Bacteroides plebeius - Bacteroides plebeius

Bacteroides plebeius
Vědecká klasifikace Upravit
Doména:Bakterie
Kmen:Bacteroidetes
Třída:Bakteroidie
Objednat:Bacteroidales
Rodina:Bacteroidaceae
Rod:Bacteroides
Druh:
B. plebeius
Binomické jméno
Bacteroides plebeius
Kitahara M a kol. (2005)

Bacteroides plebeius je mikrob nalezen v lidské střevo, nejčastěji nalezené v Japonští domorodci.[1] Předpokládá se, že mikrob získal gen pro degradaci porfyr přes horizontální přenos genů. The porfyranáza Předpokládá se, že kódující gen byl odvozen z mikroba Zobellia galactanivorans.[2] Mikroby ve střevě jsou odpovědné za jejich produkci sacharidové aktivní enzymy nebo CAZymes. CAZymes jsou odpovědné za celou řadu funkcí komplexní sacharidy jako je syntéza, rozpoznávání nebo metabolismus. CAZymes navíc nejsou kódovány v lidský genom, zdůrazňující význam mikrobů v zažívacích procesech.[3] B. plebeius obsahuje gen známý jako BACPLE_01693, který kóduje β-porfyranáza-A.[3]

Složení červených řas Porphyra

Porphyra je rod červených mořských řas. Dva hlavní Porphyra používané v japonských pokrmech jsou P. yezoensis a P. tenera které se běžně používají v sushi.[4] Porphyra spp. také známý jako ani já v Japonsku obsahuje sloučeniny jako porfyrany a agarózy které jsou nestravitelné pro lidi, kterým chybí B. plebius.[3] Rhodophyta, kmen červených řas, má a buněčná stěna složen z sulfatovaný galaktany. Agarany, hlavní složka buněčné stěny se skládá ze střídavě 3-spojených β-D-galaktóza a 4-vázané α-L-galaktóza.[5] Porfyran je rozpustný ve vodě agaran nalezen v Porphyra. Páteř porfyru se skládá ze zhruba 30% 3-vázané β-D-galaktózy a 4-vázaných 3,6-anhydro-α-L-galaktóza. Zbývajících 70% se skládá ze 4 propojených α-L-galaktopyranóza-6-sulfát nebo 3-propojené β-D-galaktopyranóza.[6]

Funkce β-porfyranázy-A

β-porfyranáza-A je katalytický enzym který hydrolyzuje (1 → 4) vazbu mezi β-D-galaktopyranózou a α-L-galaktopyranóza-6-sulfátem v porfyranu.[6] Dále obsahuje a Hlaveň TIM doména a dvě β-sendvič domén.[3]

Srovnání β-porfyranázy-B a β-porfyranázy-A

K dispozici je 35% sekvenční podobnost mezi β-Porfyranázou-B a β-Porfyranázou-A. [2] Dále ortology mezi Z. galactanivorans a Bacteroides plebeius-1698, kmen Bacteroides plebeius, obsahují podobnost sekvence 48% - 69%.[2] Homologní geny mezi ostatními Bacteroides druhy mají pouze 30% podobnost sekvence.[2] Navíc, porfyranáza geny v obou Z. galactanivorans a B. plebeius jsou umístěny v podobných řádech podél jejich chromozomu, nebo jsou syntenický.

Reference

  1. ^ Kitahara M, Sakamoto M, Ike M, Sakata S, Benno Y (září 2005). „Bacteroides plebeius sp. Nov. A Bacteroides coprocola sp. Nov., Izolované z lidských výkalů“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 55 (Pt 5): 2143–7. doi:10.1099 / ijs.0.63788-0. PMID  16166722.
  2. ^ A b C d Hehemann JH, Correc G, Barbeyron T, Helbert W, Czjzek M, Michel G (duben 2010). „Přenos enzymů aktivních ze sacharidů z mořských bakterií na japonskou střevní mikroflóru“. Příroda. 464 (7290): 908–12. Bibcode:2010Natur.464..908H. doi:10.1038 / nature08937. PMID  20376150.
  3. ^ A b C d Hehemann JH, Kelly AG, Pudlo NA, Martens EC, Boraston AB (listopad 2012). „Bakterie lidského střevního mikrobiomu katabolizují červené mořské řasy glykany aktualizací enzymů aktivních ze sacharidů z vnějších mikrobů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (48): 19786–91. Bibcode:2012PNAS..10919786H. doi:10.1073 / pnas.1211002109. PMC  3511707. PMID  23150581.
  4. ^ Nisizawa K, Noda H, Kikuchi R, Watanabe T (září 1987). "Hlavní jídla z mořských řas v Japonsku". Hydrobiologia. 151 (1): 5–29. doi:10.1007 / BF00046102.
  5. ^ Knutsen SH, Myslabodski DE, Larsen B, Usov AI (1994). „Upravený systém nomenklatury pro Galaktany z červených řas“. Botanica Marina. 37 (2). doi:10.1515 / botm.1994.37.2.163.
  6. ^ A b Correc G, Hehemann JH, Czjzek M, Helbert W (leden 2011). „Strukturní analýza produktů degradace porfyranu štěpeného β-porfyranázou A Zobellia galactanivorans.“ Sacharidové polymery. 83 (1): 277–283. doi:10.1016 / j.carbpol.2010.07.060.

externí odkazy