Genom adenoviru - Adenovirus genome
Adenovirus genomy jsou lineární, nesegmentované dvouvláknové (ds) DNA molekuly, které jsou obvykle 26-46 Kbp dlouhé, obsahující 23-46 kódování bílkovin geny.[1] Příkladem použitým v následujícím popisu je lidský adenovirus E, a mastadenovirus s genomem 36 Kbp obsahujícím 38 genů kódujících proteiny.[2] Zatímco přesný počet a identita genů se u adenovirů liší, základní principy organizace genomu a funkce většiny genů popsaných v tomto článku jsou sdíleny všemi adenoviry.
Transkripční jednotky
38 genů v genomu lidského adenoviru E je uspořádáno do 17 transkripce jednotky, každá obsahující 1-8 kódujících sekvencí.[3] Alternativní sestřih během zpracování pre-mRNA produkovaných každou transkripční jednotkou umožňuje více různých mRNA být vyroben z jedné transkripční jednotky.
Transkripční jednotky E1A, E1B, E2A, E2B, E3 a E4 se postupně přepisují na začátku virový reprodukční cyklus. Proteiny kódované geny v těchto transkripčních jednotkách se většinou podílejí na regulaci virové transkripce v replikace virové DNA a při potlačení reakce hostitele na infekci.[4]
Transkripční jednotky L1-L5 jsou transkribovány později ve virovém reprodukčním cyklu a kódují většinou proteiny, které tvoří složky virové kapsidy nebo se podílejí na sestavení kapsidy. Transkripční jednotky L1-L5 jsou všechny regulovány stejně promotér region a sdílejte stejný začátek transkripce. Výsledkem je, že transkripce všech pěti jednotek pozdní transkripce začíná ve stejném bodě virového reprodukčního cyklu.[5]
Přepis pre-mRNA počínaje pozdním promotorem je náhodně ukončen na jednom z pěti terminačních míst, čímž se vytvoří populace transkriptů pěti různých délek. Potom jsou pre-mRNA libovolné dané délky alternativně sestříhané produkovat 1-4 různé mRNA kódující odpovídající počet proteinů.
Geny kódující proteiny
Názvy, umístění a vlastnosti 38 genů kódujících proteiny v genomu lidského adenoviru E jsou uvedeny v následující tabulce.[6][7]
| Název proteinu | Identifikátor proteinu | Přepisovací jednotka | Počáteční základna | Zastavte základnu | Pramen | Délka (aminokyseliny) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| kontrolní protein E1A | YP_068018.1 | E1A | 576 | 1441 | + | 257 |
| kontrolní protein E1B 19K | YP_068019.1 | E1B | 1600 | 2115 | + | 171 |
| kontrolní protein E1B 55K | YP_068020.1 | E1B | 1905 | 3356 | + | 483 |
| kapsidový protein IX | YP_068021.1 | IX | 3441 | 3869 | + | 142 |
| enkapsidace protein IVa2 | YP_068022.1 | IVa2 | 3930 | 5554 | - | 448 |
| DNA polymeráza | YP_068023.1 | E2B | 5033 | 13773 | - | 1193 |
| protein 13,6 tis | YP_001661328.1 | L1 | 7814 | 9476 | + | 139 |
| prekurzor terminálního proteinu pTP | YP_068024.1 | E2B | 8404 | 13773 | - | 642 |
| enkapsidační protein 52K | YP_068025.1 | L1 | 10765 | 11937 | + | 390 |
| prekurzor kapsidového proteinu pllla | YP_068026.1 | L1 | 11961 | 13736 | + | 591 |
| pentonová báze (kapsidový protein III) | YP_068027.1 | L2 | 13815 | 15422 | + | 535 |
| prekurzor jádrového proteinu pVII | YP_068028.1 | L2 | 15426 | 16007 | + | 193 |
| jádrový protein V | YP_068029.1 | L2 | 16055 | 17080 | + | 341 |
| prekurzor jádrového proteinu pX | YP_068030.1 | L2 | 17103 | 17336 | + | 77 |
| prekurzor kapsidového proteinu pVI | YP_068031.1 | L3 | 17413 | 18141 | + | 242 |
| hexon (kapsidový protein II) | YP_068032.1 | L3 | 18248 | 21058 | + | 936 |
| proteáza | YP_068033.1 | L3 | 21082 | 21702 | + | 206 |
| jednovláknový protein vázající DNA | YP_068034.1 | E2A-L | 21774 | 23312 | - | 512 |
| hexonový montážní protein 100K | YP_068035.1 | L4 | 23341 | 25716 | + | 791 |
| protein 33K | YP_068036.1 | L4 | 25439 | 26252 | + | 214 |
| enkapsidační protein 22K | YP_068037.1 | L4 | 25439 | 25978 | + | 179 |
| prekurzor kapsidového proteinu pVIII | YP_068038.1 | L4 | 26321 | 27004 | + | 227 |
| kontrolní protein E3 12,5 tis | YP_068039.1 | E3 | 27005 | 27325 | + | 106 |
| membránový glykoprotein E3 CR1-alfa | YP_068040.1 | E3 | 27279 | 27911 | + | 210 |
