TAF4 - TAF4

Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

TAF4
	krystalová struktura lidského komplexu taf4-taf12 (tafii135-tafii20)
Identifikátory
Symbol	TAF4
Pfam	PF05236
InterPro	IPR007900
SCOP2	1h3o / Rozsah / SUPFAM
Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury

TAF4
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1H3O, 2P6V
Identifikátory
Aliasy	TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135, faktor 4 související s proteinem vázajícím se na TATA
Externí ID	OMIM: 601796 MGI: 2152346 HomoloGene: 55723 Genové karty: TAF4
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 20 (lidský)
Konec	62,065,810 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 2 (myš)
Konec	179,976,646 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita heterodimerizace proteinu; • vazba aryl uhlovodíkových receptorů; • vazba transkripčního faktoru; • GO: 0000983 Obecná aktivita iniciačního transkripčního faktoru RNA polymerázy II;
Buněčná složka	• transkripční faktor TFTC komplex; • transkripční faktor TFIID komplex; • nukleoplazma; • MLL1 komplex; • buněčné jádro; • nukleární chromatin; • cytosol; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • Transkripce s templátem DNA, iniciace; • vývoj vaječníkových folikulů; • iniciace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace přenosu signálu mediátorem třídy p53; • GO: virový proces 0022415; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • Sestava transkripčního preiniciačního komplexu RNA polymeráza II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6874
	228980
	ENSG00000280529; ENSG00000130699
	ENSMUSG00000039117
	O00268
	E9QAP7
	NM_003185
	NM_001081092
	NP_003176
	NP_001074561
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor iniciace transkripce TFIID podjednotka 4 je protein že u lidí je kódován TAF4 gen.^[5]^[6]^[7]

Funkce

Zahájení transkripce RNA polymeráza II vyžaduje aktivity více než 70 polypeptidů. Protein, který tyto aktivity koordinuje, je transkripční faktor IID (TFIID ), který se váže na promotor jádra, aby správně umístil polymerázu, slouží jako kostra pro sestavení zbytku transkripčního komplexu a působí jako kanál pro regulační signály. TFIID se skládá z Protein vázající TATA (TBP) a skupina evolučně konzervovaných proteinů známých jako faktory spojené s TBP nebo TAF. TAF se mohou účastnit bazální transkripce, sloužit jako koaktivátory, fungovat při rozpoznávání promotoru nebo modifikovat obecné transkripční faktory (GTF), aby se usnadnilo složité sestavení a zahájení transkripce. Tento gen kóduje jednu z větších podjednotek TFIID, u které bylo prokázáno, že potencuje transkripční aktivaci kyselinou retinovou, hormonem štítné žlázy a vitaminem D₃ receptory. Kromě toho tato podjednotka interaguje s transkripčním faktorem CREB, který má aktivační doménu bohatou na glutamin, a váže se na další proteiny obsahující oblasti bohaté na glutamin. Aberantní vazba na tuto podjednotku proteiny s expandovaným polyglutaminové oblasti byl navržen jako jeden z patogenetických mechanismů, které jsou základem skupiny neurodegenerativních poruch označovaných jako polyglutaminová onemocnění.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že TAF4 komunikovat s:

Proteinová doména

Droždí TFIID zahrnuje TATA vazba protein a 14 faktorů asociovaných s TBP (TAFII), z nichž devět obsahuje násobek histonu domén (INTERPRO ). The C-terminál oblast specifická pro TFIID droždí TAF4 (yTAF4) obsahující silné HFD akcie sekvence podobnost s Drosophila d) TAF4 a člověk TAF4. Strukturní / funkční analýza yTAF4 ukazuje, že HFD, krátký konzervovaný C-terminál doména (CCTD) a oblast, která je odděluje, jsou všechny vyžadovány pro funkci yTAF4. Tato oblast podobnosti se nachází v Transkripce iniciační faktor TFIID komponenta TAF4.^[12]

