APOBEC3B - APOBEC3B

APOBEC3B
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	5 CQD, 5CQH, 5CQI, 5 CQK, 2NBQ
Identifikátory
Aliasy	APOBEC3B, A3B, APOBEC1L, ARCD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, bK150C2.2, katalytická podjednotka mRNA upravující apolipoprotein B
Externí ID	OMIM: 607110 MGI: 1933111 HomoloGene: 105420 Genové karty: APOBEC3B
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 22 (lidský)
Konec	38,992,804 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	79,915,906 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita hydrolázy, působící na vazby uhlík-dusík (ale ne peptid), v cyklických amidinách; • vazba iontů zinku; • katalytická aktivita; • aktivita hydrolázy; • vazba kovových iontů; • deoxycytidindeaminázová aktivita; • Vazba RNA; • aktivita cytidindeaminázy;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • cytoplazma;
Biologický proces	• negativní regulace provedení; • vrozený imunitní systém; • proces imunitního systému; • obranná reakce na virus; • deaminace cytidinu; • úprava cytidinu na uridin; • Demetylace DNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9582
	80287
	ENSG00000179750
	ENSMUSG00000009585
	Q9UH17
	Q99J72
	NM_004900; NM_001270411
	NM_001160415; NM_030255; NM_001347041
	NP_001257340; NP_004891
	NP_001153887; NP_001333970; NP_084531
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Pravděpodobná DNA dC-> dU-editační enzym APOBEC-3B je protein že u lidí je kódován APOBEC3B gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen je členem cytidindeamináza genová rodina. Je to jeden ze sedmi příbuzných genů nebo pseudogeny nalezen v a shluk, myslel, že bude výsledkem genová duplikace, na chromozom 22. Členové klastru kódují proteiny, které strukturně a funkčně souvisejí s cytidindeaminázou editující C až U RNA APOBEC1. Předpokládá se, že proteiny mohou být editovány RNA enzymy a mít role v růstu nebo buněčný cyklus řízení. Tento gen spolu s APOBEC3A byly v posledních letech shledány spojené s mutagenezí několika druhů rakoviny. Proteiny APOBEC3A a APOBEC3B mohou způsobit specifické mutace v genomech rakoviny nazývané APOBEC mutageneze a několik faktorů, včetně genetických a environmentálních, ovlivňuje tento vzor mutací u pacientů konkrétně u rakoviny močového měchýře a prsu.^[7] Tento gen je také nadměrně exprimován mnohočetný myelom, případně napomáhající jeho formaci.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000179750 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000009585 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (únor 2002). „Antropoidně specifický lokus sirotků C až U RNA-editujících enzymů na chromozomu 22“. Genomika. 79 (3): 285–96. doi:10.1006 / geno.2002.6718. PMID 11863358.
^ Madsen P, Anant S, Rasmussen HH, Gromov P, Vorum H, Dumanski JP, Tommerup N, Collins JE, Wright CL, Dunham I, MacGinnitie AJ, Davidson NO, Celis JE (září 1999). „Psoriáza upregulovaná forbolin-1 sdílí strukturální, ale ne funkční podobnost s proteinem upravujícím mRNA apobec-1“. J Invest Dermatol. 113 (2): 162–9. doi:10.1046 / j.1523-1747.1999.00682.x. PMID 10469298.
^ ^A ^b "Entrez Gene: APOBEC3B apolipoprotein B mRNA editační enzym, katalytický polypeptid podobný 3B".
^ Yamazaki, Hiroyuki; Širakawa, Kotaro; Matsumoto, Tadahiko; Hirabayashi, Shigeki; Murakawa, Yasuhiro; Kobayashi, Masayuki; Sarca, Anamaria Daniela; Kazuma, Yasuhiro; Matsui, Hiroyuki; Marujama, Wataru; Fukuda, Hirofumi; Shirakawa, Ryutaro; Shindo, Keisuke; Ri, Masaki; Iida, Shinsuke; Takaori-Kondo, Akifumi (9. května 2019). „Endogenní nadměrná exprese APOBEC3B generuje v myelomových buňkách substituce a delece DNA“. Vědecké zprávy. 9 (1). doi:10.1038 / s41598-019-43575-r.

