CYANA (software) - CYANA (software)

CYANA
Původní autořiPeter Güntert
Stabilní uvolnění
2.1 / 1. července 2005; před 15 lety (2005-07-01)
Náhled verze
3.96 / 5. března 2013; před 7 lety (2013-03-05)
Operační systémLinux, FreeBSD, Unix a jako operační systémy, Microsoft Windows, Mac OS X
TypVýpočetní chemie
webová stránkawww.cyana.org

CYANA (Combinovaný úkol adynamics Aalgoritmus pro NPAN Applications) je program pro automatizovaný výpočet struktury biologických makromolekul na základě konformačních omezení z nukleární magnetická rezonance (NMR). Kombinace automatizovaného nukleární Overhauserova efektová spektroskopie (NOESY) přiřazení křížových špiček, výpočet struktury pomocí algoritmu rychlé dynamiky torzního úhlu.

Balíček CYANA zahrnuje předchozí systém DYANA, který využívá simulované žíhání v kombinaci s molekulární dynamikou v prostoru torzního úhlu (dynamika torzního úhlu). Cílová funkce použitá jako potenciální energie a systém se může vzdálit od lokálních minim cílové funkce, protože je spojena s teplotní lázní, která je pomalu ochlazována z počáteční vysoké teploty.[1][2]

Software je napsán ve standardním Fortranu 77 a má také interaktivní příkazový jazyk, který umožňuje používat matematické a znakové výrazy, makra, řídicí toky a paralelizaci Fortranu 77. Standardní protokoly jsou také psány v tomto příkazovém jazyce a lze je upravit uživatelem bez změny zdrojového kódu.[3]

Reference

  1. ^ Güntert, P., Mumenthaler, C. & Wüthrich, K. (1997). Dynamika torzního úhlu pro výpočet struktury NMR s novým programem DYANA. Journal of Molecular Biology 273, 283-298.
  2. ^ Güntert, P. (2004). Automatický výpočet struktury proteinů NMR pomocí CYANA. Metody v molekulární biologii. 278, 353-378.
  3. ^ Manuál INCLAN

externí odkazy