Reference

^ ^A ^b ^C ENSG00000130699 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000280529, ENSG00000130699 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000039117 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Tanese N, Saluja D, Vassallo MF, Chen JL, Admon A (1996). „Molekulární klonování a analýza dvou podjednotek lidského komplexu TFIID: hTAFII130 a hTAFII100“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (24): 13611–6. doi:10.1073 / pnas.93.24.13611. PMC 19367. PMID 8942982.
^ Mengus G, květen M, Carré L, Chambon P, Davidson I (červenec 1997). „Human TAF (II) 135 potencuje transkripční aktivaci AF-2s kyselinou retinovou, vitaminem D3 a receptory hormonů štítné žlázy v buňkách savců“. Genes Dev. 11 (11): 1381–95. doi:10.1101 / gad.11.11.1381. PMID 9192867.
^ ^A ^b „Entrez Gene: TAF4 TAF4 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím se na TATA box (TBP), 135 kDa“.
^ Vassallo MF, Tanese N (duben 2002). "Isoformově specifická interakce HP1 s lidským TAFII130". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (9): 5919–24. doi:10.1073 / pnas.092025499. PMC 122877. PMID 11959914.
^ Pointud JC, Mengus G, Brancorsini S, Monako L, Parvinen M, Sassone-Corsi P, Davidson I (květen 2003). „Intracelulární lokalizace TAF7L, paralog transkripčního faktoru TFIID podjednotky TAF7, je vývojově regulována během diferenciace zárodečných buněk u mužů“. J. Cell Sci. 116 (Pt 9): 1847–1858. doi:10.1242 / jcs.00391. PMID 12665565.
^ Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (červen 1997). „CCAAT vazebné interakce NF-Y-TBP: NF-YB a NF-YC vyžadují krátké domény sousedící s jejich histonovými skládacími motivy pro asociaci s TBP bazickými zbytky“. Nucleic Acids Res. 25 (11): 2174–81. doi:10.1093 / nar / 25.11.2174. PMC 146709. PMID 9153318.
^ Značka M, Moggs JG, Oulad-Abdelghani M, Lejeune F, Dilworth FJ, Stevenin J, Almouzni G, Tora L (červen 2001). „Protein vázající DNA poškozený UV zářením v komplexu TFTC spojuje rozpoznávání poškození DNA s acetylací nukleosomů“. EMBO J.. 20 (12): 3187–96. doi:10.1093 / emboj / 20.12.3187. PMC 150203. PMID 11406595.
^ Thuault S, Gangloff YG, Kirchner J, Sanders S, Werten S, Romier C, Weil PA, Davidson I (listopad 2002). „Funkční analýza TFIID-specifických kvasinek TAF4 (yTAF (II) 48) odhaluje neočekávanou organizaci jeho histon-násobné domény“. J. Biol. Chem. 277 (47): 45510–7. doi:10,1074 / jbc.M206556200. PMID 12237303.

