WeNMR - WeNMR

WeNMR-logo.png

WeNMR je celosvětový e-infrastruktura pro NMR spektroskopie a strukturní biologie. Je největší virtuální organizace v humanitní vědy a je podporován EGI.

Cíle

WeNMR si klade za cíl spojit doplňkové výzkumné týmy v oblasti strukturní biologie a vědy o životě do virtuální výzkumné komunity na celosvětové úrovni a poskytnout jim platformu integrující a racionalizující výpočetní přístupy nezbytné pro NMR a SAXS analýza dat a strukturální modelování. Přístup k infrastruktuře je poskytován prostřednictvím portálu integrujícího běžně používaný software a technologii GRID.

Služby

K dispozici jsou asi 2 desítky výpočetních služeb NMR, které lze rozdělit na:

Související činnosti

  • Kritické hodnocení automatického stanovení struktury proteinů z NMR dat (CASD-NMR) je hostováno WeNMR.[15] První dokument CASD-NMR popisující výsledky dosažené v kole 2009–2010 byl publikován ve struktuře.[16]
  • WeNMR usnadnil vytvoření archivu více než 9 000 ověřovacích zpráv o Proteinová datová banka struktury v NRG-CING.[17]
  • WeNMR úzce spolupracuje s projektem ESFRI Poučit pro integrovanou strukturní biologii

Dějiny

Tříletý projekt WeNMR byl zahájen v listopadu 2010 jako přirozený nástupce projektu eNMR. Finanční podporu poskytly granty Evropského společenství 213010 (eNMR) a 261572 (WeNMR) v rámci 7. rámcového programu (e-Infrastructure RI-261571).

Partneři

Název organizace účastníkaZemě
Universiteit Utrecht (BCBR) (koordinátor)Holandsko
Johann Wolfgang Goethe Universitaet Frankfurt nad Mohanem (BMRZ)Německo
Consorzio Interuniversitario Risonanze Magnetiche di Metallo Proteine ​​(CIRMMP)Itálie
Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN)Itálie
Radboud Universiteit Nijmegen (RUN)Holandsko
University of Cambridge (UCAM)Spojené království
Evropská organizace pro molekulární biologii (EMBL) - Hamburg OutstationNěmecko
Spronk NMR poradenství SpronkNMRLitva
Academia Sinica, Tchaj-pejTchaj-wan

Reference

  1. ^ MDD NMR
  2. ^ Auto Assign
  3. ^ MARS
  4. ^ A b UNIO
  5. ^ TALOS +
  6. ^ Banci, L .; Bertini, I .; Huber, J. G .; Luchinat, C .; Rosato, A. (1998). „Částečná orientace oxidovaných a redukovaných vysoce magnetických polí cytochromeb5at: příspěvky anizotropie magnetické citlivosti a důsledky pro stanovení struktury proteinového roztoku“. Journal of the American Chemical Society. 120 (49): 12903. doi:10.1021 / ja981791w.
  7. ^ Bertini, I .; Giachetti, A .; Luchinat, C .; Parigi, G .; Petoukhov, M. V .; Pierattelli, R .; Ravera, E .; Svergun, D. I. (2010). "Konformační prostor flexibilních biologických makromolekul z průměrných dat". Journal of the American Chemical Society. 132 (38): 13553–13558. doi:10.1021 / ja1063923. PMID  20822180.
  8. ^ Van Dijk, M .; Bonvin, A. M. J. J. (2009). „3D-DART: Server pro modelování struktury DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s webovým serverem): W235 – W239. doi:10.1093 / nar / gkp287. PMC  2703913. PMID  19417072.
  9. ^ HADDOCK
  10. ^ Vranken, W. F .; Boucher, W .; Stevens, T. J .; Fogh, R. H .; Pajon, A .; Llinas, M .; Ulrich, E. L .; Markley, J. L .; Ionides, J .; Laue, E. D. (2005). "Datový model CCPN pro NMR spektroskopii: Vývoj softwarového potrubí". Proteiny: struktura, funkce a bioinformatika. 59 (4): 687. doi:10,1002 / prot.20449.
  11. ^ SHIFTX2
  12. ^ PREDITOR
  13. ^ RCI
  14. ^ UPLABEL
  15. ^ Rosato, A .; Aramini, J. M .; Arrowsmith, C .; Bagaria, A .; Baker, D .; Cavalli, A .; Doreleijers, J. F .; Eletsky, A .; Giachetti, A .; Guerry, P .; Gutmanas, A .; Güntert, P .; Ahoj.; Herrmann, T .; Huang, Y. J .; Jaravine, V .; Jonker, H. R. A .; Kennedy, M. A .; Lange, O. F .; Liu, G .; Malliavin, T. R. S. E .; Mani, R .; Mao, B .; Montelione, G. T .; Nilges, M .; Rossi, P .; Van Der Schot, G .; Schwalbe, H .; Szyperski, T. A .; Vendruscolo, M. (2012). "Slepé testování rutiny, plně automatické stanovení proteinových struktur z dat NMR". Struktura. 20 (2): 227–236. doi:10.1016 / j.str.2012.01.002. PMC  3609704. PMID  22325772.
  16. ^ Rosato, A .; Bagaria, A .; Baker, D .; Bardiaux, B .; Cavalli, A .; Doreleijers, J. F .; Giachetti, A .; Guerry, P .; Güntert, P .; Herrmann, T .; Huang, Y. J .; Jonker, H. R. A .; Mao, B .; Malliavin, T. R. S. E .; Montelione, G. T .; Nilges, M .; Raman, S .; Van Der Schot, G .; Vranken, W. F .; Vuister, G. W .; Bonvin, A. M. J. J. (2009). „CASD-NMR: Kritické hodnocení automatického stanovení struktury pomocí NMR“. Přírodní metody. 6 (9): 625–626. doi:10.1038 / nmeth0909-625. PMC  2841015. PMID  19718014.
  17. ^ Doreleijers, J. F .; Vranken, W. F .; Schulte, C .; Markley, J. L .; Ulrich, E. L .; Vriend, G .; Vuister, G. W. (2011). „NRG-CING: Integrované validační zprávy o opravených experimentálních biomolekulárních NMR datech a souřadnicích ve wwPDB“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D519 – D524. doi:10.1093 / nar / gkr1134. PMC  3245154. PMID  22139937.

externí odkazy