Alice Barkan - Alice Barkan

Alice Barkan
Alma materMassachusetts Institute of Technology
University of Wisconsin
Vědecká kariéra
InstituceUniversity of Oregon
Doktorský poradceJanet E. Mertz[1]

Alice Barkan je americký molekulární biolog a profesor biologie na University of Oregon. Je známá svou prací na chloroplast genová regulace a syntéza proteinů.

Vzdělávání

Alice Barkan ji přijal B.S. z Massachusetts Institute of Technology.

V roce 1983 ji dokončila Ph.D. z University of Wisconsin pod dohledem Janet E. Mertz, s diplomovou prací „Charakterizace opičího viru 40 Pozdní vůdci oblasti Mutanti“.[2][3][4]

Kariéra

Barkan se připojil k University of Oregon v roce 1991, kde je v současné době profesorkou na Ústavu molekulární biologie.[5]

Barkan byl jmenován kolegou z Americká asociace pro rozvoj vědy v roce 2017.[6]

V roce 2018 obdržel Barkan od Lawrence Bogorad Award for Excellence in Plant Biology Research Americká společnost rostlinných biologů.

Barkan byl zvolen do Národní akademie věd v roce 2020.[7]

Výzkum

Barkanův výzkum se zaměřuje na to, jak ovlivňují proteiny kódované jádrem chloroplast genová exprese.[8][9][10] Experimenty z její laboratoře používají mutanty, primárně v kukuřice (Zea mays) ale také Arabidopsis thaliana, vyšetřovat chloroplasty mRNA překlad a stabilita, stejně jako mnoho aspektů zrání RNA, včetně sestřih a editace.[11][12][13] Barkan a její kolegové objevili a studovali desítky jaderných genů rostlin, které kódují proteiny vázající chloroplastovou RNA a které přímo ovlivňují více aspektů metabolismu RNA (zpracování, sestřih, translace, stabilita).[14] Většina proteinů kódovaných jádrem, které Barkan charakterizoval, obsahuje pentatrikopeptid se opakuje (PPR).[15] Barkan také objevil a pojmenoval CRM (sestřih chloroplastové RNA a zrání ribozomu ) doména, která se nachází v proteinech kódovaných jádrem potřebných pro sestřih chloroplastové RNA.[16][17] V roce 2019 Barkan a kolegové úspěšně zkonstruovali proteiny PPR, které vážou specifické sekvence RNA in vivo, čímž se vytváří systém pro vytváření cílených interakcí protein-RNA.[18][19]

Osobní život

Barkan je zakládající členkou hudební skupiny Byrdsong Renaissance Consort, s níž hraje na violu a zobcovou flétnu.[20]

