Avibase - Avibase

Avibase
Typ webu
Taxonomická databáze
K dispozici v105 jazyků
VytvořilDenis Lepage
URLavibase.bsc-eoc.org
Spuštěno2003
Aktuální stavAktivní

Avibase je online taxonomická databáze který organizuje pták taxonomické a distribuční data globálně. V jádru se databáze opírá o představu taxonomické pojmy.[je zapotřebí objasnění ][1][2] spíše než taxonomická jména[3] (viz také[4][5][6] odůvodnění použití taxonomických konceptů). Avibase zahrnuje a organizuje taxonomické údaje od hlavních ptačích taxonomických vydavatelů (Clements Kontrolní seznam ptáků světa,[7] Příručka ptáků světa, BirdLife International,[8] Kontrolní seznam MOV[9] a Howard a Moore Kompletní kontrolní seznam ptáků světa[10]) a další regionální zdroje (např. všechna vydání Kontrolní seznam amerických ornitologických společností severoamerických ptáků od roku 1886). Taxonomické koncepty ve více než 230 různých taxonomických zdrojích byly zmapovány a křížově odkazovány na koncepty Avibase.

Webové stránky také nabízejí kontrolní seznamy pro více než 20 000 zeměpisných oblastí světa, stránky druhů s taxonomickými informacemi a synonymy a nástroje pro pozorovatele k udržování jejich vlastních pozorování a získávání zpráv (např. Mapa zobrazující země nebo eBird hotspoty s počtem cílových druhů, které chybí v jednom z jejich životních seznamů).

Historie a účel

Společnost Avibase byla vytvořena a spravuje ji Denis Lepage, který je v současné době senior director pro datovou vědu a technologii společnosti Ptáci Kanada. Údaje obsažené v Avibase byly shromažďovány počínaje rokem 1991.[11] Web Avibase byl spuštěn v červnu 2003 a jeho hostitelem je Ptáci Kanada (dříve Bird Studies Canada) od svého vzniku.

Funkce

Taxonomické pojmy. Databáze je primárně uspořádána kolem tabulky jedinečných taxonomických konceptů. Každý koncept představuje jedinečný biologický popis a bylo mu přiděleno jedinečné alfanumerické ID s názvem Avibase ID. Avibase ID umožňují sledování shodných taxonomických konceptů mezi zdroji publikací. V Avibase je popsáno přibližně 58 000 jedinečných taxonomických konceptů. Patří mezi ně pojmy tradičně uznávané jako druhy a poddruh, ale i další taxonomická seskupení (poddruhové skupiny), různé historicky uznávané alternativní taxonomické zacházení a další pojmy představující hybridy, barevné morphs a neplatné nebo pochybné formy.

Údaje o nomenklatuře. Každý odborný název je také popsáno, aby zahrnovalo citační data a jméno spojené s původním popisem. Přibližně 48 000 aktů[je zapotřebí objasnění ] byly zaznamenány v Avibase a různých typech synonyma jsou také k dispozici.

Regionální kontrolní seznamy druhů jsou k dispozici pro více než 20 000 regionů světa. To zahrnuje všechny země, území a závislosti a většinu regionů definovaných v GADM subnárodní vrstvy, jako jsou provincie, státy, prefektury, okresy, departementy, obce a okresy (úrovně 1 a 2 GADM), jakož i více než 2 500 ostrovů. Regionální kontrolní seznamy jsou k dispozici v několika taxonomických formátech a mohou být také začleněny běžné názvy v různých jazycích. Data pro regionální kontrolní seznamy pocházejí z široké řady zdrojů, jako je datový soubor eBird EBD a fóra, jako je Facebook Global Rare Bird Alert.

Běžná jména a synonyma jsou k dispozici ve 271 různých jazycích a regionálních variantách a existuje 21 jazyků, které pokrývají více než 85% druhů se známým běžným názvem.

MyAvibase, který byl spuštěn v roce 2013, poskytuje bezplatné nástroje pro uživatele, kteří si chtějí udržovat své seznamy životů a generovat zprávy zaměřené na hledání cílových druhů, které pozorovatel dosud neviděl (kam jít, co vidět, kdy jít, jak dlouho navštívit) nebo obecné regionální statistiky (např. celkový počet druhů podle zemí).

Použití informací z databáze

Avibase se používá jako zdrojová data v mnoha webových a recenzovaných publikacích. Například se často používá jako primární zdroj na Wikipedia. Byl také citován a jeho údaje byly použity ve více než 600 publikacích,[12] zejména v oblastech ekologie,[13] zachování,[14] parazitologie,[15] lidské zdraví,[16] taxonomie[17][18] a bioinformatika.[19]

Avibase ID se používají jako způsob řešení nejasností ve vědeckých jménech ptáků a byla přijata Kontrolní seznam AOS severoamerických ptáků,[20] a jsou k dispozici v Wikidata projekt taxonu.[21] Avibase je také používán jako reference pro taxonomické informace výzkumnými skupinami, jako je Databáze výzkumu chřipky.

