Systém toxin-antitoxin TxpA-RatA - TxpA-RatA toxin-antitoxin system
| RNA anti-toxin A | |
|---|---|
 Zachovaná sekundární struktura RatA antitoxinové sRNA. | |
| Identifikátory | |
| Symbol | Krysa |
| Rfam | RF01776 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Antisense |
| Domény | Firmicutes |
| PDB struktur | PDBe |
The Systém toxin-antitoxin TxpA / RatA byl poprvé identifikován v Bacillus subtilis.[1] Skládá se z a nekódování 222nt sRNA zvaná RatA (RNA Anti-toxin A) a a protein toxin s názvem TxpA (Toxický protein A).[2]
RatA byl objeven v intergenních oblastech B. subtilis genom, v 728-nukleotid oblast mezi geny yqdB (později přejmenováno TxpA) a yqbM. Zpočátku, Affymetrix mikročipy byly použity k detekci transkripce v tomto regionu,[3] Northern blot experimenty a mutace analýza byla poté použita k charakterizaci transkriptu RNA.[1]
krysa a txpA se přepisují konvergentně a mají překrytí 75 párů bází 3 'končí, poskytující prostor doplňkovosti. Přepis RatA se váže na TxpA mRNA napříč doplňkovým regionem[1] a dsRNA je poté degradována necharakterizovanou RNáza E ekvivalent, prevence překlad toxického proteinu TxpA.[2]
Geny krysa a txpA jsou nalezeny v 48kb fág -jako prvek nazvaný kůže. Tento prvek přerušuje gen pro faktor sigma σK. a je vyříznut během sporulace. Systém toxin-antitoxin obsažený uvnitř kůže vynutí dědičnost tohoto prvku, který funguje jako a sobecký gen.[1]
Mechanismus, kterým TxpA indukuje lýzu a smrt buněk, není znám. TxpA není dostatečně podobný jiným proteinům se známou funkcí, aby odvodil související funkci, má však podezření na transmembránovou oblast na svém N-konci, takže je možné, že TxpA poškozuje integritu buněčné membrány nebo blokuje syntézu buněčné stěny .[1]
Viz také
- Systém toxin-antitoxin
- Systém Hok / Sok
- RdlD RNA
- Bacillus subtilis BSR sRNA
- Bacillus subtilis typu I antitoxin SR6
Reference
- ^ A b C d E Silvaggi JM, Perkins JB, Losick R (říjen 2005). "Malý nepřekládaný RNA antitoxin v Bacillus subtilis". J. Bacteriol. 187 (19): 6641–6650. doi:10.1128 / JB.187.19.6641-6650.2005. PMC 1251590. PMID 16166525.
- ^ A b Fozo EM, Makarova KS, Shabalina SA, Yutin N, Koonin EV, Storz G (červen 2010). „Množství toxin-antitoxinových systémů typu I v bakteriích: hledání nových kandidátů a objev nových rodin“. Nucleic Acids Res. 38 (11): 3743–3759. doi:10.1093 / nar / gkq054. PMC 2887945. PMID 20156992. Citováno 2010-09-16.
- ^ Lee JM, Zhang S, Saha S, Santa Anna S, Jiang C, Perkins J (prosinec 2001). "Analýza exprese RNA pomocí antisense Bacillus subtilis genomového pole". J. Bacteriol. 183 (24): 7371–7380. doi:10.1128 / JB.183.24.7371-7380.2001. PMC 95586. PMID 11717296.
Další čtení
- Gerdes K, Wagner EG (duben 2007). "RNA antitoxiny". Curr. Opin. Microbiol. 10 (2): 117–124. doi:10.1016 / j.mib.2007.03.003. PMID 17376733.
- Pandey DP, Gerdes K (2005). „Toxin-antitoxinové lokusy jsou ve velkém množství volně žijící, ale ztraceny z prokaryot spojených s hostitelem“. Nucleic Acids Res. 33 (3): 966–976. doi:10.1093 / nar / gki201. PMC 549392. PMID 15718296. Citováno 2010-08-11.
- Hayes F (září 2003). „Toxiny-antitoxiny: údržba plazmidů, programovaná buněčná smrt a zastavení buněčného cyklu“. Věda. 301 (5639): 1496–1499. doi:10.1126 / science.1088157. PMID 12970556.
- Fozo EM, Hemm MR, Storz G (prosinec 2008). „Malé toxické proteiny a antisense RNA, které je potlačují“. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 72 (4): 579–589, obsah. doi:10.1128 / MMBR.00025-08. PMC 2593563. PMID 19052321.
- Mochizuki A, Yahara K, Kobayashi I, Iwasa Y (únor 2006). „Genetická závislost: strategie sobeckého genu pro symbiózu v genomu“. Genetika. 172 (2): 1309–1323. doi:10.1534 / genetika.105.042895. PMC 1456228. PMID 16299387. Citováno 2010-08-13.