Další čtení

Zhou Q, Sharp PA (1995). „Nový mechanismus a faktor pro regulaci HIV-1 Tat“. EMBO J.. 14 (2): 321–8. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb07006.x. PMC 398086. PMID 7835343.
Parada CA, Yoon JB, Roeder RG (1995). „Nové omezení LBP-1 zprostředkované omezení transkripce HIV-1 na úrovni prodloužení in vitro“. J. Biol. Chem. 270 (5): 2274–83. doi:10.1074 / jbc.270.5.2274. PMID 7836461.
Ou SH, Garcia-Martínez LF, Paulssen EJ, Gaynor RB (1994). "Role doprovodných motivů E boxu ve funkci elementu TATA viru lidské imunodeficience typu 1". J. Virol. 68 (11): 7188–99. doi:10.1128 / JVI.68.11.7188-7199.1994. PMC 237158. PMID 7933101.
Kashanchi F, Piras G, Radonovich MF, Duvall JF, Fattaey A, Chiang CM, Roeder RG, Brady JN (1994). "Přímá interakce lidského TFIID s transaktivátorem HIV-1 tat". Příroda. 367 (6460): 295–9. doi:10.1038 / 367295a0. PMID 8121496. S2CID 4362048.
Wang Z, Morris GF, Rice AP, Xiong W, Morris CB (1996). „Mutanty divokého typu a defekty transaktivace defektního proteinu Tat viru lidské imunodeficience typu 1 se vážou na lidský protein vázající TATA in vitro“. J. Acquir. Imunitní deficit. Syndr. Hučení. Retrovirol. 12 (2): 128–38. doi:10.1097/00042560-199606010-00005. PMID 8680883.
Pendergrast PS, Morrison D, Tansey WP, Hernandez N (1996). „Mutace v karboxyterminální doméně TBP ovlivňují syntézu viru lidské imunodeficience typu 1 v plné délce i v krátkých transkriptech podobně“. J. Virol. 70 (8): 5025–34. doi:10.1128 / JVI.70.8.5025-5034.1996. PMC 190456. PMID 8764009.
Kashanchi F, Khleif SN, Duvall JF, Sadaie MR, Radonovich MF, Cho M, Martin MA, Chen SY, Weinmann R, Brady JN (1996). „Interakce viru lidské imunodeficience typu 1 Tat s jedinečným místem TFIID inhibuje negativní kofaktor Dr1 a stabilizuje komplex TFIID-TFIIA“. J. Virol. 70 (8): 5503–10. doi:10.1128 / JVI.70.8.5503-5510.1996. PMC 190508. PMID 8764062.
Zhou Q, Sharp PA (1996). „Tat-SF1: kofaktor pro stimulaci transkripčního prodloužení HIV-1 Tat“. Věda. 274 (5287): 605–10. Bibcode:1996Sci ... 274..605Z. doi:10.1126 / science.274.5287.605. PMID 8849451. S2CID 13266489.
García-Martínez LF, Ivanov D, Gaynor RB (1997). „Sdružení Tat s vyčištěnými preiniciačními komplexy HIV-1 a HIV-2“. J. Biol. Chem. 272 (11): 6951–8. doi:10.1074 / jbc.272.11.6951. PMID 9054383.
Saluja D, Vassallo MF, Tanese N (1998). „Pro interakce s transkripčními aktivátory bohatými na glutamin jsou nutné odlišné subdomény lidského TAFII130“. Mol. Buňka. Biol. 18 (10): 5734–43. doi:10,1128 / mcb.18.10.5734. PMC 109159. PMID 9742090.
Značka M, Yamamoto K, Staub A, Tora L (1999). „Identifikace komplexních podjednotek obsahujících TAFII bez proteinů vázajících TATA naznačuje roli v acetylaci nukleosomů a signální transdukci“. J. Biol. Chem. 274 (26): 18285–9. doi:10.1074 / jbc.274.26.18285. PMID 10373431.
Inada A, Someya Y, Yamada Y, Ihara Y, Kubota A, Ban N, Watanabe R, Tsuda K, Seino Y (1999). „Rodina modulátorů elementu modulátoru odezvy AMP reguluje transkripci genu pro inzulin interakcí s transkripčním faktorem IID“. J. Biol. Chem. 274 (30): 21095–103. doi:10.1074 / jbc.274.30.21095. PMID 10409662.
Gangloff YG, Werten S, Romier C, Carré L, Poch O, Moras D, Davidson I (2000). „Lidské TFIID komponenty TAF (II) 135 a TAF (II) 20 a kvasinkové SAGA komponenty ADA1 a TAF (II) 68 se heterodimerizují za vzniku párů podobných histonu.“. Mol. Buňka. Biol. 20 (1): 340–51. doi:10.1128 / MCB.20.1.340-351.2000. PMC 85089. PMID 10594036.
Martinez E, Palhan VB, Tjernberg A, Lymar ES, Gamper AM, Kundu TK, Chait BT, Roeder RG (2001). „Lidský komplex STAGA je transkripční koaktivátor acetylující chromatin, který interaguje s sestřihem pre-mRNA a faktory vázajícími poškození DNA in vivo“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6782–95. doi:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. PMC 99856. PMID 11564863.
Guermah M, Tao Y, Roeder RG (2001). „Pozitivní a negativní funkce TAF (II), které naznačují dynamickou strukturu TFIID a vyvolávají synergii s pasti v transkripci vyvolané aktivátorem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (20): 6882–94. doi:10.1128 / MCB.21.20.6882-6894.2001. PMC 99865. PMID 11564872.
Felinski EA, Quinn PG (2001). „Koaktivátor dTAF (II) 110 / hTAF (II) 135 je dostatečný k získání komplexu polymerázy a aktivaci bazální transkripce zprostředkované CREB.“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98 (23): 13078–83. doi:10.1073 / pnas.241337698. PMC 60827. PMID 11687654.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C ENSG00000130699 GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000280529, ENSG00000130699 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000039117 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8942982-5] Tanese N, Saluja D, Vassallo MF, Chen JL, Admon A (1996). „Molekulární klonování a analýza dvou podjednotek lidského komplexu TFIID: hTAFII130 a hTAFII100“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93 (24): 13611–6. doi:10.1073 / pnas.93.24.13611. PMC 19367. PMID 8942982.

