AMFORA - AMPHORA - Wikipedia
| Vývojáři | Martin Wu, Jonathan Eisen et al. |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 2.0 / 2013 |
| Úložiště |  |
| Napsáno | Perl |
| Operační systém | Linux |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | GNU General Public License |
| webová stránka | http://wolbachia.biology.virginia.edu/WuLab/Software.html |
AMFORA ("AutoMated Phylogenomic infeRence Application") je open-source bioinformatika Pracovní postup.[1][2] AMPHORA2 používá 31 bakteriálních a 104 archaeal fylogenetické markerové geny pro odvození fylogenetických informací z metagenomické datové sady. Většina markerových genů jsou geny s jednou kopií, proto je AMPHORA2 vhodný pro odvození přesného taxonomického složení bakteriálních a archaálních komunit z metagenomických sekvenování brokovnice data.
První AMPHORA byla použita k opětovné analýze Sargasové moře metagenomické údaje [3] v roce 2008, ale v poslední době je v EU stále více metagenomických datových souborů Archiv čtení sekvence čekání na analýzu s AMPHORA2.
AmforaNet
AmforaNet[4] je implementace webového serveru pracovního postupu AMPHORA2 vyvinutého Skupina bioinformatiky PIT. AmphoraNet používá výchozí možnosti AMPHORA2.
AmforaVizu
AmforaVizu[5] je webový server vyvinutý společností PIT Bioinformatics Group, který je schopen vizualizovat výstupy generované AMPHORA2 nebo jeho implementací webového serveru AmphoraNet.
Reference
- ^ Wu, Martin; J.A. Eisen (2008). „Jednoduchá, rychlá a přesná metoda fylogenomické inference“. Genome Biol. 9 (10): R151. doi:10.1186 / gb-2008-9-10-r151. PMC 2760878. PMID 18851752.
- ^ Wu, Martin; AJ. Scott (2012). „Fylogenomická analýza bakteriálních a archaálních sekvencí pomocí AMPHORA2“. Bioinformatika. 28 (7): 1033–1034. doi:10.1093 / bioinformatika / bts079. PMID 22332237.
- ^ Venter, J. Craig; et al. (2004). „Environmentální genomové brokovnice v Sargasovém moři“. Věda. 304 (5667): 66–74. Bibcode:2004Sci ... 304 ... 66V. CiteSeerX 10.1.1.124.1840. doi:10.1126 / science.1093857. PMID 15001713.
- ^ Kerepesi, Csaba; et al. (2014). "Implementace webového serveru sady metagenomických pracovních toků AMPHORA2". Gen. 533 (2): 538–540. doi:10.1016 / j.gene.2013.10.015. PMID 24144838.
- ^ Kerepesi, Csaba; et al. (2014). "Vizuální analýza kvantitativního složení metagenomických komunit: webový server AmphoraVizu". Mikrobiální ekologie. 69 (3): 695–697. doi:10.1007 / s00248-014-0502-6. PMID 25296554.