Reference

  1. ^ „Curriculum vitae Janet Mertzové, 1984“. Repozitář archivů CSHL. Citováno 24. května 2019.
  2. ^ „Alice Barkan“. University of Oregon - Institute of Molecular Biology. Citováno 24. května 2019.
  3. ^ „Dizertační práce Alice Barkanové“. Knihovny University of Wisconsin. Citováno 17. července 2019.
  4. ^ „Curriculum vitae Janet Mertzové, 1984“. Repozitář archivů CSHL. Citováno 24. května 2019.
  5. ^ „Alice Barkan“. molbio.uoregon.edu. Citováno 2020-06-14.
  6. ^ „Šest členů fakulty UO je jmenováno kolegy v AAAS“. University of Oregon. Citováno 24. května 2019.
  7. ^ „Volba NAS 2020“. www.nasonline.org. Citováno 2020-05-02.
  8. ^ Barkan, Alice; Malý, Iane (2014-04-29). „Pentatrikopeptid opakuje proteiny v rostlinách“. Roční přehled biologie rostlin. 65 (1): 415–442. doi:10.1146 / annurev-arplant-050213-040159. ISSN  1543-5008.
  9. ^ Watkins, Kenneth P .; Williams-Carrier, Rosalind; Chotewutmontri, Prakitchai; Friso, Giulia; Teubner, Marlene; Belcher, Susan; Ruwe, Hannes; Schmitz-Linneweber, Christian; Wijk, Klaas J. van; Barkan, Alice (2020). „Zkoumání proteomu spojeného s mRNA kódující protein reakčního centra D1 Photosystému II v rostlinných chloroplastech“. The Plant Journal. 102 (2): 369–382. doi:10.1111 / tpj.14629. ISSN  1365-313X.
  10. ^ Chotewutmontri, Prakitchai; Barkan, Alice (2016-07-14). Wollman, Francis-André (ed.). "Dynamika translace chloroplastů během diferenciace chloroplastů v kukuřici". Genetika PLOS. 12 (7): e1006106. doi:10.1371 / journal.pgen.1006106. ISSN  1553-7404. PMC  4945096. PMID  27414025.
  11. ^ Barkan, A. (01.09.1988). „Proteiny kódované složitou transkripční jednotkou chloroplastů jsou přeloženy z monocistronické i polycistronické mRNA.“. Časopis EMBO. 7 (9): 2637–2644. doi:10.1002 / j.1460-2075.1988.tb03116.x. ISSN  0261-4189. PMC  457051.
  12. ^ Barkan, A. (01.04.1993). „Nukleární mutanti kukuřice s defekty v sestavě polysomů chloroplastů změnili metabolismus chloroplastové RNA“. Rostlinná buňka. 5 (4): 389–402. doi:10,1105 / tpc.5.4.389. ISSN  1040-4651. PMC  160279. PMID  12271069.
  13. ^ Jenkins, B. D .; Kulhanek, D. J .; Barkan, A. (01.03.1997). „Jaderné mutace, které blokují sestřih RNA skupiny II v chloroplastech kukuřice, odhalují několik tříd intronů se zřetelnými požadavky na sestřihové faktory“. Rostlinná buňka. 9 (3): 283–296. doi:10,1105 / tpc.9.3.283. ISSN  1040-4651. PMC  156918. PMID  9090875.
  14. ^ Barkan, Alice; Goldschmidt-Clermont, Michel (06.06.2000). „Účast jaderných genů na expresi genů chloroplastů“. Biochimie. 82 (6): 559–572. doi:10.1016 / S0300-9084 (00) 00602-7. ISSN  0300-9084.
  15. ^ Barkan, Alice; Malý, Iane (2014-04-29). „Pentatrikopeptid opakuje proteiny v rostlinách“. Roční přehled biologie rostlin. 65 (1): 415–442. doi:10.1146 / annurev-arplant-050213-040159. ISSN  1543-5008.
  16. ^ Ostheimer, G. J. (01. 08. 2003). „Faktory sestřihu intronu skupiny II odvozené diverzifikací starodávné domény vázající RNA“. Časopis EMBO. 22 (15): 3919–3929. doi:10.1093 / emboj / cdg372. ISSN  1460-2075. PMC  169045. PMID  12881426.
  17. ^ de Longevialle, Andéol Falcon; Malý, Ian D .; Lurin, Claire (2010). „Fragmenty nukleárního kódování sestřihu implikované při sestřihu RNA ve vyšších rostlinných organelách“. Molekulární rostlina. 3 (4): 691–705. doi:10,1093 / mp / ssq025.
  18. ^ McDermott, James J .; Watkins, Kenneth P .; Williams-Carrier, Rosalind; Barkan, Alice (01.08.2019). "Zachycení ribonukleoproteinů in vivo expresí designového pentatrikopeptidového opakujícího se proteinu v Arabidopsis". Rostlinná buňka. 31 (8): 1723–1733. doi:10.1105 / tpc.19.00177. ISSN  1040-4651. PMC  6713294. PMID  31123048.
  19. ^ Rojas, Margarita; Yu, Qiguo; Williams-Carrier, Rosalind; Maliga, Pal; Barkan, Alice (2019). „Upravené proteiny PPR jako indukovatelné přepínače pro aktivaci exprese transgenů chloroplastů“. Přírodní rostliny. 5 (5): 505–511. doi:10.1038 / s41477-019-0412-1. ISSN  2055-0278.
  20. ^ „Byrdsong Renaissance Consort“. byrdsongconsort.com. Citováno 2020-06-14.

externí odkazy