ABCdb - ABCdb

ABCdb je biologická databáze pro transportéry kazety vázající adenosintrifosfát (ABC) kódováno uživatelem úplně seřazené archaeal a bakteriální genomy. Tyto bílkoviny jsou důležité pro transport látek do buněk a nacházejí se ve všech živých organismech.

biologická funkce systémů ABC

Většina systémů ABC funguje v transport sloučeniny přes membránu do buňky (dovozce) nebo do exteriéru (vývozce), pro který systém generuje energii hydrolýzou adenosintrifosfát (ATP) Transportéry ABC se vyskytují ve všech živých organismech.

Transportní systém ABC se skládá minimálně ze dvou složek: an ATP vázací kazeta a a transmembránová doména nebo membránová oblast. Ty jsou obvykle oddělené bílkoviny nebo se může objevit jako proteinové domény. Typický transportér ABC se skládá ze dvou domén vázajících nukleotidy, které energizují transport pomocí hydrolýzy ATP, a dvou domén překlenujících membránu, které fungují jako membránový kanál pro substrát. Dovozci vyžadují protein vázající rozpustnou látku, který rozpoznává a váže substrát.

Různí partneři systému ABC jsou obecně kódováni sousedními geny.

Funkce

Proteiny ABC tvoří nadrodinu kódovanou ve velkém rodiny z paralogní geny. Sekvenční analýza ukazuje, že členové nadrodiny ABC se mohli lišit od běžných forem předků a umožňují organizovat proteiny ABC do podrodin. Klasifikace systémů ABC do (pod) rodin může pomoci předpovědět, které substráty mohou být systémem transportovány.

ABCdb je a veřejný zdroj,^[1] z čehož lze:

• vyberte kmen ze stromu druhů a zobrazte všechny jeho systémy ABC rozdělené do (pod) rodin.
• pro konkrétní rodinu ABC (sub-) porovnejte všechny proteiny kompletně sekvenovaných prokaryot.
• použijte sekvenci a odstřelte ji proti ABCdb k vyhledání anotací pro podobné proteiny

Viz také

• Membránový transportní protein
• TCDB Databáze klasifikace transportérů
• Přepravníky ABC
• ATP-vazebná doména ABC transportérů
• Transmembránová doména transportérů ABC

Reference

externí odkazy

• http://www-abcdb.biotoul.fr/ Web ABCdb