externí odkazy

Člověk APOBEC3B umístění genomu a APOBEC3B stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Wedekind JE, Dance GS, MP Sowden, Smith HC (2003). „Editace Messenger RNA u savců: noví členové rodiny APOBEC, kteří hledají role v rodinném podniku“. Trendy Genet. 19 (4): 207–16. doi:10.1016 / S0168-9525 (03) 00054-4. PMID 12683974.
Dunham I, Shimizu N, Roe BA a kol. (1999). „Sekvence DNA lidského chromozomu 22“. Příroda. 402 (6761): 489–95. doi:10.1038/990031. PMID 10591208.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Mariani R, Chen D, Schröfelbauer B a kol. (2003). "Druhově specifické vyloučení APOBEC3G z virionů HIV-1 podle Vif". Buňka. 114 (1): 21–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00515-4. PMID 12859895.
Sawyer SL, Emerman M, Malik HS (2006). „Starověká adaptivní evoluce primitivního antivirového enzymu upravujícího DNA APOBEC3G“. PLoS Biol. 2 (9): E275. doi:10.1371 / journal.pbio.0020275. PMC 479043. PMID 15269786.
Yu Q, Chen D, König R a kol. (2005). „APOBEC3B a APOBEC3C jsou silné inhibitory replikace viru opičí imunodeficience“. J. Biol. Chem. 279 (51): 53379–86. doi:10,1074 / jbc.M408802200. PMID 15466872.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Rose KM, Marin M, Kozak SL, Kabat D (2005). "Regulovaná produkce a aktivity anti-HIV typu 1 cytidindeamináz APOBEC3B, 3F a 3G". AIDS Res. Hučení. Retroviry. 21 (7): 611–9. doi:10.1089 / podpora.2005.21.611. PMID 16060832.
Bogerd HP, Wiegand HL, Doehle BP a kol. (2006). „APOBEC3A a APOBEC3B jsou silné inhibitory funkce LTR-retrotransposonu v lidských buňkách“. Nucleic Acids Res. 34 (1): 89–95. doi:10.1093 / nar / gkj416. PMC 1326241. PMID 16407327.
Stenglein MD, Harris RS (2006). „APOBEC3B a APOBEC3F inhibují retrotranspozici L1 mechanismem nezávislým na deaminaci DNA“. J. Biol. Chem. 281 (25): 16837–41. doi:10,1074 / jbc.M602367200. PMID 16648136.
Hakata Y, Landau NR (2007). "Obrácená funkční organizace myších a lidských domén APOBEC3 cytidindeaminázy". J. Biol. Chem. 281 (48): 36624–31. doi:10,1074 / jbc.M604980200. PMID 17020885.
Kidd JM, Newman TL, Tuzun E a kol. (2007). „Stratifikace populace běžného polymorfismu genů s delecí APOBEC“. PLoS Genet. 3 (4): e63. doi:10.1371 / journal.pgen.0030063. PMC 1853121. PMID 17447845.

Vzorec mutageneze APOBEC cytidindeaminázy je rozšířený u lidských rakovin

Steven A Roberts, Michael S Lawrence, Leszek J Klimczak, Sara A Grimm, David Fargo, Petar Stojanov, Adam Kiezun, Gregory V Kryukov, Scott L Carter, Gordon Saksena, Shawn Harris, Ruchir R Shah, Michael A Resnick, Gad Getz & Dmitrij Gordenin

Candace D Middlebrooks, A Rouf Banday, Konichi Matsuda a kol. Sdružení variant zárodečných linií v oblasti APOBEC3 s rizikem rakoviny a obohacení o podpisové mutace APOBEC v nádorech Exit Disclaimer. Genetika přírody 2016.

Tento článek o gen na lidský chromozom 22 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000179750 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000009585 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11863358-5] Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (únor 2002). „Antropoidně specifický lokus sirotků C až U RNA-editujících enzymů na chromozomu 22“. Genomika. 79 (3): 285–96. doi:10.1006 / geno.2002.6718. PMID 11863358.

[pmid10469298-6] Madsen P, Anant S, Rasmussen HH, Gromov P, Vorum H, Dumanski JP, Tommerup N, Collins JE, Wright CL, Dunham I, MacGinnitie AJ, Davidson NO, Celis JE (září 1999). „Psoriáza upregulovaná forbolin-1 sdílí strukturální, ale ne funkční podobnost s proteinem upravujícím mRNA apobec-1“. J Invest Dermatol. 113 (2): 162–9. doi:10.1046 / j.1523-1747.1999.00682.x. PMID 10469298.

[entrez-7] A ^b "Entrez Gene: APOBEC3B apolipoprotein B mRNA editační enzym, katalytický polypeptid podobný 3B".

[8] Yamazaki, Hiroyuki; Širakawa, Kotaro; Matsumoto, Tadahiko; Hirabayashi, Shigeki; Murakawa, Yasuhiro; Kobayashi, Masayuki; Sarca, Anamaria Daniela; Kazuma, Yasuhiro; Matsui, Hiroyuki; Marujama, Wataru; Fukuda, Hirofumi; Shirakawa, Ryutaro; Shindo, Keisuke; Ri, Masaki; Iida, Shinsuke; Takaori-Kondo, Akifumi (9. května 2019). „Endogenní nadměrná exprese APOBEC3B generuje v myelomových buňkách substituce a delece DNA“. Vědecké zprávy. 9 (1). doi:10.1038 / s41598-019-43575-r.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]