| membránový glykoprotein E3 gp19K | YP_068041.1 | E3 | 27893 | 28417 | + | 174 |
| membránový glykoprotein E3 CR1-beta | YP_068042.1 | E3 | 28449 | 29111 | + | 220 |
| membránový glykoprotein E3 CR1-delta | YP_068043.1 | E3 | 29440 | 30264 | + | 274 |
| membránový protein E3 RID-alfa | YP_068044.1 | E3 | 30273 | 30548 | + | 91 |
| membránový protein E3 RID-beta | YP_068045.1 | E3 | 30554 | 30994 | + | 146 |
| kontrolní protein E3 14,7 tis | YP_068046.1 | E3 | 30987 | 31388 | + | 133 |
| protein U | YP_068047.1 | U | 31481 | 31632 | - | 50 |
| vláknina (kapsidový protein IV) | YP_068048.1 | L5 | 31649 | 32926 | + | 425 |
| kontrolní protein E4orf6 / 7 | YP_068049.1 | E4 | 33022 | 34169 | - | 141 |
| kontrolní protein E4 34K | YP_068050.1 | E4 | 33270 | 34169 | - | 299 |
| kontrolní protein E4orf4 | YP_068051.1 | E4 | 34072 | 34440 | - | 122 |
| kontrolní protein E4orf3 | YP_068052.1 | E4 | 34449 | 34802 | - | 117 |
| kontrolní protein E4orf2 | YP_068053.1 | E4 | 34799 | 35188 | - | 129 |
| kontrolní protein E4orf1 | YP_068054.1 | E4 | 35236 | 35610 | - | 124 |
Funkce mnoha adenovirových proteinů jsou známé:[5]
- Mezi strukturní proteiny patří kapsidové proteiny II (hexon ), III (pentonová báze), IIIa, IV (vlákno), VI, VIII a IX; a jádrové proteiny V, VII, X a terminální protein TP.
- Enkapsidační proteiny IVa2, 52K a L1 a hexonový montážní protein 100K se účastní sestavování virových kapsidů.
- L3 proteáza štěpí virové prekurzorové proteiny pTP, pVI, pVII, pVIII a IIIa za vzniku zralých virových proteinů.
- Kontrolní protein E1A aktivuje transkripci řady virových genů i genů hostitelské buňky.
- Kontrolní protein E1B 19K potlačuje apoptózu napodobováním působení buněčného proteinu Bcl-2.
- Kontrolní protein E1B 55K se váže na inaktivuje transkripční regulátor p53, čímž blokuje transkripci genů normálně aktivovaných p53 a přispívá k potlačení apoptózy.
- Tři proteiny kódované transkripčními jednotkami E2A a E2B jsou všechny zapojeny do replikace virové DNA. Replikace adenovirové DNA začíná na každém konci virové DNA pomocí proteinu TP (spíše než RNA) jako primeru, takže virová DNA polymeráza replikuje každou základnu genomu.
- Membránový protein E3 RID-alfa a membránový protein E3 RID-beta vykonávají celou řadu molekulárních funkcí, které přispívají k inhibici apoptózy.[8]
- CR1 beta membránový glykoprotein moduluje imunitní odpověď hostitele.[9]
- Membránový glykoprotein E3 gp19K inhibuje inzerci MHC proteinů třídy I do membrány hostitelské buňky, čímž brání lymfocytům T-buněk rozpoznat, že hostitelská buňka byla infikována virem.[10]
- Kontrolní protein E3 14,7K chrání virus před antivirovými odpověďmi hostitele.[11]
- Kontrolní proteiny transkripční jednotky E4 se podílejí na regulaci transkripce virové DNA.[12]
Reference
- ^ „Viry - úplné genomy“. NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ "Lidský adenovirus E genom". NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ "Lidský adenovirus E - přehled". NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ „Adenoviry“. Mikrobiologie Bytes. Archivovány od originál dne 2013-04-20. Citováno 2013-01-17.
- ^ A b Branton, Philip; Marcellus, Richard C. (2011). „23“. V Nicholas H. Acheson (ed.). Adenoviry. Základy molekulární virologie (2. vyd.). John Wiley & Sons, Inc.
- ^ "Podrobnosti o proteinu pro lidský adenovirus E". NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ Russell, WC (leden 2009). "Adenoviry: aktualizace struktury a funkce". Journal of General Virology. 90 (Pt 1): 1–20. doi:10.1099 / vir.0.003087-0. PMID 19088268. Archivovány od originál dne 2014-10-31. Citováno 2013-01-17.
- ^ "PHA3612: receptor internalizace a degradace proteinu alfa". NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ "PHA3620: CR1 beta membránový glykoprotein". NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ „PHA3615: E3 gp19K protein“. NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ „PHA3613: E3 14,7K protein“. NCBI. Citováno 2013-01-17.
- ^ "PHA3605: kontrolní protein E4orf4". NCBI. Citováno 2013-01-17.