Vůdce YkkC-yxkD - YkkC-yxkD leader

vůdce ykkC-yxkD
RF00442.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence ykkC-yxkD
Identifikátory
SymbolykkC-yxkD
RfamRF00442
Další údaje
RNA typCis-reg; riboswitch
DoményBakterie
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

The vůdce ykkC / yxkD je konzervovaný Struktura RNA nalezeno proti proudu genů ykkC a yxkD v Bacillus subtilis a příbuzné geny v jiných bakteriích. Funkce této rodiny je po mnoho let nejasná, i když se předpokládá, že může fungovat při zapnutí efluxní čerpadla a detoxikační systémy v reakci na škodlivé molekuly prostředí.[1] The Thermoanaerobacter tengcongensis sekvence AE013027 se překrývá s tím purinový riboswitch což naznačuje, že ti dva riboswitche může pracovat ve spojení s regulací upstream genu, který kóduje TTE0584 (Q8RC62), člen permeáza rodina.

Nelson a kol.[2] ukázal, že tento riboswitch cítí a reaguje na něj guanidin a bylo přejmenováno Riboswitch Guanidin-I. Dále prokázali, že bakterie jsou schopné endogenně produkovat guanidin a riboswitch řídí geny, jejichž produkty se podílejí na modifikaci nebo odčerpávání guanidinu jako toxické sloučeniny z bakterií. Byly také stanoveny krystalické struktury riboswitche navázaného na ligand.[3][4]

The motiv mini-ykkC RNA je domnělý cis-regulační prvek, který zřejmě reguluje podobné geny těm, které reguluje Riboswitch guanidin-I (vůdce ykkC / yxkD). Motiv mini-ykkC RNA je však jednodušší ve struktuře a má méně vysoce konzervovaných nukleotid pozic než vůdce ykkC-yxkD.[5] Navzdory tomu každá ze svých dvou kmenových struktur smyčky přímo váže volný guanidin. Motiv mini-ykkC RNA proto představuje odlišnou třídu nazývaných RNA snímajících guanidin Riboswitch guanidin-II.[6] Rovněž byla určena jeho krystalická struktura.[7]

The ykkC-III RNA motiv[8] je zřetelným kandidátem cisregulační RNA, která reguluje geny související s předchozími motivy. Ačkoli struktura ykkC-III RNA nepodobá ykkC / yxkD RNA, obě mají složitost struktury, která vedla k návrhu, že představují riboswitche. The ykkC-III motiv má v sobě přísně konzervovanou ACGA sekvenci, která se podobá méně přísně konzervované ACGA nebo ACGG sekvenci nalezené v mini-ykkC RNA, ale není známo, zda se toto pozorování týká biologického vztahu. Byla předložena biochemická validace, která ukazuje, že tento motiv je třetí třídou guanidinových riboswitchů nazývaných Riboswitch guanidin-III.[9]

Konsensuální sekundární struktura ykkC-III RNA. Tento údaj je převzat z předchozí publikace.[8]

Reference

  1. ^ Barrick, JE; Corbino KA; Winkler WC; Nahvi A; Mandal M; Collins J; Lee M; Roth A; Sudarsan N; Jona I; Wickiser JK; Breaker RR (2004). „Nové motivy RNA naznačují rozšířený prostor pro riboswitche v bakteriální genetické kontrole“. Proc Natl Acad Sci USA. 101 (17): 6421–6426. doi:10.1073 / pnas.0308014101. PMC  404060. PMID  15096624.
  2. ^ Nelson, James W .; Atilho, Ruben M .; Sherlock, Madeline E .; Stockbridge, Randy B .; Breaker, Ronald R. (2017-01-19). "Metabolismus volného guanidinu v bakteriích je regulován rozšířenou třídou Riboswitch". Molekulární buňka. 65 (2): 220–230. doi:10.1016 / j.molcel.2016.11.019. ISSN  1097-4164. PMC  5360189. PMID  27989440.
  3. ^ Battaglia, Robert A .; Price, Ian R .; Ke, Ailong (duben 2017). „Strukturální základ pro snímání guanidinu rodinou ykkC riboswitches“. RNA. 23 (4): 578–585. doi:10.1261 / rna.060186.116. ISSN  1469-9001. PMC  5340920. PMID  28096518.
  4. ^ Reiss, Caroline W .; Xiong, Yong; Strobel, Scott A. (01.01.2017). „Strukturální základ pro vazbu ligandu k riboswitchi Guanidin-I“. Struktura. 25 (1): 195–202. doi:10.1016 / j.str.2016.11.020. ISSN  1878-4186. PMC  5317007. PMID  28017522.
  5. ^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z a kol. (2007). „Identifikace 22 kandidátských strukturovaných RNA v bakteriích pomocí komparativního genomického potrubí CMfinder“. Nucleic Acids Res. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  6. ^ Sherlock, Madeline E .; Malkowski, Sarah N .; Breaker, Ronald R. (2017-01-17). „Biochemická validace druhé třídy guanidinových riboswitchů u bakterií“. Biochemie. 56 (2): 352–358. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01270. ISSN  1520-4995. PMC  5340285. PMID  28001368.
  7. ^ Huang, Lin; Wang, Jia; Lilley, David M. J. (2017-06-22). „Struktura Riboswitche guanidinu-II“. Cell Chemical Biology. 24 (6): 695–702.e2. doi:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. ISSN  2451-9456. PMC  5486947. PMID  28529131.
  8. ^ A b Weinberg Z, Wang JX, Bogue J a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  9. ^ Sherlock, Madeline E .; Breaker, Ronald R. (2017-01-17). „Biochemická validace třetí třídy guanidinových riboswitchů v bakteriích“. Biochemie. 56 (2): 359–363. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01271. ISSN  1520-4995. PMC  5315414. PMID  28001372.

externí odkazy