Poznámky

  1. ^ „Koncept„ potenciálních taxonů “v databázích.“ Berendsohn WG (1995) Taxon 44: 207–212.
  2. ^ "Standardní reprezentace datového modelu pro taxonomické informace." Kennedy J, Hyam R, Kukla R, Paterson T (2006). OMICS: Journal of Integrative Biology 10: 220–230.
  3. ^ „Avibase - databázový systém pro správu a organizaci taxonomických konceptů.“, Lepage, Denis, Gaurav Vaidya a Robert Guralnick, ZooKeys, 420 (25. června 2014): 117–35.
  4. ^ „Taxonomie pro lidi nebo počítače? Kognitivní pragmatika pro velká data.“ Sterner, Beckett a Nico M. Franz. 2017. Biologická teorie 12 (2): 99–111.
  5. ^ Chcete-li zvýšit důvěru, změňte sociální design za agregovanými údaji o biologické rozmanitosti. Franz, Nico M. a Beckett W. Sterner. 2018. Databáze 2018 (leden).
  6. ^ „Řízení taxonomické proměnné: řešení taxonomické koncepce pro portál herbáře v jihovýchodních Spojených státech.“ Franz, Nico, Edward Gilbert, Bertram Ludäscher a Alan Weakley. 2016. Myšlenky a výsledky výzkumu 2 (září): e10610.
  7. ^ Kontrolní seznam eBird / Clements of Birds of the World: v2019 Clements, J. F., T. S. Schulenberg, M. J. Iliff, S. M. Billerman, T. A. Fredericks, B. L. Sullivan a C. L. Wood. 2019.
  8. ^ Příručka ptáků světa a BirdLife International digitální kontrolní seznam ptáků světa. Verze 4. HBW a BirdLife International (prosinec 2019)
  9. ^ Seznam světových ptáků IOC (v10.1) Gill F, D Donsker & P Rasmussen (Eds). 2020.
  10. ^ Howard and Moore Complete Checklist of the Birds of the World, verze 4.1 (Kontrolní seznam ke stažení) Christidis a kol. 2018.
  11. ^ „Avibase - Světová databáze ptáků“. avibase.bsc-eoc.org.
  12. ^ „Avibase - Světová databáze ptáků“. avibase.bsc-eoc.org.
  13. ^ „Globální evoluční izolační opatření mohou zachytit klíčové místní druhy ochrany v komunitách Nearctic a Neotropical Bird.“ Redding, David W., Arne O. Mooers, Çağan H. Şekercioğlu a Ben Collen. 2015. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 370 (1662): 20140013.
  14. ^ „Ochrana v Austrálii a Neotropické Americe: budování vědecké kapacity stejné jako výzvy.“ Rodríguez, Jon Paul, Javier A. Simonetti, Andrea Premoli a Miguel Angelo Marini. 2005. Conservation Biology 19 (3): 969–72.
  15. ^ „Neočekávaná sdružení roztočů ptáků a peří odhalená DNA metabarcodingem odhaluje dynamický ekevoluční scénář.“ Doña, Jorge, David Serrano, Sergey Mironov, Alicia Montesinos ‐ Navarro a Roger Jovani. 2019. Molecular Ecology 28 (2): 379–90.
  16. ^ „Globální ovladače bohatství a prevalence lidského patogenu.“ Dunn, Robert R., T. Jonathan Davies, Nyeema C. Harris a Michael C. Gavin. 2010. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 277 (1694): 2587–95.
  17. ^ „Koordinace disentu jako alternativy ke klasifikaci konsensu: poznatky ze systematiky pro biologické ontologie.“ Sterner, Beckett, Joeri Witteveen a Nico Franz. 2020. Dějiny a filozofie věd o živé přírodě 42 (1): 8.
  18. ^ „Taxonomie need pluralism, but a Controlled and Manageable One.“. Minelli, Alessandro. 2020. Megataxa 1 (1): 9–18.
  19. ^ "Standardizovaný soubor referenčních dat pro rozlišení názvů taxonů obratlovců." Zermoglio, Paula F., Robert P. Guralnick a John R. Wieczorek. 2016. PLoS ONE 11 (1): e0146894.
  20. ^ „Kontrolní seznam severoamerických ptáků (online).“ Chesser, R. T., K. J. Burns, C. Cicero, J. L. Dunn, A. W. Kratter, I. J. Lovette, P. C. Rasmussen, J. V. Remsen, Jr., D. F. Stotz a K. Winker. 2019. Americká ornitologická společnost.
  21. ^ „Projekt taxonu Wikidata“.

Reference

  • Mitch, Leslie (2004), „Where Eagles-and Sparrows-Dare“, Věda, 304: 935, JSTOR  3836936
  • Dickinson, Edward C. (2016), „Posílení základů ornitologické nomenklatury: Vyplňování mezer v Sherbornově a Richmondově historickém odkazu bibliografického průzkumu.“, ZooKeys (550): 107–134, doi:10,3897 / zookeys.550.9546, PMID  26877660

externí odkazy