_001370394 | 65% | 3e−160 | 466 | PRIPRAVENO: hypotetický protein |
| Danio rario | Zebrafish | NP_001103923 | 53% | 4e−112 | 432 | hypotetický protein LOC555936 |
| Drosophila melanogaster | Létat | NP_609897 | 40% | 3e−69 | 395 | CG10338 |
| Arabidopsis thaliana | Thale Cress | AAF81284 | 37% | 2e−68 | 403 | Obsahuje podobnost s produktem genu CG10338 z Drosophila melanogaster |
| Gallus gallus | Kuře | NP_989823 | 25% | 0.36 | 1434 | protein tyrosin fosfatáza, typ receptoru, U |
| Xenopus tropicalis | Žába | AAI22058 | 31% | 3.4 | 268 | Protein Stk19 |
| Saccharomyces cerevisiae | Droždí | EDZ73379 | 25% | 0.21 | 1578 | Protein podobný YDL140Cp |
| Caenorhabditis elegans | Hlístice | NP_502300 | 19% | 3.0 | 414 | hypotetický protein M18.6 |
Interakce s proteiny
Ačkoli funkce je stále neznámá, C16orf58 bylo prokázáno, že interaguje se třemi různými proteiny:
- MVD[8] MVD znamená difosfomevalonát dekarboxyláza což je enzym, který funguje v cholesterol biosyntéza.[9]
- BSCL2[10] BSCL2 je vrozená lipodystrofie 2 Bernardinelli-Seip nebo seipin.[11] Nachází se v endoplazmatickém retikulu a považuje se za důležitý v lipid morfologie kapiček.
- TSC22D4[10] Třetím interagujícím proteinem je TSC22D4, člen rodiny domény TSC22 4 a funguje jako a leucinový zip překladová regulace.[12]
Struktura
Ačkoli existuje několik stránek, které poskytnou předpovědi o proteinové struktuře, C16orf58 ještě nemá známou strukturu. Jak již bylo řečeno, existuje alespoň jeden transmembránová doména, pokud ne více. V proteinové struktuře existuje několik rozšířených oblastí s nenabitými aminokyselinami, mohlo by to být možné transmembránové domény, nebo hydrofobní jádra.[6] Níže je uveden náboj každé z aminokyselin v proteinové sekvenci, + pro pozitivní, - pro negativní a 0 pro nenabitou. Všimněte si, že velké segmenty nenabitých aminokyselin vypadají tučně. Tyto úseky nenabitých aminokyselin jsou konzervovány zpět přes vzdálené ortology.
1 00—000-00 000-00000- 0+00+000-0 0000-0000+ 00000+0000 +0-0+-00-0 61 0000000000 0000000000 000-0000-0 000000-000 0000000000 0000000000 121 0000+00000 0000000+-0 00000+0000 00+00+0-00 0+00+000-0 00-00000-0 181 0000000000 000000000+ 0000000000 +00000000+ +0000-000+ -000-00000 241 0000000000 0000000000 0000000000 000000+00+ 0000-000-0 +0+000+000 301 0+0-00-000 00+0-00000 0000000000 0000+00000 0-00000-00 0-000000-0 361 0000000000 0+000+000+ 0000000000 000-00000- 0—0+0+0+0 00++-00000 421 +-00-00-00 00+00+000- 000+0-+000 -00-0+0000 000-++00
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000140688 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000030780 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Entrez Gene: C16orf58“. Citováno 6. května 2009.
- ^ A b „SDSC Biology Workbench“. San Diego Superpočítačové centrum. Citováno 2009-05-07.
- ^ „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. National Center for Biotechnology Information, United States National Institutes of Health. Citováno 2009-05-07.
- ^ „STRING: funkční asociační sítě proteinů“. EMBL.de. Citováno 2009-05-07.
- ^ „Entrez Gene: MVD mevalonát (difosfo) dekarboxyláza“. Citováno 6. května 2009.
- ^ A b "databáze mincovny". Archivovány od originál dne 2006-05-06. Citováno 2009-05-07.
- ^ „Entrez Gene: BSCL2 Bernardinelli-Seip congenital lipodystrophy 2 (seipin)“. Citováno 6. května 2009.
- ^ „Entrez Gene: TSC22D4 TSC22 doménová rodina, člen 4“. Citováno 6. května 2009.
externí odkazy
- Člověk C16orf58 umístění genomu a C16orf58 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
 | Tento článek o gen na lidský chromozom 16 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |