Opakování YWTD - YWTD repeat

Třída B opakování LDL receptoru
Identifikátory
SymbolLdl_recept_b
PfamPF00058
InterProIPR000033

YWTD se opakuje jsou čtyřvláknové beta-vrtulové repetice nalezené v receptory lipoproteinů s nízkou hustotou (LDLR). Šest opakování YWTD se společně skládá do beta lopatky se šesti lopatkami (InterPro: IPR011042 ). Každá čepel vrtule se skládá ze čtyř antiparalelních beta řetězců; nejvnitřnější pramen každého listu je označen 1 a nejvzdálenější pramen, 4. Sekvenční opakování je posunuto vzhledem k listům vrtule, takže jakékoli dané 40-zbytkové YWTD opakování překlenuje prameny 24 jednoho listu vrtule a pramen 1 následující čepel. Toto přesazení zajišťuje cirkularizaci vrtule, protože poslední vlákno konečného opakování sekvence funguje jako nejvnitřnější vlákno 1 čepele, které nese vlákna 24 od prvního opakování sekvence. Opakování se nachází v různých proteinech, které zahrnují receptor vitellogeninu z Drosophila melanogaster, lipoproteinový receptor s nízkou hustotou (LDL),[1] preproepidermální růstový faktor a nidogen (entactin).[2]

LDLR reguluje cholesterol homeostáza v buňkách savců. LDLR váže LDL nesoucí cholesterol, sdružuje se s jamy potažené klatrinem a je internalizován do kyselého stavu endozomy kde se odděluje od ligandu. Ligand je degradován lysozomy, zatímco se receptor vrací na povrch buňky.[3] LDLR má několik domén. Doména vázající ligand obsahuje sedm opakování třídy LDL receptoru A, každé se třemi disulfidovými vazbami a koordinovaným Ca2+ ion. Druhá konzervovaná oblast obsahuje dvě opakování EGF, následovaná šesti opakováními YWTD nebo LDL receptorů třídy B a další opakování EGF.[4] Tato konzervovaná oblast je kritická pro uvolňování ligandu a recyklaci receptoru.[5]

Reference

  1. ^ Russell DW, Schneider WJ, Yamamoto T, Brown MS, Goldstein JL, Davis CG, Casey ML (1984). „Lidský LDL receptor: protein bohatý na cystein s více Alu sekvencemi ve své mRNA“. Buňka. 39 (1): 27–38. doi:10.1016/0092-8674(84)90188-0. PMID  6091915.
  2. ^ Eck MJ, Springer TA, Blacklow SC, Takagi J, Jeon H, Meng W (2001). "Důsledky pro familiární hypercholesterolemii ze struktury páru domén LDL receptoru YWTD-EGF". Nat. Struct. Biol. 8 (6): 499–504. doi:10.1038/88556. PMID  11373616.
  3. ^ Brown MS, Goldstein JL (1986). "Cesta zprostředkovaná receptorem pro homeostázu cholesterolu". Věda. 232 (4746): 34–47. doi:10.1126 / science.3513311. PMID  3513311.
  4. ^ Springer TA (1998). „Extracelulární beta-vrtulový modul predikovaný v lipoproteinových a zachycovacích receptorech, tyrosinkinázách, prekurzorech epidermálního růstového faktoru a složkách extracelulární matrice“. J. Mol. Biol. 283 (4): 837–862. doi:10.1006 / jmbi.1998.2115. PMID  9790844.
  5. ^ Russell DW, Brown MS, Goldstein JL, Davis CG, Sudhof TC, Anderson RG (1987). „Disociace ligandu závislá na kyselině a recyklace LDL receptoru zprostředkovaná oblastí homologie růstového faktoru“. Příroda. 326 (6115): 760–765. doi:10.1038 / 326760a0. PMID  3494949.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000033