Mini-ykkC RNA motiv - Mini-ykkC RNA motif

motiv mini-ykkC RNA
Mini-ykkC sekundární struktura.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence mini-ykkC
Identifikátory
Symbolmini-ykkC
RfamRF01068
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményBakterie
TAKSO: 0005836
PDB strukturPDBe

The motiv mini-ykkC RNA (později přejmenovaný na guanidin-II riboswitch) byl objeven jako domnělý RNA struktura, která je zachována v bakterie.[1] Motiv se skládá ze dvou konzervovaných kmenové smyčky jehož koncové smyčky obsahují RNA sekvenci ACGR, kde R představuje buď A nebo G. Mini-ykkC RNA jsou rozšířené v Proteobakterie, ale některé jsou předpovídány u jiných kmenů bakterií. Očekávalo se, že RNA jsou cis-regulační prvky, protože jsou obvykle umístěny před kódováním proteinu geny.

Geny, které jsou zjevně kontrolovány mini-ykkC RNA, se podobají genům kontrolovaným vůdce ykkC-yxkD (guanidin-I) a devět genových rodin je společných pro obě. Proto bylo navrženo, aby tyto dvě třídy RNA měly stejnou funkci. Složitá struktura a mnoho konzervovaných nukleotidů nalezených ve vedoucí sekvenci ykkC-yxkD nejsou přítomny v motivu mini-ykkC RNA. Navzdory tomu se ukázalo, že každá ze dvou mini-ykkC dvou struktur kmenové smyčky přímo váže volný guanidin. Motiv mini-ykkC RNA proto představuje odlišnou třídu nazývaných RNA snímajících guanidin Riboswitch guanidinu-II.[2] Rovněž byla určena jeho krystalická struktura.[3]

Konsensuální sekundární struktura mini-ykkC RNA. Rozvržení je podobné jako u dříve publikovaného výkresu.[1]

Reference

  1. ^ A b Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, Roth A, Kim JN, Gore J, Wang JX, Lee ER, Block KF, Sudarsan N, Neph S, Tompa M, Ruzzo WL, Breaker RR (2007). „Identifikace 22 kandidátských strukturovaných RNA v bakteriích pomocí komparativního genomického potrubí CMfinder“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  2. ^ Sherlock ME, Malkowski SN, Breaker RR (leden 2017). „Biochemická validace druhé třídy guanidinových riboswitchů u bakterií“. Biochemie. 56 (2): 352–358. doi:10.1021 / acs.biochem.6b01270. PMC  5340285. PMID  28001368.
  3. ^ Huang L, Wang J, Lilley DM (červen 2017). „Struktura Riboswitche guanidinu-II“. Cell Chemical Biology. 24 (6): 695–702.e2. doi:10.1016 / j.chembiol.2017.05.014. PMC  5486947. PMID  28529131.

externí odkazy