[pmid9192867-6] Mengus G, květen M, Carré L, Chambon P, Davidson I (červenec 1997). „Human TAF (II) 135 potencuje transkripční aktivaci AF-2s kyselinou retinovou, vitaminem D3 a receptory hormonů štítné žlázy v buňkách savců“. Genes Dev. 11 (11): 1381–95. doi:10.1101 / gad.11.11.1381. PMID 9192867.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: TAF4 TAF4 RNA polymeráza II, faktor spojený s proteinem vázajícím se na TATA box (TBP), 135 kDa“.

[pmid11959914-8] Vassallo MF, Tanese N (duben 2002). "Isoformově specifická interakce HP1 s lidským TAFII130". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (9): 5919–24. doi:10.1073 / pnas.092025499. PMC 122877. PMID 11959914.

[pmid12665565-9] Pointud JC, Mengus G, Brancorsini S, Monako L, Parvinen M, Sassone-Corsi P, Davidson I (květen 2003). „Intracelulární lokalizace TAF7L, paralog transkripčního faktoru TFIID podjednotky TAF7, je vývojově regulována během diferenciace zárodečných buněk u mužů“. J. Cell Sci. 116 (Pt 9): 1847–1858. doi:10.1242 / jcs.00391. PMID 12665565.

[pmid9153318-10] Bellorini M, Lee DK, Dantonel JC, Zemzoumi K, Roeder RG, Tora L, Mantovani R (červen 1997). „CCAAT vazebné interakce NF-Y-TBP: NF-YB a NF-YC vyžadují krátké domény sousedící s jejich histonovými skládacími motivy pro asociaci s TBP bazickými zbytky“. Nucleic Acids Res. 25 (11): 2174–81. doi:10.1093 / nar / 25.11.2174. PMC 146709. PMID 9153318.

[pmid11406595-11] Značka M, Moggs JG, Oulad-Abdelghani M, Lejeune F, Dilworth FJ, Stevenin J, Almouzni G, Tora L (červen 2001). „Protein vázající DNA poškozený UV zářením v komplexu TFTC spojuje rozpoznávání poškození DNA s acetylací nukleosomů“. EMBO J.. 20 (12): 3187–96. doi:10.1093 / emboj / 20.12.3187. PMC 150203. PMID 11406595.

[pmid12237303-12] Thuault S, Gangloff YG, Kirchner J, Sanders S, Werten S, Romier C, Weil PA, Davidson I (listopad 2002). „Funkční analýza TFIID-specifických kvasinek TAF4 (yTAF (II) 48) odhaluje neočekávanou organizaci jeho histon-násobné domény“. J. Biol. Chem. 277 (47): 45510–7. doi:10,1074 / jbc.M206556200. PMID 12237303.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]